ID:dvi_20247 |
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Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
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| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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CDS [Dvir\GJ13697-cds]; exon [dvir_GLEANR_13569:4]; CDS [Dvir\GJ13697-cds]; exon [dvir_GLEANR_13569:5]; intron [Dvir\GJ13697-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| AT_rich | Low_complexity | Low_complexity | + |
| ##################################################-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## GCGAATATTTCGTCAACAGAACTTACGGATCCAGTTAAAGAATTTTGGGAGTAAGTTTAAACAACTATTATAACTGTTGTTAAGTCTCTAGAAGAAATTCTCCACAGTTGGGAGAATCAAAAGCAAACATATAAACCAATGATAGGCTAATTTGTGTAAATACCAGATATCATGGGTCAATTAATATATAAACTGAGCTCTTATATAATATATATGATTTATATTAAGATAATAATTTTATTTTTACAGGCGGCGGGCATTACAAATATCCTCTGGCATCGATGAAATAGGCAACATTC **************************************************((.((((((((((((..........))))))...(((.....))).(((((((.......))))))).................(((.((((((......((((.((....)))))))))))).)))...........))))))..)).......(((((((.......)))))))((((((.....))))))......************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
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SRR060680 9xArg_testes_total |
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SRR060674 9x140_ovaries_total |
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SRR060669 160x9_females_carcasses_total |
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| ......................TTACGGATCCAGTTAAAGAATTTTGGG.......................................................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................CAGTTAAAGAATTTTGGGAGC....................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CACAGTTGGGGGAACCAAAA................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............TCAACAGAACTTACGGATCCAGTTA...................................................................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......TTTCGTCAACAGAACTTACGGATCCAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........TCGTCAACAGAACTTACGGATCCAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................................................................CCTCTGGCATCGATGAAATAGGCA...... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GACGGATCCAGTTAAAGAATTTTGGGA......................................................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCGCATCGATGAAAAACGC....... | 20 | 3 | 5 | 0.80 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGGCATCGATGAAGAACGC....... | 20 | 3 | 6 | 0.67 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................TGTTAGGTCTCTAGATGAAAT......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGGCATCGATGAAGAACGCA...... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAGCATCGATGAAGTACGC....... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCTCGCATCGATGAAG............ | 18 | 3 | 20 | 0.30 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................AACGATTATTACTGTTGTTA......................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................ACAGTTGGGGGAAACAAAA................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................GTTGGAGAATATTGGGAGT....................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| ............................................................................................................................................GATAGGCTAAATTCTGTA............................................................................................................................................. | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CACAGTTGGGGGAACCACA.................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CACAGTTGGGGGATTAAAAA................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCGCATCGATGAAGTAC......... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................GAAAGACTCTAGAAGAAATT........................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CACAGTTGGGGGATTCCA................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
CGCTTATAAAGCAGTTGTCTTGAATGCCTAGGTCAATTTCTTAAAACCCTCATTCAAATTTGTTGATAATATTGACAACAATTCAGAGATCTTCTTTAAGAGGTGTCAACCCTCTTAGTTTTCGTTTGTATATTTGGTTACTATCCGATTAAACACATTTATGGTCTATAGTACCCAGTTAATTATATATTTGACTCGAGAATATATTATATATACTAAATATAATTCTATTATTAAAATAAAAATGTCCGCCGCCCGTAATGTTTATAGGAGACCGTAGCTACTTTATCCGTTGTAAG
**************************************************((.((((((((((((..........))))))...(((.....))).(((((((.......))))))).................(((.((((((......((((.((....)))))))))))).)))...........))))))..)).......(((((((.......)))))))((((((.....))))))......************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060681 Argx9_testes_total |
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M047 female body |
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SRR060675 140x9_ovaries_total |
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V047 embryo |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
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| ....................................................................................................................................................................................AATTATATTTTTGACTCGA.................................................................................................... | 19 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................TGCCTACTATCCGCTTAAAC................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................TCAACCATCTTAGTTTCTGTT............................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................CCTGTTACTTTTCGTTTGT.......................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................TCCGTAATGTTTAAAGGAAAC........................ | 21 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................TGGTTGTCGCTTGTATATTTG................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................................ACCCTCCTAGTTTGCGTTA............................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13049:16870345-16870643 + | dvi_20247 | GCGAATATTTCGTCAACAGAACTTACGGATCCAGTTAAAGAATTTTGGGAGTAAGTTTAAAC-----------AACTATTATAACTG-----------------------------------------TTGTTAAGTCTCTAGA-------AGAAATTCTCCACAGTTGGGAGAATCAAAAGCAAACATATAAACCAATGATAGGCTAATTTGTGTAAATACCAGAT----------------ATCATGGGTCAATTAATATATAAACTGAGCTCTTATATAATATATAT-----------------------------------------------------------GATTTATATTAA------------------------------------GATAAT--A--ATT----------TTATTTTTACAGGCGGCGGGCATTACAAATAT------CCTCTGGCATCGATGAAATAGGCAACATTC |
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| droPer2 | scaffold_42:477914-478155 + | ACCAATATTTCATCGACGGAACTCACAGATCCAGTCAAAGAGTTTTGGGAGTATGTA-ACA------AATTACGTG-------GCTATTTTTTTCCACTTTACATTGTTCTT------------------------------GAAAGATCTGAAAATCTCCCACCACCTGGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATTAAGCTTGA-------CGTTATGTTAGCACTAACATTCAGTTT--TGCTTTGTTCTATGAACCGTTTCAGACGTCGTGCACTTCAAATAT------CACATGGCATTGAAGAGATCGGCAATATTC | |
| droAna3 | scaffold_13499:1216190-1216275 + | TTTAAATTTAA--C----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAATGGCTT-------------------------------------------------------------------------------------AT--A----------TTTTGGTTAAAGGCGTCGGGCACTTCAAATAT------CTCAAGGAATTGATGAGATCGGAAATATTC | |
| droBip1 | scf7180000392070:2194-2386 - | ACAAATCTCACATCAGCAGAGCTTACCGATCCAGTTAAAGAATTTTGGGAGTATGTG-GCTTCATAAAAATTTATAAAAAA------TTACTTTAAGTTAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAT----------------------------------------------------------------TACTATAATGACTATAAATTACTAACTGCTT-------------------------------------------------------------------------------------AA--T----------TTCTGGTTTAAGGCGCCGGGCACTTCAAATAT------CTCAAGGAATTGATGAAATCGGAAATATTC | |
| droKik1 | scf7180000301922:15437-15720 - | ACAAACATTACATCATCTGAGCTTACGGATCCAGTTAAAGAGTTTTGGGAGTAAGTA-GCACTACAATATTTGTTTAACAT------TTACT----ATTT---------------------------------------------------------------------------------ATAA---------------------TATATTGCTAGTATTTCTGTCGAAAGCAACGTAGAATATTGTATATTATT-----------------------------TA-------------------------------------------AACGCGAAAGAGTACTTACTACACCCAAAAAATCAAAAATGATTTTAGTCATTTTGACAGCAGTAAAAATAAT--T--TGT----------TTTTTTTTTCAGACGACGCGCTCTTCAAATAT------CGCATGGCATTGAAGAAATTGGTAATATTC | |
| droFic1 | scf7180000454040:244666-244844 + | GTAAACATCACATCTTCAGAACTCACAGATCCAGTTAAGGAATTTTGGGAGTATGTA-AATTT----AAATACATGTGTAA------TCATTTTAAACTTCACTTTCTTTTT------------------------------TATTAATCTTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------AAC--C----------TCGTGGTTAAAGGCGTCGTGCACTTCAAATTT------CACATGGCATTGAAGAGATTGGAAATATTC | |
| droEle1 | scf7180000491238:585248-585306 - | T----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTAAGGCGTCGTGCACTTCAAATAT------CACATGGCATTGAGGAGATTGGAAACATTC | |
| droRho1 | scf7180000776539:4919-5147 + | GTAAACATTACATCTTCTGAGCTTACAGATCCAGTTAAAGAATTTTGGGAGTATGTG-AATT-----------ATCTGTCA------TAACTTTAAACCTAACCTAATTTTACCTAACCACAGACGCATTGTTGAGGCTTTA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCATGT-----CCTTAACACTTACATAA------G---TCGAAATA------------------------------------CTTATA--AAA--C----------TTTTTGTTTTAGGCGTCGTGCACTTCAAATAT------CTCATGGCATTGAGGAAATTGGAAACATTC | |
| droBia1 | scf7180000301495:540279-540344 + | AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C--T----------TTTTCGTTAAAGGCGTCGTGCACTACAAATTT------CACAAGGAATTGAGGAGATTGGAAATATTC | |
| droTak1 | scf7180000414052:32101-32155 + | GTAAATATTACATCTTCCGAACTTACAGATCCAGTCAAAGAATTTTGGGAGTAAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000408984:536251-536365 - | TTAATTTTTTATTCG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCACATATGTATGTATACCGATTTCATTAA------------------------------------ATA-----AAC--G----------GTTTCGTTTAAGGCGTCGTGCACTTCAAATAT------CAAATGGCATCGAGGATATAGGAATTATTC | |
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| droSec2 | scaffold_30:375755-375819 + | AA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T----------GTTTTGTTTAAGGCGGCGAGCTCTTCAAATAT------CGCATGGTATTGAGGAGATTGGAAATATTC | |
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| droEre2 | scaffold_4512:627673-627754 - | TTTAAATTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGCATT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------AAA--T----------GTTTCGTTTAAGGCGTCGAGCACTTCAAATAT------CGCATGGCATTGAGGAGATTGGAAATATTC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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