ID:dvi_6987 |
Coordinate:scaffold_12875:14869183-14869333 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [dvir_GLEANR_7439:4]; CDS [Dvir\GJ22127-cds]; intron [Dvir\GJ22127-in]
No Repeatable elements found
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
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| .................................................................................................................................................................................................................................CGTGCTGTTTGCCATTGGCGC..... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................GTGCATGTTAATCTGCGCCGTGCT.................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................CTGATGTTTGTCATTGGCGCA.... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................ATAATCTGAAATTCGATT............................................................................................................................................... | 18 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................TGTGAAACTCCGCCGTGCTG................... | 20 | 3 | 7 | 0.43 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................TGTGAAACTCCGCCGTGCT.................... | 19 | 3 | 11 | 0.36 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................AACCGGGATTGCCTTAGTTA.............................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................GGAATTGAATTTGTTATGTGC......................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................ATTATAATCTGAAATTCGATTA.............................................................................................................................................. | 22 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATAATCTGAAATTCGATTA.............................................................................................................................................. | 20 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................GTGAAACTCCGCCGTGCTG................... | 19 | 3 | 12 | 0.17 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................AAGTTGATCTGCGCCGTG...................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................AACCGGAATTGCCTTAGTAA.............................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................TAATCTGAAATTCGATTAT............................................................................................................................................. | 19 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................TGTTAAACTCCGTCGTGCT.................... | 19 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTCCGACGATCCAGTTAA................................................................................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATAATCTGAAATTCGATTAT............................................................................................................................................. | 21 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................TAGTGAAGAATGGTGAAGA..................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................GTGAAACTCCGCCGTGCT.................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
AAGGCCTAAACTTGATCAAAACAAAAGTCAGTGTAATTAATTTGGCCTTAACGTAAACAATATACGGTACGTGCAATAAAGTTTAACTTCTATTGGACTTTAAGCTAATCAATTTATAATGAGGCTGTTAGATCAATTCTTACAACTTATATAATTTTTTAATTGGGTTGGAGAGGAGAGCGAGAGAAGAAGATGGGCGTCTTTCGGCACGTACAATTAGACGCGGCACGACAAACGGTAACCGCGTCACG
**************************************************.((((.......))))....((.(((((((((...)).))))))).))......((((..(((((((((....(((((.(((.....))).)))))))))).))))..)))).......................................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060659 Argentina_testes_total |
V053 head |
SRR1106729 mixed whole adult body |
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M061 embryo |
SRR060658 140_ovaries_total |
SRR1106728 larvae |
SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
SRR060678 9x140_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................................................................................................................................AGAGCGAGAGAAGAAGATG........................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................GTCGTCTTTCGGCCGGTACAAT.................................. | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................TGAATTGGGTTGTAGAG............................................................................ | 17 | 2 | 18 | 0.50 | 9 | 0 | 1 | 7 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................TGAATTGGGTTGTAGAGGG.......................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................CTTAATTGGGTTGTAGAG............................................................................ | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................TGTAATTAATTTGGCATGC......................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| ...............................TGTAATTAATTTGGCATC.......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:14869133-14869383 + | dvi_6987 | TTCCGG------ATTTGAACTAGTTTTG-----TTTTCAGTCACATTAATTAAACCGGAATTGCATTTGTTATATGCCATGCACGTTATTTCAAATTGAAGATAACCTGAAATTCGATTAGTTAAATATTACT------CCGACAATCTAGTTAAGAATGTTGAA-TATATTAAAAAATTAACCCAACCTCTC-CTCTCGCTCTCTTCTTCTACCCGCAGAAAGCCGTGCATGTTAATCTGCGCCGTGCTGTTTGCCATTGGCGCAGTGC |
| droMoj3 | scaffold_6496:7024462-7024570 - | ATCTA-----ATATTTAAACTAATCTCCA----TTTTC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTCTCTCTCTCTCTC-TCTTCATCTCACAGAAAAGCCTGCCTGTTCATTTGTGCCGTTCTCTTTATCATTGGCGCTGTGC | |
| droGri2 | scaffold_15245:14890635-14890701 + | CTA-----------------------------TC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTCTCCAATAGGAAGACCTGCCTGTTTATCTGCGCCGCGCTATTCGCTATTGGCACTGTGC | |
| droWil2 | scf2_1100000004954:2301468-2301532 - | TTC-----------------------------T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCCATTATAGAAAAGCCTGTTTTCTCATTTGTGGTGTACTGTTTACCATTGGAGCTGTAC | |
| dp5 | 3:7829884-7829969 - | ATTAATAGATTAATTTTA----------ATCTCT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCTCTTTGCAGAAAAGCATGCTATCTCATTTGCGGGGGGCTGTTTACGGTCGGAGCGGTGC | |
| droPer2 | scaffold_4:1740558-1740651 - | ATTAATAGATTAATATTA----------AT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCTCTCTCTCTCTCTCTTTGCAGAAAAGCATGCTATCTCATTTGCGGGGGGCTGTTTACGGTCGGAGCGGTGC | |
| droAna3 | scaffold_13266:16289018-16289070 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGAAAAGCATGTTTCCTCATTTGCGGCGCCCTGTTCACCATTGGAGCCGTGC | |
| droBip1 | scf7180000395838:172831-172973 - | TCC-----------------------------GT-----------------------------------------------------------------------------------TTGGTTTATCATCATTTATAAATCAATTTTTAAGTTTAGAATTTAAAAGAAAATTTTAATACTAAG-----ATGA----------CCTTACACTTCCTTGCAGGAAAGCATGTTTCCTCATTTGTGGCGCCTTGTTTACCATTGGAGCTGTGC | |
| droKik1 | scf7180000302471:598515-598567 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGAAAAGCATGCTTCCTCATCTGCGGAGCCCTTTTCACTGTGGGTGCTGTGC | |
| droFic1 | scf7180000453215:226834-226925 - | TGTTCGAGAATTAATTGAATTAGTTCCG----GT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTCTTTCTAGGAAAGGTTGTTTGATGATCAGCGGAGTGCTGCTCGTGATATCCGGCATCC | |
| droEle1 | scf7180000491240:778818-778884 + | CTT-----------------------------CT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACCTGTTTCCAGTAAGGGTTGTCTGCTGATCAGCGGCGTGCTGCTCGTGATCTCTGGCATCC | |
| droRho1 | scf7180000770177:61967-62028 + | CTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCTTCCAGAAAAGCATGCTTCCTCATCTGCGGAGGCATGTTCACCGTAGGAGCGGTGC | |
| droBia1 | scf7180000302291:1829055-1829119 + | CCC-----------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCTCTTCCAGAAAAGCATGCTTTCTCATCTGCGGCGCCCTTTTCACCGTGGGAGCGGTGC | |
| droTak1 | scf7180000415088:131807-131874 - | CTT-----------------------------TT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTTTATTTCCAGTAAGGGCTGTCTGCTTATCAGCGGCGTGCTACTTGTGATCTCCGGCATTC | |
| droEug1 | scf7180000409474:2805331-2805383 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGAAAAGCATGCTTTCTCATCTGCGGGGCCCTGTTCACCGTGGGAGCGGTCC | |
| dm3 | chr2R:3972549-3972601 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGAAAGCATGCTTTCTTATCTGCGGCGCCCTGTTCACCGTGGGAGCGGTGC | |
| droSim2 | 2r:4795382-4795434 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGAAAGCATGCTTTCTCATCTGCGGCGCCCTGTTCACCGTGGGAGCGGTGC | |
| droSec2 | scaffold_1:1616758-1616810 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGAAAGCATGCTTTCTCATCTGCGGCGCCCTGTTCACCGTGGGAGCGGTGC | |
| droYak3 | 2L:16629710-16629772 + | CTT-----------------------------A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCTTTCAGAAAAGCATGCTTTCTCATCTGCGGCGTCCTGTTCACCGTGGGAGCAGTGC | |
| droEre2 | scaffold_4929:18652413-18652480 - | TCC-----------------------------CT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTTCTTTTCAGTAAGGGATGCATGGTGATCAGTAGCATGCTCCTCATTGTTTCCGGCATTC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droMoj3 |
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Generated: 05/17/2015 at 05:07 AM