ID:dvi_6419 |
Coordinate:scaffold_12875:12204740-12204890 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
exon [dvir_GLEANR_5866:6]; CDS [Dvir\GJ20426-cds]; intron [Dvir\GJ20426-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- AAAAAGAGAATGATACCAACTTCGTCTCTGCTGACACCAATAAAGAACAGGTAAGTAATAGTCCGTTATATAGAGCTTTTTTTTAGTATAAGGATTTCTTTGCGTGATCCTCAGTTTGTTGCAAATTAAACATAAGATAGAAAATTCTCCAATTGCATATAACTTTTGCTAAAAGTAACATAAAGGATATTTATAACTGAAAAAACACTTGTGACAGCCCTTCACATATAGAAAAGTGTAAAAAATGTATC **************************************************...............................((((((((((....(((((((.((.......((((...(((((............................)))))...)))).............)).)))))))...))))).)))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
SRR060678 9x140_testes_total |
SRR060685 9xArg_0-2h_embryos_total |
SRR060688 160_ovaries_total |
V053 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................TCTCTGCTGACACCAATAAAGAACAGGT....................................................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............ACCAACTTCGTCTCTGCTG.......................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............TACCAACTTCGTCTCTGCT........................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ........AATGATACCAACTTCGTCTCTGCT........................................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............ATACCAACTTCGTCTCTGCTG.......................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......AGAATGATACCAACTTCGTCTCTGCT........................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................TGCGTGATCGACATTTTGTTG.................................................................................................................................. | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ....................................................................................................TGCGTGATCTTCATTTTGTTC.................................................................................................................................. | 21 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ....................................................................................................TGCGTGGTCGTCATTTTGTTG.................................................................................................................................. | 21 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..............................................................................................................................................................................................................ACTTGTGACGGCCCGTGA........................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TTTTTCTCTTACTATGGTTGAAGCAGAGACGACTGTGGTTATTTCTTGTCCATTCATTATCAGGCAATATATCTCGAAAAAAAATCATATTCCTAAAGAAACGCACTAGGAGTCAAACAACGTTTAATTTGTATTCTATCTTTTAAGAGGTTAACGTATATTGAAAACGATTTTCATTGTATTTCCTATAAATATTGACTTTTTTGTGAACACTGTCGGGAAGTGTATATCTTTTCACATTTTTTACATAG
**************************************************...............................((((((((((....(((((((.((.......((((...(((((............................)))))...)))).............)).)))))))...))))).)))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
V053 head |
M047 female body |
SRR060680 9xArg_testes_total |
SRR060681 Argx9_testes_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
SRR1106729 mixed whole adult body |
SRR060660 Argentina_ovaries_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....................................................TCATGATCAGGCGATGTA.................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 12 | 0.33 | 4 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................TCATTGTATTTCATGTAAAT.......................................................... | 20 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .TTCGCTCTTAGTATGGTTGA...................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AAAAAATCATAATTCTAAAG......................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................TAGGAGTGAAACAAAGTT............................................................................................................................... | 18 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........CTATGGTTGAAGCAA................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................TTTTGTGAACACTGTGGGTT.............................. | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:12204690-12204940 - | dvi_6419 | AAAAAGAGAATGATACCAACTTCGTCTCTGCTGACACCAATAAAGAACAGGTAAGTAATAGTCCGTTATATAGAGCTTTTTTTTAGTATAAGGATTTCTTTGCGTGATCCTCAGTTTGTTGCAAATTAAACATAAGATAGAAAATTCTCCAATTGCATATAACTTTTGCTAAAAGTAACATAAAGGATATTTATAACTGAAAAAACACTTGTGACAGCCCTTCACATATAGAAAAGTGTAAAAAATGTATC |
| droMoj3 | scaffold_6496:14656477-14656534 + | ACAAGGAAATTGATACTAATTTCGTCAGTGCTGATAACAATAAAGAGCAGGTGAGCAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15245:12006335-12006396 + | AAAAAGTTAATAACACACTACTGATCAATGCTGACACAAATAAAGAGCAAGTGAGTAAGAAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004513:4968708-4968725 + | AAAAAATAGAAGATACCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 3:7668250-7668251 + | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_2:7868096-7868097 + | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13266:14424950-14424950 - | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396428:412065-412078 + | AGCCAGCGACCGAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302355:571261-571261 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491214:5096817-5096818 - | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000777386:7541-7542 + | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302143:512822-512823 + | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415666:35516-35516 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409464:350136-350136 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chr2R:19976367-19976367 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 2r:20477058-20477075 + | AGCCAGCAGCTGATTCTA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_5:231766-231766 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | 2R:19955119-19955144 + | AGCCTGCTGCCGATTCCG------CATCAGTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4845:21351579-21351579 + | A---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEug1 |
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| dm3 |
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droYak3 |
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| droEre2 |
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Generated: 05/17/2015 at 04:34 AM