ID:dvi_2556 | 
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		Confidence:Candidate | 
		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read | 
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CDS [Dvir\GJ14260-cds]; exon [dvir_GLEANR_14217:2]; exon [dvir_GLEANR_14217:1]; CDS [Dvir\GJ14260-cds]; intron [Dvir\GJ14260-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################-----------------------------------------------------------------------################################################## GCTCAGCGTGGAGCAGATAGCCAAGCTGCTAGACAACTGGACAACCGAAGGTAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGATGGCCTCAATTTCCGCAGCCACAATTAATGCTTCCATTCGCTTTCAGCTCGCGGCAAGCAGCACAAGCAGAAGAAGCTGCTAAAGATGCTTTACCCG **************************************************..((((......((((........((((.............)))).......)))).......))))....**************************************************  | 
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	V116 male body  | 
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| ......................AAGCTGCTAGAGAATTGGA.................................................................................................................................. | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................................................................................................................................GAAGCCGGTAAAGATGCT....... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................TATCCAAGCTGCTAGAGA........................................................................................................................................ | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................................AAGCATCACGAGCAGAAGACG..................... | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................ATCCAAGGTAGGCAGCAG.............................................................................................................. | 18 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...........................................ACCCAAGGAAGGCAGCAG.............................................................................................................. | 18 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................................................................ACAAGAAGAAGAAGGTGCT................ | 19 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
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| 
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 **************************************************..((((......((((........((((.............)))).......)))).......))))....**************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head  | 
	V116 male body  | 
	GSM1528803 follicle cells  | 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..................................................................................TCAAGGCGTCGGTGATAAGT..................................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| .........CCTCGTCGATCGGTGCGACGGT............................................................................................................................................ | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........CTCGACTATCGGTGCCACGAT............................................................................................................................................ | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| .........................................CTAGGCTTCCATCCGTCG................................................................................................................ | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........CTCCTCTATCGGTTTGACGGT............................................................................................................................................ | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...................................................................................................GTTCCGAAGGTAAGCGAATG.................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................................................CTTCTTCGAAGACTTCTAC......... | 19 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........CTCGTCGATTGGTGCGACGAT............................................................................................................................................ | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................GTAGGCTTCCTTCCGTCG................................................................................................................ | 18 | 2 | 18 | 0.11 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................TGTTGACCCCGTGGCTTCC........................................................................................................................ | 19 | 3 | 18 | 0.11 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ............................................................................................................................................CGGCTTCTTCTACAATTTCTA.......... | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........TCGTCAATTGGTGCGACGAT............................................................................................................................................ | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...........TGGTCCATTGGTTCGACGAT............................................................................................................................................ | 20 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................CGGCGATAATTAGGAAGGT............................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12822:1744710-1744880 - | dvi_2556 | GCTCAGCGTGGAGCAGATAGCCAA--GCTGCTAGACAAC--TGG-ACAACCGAAGGTAGG---------------------------------------CAG-----C------------------------------------A---GCAGCAG------------------------------------------------------------------CA------GCAGATGGCCTCAATTTCCGC------------AGCCA--------CAATTAATG-CTT------------------------------------------------------------C-----CATTCGCTTTCAGCTCGCGGCAAGCAGCAC------AAG--------CAGAAGAAGCTGCTAAAGATGCTTTA--CCCG | 
| droMoj3 | scaffold_6540:11390723-11390900 + | GCTGAGTGGCCAGCAGTTGAGCCA--GTTGCTGGGCAAT--TGG-TCAGCCGAAGGTAGG---------------------------------------CAG-----C------------------------------------T---GGAGGTG------------------------------------------------------------------CA------GCACTCATCCACA-TCTCATCTGCGCTTTC---GCTCA--------TAATTAACA-TTT------------------------------------------------------------------TCGTTTTGGCTAGCTCGCGGCAAGCATCAC------AAA--------CACAAGAAGCTGATGAAGATGCTCTT--TCCG | |
| droGri2 | scaffold_15112:169484-169633 + | AGTCAACTCAATTC------------------------------------------G------CAGACAATCATTAC----CACACAGCCACCA-CAAG---CACAA------------------------------------CAGCAACAGCAA------------------------------------------------------------------CA------GCAGACAGCTGCAACCACAG--------------------------CA-------G---------------------------------------------------------------------TTGTTGGCGCTACGTTGCAGC----------AACAGC--AGCAG---CAGCAACATATACGCAACGTGCTCGA--ACAG | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:11194100-11194273 - | ACTAAGTGCCGAGCAATTGACCAA--CTTGTTTGGCACC--TGG-GCAACTGAAGGTAAGTAGTCTA----------ATAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTT-------------------------------CT-------------------------------------------------------------------------TTAAAGAGGATAACATATAATTG----------AATTGAATGT-----CGATTTCATTTAGCTCGTGGCAAACATCACCACAAGAAG--------CACAAGAAGCTATTGAAAATGTTATA--TCCC | |
| dp5 | 2:15713263-15713438 - | GCTGAGTGCCGAGGAGATGGGCAA--TATGCTGGATACG--TGG-ATTACGGAAGGTGGGTTGAGTT----------GAGG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGT-------------------------------AC-------------------------------------------------------------------------TCATAGAGATTTCCATGCTCTCAAGTGCTGGATGC----------------TTCTCCACAGGTCGCGGCAAGCATCAGCACAAGA--AGCAG---CAGAAGAAGCTGGCCAAAATGCTGTA--TCCC | |
| droPer2 | scaffold_0:4700759-4700934 + | GTTGAGTGCCGAGGAGATGGGCAA--TATGCTGGATACG--TGG-ATTACCGAAGGTGGGTTGAGTT----------GAGG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATGT-------------------------------AC-------------------------------------------------------------------------TCATAGATATTTCCATGCTCTCAAGTGCTGGATGC----------------TTCTCCACAGGTCGCGGCAAGCATCAGCACAAGA--AGCAG---CAGAAGAAGCTAGCCAAAATGCTGTA--TCCC | |
| droAna3 | scaffold_12929:412263-412397 - | CCTCCAACGGCAGTAGCCAG------AGC---------------------------A------------------------CGGATAGTCATAGTCCGGCGG-----C------------------------------------A---GCAGCAG-----------------------------------------CAG----------------------CA------GCTGTTG----------CAGT------------AGCCGCTGT-----GG-------------------------------------------------------------------------------CAGCCAGTAGCTTTCAAC----------AACAACAG--------CAGCAGCAGCAACAGC---AGCAGCAAC-AGC | |
| droBip1 | scf7180000396543:347214-347315 + | ACAAGAAAACCAACCA----------------------------------------GAAA---------------------------------------C--------------------------------------------AGCAGCAGCAG------------------------------------------------------------------CA------GCAGGCG----------GCGC------------AGCAG---CAG--CAA---CAGGCC---------------------------------------------------------------------GCC-------GCCGCCGCCCAGCAGCAGCACCAGC-----------------------------AACAGCAAC-AGC | |
| droKik1 | scf7180000302234:75525-75624 + | AGGCGGCA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCAGAAG------------------------------------------------------------------CG------GCCGATAGCCTGAGTCTGGGC------------AGCAC---CATCACAAACAGTA-CAG------------------------------------------------------C-----CACTATGGG---------CTC------CATCAGTAGCACGGGG-----------------------------AGCAGCG--CCAG | |
| droFic1 | scf7180000453912:1687345-1687477 - | CAGCAGCAG-GAGCAGCAACGC-------------------------------------------------------------------------------------------------------CGCTTCGAGCAGGAGCAACAGGAGCAGCAG------------------------------------------------------------------CG------GCGCAAG-------GAGGAGC------------AACAG---C------------------------------------------------------------------------------------------AGCAGATCCAGCGCCAGCAGCAGCACCTGCAG--CAG---CTGCAGC---AGCAGCAGATGGAGC----AGC | |
| droEle1 | scf7180000491087:921689-921811 - | GCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------C------------------------------------A---GCAGCAG------------------------------------------------------------------CG------GCAGGATACCTCAATAGATTC---------GGTAGCTTCTCT-----GGTCGATG-ATT----TCACACGCACATTTCCAGAGCCGGCACA----------------------------------------------------------------------A--TGCAA---CCAAAAAATCTCCTGATTTCACCTGG--CCTG | |
| droRho1 | scf7180000767806:11585-11724 + | TCCCATTCA------AGTGACCAA--GGTGGCGGGCAC------------------GATG---------------------------------------GTG-----C------------------------------------A---GCAGCAA------------------------------------------------------------------CA------GCACACGAACACAATGCCCAC------------AACAA--------------CAT-CCACGG-------------------------------------------CGGTAATAC-----CTCCTGTGATTGCACCTAGCTCAAC-----------------------GG---CAGCAGGAGC---------CACTGCA--GCTG | |
| droBia1 | scf7180000301760:4499712-4499859 + | GCTCAAGCCGGAACT------------------------------------------------GCTCCAGGCA---C----CGCCCATGCACAGTCCGG---CCCAG------------------------------------CAGCAGCAGCAA------------------------------------------------------------------CAGCAGCAGCAGCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTCGCCGC-----ACCTCTCCCTCAGCTCGCCGC----------ACCAGC--AACAG---CAGCAGGGTCAGCACCAGAACCACCA--CCAG | |
| droTak1 | scf7180000415211:46669-46831 - | GCCAAGCTGATGGACATGAAGCCCATGTTCCTGGG-ACCGGTGCTCAAACCGGAGCT------TCTCCAGGCA---C----CGCCCATGCACAGTCCGG---CGCAG------------------------------------CC---GCAGCAG------------------------------------------------------------------CA------GCAACAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------TCGTCGCCGC-----ATCTCTCGCTCAGCTCGCCGC----------ACCAGC--AGCAACAGCAGCAGC----------------------AGC | |
| droEug1 | scf7180000409456:202244-202337 - | GCAGATTGTGCAACAGGTAG----------------------TG-GTAACCGGAGCTATT---------------------------------------CAG-----C------------------------------------A---GCAGCAG------------------------------------------------------------------CA------ACAAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCTA--------C-------------TACAGCAA--CAG---CAGCAGC---AACAACAAATGGT--------T | |
| dm3 | chrX:1895312-1895387 + | GCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------C------------------------------------A---GCAGCAG------------------------------------------------------------------CA------ACAGCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTCGCCGC-----ATCTCTCGCTTAGCTCACCGC----------ACCAGC--AGCAG---CAGCAGC------------------A--GCAG | |
| droSim2 | 3r:2018742-2018832 + | AACTTCCACTATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACAATAT----------ATTT---------AT-------------------------TT------------------------------------------------------------------TCTTTTTCCGTAGGTCGCGGTAAAC------ACAAAAAG--------CAAAAGAAGCTTATGAAAATGGTGTA--TCCG | |
| droSec2 | scaffold_5:3398568-3398656 - | GCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGCAG------------------------------------------------------------------CA------GCAGACGAGCGCAATCGCCA--------------------------CAATCACCA-CATCCG-------------------------------------------CGGTGATAG-----CACCAGTGATTGCACCCAGCTCAACGCAGGC----------------------------------------------------AG | |
| droYak3 | X:6906457-6906576 - | ACAACAACA-------------------------------------CACCAAACGGTGCG---------------------------------------CAG-----CAGCAGCAGCAGCAACAACACCATCAGCAGCAGCAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------CATC------------ATCAG---CAG--CAA---CGTGTT---------------------------------------------------------------------GTT-------GCCAGCAGCAACCAGCAA------CAA--------CAGCAACAGC-------------------TGC | |
| droEre2 | scaffold_4820:7670003-7670160 + | TCCCAGCAG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGCAGTCGAACAGTTCCTCCACTAGTCCGTATGAGATCTATCACAGTACGCCCCAAAAGCCGCAGCAGCAGCA------GCAGCTGTCCGCCAGTTTCTC------------GCCCG--------GCAGTCAGG-CAT---CCC----------------------------------------------AAT-----CGCCACTGA---------CCCCACCGCCACCACC------------------------------------------GCA---CGC | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 | 
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| droMoj3 | 
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| droGri2 | 
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| droWil2 | 
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| dp5 | 
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| droPer2 | 
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| droAna3 | 
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| droBip1 | 
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Generated: 05/19/2015 at 11:50 AM