ID:dvi_6087 |
Coordinate:scaffold_12875:11193760-11193995 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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CDS [Dvir\GJ20520-cds]; CDS [Dvir\GJ20520-cds]; exon [dvir_GLEANR_5954:5]; exon [dvir_GLEANR_5954:4]; intron [Dvir\GJ20520-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## CGCGTACTCCCAAACGGGCGCCTGCTTTGCAAGCTATGACCGGATCAGAGGTTGGTGTCGGCCGGGCTTATCTGTATTATATGTACCTTTGCAGATATCATTCACGTTCGATATATTTTGATATTTTCGTATCCAATTGTATATTTATCGCAAGTGAAAGGTTTAAACTTTGTAGAACCTTTCGATTAAAATCATATATATCTTGTTAATGTGTCTGCATTGGTATTACAAACTTTTTTAATAATCGTTTTGTACACTAACCGCATGTTTTTGTGTCCTCGCTTAGACGCCTAATCTATCGCATGCCAAAGCTCCAAAGTTGCGCGTGCTCTTCCA **************************************************(((((((((((.(((..(((............(((((..((((((((.((((.(((...(((((((..((((..............((((.........)))).((((((((((..........))))))))))......)))).))))))).))).))))))))))))..)))))............)))...)))..))).))))))))((((......))))...........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............GAGCACCTGCTTTGCAAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 3 | 4.33 | 13 | 5 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............AGAGCACCTGCTTTGCAAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 9 | 1.22 | 11 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTAATCTATCGCATGCCAAAGCTACA.................... | 28 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................AAGCTATGACCGGAGCAGAGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GCTTTGCAAGCTATGACCGGATCAGAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GCTTTGCAAGCTATGACCGGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................TCAGAGGTTGGTGTCGGCCGGGTTTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............GAGCACCTGCTTTGCAAGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 14 | 0.93 | 13 | 7 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............AGAGCGCCTGCTTTGCACG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.60 | 12 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................................GTACGGTTTAAACTTTGT................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.40 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............AGAGCGCCTGCTTTGCACGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 11 | 0.36 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................GCACCTGCTTTGCAAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................ATCAGAGGTTATTGTGGGCC................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................TATGGCGGGGTCAGAGGTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCGAAGTTAAGCGTGCT...... | 19 | 3 | 11 | 0.27 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................TGTAAGGTTTAAACTTCG.................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............AGAGCGCCTGCTTTGCAAGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............GAGCGCCTGCTTTGCACG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................GTAAGGTTTAAACTTTGA................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................ATTACGTATCCAATTGTGTA................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..........................................................................................................................................................TGAAAGGTTTAACCTTAGA................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................CGGACGGTTTAAACTTTGT................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................GCTTCAGAGGTAGGTGTC..................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................GCACGGTTTAAACTTCGT................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
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**************************************************(((((((((((.(((..(((............(((((..((((((((.((((.(((...(((((((..((((..............((((.........)))).((((((((((..........))))))))))......)))).))))))).))).))))))))))))..)))))............)))...)))..))).))))))))((((......))))...........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .............................................................GGCCCGAATAGACATAACGT............................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................ATAATGGTTGAAAAAATTGT............................................................................................. | 20 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................CGGAGGAAACGTGGGATACT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................GCCGAAACCACAATGTTTG....................................................................................................... | 19 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12875:11193710-11194045 - | dvi_6087 | CGCGTACTCCCAAACGGGCGC------CTGCTTTGCAAGCTATGACCGGATCAGAGGTTGGTGTCGGC---CGGGCTTATCTGTATTATATGTACCTTTGCAGATATCATTCACGTTCGATATATTTTGATATTTTCGTATCCAATTGTATATTTATCGCAAGTGAAAGGTTTAAACTTTGTAGAACCTTTCGATTAAAATCATATA------------------------------------TATCTTGTT--AA--TGT--GTCTGCATTGGTATTA-------------------CAAACTTTTTTAATAAT--CGT-T---TTGTACACTAACCGCATGTTTTTGT---G--TCC------------TCG--CTTAGACGCCTAATCTATCGCATGCCAAAGCTCCAAAGTTGCGCGTGCTCTTCCA |
| droMoj3 | scaffold_6496:15738350-15738611 + | CACGTACTCCAAAACGTGC---AC---CTGGCTTGCAGCCCTTGCGCGGATCTGAGGTGGGTGATGGCTGTCGGGTTGGTGTTTATTTTATATGTCTATGCGC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTAAC-----------------------AATTGC--TTAAATATTTTTGTGAGCAATATCCTTTGTGCTAACTGCATGAATTAC---GTTTATTCACAAT--CGT-T---TTGTGCACTAATCGCATGTGTATTT---GT-TTT------------TCG--CTCAGACGCCCAATCTAACGCATGCCAAAACTCCGAAGTTGCGTGTGCTGTTCCA | |
| droGri2 | scaffold_15245:13543939-13544107 + | TGA--A-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCATAAA------------------------------------TTTCGTTTTTAAATATAC--ATCTGCAAGAGTATTAATAC-ATCGGCACGC----CGATCG-TATCCAATTT--C-----GTTTCTGAACTAACCGCATGTTGTTTG------------TGTCC-CTTT-G--CGCAGACGCCAAATCTATCGCATGTGAAGGCGCCAAAGTTGCGCGTGCTATTCCA | |
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| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Generated: 05/19/2015 at 01:47 PM