ID:dvi_7618 |
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Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
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exon [dvir_GLEANR_5507:4]; exon [dvir_GLEANR_5507:5]; CDS [Dvir\GJ20049-cds]; CDS [Dvir\GJ20049-cds]; intron [Dvir\GJ20049-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################------------------------------------------------------------------################################################## ATAGCCACACGCTACTCCGCCGTGCGTCGCCAGAGTCCCATTGAGCCGGAGTGAGTAACTATAAGAATCGCAATTGGTTCGACTATTTCTGACTATCTCCTGTTTTGTTCGCACAGTCAGCCCGAGCCGCAGATCATAGATCATGTGACGCAGCGCCTGAAACTGT **************************************************(((((.(((....(((.(((.((.((((...)))).)).)))...)))...)))...)))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
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V116 male body |
M027 male body |
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V047 embryo |
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V053 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................................................................................TGTGACGCAGCGCCTGAAAC... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...AACACACGCTACTCCGCCGTGC............................................................................................................................................. | 22 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............TACTCCGCCGTGCGTCGCCAGA.................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................TCATAGATCATGTGACGCAG............. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................CATAGATCATGTGACGCAGC............ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................GATCAGCCCGAGCCGCAGATC............................... | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................CCGCCGTGCGTCGCCAGAGTCCCATTGAC......................................................................................................................... | 29 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CGGAGTCCCATTGAGCCGGAT................................................................................................................... | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..AGCCACACGCTACTCCGCC................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........GCTACTCCGCCGTGCGTCGCCA...................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................ATAGATCATGTGACGCAGCGCCT........ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................AGATCATGTGACGCAGCGCCT........ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................ATAGTCCCATTGAGCCGG..................................................................................................................... | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..AGCCAAACGCTACTCCGCCGTGCGTC.......................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................GGATCAGCCCGAGCCGCAGATCATAGAT......................... | 28 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................CGCAGATCATAGATCATGTGACGCAGC............ | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................CATGTGACGCAGCGCCTGA...... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................GATCATGTGACGCAGCGCC......... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..AGCCACACGCTACTCCGCCGTGCGTC.......................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................AGAGTCCCATTGAGCCGG..................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................ATAGATCATGTGACGCAGC............ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................CTTAGAGTCCCATTGAGCCGG..................................................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................CAGATCATCGATCATGTT................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..................................GTCCCATTGAGCCGGATC.................................................................................................................. | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................CAGATCATCGATCATGTACC................. | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................................................................................................................CAGATCATCGATCATGTTGC................. | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 |
|
TATCGGTGTGCGATGAGGCGGCACGCAGCGGTCTCAGGGTAACTCGGCCTCACTCATTGATATTCTTAGCGTTAACCAAGCTGATAAAGACTGATAGAGGACAAAACAAGCGTGTCAGTCGGGCTCGGCGTCTAGTATCTAGTACACTGCGTCGCGGACTTTGACA
**************************************************(((((.(((....(((.(((.((.((((...)))).)).)))...)))...)))...)))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528803 follicle cells |
M027 male body |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
SRR060678 9x140_testes_total |
SRR060675 140x9_ovaries_total |
V053 head |
SRR060658 140_ovaries_total |
SRR060683 160_testes_total |
SRR060655 9x160_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................................................CGGGCTCGGCGGCTAGTATCTAGTACACT.................. | 29 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................TAACTCGGTCTCACTCATT............................................................................................................ | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................GTCTAGTGTCTAGTACGCTG................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................CGGGCTCGGCGTCTAGTATCTAGTACACT.................. | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................GGCGTCTAGTATCTAGTACA.................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............................CGGTCTCAGGGTGACAGGGC...................................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................AGTGGGGCGCGGCGTCTAA............................... | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................................ACTGATAGAGGACAAATG........................................................... | 18 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ....................................................................................................................AGTGGGGATCGGTGTCTAG............................... | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:17976890-17977055 - | dvi_7618 | ATAGCCACACGCTACTCCGCCGTGCGTCGCCAGAGTCCCATTGAGCCGGAGTGAGTAAC------TATAAGAA----------TC------G--CAATTGGTTCGACT--------------------------AT--TT--------CT-------------------GACTATCTCCT----------GTTTTGTTCGCACAGTCAGCCCGAGCCGCAGATCATAGATCATGTGACGCAGCGCCTGAAACTGT |
| droMoj3 | scaffold_6496:11604494-11604654 - | ATAGCCACTCGGTACTCGGCCGTGCGTCGCCAGAGTCCCATAGAGCCCGAGTAAGCAAG------A----GAC--------TTTTA----------ACTGATTGACAT-------------ATTAC-------------T--------CT-------------------GACTCTTTTGTTT-------------TTAATATCAGTGAGGCCGAGCCGCAGATCATTGATCATGTGACACAGCGACTGAAACTGT | |
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| droWil2 | scf2_1100000004510:1552180-1552334 + | ATAGCAACACGTTATTCGGCTGTGCGACGTCAAAGTCCCATTGAGGCAGAGTAAGTGCC------AA----------ACAAATTA----AAA--------------------CAG--AAAT---TG------------------GTAAT------------------------TAAATATTT-------------TCGCTTTTAGTCAACCAGAACCACAGATCATAGATCATGTTACGCAACGTCTCAAGTTAT | |
| dp5 | 3:19383635-19383805 - | ATTGCCACCCGATACTCGGCCGTGCGCCGCCAGAGTCCCTTTGAGGCCAAGTAAGTGCT---CAA----AGAG-------TGCTCATCCT----CCA-------------TCCA--TC---CATCC----------ATTT--ATG-----TTG-----------------A-TAACTTCCGT-------------CCGCTTGCAGTCAGCCGGAGCCCCAGATCATTGATCATGTCACGCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droPer2 | scaffold_37:383936-384106 - | ATTGCCACCCGATACTCGGCCGTGCGCCGCCAGAGTCCCTTTGAGGCCAAGTAAGTGCT---CAA----AGAG-------TGCTCATCCT----CCA-------------TCCA--TC---CATCC----------ATTT--ATG-----TTG-----------------A-TAACTTCCGT-------------CCGCTTGCAGTCAGCCGGAGCCTCAGATCATTGATCATGTCACGCAGCGCCTGAAGCTCT | |
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| droBip1 | scf7180000395751:898319-898475 + | ATTGCCACCCGGTATTCGGCCGTAAGACGGCAAAGTCCCATTGAAGAAAAGTGAGTATT------TG----AACCTGG------------------GATGGTT----T-------------CTTAT-------------T--------AT-------------------GACCAACTCCTTC-------------GCCACTTTAGCCAACCAGAGCCCCAGATCATCGACCATGTCACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droKik1 | scf7180000302411:520154-520311 + | ATTGCCACCAGATACTCGGCTGTGCGTCGCCAGAGTCCCATTAATCCGAAGTAAGTTAA------G----GC--------TATATAATTT----TAA-------------TCCA--GA---AATCA-------------C--------A-----------------------TTATTTTGTA-------------TGTCTTTTAGGGAACGTGAACCACAGATCATGGATCATGTCACCCAGCAGATGAAACTCT | |
| droFic1 | scf7180000453201:295063-295219 - | ATCGCCACCAGATATTCGGCGGTGCGACGACAGAGTCCCATTGAACCCAAGTGAGTTCT------AA----------TGATTTTT----TTA--------------------TAGAGAAGA---------------------ATCAACT-----------------------TAGTTCCT-G-------------TTACCAACAGCCAACCCGAGCCTCAGATCATTGATCATGTGACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droEle1 | scf7180000491232:88162-88323 - | ATTGCCACCCGGTACTCGGCTGTTCGGCGGCAGAGTCCCATCGAACCCAAGTGAGTATC------TC----------AGTAGTTTATT-T----TA----------TTATTACAG--AA---ATTC-------------C--------C-----------------------TAAAACCATT-------------TAATGTGCAGCCAACCCGAGCCGCAGATCATGGATCATGTTACCCAGCGTCTGAAGCTCT | |
| droRho1 | scf7180000780265:81415-81573 - | ATTGCCACCCGGTACTCGGCGGTCCGTCGACAGAGTCCCATTGAACCCAAGTGAGTATC------TG----------TGGTGATTATA-T----GA----------T---TATG--GC---AT---------------------TTTCT-----------------------TAAATCCTTT-------------ATACCTACAGCCAACCCGAGCCTCAGATCATTGATCATGTGACCCAGCGCCTGAAGCTAT | |
| droBia1 | scf7180000302143:1122031-1122190 - | ATAGCCACCAGGTACTCGGCGGTGCGACGACAGAGTCCCATCGAACCCAAGTGAGTTTC------AG----GATTGGGGGTGTTT------A--------------------TAG--GAAT---------------------GTGATTT-----------------------TAACTCTATT-------------TTACCCACAGTCAACCGGAGCCCCAGATCATTGATCATGTGACGCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droTak1 | scf7180000415722:178552-178711 + | ATAGCCACCAGGTACTCGGCGGTGCGACGACAGAGTCCCATTGAACCCAAGTGAGTTTT----A-CC---A-------AGTGTTTATC-T----TA----------T---TAGG--GA---AAATG-------------C--------C-----------------------TAAATCCCTG-------------TTAACCACAGCCAACCCGAGCCGCAGATCATTGATCATGTGACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droEug1 | scf7180000409474:663423-663576 - | ATAGCCACCAGGTACTCAGCGGTGCGACGACAGAGTCCTATTGAACCAAAGTGAGTGCTTTTCAG----AGA--------TATTT---------------------------------------------------------AGATACT-TTT-----------------A-TAACTTCGGT-------------TAACCAACAGCCAACCCGAGCCCCAGATCATTGATCATGTTACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
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| droSim2 | 2r:17833163-17833316 + | ATAGCCACAAGATACTCGGCGGTGCGGCGTCAGAGTCCCATTGAGCCCAAGTAAGTTGC------GA----------TGGTGTCT------G--------------------CAG--GAGT---------------------ATATACT-----------------------TACTGTCTAT-------------GTACCAACAGTCAACCCGAGCCTCAGATCATAGATCATGTGACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droSec2 | scaffold_9:609793-609946 + | ATTGCCACCAGATACTCTGCGGTGCGGCGTCAGAGTCCCATTGAGCCCAAGTAAGTTGC------GA----------TGGTGTCT------G--------------------CAG--AAGT---------------------AAATACT-----------------------TAATGTCTAT-------------GTACCAACAGTCAACCCGAGCCTCAGATCATAGATCATGTGACCCAGCGCCTGAAGCTCT | |
| droYak3 | 2R:11908517-11908686 - | ATAGCCACCAGATACTCGGCGGTGCGGCGCCAGAGTCCCATTGAGCCCAAGTAAGTTGC------GA----------TGATGTTT------G--------------------CAG--GACT---TGTTGAATATAT--GTTTAAATCCT-----------------------TGATGTGTAA-------------CTGCCTACAGCCAACCCGAGCCGCAGATCATAGATCATGTGACACAGCGCCTTAAGCTCT | |
| droEre2 | scaffold_4845:11422874-11423043 + | ATTGCCACAAGATACTCGGCGGTGCGGCGTCAGAGTCCCATTGAGCCCAAGTAAGTTGC------GA----------TGATGCTC------G--------------------CAG--GAAT---TGCTGACAATAC--ATTTAAATCCT-----------------------TCATGTGTAC-------------GCGTCTACAGCCAACCGGAGCCCCAGATCATAGATCATGTGACCCAACGCCTTAAGCTCT |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droPer2 |
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