ID:dvi_3264 |
Coordinate:scaffold_12855:310893-311043 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
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exon [dvir_GLEANR_10510:2]; CDS [Dvir\GJ10598-cds]; intron [Dvir\GJ10598-in]; intron [Dvir\GJ10598-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------####################------------------------------ CTCCCAATATTACTGCCAGTATTCAACATTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTCAGCCCTGCGTTACGTTAATTGTGGCAGCAACATTTAACGAGATCACACTTTTCCGTCAACGGTAGCAGCGTCAACGGGAGTCAATCACAGCAGTGGCGTCCAGCCAAACCCATATTGTTGCGCCGATAGCGGCGAGTGTTTCCCCCTCCAGCATCAGCTCCCAACCACCAGGTAAGCACTCGCCCCATTCCATCATAAGAA **************************************************............((((((.(((.......))).)))))).((..((((((((((((..(((.......)))..))))))).......((((((((((.....))))........))))))(((((....)))))))))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060679 140x9_testes_total |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................................................................GAATCAATCACAGCAGTTG......................................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TCTCTCTCTCTCTCTCTTTTCAGT...................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................ATCCGACAACGGTACCAGC.................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| ...............................................................................................................................................................CCAGATTGTAGCGCAGATAG........................................................................ | 20 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................CATCACGGTAGTGGCGTC..................................................................................................... | 18 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................CAGCCCTTCGTTATGGTAA....................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................TTTCCCTCAACGCCAGCAGC.................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
GAGGGTTATAATGACGGTCATAAGTTGTAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGTCGGGACGCAATGCAATTAACACCGTCGTTGTAAATTGCTCTAGTGTGAAAAGGCAGTTGCCATCGTCGCAGTTGCCCTCAGTTAGTGTCGTCACCGCAGGTCGGTTTGGGTATAACAACGCGGCTATCGCCGCTCACAAAGGGGGAGGTCGTAGTCGAGGGTTGGTGGTCCATTCGTGAGCGGGGTAAGGTAGTATTCTT
**************************************************............((((((.(((.......))).)))))).((..((((((((((((..(((.......)))..))))))).......((((((((((.....))))........))))))(((((....)))))))))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060655 9x160_testes_total |
V053 head |
M027 male body |
M028 head |
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M061 embryo |
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V047 embryo |
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SRR060666 160_males_carcasses_total |
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SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR1106715 embryo_4-6h |
V116 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..............TGGTCAAAAGTTGTAAGAGAGT....................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................TTTCGTGAGCGGGGTAGGGT......... | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................TGGTCCATTCGTGAGACGGC............... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................TGGTCCATTGGTGAGAGGGT............... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............GGTCGAAAGTTGTAAGAGAGT....................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................TGGTCGCAGTTGTCTTCAGTT..................................................................................................................... | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................................................................................................................................................................................TGGTCTATTCGTGAGCAGGC............... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CAATTAAACCCGTCATTGTAA....................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................AAAAAAGTCGGGACGGAAT............................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................AGAGAGAGAGAGAGAAAA.......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................TAAAAGTCGGGACGC................................................................................................................................................................................................ | 15 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................CGAGGTTTGGTTGTCCATGC......................... | 20 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................AGTTGTAAGAGATACAGGGA................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................AAAGAGGGAGGTCGTACT............................................. | 18 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................TCCTAGAGGGGGAGGTCGT................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................................................................CCGCTTGTCGGTTTGGGAA........................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ................................................................................................................................................CCGCTGGTCGGGTTGGGAA........................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................GAAGGTTGGTGGTCTATTT......................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................AGGGTTGGGGGTCCACTA......................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_12855:310843-311093 + | dvi_3264 | --------CTCC--CA----------------ATATT-ACTGCCAGTATTCAACATTCT-----------------------C--TCTCTCTCT-CTCTTTTCAGCCCTGCGTTACGTTA-------------------ATTGTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCAGC--AACATTTA------------------ACGAGATCAC-----AC----------TT-TTCCGTCAA-CGGT--------AGCA-----------------GCGTCA-ACGGGAGTCAATCACAGCAGTGGCGTCCAGCCAAACCCATATTGTTGCGCCGATAGCGGCGAGTGTTTCCCCCTCCAGCATCAGCTCCCAACCACCAGGTAAGCACTCGCCCCATTCCATCATAAGAA |
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| droGri2 | scaffold_14906:12936989-12937213 - | --------CTCA--CT----------------AAT--------TTCT----TCTCTCTCTCTCTCACACACACACACTCTCTCTCTCTCTC----TCTCT---TGCAGCAATCTACCATT-------------------G----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAA----CCATTCACAATTTGAAGA-GTA---------------------------TCAA-CGGTAGCAGCGTT-------------------------A-CTTGTAGCAAATCTCAGAAGTGGCGTCCAGCCAAACTCATATTGTTGCGCCGATAGCGGCGAGTATATCCCCTTCCAGCGTCAATTCCCAGCCACCAGGTAAGCAC---------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:4804792-4805021 + | --------ACAA--CT----------------A----------------------------------------------TTTTCACTCCTTTTCATATTT---TGCAGATTGAA----TGAGATAGAACATTT----AGGACAAG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGAATTTCAAGAAGAA-----------------------GTAGCTGCAACTTGGGCGATTCCA-ATTCAGCAAAC--------AGGTGCA-----------------ACAGCA-AAGGACATAAATTTCAGCAGTGGCGTCCAGCCAATCCCATCTAGTTGCGCCGACAGCGGCGAGTGTCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCACAAGGTAAGC------------------------ | |
| dp5 | 2:17755070-17755191 - | --------CA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACA-----GCAGCAGCAGCA-GCAGCAGCAGAATGCTGTGGTCACATCTGGGCAGGCCCAAATTGTGGCGCCGAGCACGGCGAGCGTTTCTCCCTCCAGTGTTAGTTCCCAGAAGGAAGGTGAGCA----------------------- | |
| droPer2 | scaffold_0:11610336-11610457 - | --------CA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCA-----GCAGCAGCAGCA-GCAGCAGCAGAATGCTGTGGTCACATCTGGGCAGGCCCAAATTGTGGCGCCGAGCACGGCGAGCGTTTCTCCCTCCAGTGTTAGTTCCCAGAAGGAAGGTGAGCA----------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13340:7137308-7137529 + | --------CTTT--CG----------------AAG--------TTCTGGCTTACTTAGTC---------------GCTTTTTCTGTATCTT----TTTCT---TGCAGT------CTCTG-------------------AAGTCG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGAAT--CCAGCGGA-----------------------GTAGCCTCATCC----------T-------------------------GAGAACCCACAACCTGAGCCTCTTCC-CCAGTAAAAACTCCCAGCAGTGGCGTCCGGACAAAGCCACCTTATTGCGCCGACAGCGGCGAGCATTTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTGAGTA----------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396708:1717607-1717839 - | --------CTTT--CG----------------AAG--------TTCAGGCTTACTTAGTC---------------GCTTTTTCTGTATCTT----TTTCT---TGCAGC------CTCTG-------------------AAGTCG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGAAT--CCAGCGGA-----------------------GTAGCCTCATCC----------T-------------------------GAGAACCCACAACCTGAGCCTCAGCC-CCAACAAAAACTCCCAGCAGTGGCGTCCAGCCAAAGCCACCTTGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATTTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTGAGTCTG-AATTCCATC----------- | |
| droKik1 | scf7180000302313:240172-240390 - | --------CTT-------------------------------GCT-TGAACTCATCACCC---------------GACTCT----TGTCTT----CTTTT---TTCAGCA-------CTG-----------------AGGAACTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGCAT--CAGGTGGC-----------------------GCAAA--CATCC----------AG-TTCCAGC------------------------T-----CCAAGCTCCTCCAACGTCAGCAACCCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCACAGCCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTACAGGTAAGGTATCAATCCATTC----------- | |
| droFic1 | scf7180000452523:210578-210689 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCACCGCCCCCACCAACAACTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTAA-------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000486474:1822275-1822511 - | CCC-----TTAT--TG----------------ATGGTGGCTTGCAGTGGCTTACTTTCTA---------------ACTTTTTCCGTATCTT------CTT---TGCAGTAC------TTG-------------------GAACCG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGAGT--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CAAATTCAGCAG----------CGGT--TGCCCCA-----CCGAGCACCGCC-CCAGCAACAACACTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCAACACGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATTTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTAAG------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000780008:2919-3029 - | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGATCAACTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCCTTGCGCCGACAGCGGCAAGCACTTCTCCCTCCAGTGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTAAGCTAT----------------AAGTC | |
| droBia1 | scf7180000299102:708249-708495 - | AACCGAGTTTAT--TG----------------TAGGC-CCTTGTTGTGATTTACTTACCA---------------AGTTTTTCTGTATCTT-----TTCT---TGCAGTATTCTACGCTG-------------------GCATTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--TCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CGACTTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCGCC-CCAGCGAAAACTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGTATCTCTCC---CAGCATCAGTTCCCATCCTCCAGGTGAG------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415377:403744-403977 + | --------TCGT--TGCAATTGACCGTTATTGATGG---------------------------------------------GCTGTATCTCTTTCTGTTT---TGCAGTATTCGATCCAG-------------------GAAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CGAATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCGCC-CCGGCAACAACTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTCCAGGTAAG------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409804:186097-186334 - | --------TTAT--TG----------------ATG-------------TTTTAGTTTTCA---------------ACTTTTTCTGTATCTTTTC-TTCTT---TGCAGTTCTTAACTCTG-------------------GAAGCA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--TCGGTGGA-----------------------GTAGATCCCTCC----------CAGATTCAGCAGCA---AG---CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCGTT-CTAGCAACAACAATCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACCGCGGCGAGCATCTCTCCCACCAGCGTTGGTTCCCATCCTACAGGTAAG------------------------- | |
| dm3 | chr3R:12761643-12761879 - | --------TG-------------------------GC-CCTTGCTGTGGTTTACTTACCA---------------AG--TTTCTGCATCTTTTT-TTTTT---TGCAGAACGCGTCACTG-------------------GAAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAAA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CC-ATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCACC-CCAGCAACAAATCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATTTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCCACAGGTAAGC------------------------ | |
| droSim2 | 3r:8494808-8495048 + | --------TTAT--TG----------------ATGGC-CCTTGCTGTGGTTTACTTACCA---------------AG--TTTCTGCATCTT----TTTTT---TGCAGTACGCGTCACTG-------------------GAAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CC-ATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCACC-CCAGCAACAAATCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCCACAGGTAAGC------------------------ | |
| droSec2 | scaffold_12:1393489-1393728 + | --------TTAT--TG----------------ATGGC-CCTTGCTGTGGTTTACTTACCA---------------AG--TTTCTGCACCTT-----TTTT---TGCAGTACGCGTCACTG-------------------GAAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CC-ATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCACC-CCAGCAACAAATCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCCACAGGTAAGC------------------------ | |
| droYak3 | 3R:11626376-11626615 + | --------TTAT--TG----------------ATGGC-CCTTGCTGTGGTTTACTTACCA---------------AG-TTTTCTGCATCTT------TTT---TGCAGTACGCGGCACTG-------------------GAAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CC-ATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCACC-CCAGCAACAATTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTACAGGTAAGC------------------------ | |
| droEre2 | scaffold_4770:8870887-8871125 + | --------TTAT--TG----------------ATGGC-CATTGCCGTGGTTTACTTACCA---------------AG-TTTTCTGCATCTT-------TT---TGCAGTACGCAGCACTG-------------------GCAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGA--CCGGTGGA-----------------------GTAGATCCATCC----------CC-ATTCAGCAG----------CGGTGCAGACCCA-----CCAAGCACCACC-CTAGCATCAATTCTCAGCGGTGGCGTCCGGCCAAAACCACCTCGTTGCGCCGACAGCGGCGAGCATCTCTCCCTCCAGCGTCAGTTCCCATCCTACAGGTAAGC------------------------ |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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