ID:dvi_7154 |
Coordinate:scaffold_12875:15670406-15670556 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
exon [dvir_GLEANR_7492:1]; CDS [Dvir\GJ22185-cds]; intron [Dvir\GJ22185-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TAGTTGCAGCATTTTTGGATTACTGCGTCTCGAACAGCACCTGGCCGAGGGTGAGTCTCAAGAAGTGGCCGGTTGTTAGCTGCCAGCTAAATGTAATACATTATACAGTCCGTTTACAGTTAACGCTGTACTAAATCCTGGACGAAATTCAATTGAGAAATAGAAATTTATGACTTCAGTTAAATTGAAATATCATTCAGATTTTCAATATGTTATTTCACAGCACAAACAACCCATGCAGAGTAAACTAA **************************************************....(((.((.((..(((.((((.((((((((..(((....((((........))))....)))..))))))))))))..)))..)).))))).......(((((((..((((....))))...)))))))...(((((......))))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
V053 head |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
SRR060659 Argentina_testes_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...............................GAAAAGCACCCGGACGAGG......................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 17 | 0.18 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................AGTAACCCATACAGAGTAAA.... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CAGCACATCGTCGAGGGTGA..................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................AACAGCAGTTGGCCGTGGGT....................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................CAATTGAGAGACAGAAACTT.................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .............................................................................................................................................................................CTACAGTTAAATCGAAATGT.......................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
ATCAACGTCGTAAAAACCTAATGACGCAGAGCTTGTCGTGGACCGGCTCCCACTCAGAGTTCTTCACCGGCCAACAATCGACGGTCGATTTACATTATGTAATATGTCAGGCAAATGTCAATTGCGACATGATTTAGGACCTGCTTTAAGTTAACTCTTTATCTTTAAATACTGAAGTCAATTTAACTTTATAGTAAGTCTAAAAGTTATACAATAAAGTGTCGTGTTTGTTGGGTACGTCTCATTTGATT
**************************************************....(((.((.((..(((.((((.((((((((..(((....((((........))))....)))..))))))))))))..)))..)).))))).......(((((((..((((....))))...)))))))...(((((......))))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
SRR060677 Argx9_ovaries_total |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
SRR060681 Argx9_testes_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060688 160_ovaries_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................................................TATTGCGACGTGACTTAGGACC.............................................................................................................. | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AAATGCGACCTGACTTAGGACC.............................................................................................................. | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................TTGCGACGTGACTTAGGACC.............................................................................................................. | 20 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................TTTGCGACGTGACTTAGGACC.............................................................................................................. | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................................................................................................................AATGGCGACGTGACTTAGGACC.............................................................................................................. | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................TACATTAGGTAGTAGGTCA.............................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:15670356-15670606 + | dvi_7154 | TAGTTGCAGCATTTTTGGATTACTGCGTCTCGAACAGCACCTGGCCGAGGGTGAGTCTCAAGAAGTGGCCGGT-----TGTTAGCT----GCCAGCTAAATGTA-----ATACATTATACAGTCCGTTTACAGTT----AA-CGCTGTACTAAATCCTGGACGAAATTCAATTG--AGAAATAGAAATTT-ATGACTTCAGTTAAATTGAAATATCATTCAGATTTTCAATATGTTATTTCACAGCACAAACAACCCATGCAGAGTAAACTAA |
| droMoj3 | scaffold_6496:8130933-8131085 - | TAGCTGCAACATCTTTGGATTACTGCGACTCGAACAGCACCTGGTCGAGGGTGAGTCTTGAATAGTAG-CAACCCCATCTTCCGCTT--GGCCAACCG-ATGTA---AAAGACATTACACAGTTCGCTAACTGCTGGCCAA-TCTTGCACTGCATTCTAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15245:12472439-12472644 + | CAGCTGCAACATTTTTGGATTACTGCGTCTTGAACAGCACCTGGCCGAGGGTAAGTCTCAAAAGGGTTCCAAGCAC----TTCGCTTCAAGCCAGAGAAATTTTATATAAGT-GTTTTACAGTCAGCATTTAATC----ATACACGTTTAGAAATCTTGGACAAAATATAAATATAAAAAGAAGAAGTTCAATTAATTCTGCTAATTATAATTAT---------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 3:991542-991583 + | -----GCAACATTTTCGGATTACTCAG------------CCGGACCCAGGGTGAGTCTC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_2:1170857-1170898 + | -----GCAACATTTTCGGATTACTCAG------------CCGGACCCAGGGTGAGTCTC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13266:9046695-9046738 + | T----GCACCATCCTAGGATTATTTTACCC---------CCGGACCCATGGTGAGTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droBip1 | scf7180000396427:190515-190558 + | T----GCACCATCCAAGGATTATTTTACCC---------CCGAACCCATGGTGAGTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droKik1 | scf7180000302630:11784-11837 + | C------ACCGTTTTGGGATTACTCTG------------CGGGAGCGAGGGTGAGTCTGCAG-----TCCAAGGAG----T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droFic1 | scf7180000453955:570772-570809 - | C------ACCGTCCTGGGATTACTCTG------------CCGCACCAAGGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491217:268279-268322 - | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CCGGACCAAGGGTGAGTCTGGAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000779196:82912-82951 + | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CAGGACGAAGGGTGAGTCT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302292:3427962-3428000 - | C------ACCATCCTGGGATTACTCAG------------CCGGACCAAGGGTGAGTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droTak1 | scf7180000415420:358810-358849 - | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CCGGACCGAGGGTGAGTCT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409672:4734364-4734403 + | C------ACCATACTGGGATTACTCTG------------CCGGACCAAGGGTGAGTCT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chr2R:2717522-2717559 + | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CCGGACGAAGGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 2r:3582990-3583027 + | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CCGGACCAAGGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_1:396075-396112 + | C------ACCATCCTAGGATTACTCTG------------CCGGACCAAGGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4929:19830802-19830839 - | C------ACCATCCTGGGATTACTCTG------------CCGGAGCAAGGGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droFic1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEug1 |
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| dm3 |
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droEre2 |
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Generated: 05/16/2015 at 08:23 PM