ID:dvi_20788 |
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Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -16.8 | -16.3 | -16.1 |
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CDS [Dvir\GJ11429-cds]; exon [dvir_GLEANR_11469:2]; intron [Dvir\GJ11429-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| (TG)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + |
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ACGCAGTCGGTTGCACTTCAAATTGTATAGTTATCAACAGGAAGACCTACACACACACACACACACACACACACACACACGCACGCACGCACACACATACAACTGCCGATCAGCTGCGCCTAATCAATCACAGCTCTTATCAAAGCGCTGATTCACTCGCCGCTGGCTGCAGTCCATATTGACCCTCAACCCCCTTTGCAGGCCCAAGCCTGCATCTGGATAGCGCTCACGATCACGGCAATCTGTGCGTA ******************************************************************............................................((((((((.......(((((..(((........)))..))))).......))).))))).********************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
M061 embryo |
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SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................................................................................................................................................................CCTGCATCTGGATAGCGCTCACGATCAC............... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................ATCTGGATAGCGCTCACGAT.................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................CGTGGCCCAAGCCTGCATCTGGAT.............................. | 24 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................GCTCACGATCACGGCAATCTGTGC... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................GATCACGGCAATCTGTGC... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................TGCATCTGGATAGCGCTCACGATCAC............... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................CTCACGATCACGGCAATCTGTGC... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................GGCCCAAGCCTGCATCTGGATAGCGCT........................ | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................ATCGCTCACTATCACGGCAATCTGTGC... | 27 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................GCCTGCATCTGGATAGCGCTCAC..................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................CCTGCATCTGGATAGCGCTCA...................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................GCGCTCACGATCACGGCAATCTGTTC... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................GCCCAAGCCTGCATCTGGATAGC........................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................GCTGATTCACTCGCCGCTGGCTGC................................................................................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................CGTGGCCCAAGCCTGCATCTGGATA............................. | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATAGCGCTCACGATCACGGCAATCTGT..... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................GCCTGCATCTGGATAGCGCT........................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................GCGCTCACGATCACGGCAATCTGTGC... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................GAATCTGGATGGCGCTCAAG.................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................AACAGGAAGAACTACGCACTC................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ........GGTTAAACTTCGAATTGTAT............................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................CCTGAAAATGGATAGCGCTC....................... | 20 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................................................................................................................................................................................................CTGAAACTGGATGGCGCTCA...................... | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..................................................................ACACACACACACACGCACGCACGCACACA............................................................................................................................................................ | 29 | 0 | 18 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................CACACACGCACGCACGCACACA............................................................................................................................................................ | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................CCTGCAAATGGATGGCGCTC....................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TGCGTCAGCCAACGTGAAGTTTAACATATCAATAGTTGTCCTTCTGGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTATGTTGACGGCTAGTCGACGCGGATTAGTTAGTGTCGAGAATAGTTTCGCGACTAAGTGAGCGGCGACCGACGTCAGGTATAACTGGGAGTTGGGGGAAACGTCCGGGTTCGGACGTAGACCTATCGCGAGTGCTAGTGCCGTTAGACACGCAT
*********************************************************************************............................................((((((((.......(((((..(((........)))..))))).......))).))))).****************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V116 male body |
SRR060655 9x160_testes_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR060685 9xArg_0-2h_embryos_total |
SRR060659 Argentina_testes_total |
M047 female body |
SRR060657 140_testes_total |
SRR060666 160_males_carcasses_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................................................GATTAGTTAGTGTCGAGAATA............................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................CGAAGTGAGCAGCGACCGA................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................AGTTGTCCTTCTGGATGTGTG..................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................CGTAGACCTATCGCGAGTGC.................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................CGGCTAAGTGAGCGGCAA....................................................................................... | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....TCAGCCAAAGAGAAGTTTA.................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................TAGCTGGAAGTTGCGGGA........................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.25 | 5 | 0 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................................................................................................................................................................TAGCTGGAAGTTGCGGGAA....................................................... | 19 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................CTGGAAGTTGCGGGAATC..................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................CGAGAAGAGTTTCGAGACCA................................................................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................CGACGAAGTGAGCGGCAA....................................................................................... | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................CGAGAAGAGTTTCGAGAC..................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................GTGCGTGCGTGCGTGTGTGT.......................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................GTGTGTGTGTGTGTGCGTGCG..................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13049:20524718-20524968 - | dvi_20788 | ACGCAGTCG-GTTGCACTTCAAATT-GT--A---------T-----AGTTATCA----AC----------AGG--------------AAGACCTACACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACGC------ACGC--ACGCACACACATA----------------------------CAAC----TGCCGATCAGC------------------------------------------------------TGCGCCTAATCAATCACA--G-----CTC-----------T-----------------------TATCAAAG----------C----------GCTGATTCACTCG----------------------------------------------CCG-----CTGGCTGCAGT----CCATA-T--------------TGACCCTCAACCCCCTTT----GCA------------------GGCCCAAGCCTGCATCTGGATAGCGCTCACGATCACGGCAATCTGTGCGTA |
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| droGri2 | scaffold_15126:3012215-3012387 - | ACAC------------------------------------------------------------------------------------A------CACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--ACACACACACACA----------------------------CACACACAC-------------AGTAGCTG----AGCGATACGACACGGCGACAAGGCGACAAGCAGC--------TGTTTGG--ATTCCCAAG---------------------------------------------------CAG-------CTTTCAC----------C--GCCGCCCCAGC---------------------------------------------------------------------------------------------------------GCA------------------GGCCAAAAGCAAAAGTTGCACTGC-------------------------GC | |
| droWil2 | scf2_1100000004822:3116024-3116210 + | ACTA------------------------------------------------------------------------------------A------CACACATACACACGCACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--AGAAACCCACACA----------------------------CATC------------------TACAT--------------------------------------------------------------------------------TAATTTAGTTAGCTAAGCGGAAATGGCTCAT-------CAACCGATGCCGC----------CAC------CG-------------------CCGCCGCCGCCGCCAACGACGACGAGC-AACA------------------------------------------CCCCCTGCCCC---------------------------------CTGGCCGA---------------CTCGATTATTGCATTTTGCATATG | |
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| droFic1 | scf7180000453940:283147-283258 - | CA-T------------------------------------------------------------------------------------A------CAAACACACACCCGCACACA--CACATA--CAC--ACGC------ACACACACA--------CA----------------------TA----TC---------------------AAGGAAGAGCC--------------------------------GGCGGGTTAT-------------------------------------------------------TGCTAAT-------CAACTCACGTTTT----------CGCTG--CTCG-------------------------------------------------T------------------------------------------------------------------------------------TTCAAAA-----------------------------------------TG | |
| droEle1 | scf7180000491186:2853259-2853446 + | GCA--AGCT-GTTGCGCTTAAGGATG-CCAACAT--------------------------------ATATGGA--------------CA------CACCCTCACGTACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--GGAGGTACGCACA----------------CAGATG--CCC-----------------------AG---------------------------------------------------------------TTGCCAGCTGCATTATACAACAAT--------------------------GTGCA----------------------------A----CTTG----------------------------------------------ACA-----ACAATTTCAGG----CTAAG-T--------------CAACCCCCCTCCCCCTT---------------------------TCCACAACCAA---------------G------------------TCGGC | |
| droRho1 | scf7180000777397:50375-50493 + | GTCC------AATGAATTTCAAATTA-CCAATAAACAATTGAATG--------A----GCAGCGAAAT--------------------A------T------AAACACGCACACG--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--ACACACACGCATA----------------------------TAAA----TGCTAATCAGCGC------------------------------------------------------T--------------------GC------------T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T | |
| droBia1 | scf7180000302069:165931-166084 + | ACAC------------------------------------------------------------------------------------A------CACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--ACACACACACACA----------------------------CACA----C----------AC------------------------------------------------------T--------------------GC------------T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCA---------CTC-------TCTC-ACCAATCGTTCTGGGCTGCCCTTTGACCCCTTTT----CCATGCCTACAAGCTTGTGGG----------GATGCCTTGACACCCCTC------------------GCAAT | |
| droTak1 | scf7180000415381:115445-115525 + | ACAC------------------------------------------------------------------------------------A------CACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--ACACACACACACA----------------------------CACA----T----------AC------------------------------------------------------T--------------------GA------------T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCC---------CACAAAC-----AA------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCA | |
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| dm3 | chrUextra:16793286-16793382 - | CA-G--TCT-TTTGCATTTACATTG-CA--ATGG-TAATAGAATGG-------A----GA----------AGA--------------TGGACTTATACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--------ACACATG----------------------------C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 3l:989815-989946 + | CA-A------------------------------------------------------------------------------------A------CACACACACACACACACACA--CACACA--CAC--ACAC------ACACATACAT--A----CATATCGGCGGAGGTATATGTATC--CCG-----------------------AG---------------------------------------------------------------TCCTGAGTGAGATTTCATTACAA--------------------------CT-------CATTTGACAGT----------CTTGGTGCACTCG----------------------------------------------ACG-----C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TG | |
| droSec2 | scaffold_4:1676932-1677018 - | ACAC------------------------------------------------------------------------------------A------CACACACACACACACACACA--C--ACACACAC--ACAC------ACAC--ACACACACACACA----------------------------CAG------------------CTGCAGCAGCAGC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCATCAC------------------------------------------------------------------------AA-TTTTT------------------------------A | |
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| droEre2 | scaffold_4690:4018159-4018343 - | ACTCCATTA-GTTGCTCTTCA---------TTGA-AAGCGAGATTGAGATTGCGATGAGG----------AGACCTGGTCAGGATCCCAAA----CACACACACGCACGCACACG--C----ACACGCACGCAC------ACAC--A----------CA----------------------CA----G---------------------CGCACACGGAAA--------------------------TGAGCTGC--------TCATTGC--TTCCCATTG-------C-----------A---------------------------------T-------TTCTCAA----------G--CTTG----------------------------------------------TCC-----CTGGCCGCAGG----CCAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACT |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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Generated: 05/16/2015 at 09:40 PM