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No Repeatable elements found
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| ...................................................................................................................................................................................GAAAATCTACAGGAAGGA...................................................... | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................GAAAACCCACAGGAAGGA...................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................ACCGAAGAAGCGGAGCCTGA.............................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................GAGAAAATCCACAGGAAGGA...................................................... | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................................................................................................................ACAGCAGTTGGACGTAAA........... | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................AAGCAAAAGGAAGGAGAGAG................................................. | 20 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................ACGGATGACCATGACCCC............................................................................................................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| ..............................................................................................................................................................AAGTAAAAAAAGAAAGCAA.......................................................................... | 19 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................GGAGACGGCATTGGGAGGT.............. | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............TATGAGACTGTCATATGCC......................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
CCGCATGACGTTTAGATACTCTGAAACTAGACGGGCTGCTTTCAGTGGCTCGTAAGGTGGCTTCTTCTCCTCGCCCTTGCGTACGACTCGCTTTGCCTACTGATACTGGAACCCGGGCTCCTGTTCTCGGGGTCGCTCAGGTCGCTATACCGTCTCTTTTCATTTTTCTCTTTCGTTTTCTTTTCGTTGTCCTTCCTGTCTCATTTTGTTTTTCTATTCCTCTGTCGTAATCCTGCATTTGTGTCGGCTAG
**************************************************...((((.((........)).(((....))).(((((.((.....((....((.((.(((((....))))).))))....)).....)).)))))............................((.........))....)))).......************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
GSM1528803 follicle cells |
M047 female body |
V047 embryo |
M027 male body |
M028 head |
SRR060679 140x9_testes_total |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ................................TGCCTGCTTTCAGTGGCT......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................GCCGCTCGTAAGATGGCTT............................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................GGCTGCTTCCAGTCTCTCG....................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................TGGCCTAGTGATTCTGGA............................................................................................................................................. | 18 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................TTTTGTTTTCGATGTCCTACC....................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...................................CTGCTTTCAGTGGATAATA..................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................TCCTGGCCCTTGCATAAG...................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12855:1053762-1054012 - | dvi_3344 | GGCGTACTGCAAATCTATGAGACTTTGATC-TGCCCGACGAAAG---------TCACCGAGCAT-TCCACCG--------------------------------AAGAAGAGGAGCGGGAACGCA------------TGCTGA---GCG-----------------------------------AAAC---------------------------------------GGATGACTATGACCTTGGGCCCGAGGACAAGAGCCCCAGCGAGTCCA---------------------------------------GCG-ATATGG-CAGAGAAAAGTAAAAAGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAAAGCAAAAGAAAAGCAACAGGA-------------------------------------------------AGGACAGAGTAAAACAAAAAGATAAGGAGACAGCATTA------------GGACGTAAACACAGCCGATC-------- |
| droMoj3 | scaffold_6540:26813429-26813670 - | GGTGTCCTGCAAGTCTATGAGGCACTGACC-TGCCCTACTTCTG---------CAGACGATCGC-TCCTCGC--------------------------------AGGAGGACGAGCAATTGCCGG------------A---CTTAGGCG-----------------------------------ACTT---------------------------------------GAAGGACTACGAAACTCTGCCCGAAGAAGAG------------GCGC---------------------------------------ACG-ACTCGG-CGGATAAAAGCAAAAAGC----CTAACAATAAAAGCAATAAGA------ATAGCAATGTCAGAGGCCAAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------TA----------------------------------------------------G------------AACGAAGAACACGCCGGCA------------AGGCGCAAACAGACCCGCAC-------- | |
| droGri2 | scaffold_14624:3634962-3635263 - | GGCATTCTACAGATCTATGAGGCCCTGATTCTGCCCAATAAAAG---------GAAATTAACACAT--TCGC--------------------------------CGTCGGACGAAGAGGTGCCGGAACAGGAGACCGTGTGCAAAACTG-----------------------------------AGAG---------------------------------------TAATGATTATGATTTGTTACCCGAAGACATGAGTATGACCGGGAATAGGGATCAGGGT-------------------------------CCGAA----------------------------------------------------------------------------------------------------GCTTGGCCCCAAAG-------------------------------ACACTAAAAACAAAGACAAGAACAAGAACAAGGACAAAGACAAGGACAAAGACAAGGACAAAGATATGGACAAGCTCAAGGAGAAGAACGATAAG------------A--------------AA-CAAGAATCCAAAG----------------AATC-------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004921:376514-376763 - | GGCATTTTGCAGGTTTCTGAATCTCTTGGT-GGCCCCAAAAAAG---------CAACAAATACA-TCCAAAA--------------------------------AGGAAGATCAAGAGCCGCAAA------------TGAGTAAAGAAG-----------------------------------ACTC---------------------------------------CAAGGATTATCAAATGTCTCTTGAAGACATG-----------------------------------------AACACTGAAGGCGAGAA-ATGTGCACCGAAAAAA--------------------------------------------------------------------------------------------------GTTACAGAGAGCCGCAAGCAGAGTCGTTCGCCCAAGCAGAGCAA-----------------------------------------------------------------------------AAAACACAT------------A--------------AA-AAGTGATTATCTGGGAGATGGTCAGAAA-CTAT-------- | |
| dp5 | 2:9739911-9740110 - | GGCGTCCTGCAGGTCTACGAGATGCTCAAG-A----------------------------------------TCGAAGACCAGGGCAAAGCGAAACAGCCTGTAGGCGAGGGC----------------------------------------GAGGGCGAGGAGGAGCAG---T---------------------------GTTTCAGAGGCTATCAGCAAACAAC-----------------------------------------------------------GGATGATGTCACGGACACCGGAAGA--------------------------------------------------------------GTGGCAGTCGCAGGAGCTGGGGCCGGGACAG----------------------------GAGACAACTGCCGCAAGCAGAGTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATC-------- | |
| droPer2 | scaffold_0:10739064-10739269 + | GGCGTCCTGCAGGTCTACGAGATGCTCAAG-A----------------------------------------TCGAAGACCAGGGCAAAGCGAAACAGCCTGTAGGCGAGGGC------------------------------------GAGGGCGAGTGCG-AGGAGGAG---C--------------AGT----------GTTTCAGAGGCTATCAGCAAACAAC-----------------------------------------------------------GGATGATGTCACGGACACCGGAAGA--------------------------------------------------------------GTGGCAGTCGCAGGAGCTGGGGCTGGGACAG----------------------------GAGACAACTGCCGCAAGCAGAGTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTC-------- | |
| droAna3 | scaffold_13340:19629783-19630081 - | GGTATCCTACAGATCGAACAGACCATCTTG-AGTCAGAAGCAGC---------CGGAAGAGAAG-TGTGAGA--------------------------------AGGAAGAGGAGGAGAAGCGTG------------CGAAGGAGGAA-GAGGAGAAGTGT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAGAAGG-CAGACAATGCAGAAAGGACCGAGTACACAGAAAAGACAGAGGAGGAGAAGTGTGAGACAGAGGAGCCGGAGATGAACGAGGAGGAGATT-GA-----TTCCGCGCCCAGGGAGGACACTCGCAAGCTGAGTCGCTCTGCCAACCACTGGAAGATT---------------GAGGAAAAGCATCCGAAAA-------------------------------------AGGAGCACCAC------------G--------------AC-----------------------------CAAAT-------- | |
| droBip1 | scf7180000396413:2756667-2756930 + | GGTATCTTGCAAATCGAAGCCACCATCGTT-AGTCAGAAGGAGCAAGAGGAACCTGAAG--------------------------------------------------------------------------------------------TGGAGTGTACGACCGAAAAG---G---------------AGTACAATGCA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCA------------------------------------------------GAGCCCGAGACGAAAGAGGCGGAGATG-GA-----TTCCTCGCCCAGTGAGGACTCCCGAAAGCAGAGTCGCTCTGCCAAACACTGGAGGATGGAGGAGAAGCGCGAACAGGAACAGGG-------------------------------------------------AGATAGGTACCATACCCAAGAGTATAGAAGTGGCATCA------------AGGGAGAGGAAGCGTCATTC-------- | |
| droKik1 | scf7180000302705:114521-114694 + | GGAATCCTGCGGATTCAAGAGACCCTGCTG-C----------------------------------------ACCTTG-------------------------------------------------------------------------CAAAAGAGCAGGAGG------------------ACTG---------------------------------------C---------------------------------------------A-----------AAGACGACGATAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGCT---------GCTACGCCGCGGAGACGCGTAAGGTGAGTCGCTCCGCTCGCGCCTGGCAGGAAGATCCAGAACAAAACCAAGAGGAA-------------------------------------------------CAACAGCAG------------G--------------AT-G--T----------------------GGCGCCT-------- | |
| droFic1 | scf7180000453826:654228-654412 - | GGAATCCTGCAGATTGAAGAAAGACTGGTA-A----------------------------------------TGATGA-------------------------------------------------------------------------AGAAGAATCCCGAGGAGGAGAAGGAG-----------CAACCTCCGCTCGA-------------------------T---------------------------------------------A-----------CAGATGAGGATGC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGCTCACCCTCTTCCTCCGGAGAGGATTCCCGCAAGCTCAGTCGCTCTGCAATCCACTGGCAGGAGGCTCCGGACTCCGAACAGGAGC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATC-------- | |
| droEle1 | scf7180000491261:1529295-1529387 + | GGGATCCTCCAGGTCAAGGAGAGACTTTTG-A----------------------------------------TTCAGA-------------------------------------------------------------------------AAAATAGTCGCGAGGAAGAA---TACCAAGAGA-----CGACACCAGCCGA-------------------------C---------------------------------------------A-----------AAAAAGAGGAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droRho1 | scf7180000780007:93283-93304 - | GGGATTCTTCAGGTGCAAGAGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302113:3340988-3341009 + | GGCGTACTGCAGATCCAGGAGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000410579:195689-195710 - | GGGATTCTGCAGGTCCAAGAGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409770:527074-527299 + | GGAGTTCTGCAGATCAAAGAGAGGCTTTTG-A----------------------------------------TTCAGA-------------------------------------------------------------------------AGAAAATTCCGGAGGAAGAG---TCTCGAGAAT--CCCGGGCATTATCCAA-------------------------A---------------------------------------------A-----------AAGATAAGGCGGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGTTTATTCTCCTCATCTAGAAAGGAATCCCGCAAACTAAGTCGTTCTGCTATTAACTGGCAGGAACCTTCAGAATCAGAACATGGGCAG-------------------------------------------------GAGAAACGG------------A--------------AC-GAGTGGCTCACCG----------------GACTGGACACAG | |
| dm3 | chr3R:23060592-23060675 + | GGTATTCTGCAGATTCAGGAGAGGCTGTCG-A----------------------------------------AAGAAG-------------------------------------------------------------------------CGAAGAATGCGGAGGAGGAG---GCC-----------CGGGCGCCAACCAA-------------------------T---------------------------------------------A-----------AGAATGAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 3r:22502357-22502577 + | GGAATACTGCAGATCCAGGAGAGGCTGTCG-A----------------------------------------GAGAGG-------------------------------------------------------------------------CGAAGAGTGCGGAGGAGGAG---GCC-----------CGGGCACCATGCAA-------------------------T---------------------------------------------A-----------AGGATGACGGGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGATCACCACCCTGTCCCAAAGAGGACTCCCGCAAGATGAGTCGCTCCGCCATTCACTGGCAGGAGATGTCGGAACCAGTTCAGGAGCCGGGGCAGGAGT-------------------------------------CAGAGCACCAG------------G--------------AC-GAATGGCTCACCG----------------GATT-------- | |
| droSec2 | scaffold_13:1814914-1815134 + | GGAATACTGCAGATCCAGGAGAGGCTGTCG-A----------------------------------------GAGAGG-------------------------------------------------------------------------CGAAGAGTGCGGAGGAGGAG---GCC-----------CGGGCACCATGCAA-------------------------T---------------------------------------------A-----------AGGATGACGGGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGATCACCACCCTGTCCCAAAGAGGACTCCCGCAAGATGAGTCGCTCCGCCATTCACTGGCAGGAGATGTCGGAACCAGTTCAGGAGCCGGGGCAGGAGT-------------------------------------CAGAGCACCAG------------G--------------AC-GAATGGCTCACCG----------------GATT-------- | |
| droYak3 | 3R:23432283-23432304 - | GGGATTCTGCAGATCCAGGAGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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