ID:dvi_20137 |
Coordinate:scaffold_13049:15932132-15932282 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
exon [dvir_GLEANR_11732:1]; CDS [Dvir\GJ11714-cds]; intron [Dvir\GJ11714-in]
No Repeatable elements found
| ----------------------------------------##########--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ATTATGGCACATGACAGACATATAGAGTGTACACGAAGCTATGAATACGGGTTAGTTATTGCCATAAATACTGTTTGCAGATTTGAACCTTAACCTAACAATTCACATATTGGCAATATTATCAGGCAAGAGTACGCTGTACGGACCGTTGCATGAAGCGAAGCCAAAAGCTTGTCCACTGCTGACTGCATTTCTATTTGAGTAGCAAGAGAAGTAGGCGTTGCACCACCTTCCTGTTATAAAAGCAATAC **************************************************(((((((((((((((((((.(((....)))))))).........................))))))))...(((.((((..((.((.....)).))..)))).))).((.((((.....)))))).....))))))...............************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060661 160x9_0-2h_embryos_total |
V047 embryo |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060689 160x9_testes_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
SRR1106728 larvae |
SRR1106730 embryo_16-30h |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...............AGACATAGAGGGTGTACA.......................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................TCTTTGCAGATTTTAACCTTAT.............................................................................................................................................................. | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................CATATAGACCGTACCCGAA...................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................TTGCAGATCTGAGCCTTA............................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................TGCAGATCTGAGCCTTAA.............................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................CAATAAATACGGGTTAGT................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............CAGACATAGAGGGTGTAGA.......................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................CACCACGTTCCTGTGA............ | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..........................GTGTCCACGAAGCTTTGG............................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................GCATTCCACCACGTTCCTG............... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
TAATACCGTGTACTGTCTGTATATCTCACATGTGCTTCGATACTTATGCCCAATCAATAACGGTATTTATGACAAACGTCTAAACTTGGAATTGGATTGTTAAGTGTATAACCGTTATAATAGTCCGTTCTCATGCGACATGCCTGGCAACGTACTTCGCTTCGGTTTTCGAACAGGTGACGACTGACGTAAAGATAAACTCATCGTTCTCTTCATCCGCAACGTGGTGGAAGGACAATATTTTCGTTATG
**************************************************(((((((((((((((((((.(((....)))))))).........................))))))))...(((.((((..((.((.....)).))..)))).))).((.((((.....)))))).....))))))...............************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060667 160_females_carcasses_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
V047 embryo |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
M027 male body |
SRR060689 160x9_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................................AGACCGTTCACATGCGACATA............................................................................................................. | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................GACATGGCTGGTAACATACT............................................................................................... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................AACGCTGTGGAAGGACAATGT.......... | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................TAAGCCCAATCACTAACG............................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................CCTTGGTTTTCGAACCGGTG........................................................................ | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................GGAATTGGGTTGTAGAGTG................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................TCGCTTCATCCTCAACTTG......................... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................CAACGTTGTAGAAGGACTAT............ | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................AATTGGGTTGTAAAGTGT................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13049:15932082-15932332 - | dvi_20137 | ATTATGGCACA--TGACA-GACATATAGAGTGTACACGAAGCTATGAATACGGGT--------TAGTTATTGCCATAAATACTGTTTG-CAGATTTGAA-CCTTAACCT-------AACAATTCACATATTGGCA---AT---------------------ATTATCAGG------CAAGAGTAC-------------------------GCTGTACGGACCGTTGCATGAAGCGAAGCCAAAAGCTTGTCCACTGCTGACTGCATTTCTATTTGAGTAGCAAGAGAAGTAGGCGTTGCACCACCTTCCTG------------TTATAAAAGCAATAC |
| droMoj3 | scaffold_6680:20866844-20867101 + | ACAATG---TA------------AATAGAGTATTTTCGTAATTATTTCAACCTTC--------TTATGGAATCCAAAAATACTCTTGT-CGTGTATTATTCCCCAGTTA-------TTCGGCACACTTACCTCCAGCCTTATA--------TTCAGCACCTTTCACCTGC------CAAGCAAAGGCTGAGCATAGCCAGTGGCCAAGTTG---------------------GCGTAGCCTCGCCGTGGGCTGCTG-TGAGTGCATTTCAATTTGCGTTGCAGGGGTCGTAGGCGCTGTGCCTCCTGC-------------TTTTATGAAAGCAATAT | |
| droGri2 | scaffold_15110:12725402-12725707 + | TTTATAGCCTAAATAAAATAAAATATT--GTATACATACAAC-------ATGGGTTGTCTCTTTAATTAGTGCCATAAATACTATTTATT------GTG-CCTTACCATTTATTTCAACTGTCCACGTATTGGTC---TCATAATGTTGGAATAGGTTTTTT---TCTATTAAATTCCAGTTGGAACTGAACTTAGTCAACGAC--AGTTGCTGGAAAGACCATTGCATA-AGAGCAGGCAATAGC-------ATGCTGACTACATTTCCATTTGCGTAGCCGGAGAGGTGGGCATTAAGCCACCTGCCCGTTATTTACTATTTTATAAAAGCAATAC | |
| droWil2 | scf2_1100000004837:542534-542547 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| droAna3 | scaffold_13337:15061466-15061480 - | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droBip1 | scf7180000395155:990258-990272 - | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droKik1 | scf7180000302334:295676-295735 + | A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGAGGGTGGTGGTCGGTGTGTCCCTCGCCTGCTATTTGCTGTTTTATAAAAGCAATAC | |
| droFic1 | scf7180000453841:915948-915962 + | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droEle1 | scf7180000490564:964228-964242 - | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droRho1 | scf7180000780105:258009-258023 + | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droBia1 | scf7180000302428:7611808-7611822 + | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATAAAAGCAATAC | |
| droTak1 | scf7180000415209:167292-167361 - | TGGGTAG--TG------------AGTGATGCAGTACCAGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTCATCCACCCACCTGCTATTTGCTGTTTTATAAAAGCAATAC | |
| droEug1 | scf7180000409711:2005160-2005173 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| dm3 | chr3L:10151145-10151158 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| droSim2 | 3l:9895710-9895723 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| droSec2 | scaffold_0:2366709-2366722 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| droYak3 | 3L:10133657-10133670 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC | |
| droEre2 | scaffold_4784:10136965-10136978 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAAGCAATAC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droFic1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| dm3 |
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droYak3 |
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| droEre2 |
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Generated: 05/16/2015 at 08:36 PM