ID:dvi_20908 |
Coordinate:scaffold_13049:21931439-21931589 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -23.5 | -23.4 | -23.3 |
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exon [dvir_GLEANR_13790:1]; CDS [Dvir\GJ13939-cds]; intron [Dvir\GJ13939-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ACCATCAGAGAACTGCTGGGATTTGGTTGCCTCAGAGGTGGGAGAGTCGGGTAAGTAGTGTTGCAAAGTGAGCGTGCGCATTTGCGTTTATCGTTATCGTGTATCGCCACAGACAAGTGTTGTGTGGCGACTGTTAAAAGTAAGTTGGCAGTACTCAAAGTGTTGCTAATTGCCAAATTGCACGTGCGCATTCAAATTGGATTTAACTAATTGGAACTTTAAAATTTACGTTAAATTATTTATGGTAATTA ********************************************************...........((.(((((((((....(((.....)))....))))))((((((((((....))).)))))))(((......)))..))).)).***************************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
SRR060657 140_testes_total |
SRR060679 140x9_testes_total |
M047 female body |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
V047 embryo |
SRR060658 140_ovaries_total |
M027 male body |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................TGGCGTCAGAGGTGGGAGAG............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GACTGTTAAAAGTAAGTTGGCA..................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................AGTGTTGCAAAGTGAGCGTG............................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................GAAGTTGGGAGTACCCAAAGT.......................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................TCAGAGGTGGGAGAGTCGGGT....................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................GAAGTTGGGAGTACTCAA............................................................................................. | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................CGGAGGCGGGAGAGTCGGG........................................................................................................................................................................................................ | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CCCGGAGGCGGGAGAGTC........................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 17 | 0.24 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................TTGAACGTGGGCATTCGAAT...................................................... | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CGAAGTGAGCGAGCGCATTA........................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................CGTGCGGTTTCAACTTGGA.................................................. | 19 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................GTGGTGACTGTTCAAAGTT............................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
TGGTAGTCTCTTGACGACCCTAAACCAACGGAGTCTCCACCCTCTCAGCCCATTCATCACAACGTTTCACTCGCACGCGTAAACGCAAATAGCAATAGCACATAGCGGTGTCTGTTCACAACACACCGCTGACAATTTTCATTCAACCGTCATGAGTTTCACAACGATTAACGGTTTAACGTGCACGCGTAAGTTTAACCTAAATTGATTAACCTTGAAATTTTAAATGCAATTTAATAAATACCATTAAT
*****************************************************************************************************...........((.(((((((((....(((.....)))....))))))((((((((((....))).)))))))(((......)))..))).)).******************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR1106722 embryo_10-12h |
SRR1106723 embryo_12-14h |
SRR060681 Argx9_testes_total |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
V047 embryo |
V053 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............GACGACCCTAAACCAACG............................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .GGTAGTCTCTTGACGACCCTAAACCAACGGAGTCTCCACCC................................................................................................................................................................................................................. | 41 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................AGGATTAACGGGTTAACGT..................................................................... | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................ACCTTCAAATTTTGCATGC..................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................AACCTTCAAATTTTGCATGC..................... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................CAAATAGCGGTATCGGTTC...................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13049:21931389-21931639 + | dvi_20908 | ACCATCAGAGAACTGCTGGGATTTGGTTGCCTCAGAGGTGGGA-GAGT-CGGGTAAGTAGTGTTGCAAAGTGA--GCGTGCGCATTTGCGTTTATCGTTA-TCGTGTATCGCCACAGACAAGTGTTGTGTGGCGACTGTTAAAAGTAAGTTGGCAGTACTCAAAGTGTTGCTAATTG-CCAAATTGCACGTGCGCATTCAAATTGGATTTAACTAATTGGAACTTTAAAATTTACGTTAAATTATTTATGGTAATTA |
| droMoj3 | scaffold_6680:16484759-16484997 + | GCCTTCAGAGAATTGCTGGGATTTAGTCGCTGCAGAGTTGGGA-GAGC-CTGGTAAGTAGTGTTGCAAAGTGA-GGCGTGCGCAATTGCGCTTATCGTTA-TCGTGTATCGGCTGCTTGG--------------ACTGTTGAAAGCGAGTTGGCAGCGCATGCAGTGCTGTTAAATGACCAAATCTAACATGCCGATTCAAATTGGAATTAACGATGTAAACTTTTGAAATATATATTCGATATTTGATAATTAATA | |
| droGri2 | scaffold_15110:21629256-21629491 - | GCCTTCAGAGAATTGCTGGGATTTAGTGGCATCCGAGGTCGGG-ATGT-CGGGTAAGTAGTGTTGCAAATTGA-GGCGTGCGCATTTGCGCTTATCGTTA-TCGCATATCGCCTGTATCGAGTATTGGGTGGCGCGCGCTGCACGCGAGTTGGCAGCACT-GTCGTGCTGCTAATTTTTGAAAG--CACATT--CATTCAAATTGGTTTTAACGAA-----TGTTTGA-ATTTATAT---CTTTTTGCG---AATTA | |
| droWil2 | scf2_1100000004762:3743770-3743824 - | ACCGACAGAAAACTGTTGGGATTTAGTAGCCGCTGAGACGGGC-GAAT-CGGGTAAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | XR_group6:7103978-7104078 - | GCC-AGCGAGAATTGTTGGGACATGGTGGCTTCGGAGACAGGA-GAGT-CGGGTGAGTGTTG---CATAGCGCTCGCGTGCGCA----TGCCTATCGTTAATCGCCTATCG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_41:456047-456139 - | TGCCAGCTAGAATTGTTGGGACATGGTGGCTTCGGAGACAGGAAGAGTCCGGGTGAGTGTTG---CATAGCACTCGCATGCGCA----TGCCTATCGTTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302441:453495-453551 - | GCCCAGCGAGAATTCCTGGGACTTGGTAGCCTCGGAGGTTGGA-GGGT-CGGGTGAGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droEug1 | scf7180000409456:627635-627694 - | GCCAAGCGAGAATTCCTGGGACATGGTTGCCTCGGAAGTCGGT-GAAT-CGGGTGAGTTGCG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chr3L:14402705-14402764 - | GCCGAGTGAGAACGCCTGGGACATGGTTGCCTCCGAAGTTGGA-GAGT-CGGGTGAGTCGTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 3l:14064437-14064496 - | GCCGAGTGAGAACGCCTGGGACATGGTTGCCTCCGAAGTTGGC-GAGT-CGGGTGAGTCGTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_0:6538814-6538873 - | GCCGAGTGAGAACGCCTGGGATATGGTTGCCTCCGAAGTTGGG-GAGT-CGGGTGAGTCGTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | 3L:14495877-14495936 - | GCCGAGTGAGAACTCCTGGGACATGGTGGCCTCCGAGGTTGGC-GAAT-CGGGTGAGTTGTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4784:14382706-14382765 - | GCCGAGTGAGAACTCCTGGGACATGGTGGCCTCCGAAGTTGGA-GAGT-CGGGTGAGTTGTG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droKik1 |
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| droEug1 |
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| dm3 |
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droYak3 |
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| droEre2 |
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Generated: 05/16/2015 at 11:19 PM