ID:dvi_8483 |
Coordinate:scaffold_12928:1554303-1554453 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -8.1 | -7.8 | -7.8 |
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CDS [Dvir\GJ16778-cds]; exon [dvir_GLEANR_17285:8]; intron [Dvir\GJ16778-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| (A)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + |
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## GTTCATTTGCGAGCTTCGCATAACTGCAAGGGTATTTAATATTCGGCATGCCGAATATTCTCACAATCGAATGCTCTGAAATTTCAAAAATGTCTCTAAAATTTGGCGAATATATACGTATATGTTTATTTTCTTACTCTAAAAGTTTTGCTTTCCTCTTCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGAAAAAAAAACAGTCTATCGCAGTCTACGAAACGTTCGAATTCCCGCAAGGCCAGCAGCGTGA **************************************************..((.(((((........))))).)).........................(((((.((((((((....))))))))..............(((((...)))))................................)))))..........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
SRR060678 9x140_testes_total |
SRR060669 160x9_females_carcasses_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
V053 head |
M027 male body |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
SRR060664 9_males_carcasses_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........................................................................................................................................................................................................TATCGCAGTCCACGAAACGTTCGAA....................... | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| GTTCATTTGCGAGCTTCGCATA..................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................TTCCCTCAACGCCAGCAGC.... | 19 | 2 | 7 | 0.57 | 4 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................TCTTCCCCTAAATCAAAAAAAAAAAAA.................................................................... | 27 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................AAAAAAAAAAAATAAAAAAAACAGAAAAAAAAACAG.................................................. | 36 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................TCGTCCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAA.................................................................... | 27 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................ACAATCGATTGGTGTGAAATTT....................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................ATTTCCCTCAACGCCAGCAG..... | 20 | 3 | 14 | 0.14 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................TCTTCACTTGAAAAAAAAAAAAA........................................................................ | 23 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................TTTCCCTCAACGCCAGCAGC.... | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| ..........................................................................TCTGAAATTTTACAAATGT.............................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................ATATTCTCACAATCGCAC................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................TTAAAAAAAAAAAAAAAAA..................................................................... | 19 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................CTTAAAAAAAAAAAAAAAAA..................................................................... | 20 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................CACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA................................................................. | 26 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
CAAGTAAACGCTCGAAGCGTATTGACGTTCCCATAAATTATAAGCCGTACGGCTTATAAGAGTGTTAGCTTACGAGACTTTAAAGTTTTTACAGAGATTTTAAACCGCTTATATATGCATATACAAATAAAAGAATGAGATTTTCAAAACGAAAGGAGAAGGGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTTTTTTTTGTCAGATAGCGTCAGATGCTTTGCAAGCTTAAGGGCGTTCCGGTCGTCGCACT
**************************************************..((.(((((........))))).)).........................(((((.((((((((....))))))))..............(((((...)))))................................)))))..........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
V116 male body |
M061 embryo |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................ACTCTAAAGTTTTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................CACTTTGAAGTTTTTACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................CTTTAAAGTTTTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................TGACTTGAAAGTTTTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 23 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................CTTTAAAGTTGTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................GACTTTAAAGTTTTTCCTGGGA.......................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................AAGACTGGTAGCTTACGATAC............................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................TACTTTGAAGTTTTTACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................ACTTTATAGTTTTTACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT.................................................................. | 20 | 0 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 4 | 0 |
| ............................................................................ACTTTAAAGTTGCTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................ACTCTAAAGTTTTTCCAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .AAGTAAAGCCTCGAAGCG........................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ............................................................................CCTCTAAAGTTTTTACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................ACTCTAAAGTTTTAACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................TACTTTAAAGTTTTTCCAGAGT.......................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................ACTCTATAGTTTTTACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................CCTTTATAGTTTTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................ACTTTATAGTTTTAACAGAGC.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................CTTTGAAGTTTTTACAGGGC.......................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................CTTTGAAGTTGTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................AGAAGGAGATTTTGAAAGCG.................................................................................................... | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................AGTTGAAAGTTTTTACAGAGT.......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12928:1554253-1554503 + | dvi_8483 | GTTCATTTGCGAGCTTCGC-A----------TAACTGCAAGGGTATTTAATATTCGGCATGCCGAATATT---CTCACAATCGA---ATGCTCTGAAATTTCAAAAATGTCTCTAAAATTTGGCGAATATATAC-------------GTATATG-TTTATTTTCTTACTCTA------AAAGTTTTGCTTT-------------CCTCTTCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGAAAAAAAAACAGTCTATCGCAGTCTACGAAACGTTCGAATTCCCGCAAGGCCAGCAGCGTGA------------------------ |
| droMoj3 | scaffold_6473:13461700-13461733 - | AGACGC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCAATTGCCGCAAGGCCAGCAGCGTGA------------------------ | |
| droGri2 | scaffold_15203:8222602-8222655 - | ATAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTGCCGCCGCCGATTAAGCGCCTGAAAAGCCGCAAGGCCAACAACGTTA------------------------ | |
| droWil2 | scf2_1100000004762:4075088-4075200 - | GAGTGTGTGT---G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGTGTGT-------------GTGCTAG-ATTATTGCTTTATGTTG------GTGCTTTTTTTTT-------------TGTCTGCTTTTATAGAAGAAAGAGGGCGAAAACTG-------------------------------------GGAAAAAAAAAGTTTGCCACA--GT------------------------ | |
| droAna3 | scaffold_13280:624263-624423 + | ATGTTTTTAA---A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTGGTAATATTTTGGACAGGTAAAAA-ATTTTTTTTTTAATTTTAAAATAACATTTTCTTTTCGAGATACTTGATT--CTCAGTCTC---------------------------------------------AAAAAAAAAAAAATTAAAAAACCAAAAGATGACCATCATGGCTCAAATCTAAAAACTTACAAATT | |
| droBip1 | scf7180000396575:84730-84814 + | ATATGTACAT---A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATATAT-------------ATAT-------ATGTATGCAGCCTTTATATACCACTATATT---------------------------A---TATAAAGAAATAAAAAACAA------------------------------------------------ATGCA--AAAAAAA------------------------ | |
| droKik1 | scf7180000302258:642848-642901 + | ATAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATATCACCTCCTAATAAGCGGCTAAATGGACGAAAGGCCAGCAGTGCTA------------------------ | |
| droFic1 | scf7180000453927:276133-276191 + | AAAAACCA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAATTTCCCCTCCGAATAAAAGGTTAAATGGAAGGAAGCCAAGTAGCGCAA------------------------ | |
| droEle1 | scf7180000490489:47798-47911 + | GTTTAATT------CTTGCAA----------TAGCTGCAAGGGTATATGAACTTCGGCTTGCCGAAGTTTGCTTTCTTTCTTGTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAATTGA-------AATCGTAAT---------------------------TCTGAACTGTCAAAATT--------ATTAATA--AGGT------------------------ | |
| droRho1 | scf7180000761997:17715-17890 - | CGAAATGTAGTAGTTTTGTAA----------TAACTGCAAGGGTATATAAACTTCGGCTTGTCGAAGTTGGCTTCCTTTTTTGTT-TAAGCTACAATTTTTTAAAACTATTTCCAAAAATTGC------------------------------ATTTCCTTCAGTTCTTCT--------------------AAGATATTTATTTTATTTATTTGT----------------------------------------------------------------AGGAAAAATAAAATCAAAAGAC------------------------ | |
| droBia1 | scf7180000299711:28888-28937 + | GTTGATTT------TTTTTCA----------TAACTGCAAGGGTATATAAACTAAGGCTTGCCG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA------------------------ | |
| droTak1 | scf7180000414951:1215-1331 - | TTTTTGCGAT---TTGTAA-ATTAATAGAATGATCTGCAAGGGTATATAAGCTTCGGCTTGCCGAAGCTAGCTTTCTTTCTTGTTTTTAGC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTT-------------------------------------------------------------TTTAATTTTCTCAAAAACGG--CTCTAA------------------------ | |
| droSim2 | x:2282550-2282602 + | CAGAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATCACCGCCGAATAAAAGGCTGAATGGAAGGAAGCCGAGCAGTGCCA------------------------ | |
| droSec2 | scaffold_10:2243746-2243798 + | CAGAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATCACCGCCGAATAAAAGGCTGAATGGAAGGAAGCCGAGCAGTGCCA------------------------ | |
| droYak3 | v2_chrUn_3049:1295-1332 + | TTAAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAAAAAAAAAAAAACACAA------------------------------------------------AAACAA--AAATAG------------------------ | |
| droEre2 | scaffold_4644:2422452-2422513 + | AAAAACAC------CCA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAATATCACCGCCGAACAAGAGGCTGAATGGAAGGAAGCCGAGCAGCGCCA------------------------ |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droFic1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droYak3 |
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| droEre2 |
|
Generated: 05/17/2015 at 04:39 AM