ID:dvi_7133 |
Coordinate:scaffold_12875:15544880-15545028 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [dvir_GLEANR_7484:4]; CDS [Dvir\GJ22176-cds]; exon [dvir_GLEANR_7484:5]; CDS [Dvir\GJ22176-cds]; intron [Dvir\GJ22176-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| AT_rich | Low_complexity | Low_complexity | + |
| AT_rich | Low_complexity | Low_complexity | + |
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060679 140x9_testes_total |
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SRR060683 160_testes_total |
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V053 head |
V047 embryo |
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| .............................................................................................................................................................................................................................ACGCGATGCGAAAAAGGCGCAAATGTC. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................GATGCGAAAAAGGGGCAAA..... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................TGCACTATTTGGGATCAACGCGAT..................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TCAACGCGATGCGAAAAAGGC.......... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................GCACTATTTGGGATCAACGC........................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................CAGCGCGATGCGAAAAAGGCG......... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................CGCGATGCGAAAAAGGCGCA....... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................TTTACCCCAGTTGGCTGCAC........................................ | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................CAACGCGATGCGAAAAAGGCG......... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................CTCAATCCGCACAGCAGCATGGAT........................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................CGCGATGCGAAAAAGGCG......... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................CGCGATGCGAAAAAGGCGCAA...... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................ACGCGATGCGAAAATGGCGCA....... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................AACGCGATGCGAAAAAGGCGCAA...... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................AGCTGCACTATTTGGGATCAA........................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................ATTAGCTGCACTATTTGGGAT.............................. | 21 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................TGAGTAATTGATTGTAGAT............................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................GGTCGTAGTAGGTTGTGTC........................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................TTGTCGCCACCTCTCTTCCC..................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................TCAATCGGCACAGCATTA................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CCTGTATTGTGGGTGTTGGTATGAGTTAGGCGTGTCGTCGTACCTAGCGTCATTCAACACAGCGTTAACTTACTGATTAACTAACATCTCATTTTGGCTTTTATGTAAATATAATATAAATATAAGTATAAATTATAAAATCTATTATGGTAATAATAGACGAAATAAACTTAAAGAATAGCGGTGGAGAAATGGGGTCAATCGACGTGATAAACCCTAGTTGCGCTACGCTTTTTCCGCGTTTACAGA
**************************************************..(((..(((.((((((((......))))))..(((((((((..........))).))))))..........(((((.....((((...(((((((((....)))))))))...))))))))).......)).)))..)))........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
V047 embryo |
V053 head |
SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
SRR060689 160x9_testes_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
M028 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .....................................................................................................................................TATAAAATCTATTATGGTGAT............................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................GGGTCAATCGACGTGATAAA................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............TGTTGGTATGCGTTAGGTGA........................................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....ATTTTGGGTGTTGGTAT................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............TTGGTAGGAGTTAAGTGTGTCG.................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................GAAATAGGGTCACTCGAGG.......................................... | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................GTCGTACCTAGGTTCATTGA................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................ATTCCACACAACGTTAGCTT.................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................................................CATTATGGTAAGAATAGGC........................................................................................ | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................GTCAATCGACGTGCTTAA................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:15544830-15545078 + | dvi_7133 | GGACATAACACCCACAACCATACTCAATCCGCACAGCAGCATGGATCGCAGTAAGTT--GTGT---CGC----------------------------------------------AATTGAA----T--GACTA-------A-----TTGATTGTAGAGTA----------------AAACCGAAAATACATTTATATTATATTTATATTCATATTTAATATTTTAGATAATACCATTATTATCTGCTTTATTTGAATTTCTTATCGCCACCTCTTTACCCCAGTTAGCTGCACTATTTGGGATCAACGCGATGCGAAAAAGGCGCAAATGTCT |
| droMoj3 | scaffold_6496:8263296-8263466 - | GGATATAACACCGACGACCATACTCAATCCACACAGCAGTCTGGATCGCAGTGAGTTGGCCAG---AA-----TAAACTTCATGATT---G-TATCAATTAATAATAATAATTATTA----------------------------------------------------------TTAAATA---------------------------------------------------------------------------------------------TTCTTTCAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGCGATGCTAAGAAGGCTCAAATGTCT | |
| droGri2 | scaffold_15245:12339502-12339557 + | GGACATTACACCCACAACCATACTAAATCCGCACAGTAGCCTGGATCGCAGTAAGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004558:172610-172772 - | TGATGTCACTCCTACAACAATCTTAAATCCCCACAATAGCTTGGATCGCAGTGAGTA--TTGA---CACTATCCA---------CCT------------------------------------------------AGC---ACAATT--------------TTCCTTATTGTCGCT-TCTTT-------------------------------------------------------------------------------------------GTCTCTCATAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGAGGCCAAAAAGGCCCAGCTTTCG | |
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| droPer2 | scaffold_2:1078895-1079067 + | AGACATTACACCAACAACCATTCTGAATCCCCATAACAGCATGGATCGCAGTGAGTA--GATG--------TCCA---------TTTATGTCTAGGAGTTCACAGTCATCTGTATAT---------------------------------------------C-------TATGTATCTTCTT------------------------------------------------------------------------------------------CCCGGTCTCAGTAAGCTGTACCATTTGGGATCAGCGTGATGCGAAGAAAGCCCAGCTCTCT | |
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| droBip1 | scf7180000396735:1646516-1646678 - | GGACATCACGCCCACCACCATACTGAATCCCCACAGCAGCTTGGATCGAAGTGAGTT--CAAT---AG----------------------------------------------------GA----TCCGTAT--TCT---AAGATG--------------ATCTTTAATCTA-ACTCAATAA------------------------------------------------------------------------------------------TCTCTCCCCAGTTAGTTGCACCATTTGGGACCAACGAGATGCCAAGAAGGCGCAGCTGTCA | |
| droKik1 | scf7180000302273:85320-85481 - | GGACATAACGCCAACAACCATTTTGAATCCCCACAGCAGCCTTGACCGCAGTGAGTG--CCAA---G-TT---C-----------AAGTTG-----------TAGCTATCCGAGGAC--------------------------------------------AT-------GAATATTTTATTT------------------------------------------------------------------------------------------ACTTTTTCCAGTTAGCTGCACCATCTGGGATCAGCGCGACGCGAAGAAGGCCCAGCTGTCC | |
| droFic1 | scf7180000453955:665130-665301 - | GGACATCACGCCAACCACAATACTAAATCCGCACAGCAGCCTGGACCGTAGTGAGTA--TTTA---ATCT---------------TTGTTTTTACAATTTGAT------------------------TTCAAGC-------ATAATT--------------TT-------TTCGACTGCTTTT------------------------------------------------------------------------------------------ACTTTTACCAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGACACCAAAAAGGCGCAGCTTTCG | |
| droEle1 | scf7180000491217:378126-378301 - | GGACATCACGCCTACCACCATACTTAACCCCCACAGCAGTCTGGACCGAAGTGAGTG--CTAG---AGCT---TAGTTCCTATAATT--------------------------------ATATTTACATTTTGC-------CTTATT--------------AT-------CATAATTCCATAT------------------------------------------------------------------------------------------ACTTACCCCAGTTAGCTGCACAATTTGGGATCAGCGCGACGCCAAAAAGGCGCAGCTTTCC | |
| droRho1 | scf7180000766551:22288-22450 - | GGATATCACACCAACTACCATACTAAACCCACACAGCAGCCTGGACCGAAGTGAGTA--CAAG---CGCT---------------TT--------------------------------ATATTTACTTGATGC-------GTAGTT--------------TT-------CATAATTATATTT------------------------------------------------------------------------------------------ACT-TTCCCAGTTAGCTGTACCATTTGGGATCAGCGCGACGCCAAAAAAGCGCAGCTTTCC | |
| droBia1 | scf7180000302292:3519996-3520157 - | GGATATTACGCCAACTACCATATTAAACCCCCACAGCAGCCTGGACCGCAGTAAGTA--TTAT----------------------------------------------------AATTAAATCTTCTTGGATC-------TTTATT--------------TC-------AAAGGTTTCACTT------------------------------------------------------------------------------------------GCCCTCCCCAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGACGCCAAGAAGGCCCAGCTTTCC | |
| droTak1 | scf7180000415420:461267-461432 - | GGACATTACGCCAACTACGATACTAAATCCACATAGCAGCCTGGACCGCAGTAAGTT--AG-----AGC----------TTGGGTTT--------------------------------TTCTTGACTTGAATG-------GTAGTT--------------CT-------CACG-TTTCATTT------------------------------------------------------------------------------------------ACTCCCCCCAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGGGACGCCAAGAAGGCCCAGCTATCC | |
| droEug1 | scf7180000409462:3502689-3502864 + | AGACATCACACCAACCACCATATTAAATCCACACAGCAGCCTGGACCGTAGTGAGTA--CTAG---AAAT---GCAATCTTGTAAAT--------------------------------CTATTTATTTGAATC-------TTAATT--------------TT-------AATGATTCCATAC------------------------------------------------------------------------------------------ACTATTCTTAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGACGCTAAGAAGGCGCAACTTTCT | |
| dm3 | chr2R:2631995-2632153 + | GGACATCACCCCTACCACTATACTAAATCCACATAGCAGCCTCGACCGTAGTATGTA--TTAC---C------------------------------------------------AACCAAA----TTTGCATC-------T-----TCGTTCACGCTATA----------------ACATTG------------------------------------------------------------------------------------------AACTTATAAAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGATGCCAAAAAGGCGCAGCTTTCC | |
| droSim2 | 2r:3496970-3497123 + | GGATATCACCCCTACCACTATACTAAATCCACATAGCAGCCTGGACCGTAGTAAGTA--TTAC---C------------------------------------------------AATCAAA----TTGGCATC-------T-----TTGATCGCACTATA----------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------AATTTATAAAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGATGCCAAAAAGGCGCAGCTATCC | |
| droSec2 | scaffold_1:304509-304667 + | GGATATCACCCCTACCACTATACTAAATCCACATAGCAGCCTGGACCGTAGTAAGTA--TTAC---C------------------------------------------------AATCAAA----TTGGCATC-------T-----TTGATCGCACTATA----------------AAATTG------------------------------------------------------------------------------------------AATTTATAAAGTTAGCTGCACCATTTGGGATCAGCGAGATGCCAAAAAGGCGCAGCTATCC | |
| droYak3 | 2L:15368681-15368856 + | GGACATCACCCCTACCACTATACTAAATCCACATAGCAGCCTAGACCGTAGTAAGTA--TTAC---CGTT---TACATCGTAAGATT--------------------------------TGACTTACTTGCATC-------TTCATT--------------CA-------CACAATATTATTG------------------------------------------------------------------------------------------AATACATAAAGTTAGCTGTACAATTTGGGACCAGCGAGATGCAAAAAAGGCGCAGCTTTCC | |
| droEre2 | scaffold_4929:19913219-19913377 - | GGATATCACCCCTACCACTATACTAAATCCACATAGCAGCCTGGACCGCAGTAAGTA--TTAC---T-T---------------------------------------------------------TTTGCATCGAGA-GAT-----TTTTTCACACGATA----------------TCATTG------------------------------------------------------------------------------------------AATTTATAAAGTTAGCTGCACCATTTGGGACCAGCGAGATGCCAAAAAGGCGCAGCTTTCC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droMoj3 |
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| droWil2 |
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| droPer2 |
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| droAna3 |
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| droKik1 |
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| droFic1 |
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