ID:dvi_4856 |
Coordinate:scaffold_12875:1381312-1381462 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -5.4 | -5.4 | -5.4 |
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CDS [Dvir\GJ21083-cds]; exon [dvir_GLEANR_6472:13]; intron [Dvir\GJ21083-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| AT_rich | Low_complexity | Low_complexity | + |
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TAGCTTAAAGTTTTTTTTTTTGTTATGATCCTTTCTGGTTTTTGGTTTGAATTCCTCACTGTTGTTTGTACATACTCTGATTTGATAGTTTGTTTTTATAATTTTTTTTTTTTAATTAATTTGATTTATGTTTATTTTTATTCCTTCTACACACAAACACGCCAATTTTTTTTTTTTTGCTCATTTCACCCACTGACACAGCTACAAAACATTCCAATCGGTAACTCAAATACCAACACGCCAACACCAGC **************************************************...........((((.((((........((..(((..((..(((....(((((..........)))))....)))..))..)))..)).........)))).)))).............................................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
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| ..................................................................................................................................................................................................................................CAAATACCAACACGCCAACAC.... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................TATTGCACATTTCACCCCCTGA....................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................AATCCTCACTGTTGTATGT...................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................GTTCTGATCATTTCTGGT.................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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|
ATCGAATTTCAAAAAAAAAAACAATACTAGGAAAGACCAAAAACCAAACTTAAGGAGTGACAACAAACATGTATGAGACTAAACTATCAAACAAAAATATTAAAAAAAAAAAATTAATTAAACTAAATACAAATAAAAATAAGGAAGATGTGTGTTTGTGCGGTTAAAAAAAAAAAAACGAGTAAAGTGGGTGACTGTGTCGATGTTTTGTAAGGTTAGCCATTGAGTTTATGGTTGTGCGGTTGTGGTCG
**************************************************...........((((.((((........((..(((..((..(((....(((((..........)))))....)))..))..)))..)).........)))).)))).............................................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V116 male body |
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SRR060655 9x160_testes_total |
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V053 head |
V047 embryo |
M047 female body |
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SRR060679 140x9_testes_total |
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| .........................................................................................................................................................................................AGTGGGTGACTGTGTCGGTGT............................................. | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................................................................................................................CTGTGTCGATGTGTTTGAAGGT................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................................................................................................................................................................................................ACGGTAGCCATTGAGTTGA.................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................AGACTAAACTATCAATTAA............................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................ACTGGAAGATGTGTGTTTG............................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_12875:1381262-1381512 - | dvi_4856 | TAGCT---TAAAGTTTTTT------------------TTTTT---------------GTTAT----------------------------------------------------GATCCTTTCTGGTTTTTGGTTTGAATTCCTCA-----------CTGTTGTTTGTACATA---------CTCTGATTTGATAGTTTGTTTTTATAATT--TTTTT-TTT-------TT---AATTAATTTGATT----------------T-----A----TGT-TTATTTTTA----------TTCCTTCTACA----CAC---AAACACGCCAA--TTTTTTTTTTTTTGCTCATTT----CACCCA-----CTGACACAGCTACAAAACATTCCAATCGGTAACTCAAATACCAACACG------------CC------------AACA---------------------CCAGC |
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| droGri2 | scaffold_15245:9612338-9612582 + | TAAAA---CAAAGCTT--------------------------TATTT---------------TTTTGGT--TTA------TCG----------------------------T-------------------AAATTCAAATCCCTAATATCTAGTAT-----ATTTGTATATATGAATATTTTATTTATTTT-------------ATACTTCATCTTT-TTT-------TA---AATTAATTTGT----------------TTT---------ACAT-TTATTTTTA----------TTTCTCCCACA----TAC---ACACACA--TATATGTTTTTTTTTTTACTTATT--------TCACCCATTCGACACAGCTACAAAACATTCCAATCAGTAACCCAAACACGACCACG------------CC------------CATA---------------------CCAGC | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:3438453-3438598 - | TTGTT---AAA-AATTTGT---------------------------------TAAGTGATTTGTTTTTC--TTT------TCG-----------------TT--T---GTTTGTTTCT-TTTTTG-----------------TTTG-------------TTT-GTCATTTTG----------------------------TTTTTTTAGTT--GTTTT-TTTTTTGTTT-----------TTTGTTT----------------T-----T---TGTTTTGTTTTTTT----------TT------TTT------------------------TTTTTTTTTGTTACT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTT | |
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| droAna3 | scaffold_12916:8305225-8305447 - | TTCTT---TAT-ATTTTAG------------------AGTCT---------------ATTCT----GACTCTTGCAATCCTTATTTAAACGCATTTGTTAAATATT--ATCT-------------------GTTTTTA------AG----TTACTCCC-TTT-GTTGT------------------------------------TTCGATT--GTTAT-T-TATTGATTCC---GATTA---TCAGTT-TTCTTAATTTGATTG-----AGTTTTATTTTAATTCTA----------TTCTCC----C---------A-----CC--GT-----------------A--------TGACGCTC----CCCACACAGCTCCAAA----------------------CAG-----CG------------CCACCGTCTCATCAAC------------------------CGCC | |
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| droEle1 | scf7180000491107:378069-378293 + | TGCTT---G------------------------------------------------------------------------------AACGCTTTCGTTGACCTT---GTTT-------------------GATTTCAGTTCCCCC-------------TTA-GTTGTGTTA---------------------------------------------TCT-TTTTGATTCC---GCTTAATTTGGTTTAATTTTAATTTAATTT-----TGTTTCATTTCACTTCTA----------TTCCCCCCACG----ATA---CCACACG--AC-----------------A--------TGACGCACCCACACAACACAGCTCCACAACATTCCAAGCACGCCCACGG------CCACG------------CCTCTTTCCCTGCCCCCACTCCCGCT-------------TCCGC | |
| droRho1 | scf7180000777251:244916-245107 + | TTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGTGTTA---------------------------------------------TCT-TTTTGATTCC---GCTTAATTTGATTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCATTTCACTTTTA----------TCTCCC----C---------ACCTCACG--AC-----------------C--------CGATGCACC---CACACACAGCTCCACAACATTCCAAGCACCCCCACGCCCACGGCCACG------------CCCCTTTCCCTGCCCCCACTCCCGCTGCCGCCCCCAATTCCAGC | |
| droBia1 | scf7180000301754:3236855-3237096 + | TTTCT---GGT-TTCTGGTCATGATCCCACACAAATC----------CCAC-----------------------------TTGCTTGAGCGCTTTCGTTGGCCTT---GTTT-------------------GAATTCG-TTTCCCC-------------TTT-GCC--GTTA---------------------------------------------TTA-TTTCAATTCC---GCCTAATTTGATTTCGTTTTAATTTAATTC-----TGTTTCATTTCACGTCTA----------TTCCCC----C---------A-----TC--GC-----------------C--------CAATGCA-----CCCACACAGCTCCACAACATTCCAAGCACGCCCTCGACCTCGTCCACG------------CCCCTGTCCCTGCCCCCGC---------------------CCAC | |
| droTak1 | scf7180000415805:589974-590164 + | TTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGTGTTA---------------------------------------------TCT-TTTCGATTCC---GCTTAATTTGATTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCATTTCACGTCTATTCCCGTCTTTTCC----CCCCACAC--------------AC-----------------A--------TCATGCACC-A-TCCACACAGCTCCACAACATTCCAAGCACGCCCAGGG------TCACG------------CCCCTTTCCCTGCCCCCACCCACTCTGCCGCCCCCGAT---TGC | |
| droEug1 | scf7180000409464:1014972-1015162 - | TGGTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-------------------GATTTTGGTTTCCTC-------------TTT-GTTGGGTTA---------------------------------------------TCT-TTCCGATTCC---GCTTAATTTAATTTTATTTTAATTTATTTT-----TATTTAATTTCACTTCTA----------TTTCCA----C---------A-----CG--AC-----------------A--------CAACGCA-----CCCACACAGCTCCACAACATTCCAAGCACGACCACGG------CCACG------------CCCCAGTCCCTGCCCCCCGTCACTCTACCGC---------CCCC | |
| dm3 | chr2R:20657521-20657688 - | TTGTT---G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------TG-TTTT------------------------------------------------T---------------------------------------------TTT-TTTCGATTTC---GCTTAATTTGAATTCGTTTTAATTTATTTT-----TGTTTCAT-TCACTTCTA----------TTCCCCCCCC----------------CG--AC-----------------A--------CAACGCA-----TATACGCAGCTCCACCACATTCCAAGCGCACCCTCGCCCTCGGCCACT------------GCACTGTCCCCGCTCCCACC-------------------CACGC | |
| droSim2 | 2r:21119891-21120126 - | dsi_17987 | AATT-------------------------------------------CCTCGTGGCT-------------------------GCTTGAACGCTTTTGTTGACCCTGATGATT-------------------GATTTCGGTTTCCCC-------------TTT-GTTGTGTTA---------------------------------------------TCT-TTTCGATTCC---GCTTAATTTGAGTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCAT-TCACTTCTA----------TTCCCC----C---------------CG--AC-----------------A--------CAACGCA-----TCTACACAGCTCCACAACATTCCAAGCGCACCCACGCCCACGGCCACT------------GCACTGTCCCTTCCCCCACCCACGCTGCCGCCCCCCAT------ |
| droSec2 | scaffold_23:514187-514414 - | AATT-------------------------------------------CCTCTTGGCT-------------------------GCTTGAACGCTTTTTTTGACCCTGATGATT-------------------GATTTCGGTTTCCCC-------------TTT-GTTGTGTTA---------------------------------------------TCT-TTTCGATTCC---GCTTAATTTGAGTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCAT-TCACTTCTA----------TTCCCC----C---------C-----CG--AC-----------------A--------CAACGCA-----TCTACGCAGCTCCACAACATTCCAAGCGCACCCACGCCCACGCCCACGGCC------ACTGCACTGTCTCTGCCCCCAC---------------------CCAC | |
| droYak3 | 2R:20617008-20617163 - | TTGT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGTG-------------------------------------------------CT-TTTTGATTCC---GCTTTATTTAAGTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCAT-TCACTTCTA----------TTCCCC----C----------------C--AC-----------------A--------CAACACA-----ACCACGCAGCTCCACAACATTCCAAGCACACCCACACCCACGGCCACT------------GCACTGTCCCTGCCCCCAC---------------------CAGC | |
| droEre2 | scaffold_4845:22019604-22019762 - | TTGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-------------------------------------------------CT-TTTTGATTCC---GCTTAATTTGAGTTCGTTTTAATTTAATTT-----TGTTTCAT-TCACTTCTT----------TTCCCC----C----------------G--AC-----------------A--------CAACACC-----ACCACGCAGCTCCACAACATTCCAAGCACACCCACGCCCACGCCCACGGCC------ACTGCTCTGTCCCTGCCCCCAC---------------------CCAC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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