ID:dvi_8477 |
Coordinate:scaffold_12928:1475584-1475734 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -21.3 | -21.0 | -20.9 |
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exon [dvir_GLEANR_17144:1]; CDS [Dvir\GJ16640-cds]; intron [Dvir\GJ16640-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CCGTTGTCCTCGTTCTGAACGCCTGCCATGTGCCGATGCTGAATGCCAAGGTGAGTAACGGGTAGCGGGTAGCGGGACGGCTGACTTAACAGAATAACTGTTGAAAGGCTTACAACAGTCACGTTAACAGCGATGCGTTGTTGATCAACAAAAGGATAACATACAAATTTAACAGATTAAATTACGCGTTAGCAGAGCAACAAATTAACAGAACTTCACATGCTGTTATTGCTGTCAAAATCCGAGTCGCA ****************************************************************((...(((((.(((((((...(((((((.....)))))))..)))).......))).)))))...)).....((((.....)))).....************************************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M061 embryo |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
V053 head |
SRR060678 9x140_testes_total |
M047 female body |
V116 male body |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................GCGGGTAGCGGGACGGCTGACTTAAC................................................................................................................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................GCCATTTGCCGATGCTGAATGCCAAGC........................................................................................................................................................................................................ | 27 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................ATGTGCCGATGCTGAATGCCAAGC........................................................................................................................................................................................................ | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| CCGTTGTCCTCGTTCTGAACGC..................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................CGTTGTTGATCAACAAAAG................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................GGTGAGTAACGCGTAGGG........................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................TGCCAGGGCGACTAACGGGTA........................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................TGCCAGGGTGACTAACGGGTT........................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................GAATGCTGACGTGAGTAACG............................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................CTGAATGTCAAGGTGAAGAA................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| ................................................GGGTGAGTAACGCGTAG.......................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................GGGTGAGTAACGCGTAGGG........................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................CTGAATGTCAAAGTGAGGAA................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................ACTCAATGCCAAGGTGCGT................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................CTGAATGTCAAGGTGAAGA.................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................................................................................................................................................AACAAAGGGATAACGGACAAA.................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
GGCAACAGGAGCAAGACTTGCGGACGGTACACGGCTACGACTTACGGTTCCACTCATTGCCCATCGCCCATCGCCCTGCCGACTGAATTGTCTTATTGACAACTTTCCGAATGTTGTCAGTGCAATTGTCGCTACGCAACAACTAGTTGTTTTCCTATTGTATGTTTAAATTGTCTAATTTAATGCGCAATCGTCTCGTTGTTTAATTGTCTTGAAGTGTACGACAATAACGACAGTTTTAGGCTCAGCGT
*************************************************************************************************((...(((((.(((((((...(((((((.....)))))))..)))).......))).)))))...)).....((((.....)))).....**************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
V047 embryo |
V116 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................................................................................................................................................................GTCTTGAAGTGGACGATAATAAT.................... | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................TCCTGAAGTGGACGACAATAAT.................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CTTTCCGAATGTTGACACTGC................................................................................................................................ | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................CCAATTTTCCGAATGTGGTC..................................................................................................................................... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................AAATTCTCTATTTTAATGAGC............................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................CTGAAGTGGACGACAATAAT.................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ......AGGAGCAAGTCTGGAGGAC.................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12928:1475534-1475784 - | dvi_8477 | CCGTTGTCCTCGTTCTGAACGCCTGCCATGTGCCGA---TGCTGAATGCCAAGGTGAGTAACGGGTAGCGGGTAGCGGGACGGCTGACTTAACAGAATAACTGTTGAA----------AGGCTTACAACAGTCACGTTAACAGCGATGCGTTGTTGATCAACAAAAGGATAACATACAAATTTAACAGATTAAATTACGCGTTAGCAGAGCAACAAATTAACAGAACTTCACATGCTGTTATTGCTGTCAAAATCCGAGTCGCA |
| droMoj3 | scaffold_6473:13536445-13536503 + | CCGTTGTCCTCGTTCTGAACGCCTGCCATGTACCGC---TGCTGAATGCCAAGGTGAGTAGC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15203:8274274-8274402 + | CCGTTGTCCTCGTACTGAACGCCTGCCATGCGCAGC---TCCTCAATGCCAAGGTGAGTAACAGCTGACCGCTAACAGATTAACTAAATTGAACAAA------CTGAAAAGGGAACACGAGCTAAC----ATCAAGTTAACA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:12163748-12163806 - | CTCTGATTCTCATTCTGAATGCCTGCCATGTGCCCTTAATGATCAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | XL_group3a:2134350-2134407 - | CGGTGGCGCTAGTAATGAATGCCTGCCACATGCCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGTAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_11:2542768-2542825 + | CGGTGGCGCTAGTAATGAATGCCTGCCACATGCCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGTAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396434:346554-346609 - | CCGTGGCCCTAGTCCTGAACTTTTGCCATGTCCCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302258:595403-595463 - | CCGTGGCCTTCGTCCTCAACGCCTGCCACGTGCCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGTTATAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491011:764285-764340 - | CCGTGATCTTCGTCCTCAACGCCTGCCATGTACCGC---TGACAAATGCCAAGGTAAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000779506:556531-556586 - | CCGTGACCTTCGTCCTCAACGCCTGCCACGTACCGC---TGACAAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000301760:4722120-4722175 + | TGGTGGCCTTCGTCCTCAACGCCTGCCACGTACCGC---TGACAAGTGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415151:363319-363374 + | TCGTGGCCTTCGTCCTCAACGCCTGCCACGTACCCC---CGACAAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409277:126242-126297 - | TCGTGGCCTTCGTCCTCAACGCCTGCCATGTACCGC---TGACAAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chrX:2438492-2438550 - | CCGTGACCTTCGTCCTCGCCGCCTGCCACGCACCGCTGCTGACCAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | x:2251422-2251477 - | CCGTGACCTTCGTGCTCGCCGCCTGCCACGCACCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_10:2212444-2212499 - | CCGTGACCTTCGTCCTCGCCGCCTGCCACGCACCGC---TGACCAATGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4644:2388857-2388912 - | CCGTGTCCTTCGTCCTTGCCGCCTGCCACGCGCCGC---TGACAAGTGCCAAGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droTak1 |
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| droSec2 |
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Generated: 05/17/2015 at 04:28 AM