ID:dvi_18706 |
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Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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| -7.2 | -7.1 | -7.0 | -7.0 |
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CDS [Dvir\GJ12289-cds]; exon [dvir_GLEANR_12267:4]; intron [Dvir\GJ12289-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GGTGCAGGCGGAGCCGGTGCTGGCAGCGGAGGCTTCTTCAATCGCAAGAGGTGAGTGTCTGACAGCAAACTAGAAATCTTTACATCCTAACACACAGAGCCTGACATACCGAATTTATTGTTTGATAAACCCCCTTGTATACGTTCCTATTGTTGTTGTTGTTGCTATTACATGTGCGCCATGCAAATTTGCATATCTGCCAAATTGAATTAATACACTCATCTACATACCCACACACACACACACACACA *************************************************************************************.............((...(((.............................((((...((...................))...)))))))..)).*********************************************************************** |
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| ..TGCAGGCGGAGCCGGTGCT...................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........GGAGCCGGTGCTGGCAGCGGAGGCTT........................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................CCTAACACACAGAGCCTGA................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................GCTGGCAGCGGAGGCTTG....................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....CAGGCGGAGCCGGTGCTGGC................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .GTGCAGGCGGAGCCGGTGCTG..................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..TGCAGGCGGAGCCGGTGCTGGCA.................................................................................................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................TGCTGGCAGCGGAGGCTTCTTCA................................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....CAGGCGGAGCCGGTGCTGGCA.................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..TGCAGGCGGAGCCGGTGCTGGC................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....CAGGCGGAGCCGGTGCTG..................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .................................................................................................ACCCTGGAATACCGAATTTATT.................................................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................AATCGACTCTTCTACATACC.................... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................ATCGACTCTTCTACATACC.................... | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................TAATACACTCAGTTAAATAC..................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CCACGTCCGCCTCGGCCACGACCGTCGCCTCCGAAGAAGTTAGCGTTCTCCACTCACAGACTGTCGTTTGATCTTTAGAAATGTAGGATTGTGTGTCTCGGACTGTATGGCTTAAATAACAAACTATTTGGGGGAACATATGCAAGGATAACAACAACAACAACGATAATGTACACGCGGTACGTTTAAACGTATAGACGGTTTAACTTAATTATGTGAGTAGATGTATGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
***********************************************************************.............((...(((.............................((((...((...................))...)))))))..)).************************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060670 9_testes_total |
SRR060681 Argx9_testes_total |
V047 embryo |
V053 head |
GSM1528803 follicle cells |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
SRR060659 Argentina_testes_total |
SRR060661 160x9_0-2h_embryos_total |
SRR060666 160_males_carcasses_total |
SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
SRR060678 9x140_testes_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................CGAAGAAGTTAGATTGCTC......................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.50 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 |
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| .......................................................................................................................................................................................................................GTAAGTAGATGTATGGGTTTAT.............. | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................TCTCCACACACAGAGTGT........................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................ACAACAACAACAACGATAA.................................................................................. | 19 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................TGGGTGTGTGTGTGTG....... | 16 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............CGCCGACGACCGTTGCCTCCG.......................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................TGTGTAGATGTATGGGTTTCT.............. | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................................GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_13049:6637458-6637708 - | dvi_18706 | GGTGCAGGCGGAGCCGGTGCTGG--------------------------------CA-GCGGAGGCTTCTTCAATCGCAAGAGGTGAGTGTCT------GA-CAGCAAACTAGAAATCTTTACATCCTAACACACAGAGC------------CTGACATACCGAATTTAT----TGTTTGAT-----AAACC----------CCCTTGTATAC----------GT------------TCCT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A---TTGTTGT-TGTTGTTGCTATTA---CAT---GTGCGCCATGCAAATTTGCATATC--T---------G---CCAA-ATTGA-A-----------------TTAATACACTCA--------------------------------T--CTACATACCCACACACA-CACACA-----CACACA--- |
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| droGri2 | scaffold_15110:6140346-6140591 + | GGTGGAGGAGGAGGAGGC---GG--------------------------------CA-GCGGAGGCTTCTTCAATCGCAAAAGGTGAGTCTCT-ATTTGAAAAT-------------CTGTACGTCTTCACATACACAGTCAGTCAGTCCCCCTAACGAATAGAATTTACAATCTATTTGAA-----AGTCG-----CCC--CTTTTGTACAC--------ACA-TACACACAACACACAT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A---TTGTTGT-TGTTGTTGTTGCTA---AA------------TGCAAATTTGCATATT--T---------G---CCAA-ATTGA-A-----------------CT----------------------------------------------------AACACACATA-CAATCA-----CACATA--- | |
| droWil2 | scf2_1100000004762:4791365-4791503 + | ATTGGATTT---------------------------------------------------------TTCGTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------CTTTTTTATAT----------GTAT---------TT--C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---TTTTTGT-GGTTTTTGGTCCAA---------------------AATGTTGACATG--T---------T---CCAA-ATGCA-ATTTTAACAGGATTTGCACAAACACATCCA--------------------------------C--ACACACACACACACACA-CACACA-----CACACA--- | |
| dp5 | XR_group6:6328555-6328680 - | TCATTTA------------------------------------------------------------------A----T------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAATGTTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCGCCTTTT----C---TTGTTGT-TGTTTTTGCTGCTGTTTT-----GTGGA-------------AACATTTGCCGACGGCTG----TCG--CTTCA-T-----------------TTCACACACCCA--------------------------------A--ACACACGCGCACACACA-CACACA-----CACACA--- | |
| droPer2 | scaffold_36:563772-563868 + | GTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTGTG-GCTTTTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTTTTTGTGCGCCAAAACATTTGCC--CTGCCA----T--A-ATTGA-G-----------------TT-AGGCATTCA-----------------------------------CTACGCACACACACACA-CACACA-----CACACA--- | |
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| droBip1 | scf7180000395543:375187-375275 + | ATG--TTGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---TTGTTGT-TGTTGTTGCTACTA---AAT---ATATGCCTTATACG-------------------------------------A-----------------TAAATACTCTT---------------------------------T--CTACACAACCTACTACT-CACAAT-----CACATA--- | |
| droKik1 | scf7180000302544:1196385-1196504 + | ACGTCCT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTCGTCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTT-CGTCCTTTTTGCCA---AA-----AGCCACATTCACATTTGCATACG--T---------GCGGCCAATGTCCCAG-----------------G--ACACACTACCC------------------------------CCAACACACACAAACACACAGTACACA-----CACACA--- | |
| droFic1 | scf7180000451564:160737-160976 + | GGCGGAGGC---------------------------------------------------------TTCTTCAATCGCAAAAGGTGAGTGCCA------AAATCC--------------TAAT-------------------------------------------------------------------------ACTCCTTA---------AT-TAAACACACTT----------TCCTGGG-GGA--------------------ATGATGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTACACTAAT--AGTTCAAGTGTGTGTAGTTA-AGAAGAGTACGCCGTAACATAA---T-------TGTTGTTGTTGCTA---CAT---ATGCGTCATGCCAGCTAATACATA--T---------C---CCA--------------------------------------C-ATACAG-------TTTATGT-----------------------TCATAGT-TAAACC-----CACACA--- | |
| droEle1 | scf7180000491044:1577838-1577956 + | CCCCCTCCA---------------------------------------------------------TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAATT----------CCCTAAG-GTTTTTGTTCTTGTTATTAGAAGCGAATGTGTGTGCGTGTCTGCG--T--------------------------GTCTAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----------------TGAGTGTTTACA--------------------------------T--ATACATACACACACACA-CACACA-----CACACA--- | |
| droRho1 | scf7180000780168:113435-113668 + | GGTGGCGGC---------------------------------------------------------TTCTTTAATCGCAAAAGGTGAGTACCA------AAAT--------------CTTATTATTCTTATATACG--------------------------------------------------------TAT------------------ATTTAAACACGTTT----------TCCTGGG-GGG--------------------ATGATGTGTGTT--------------TGT-------GTGTACACTAAC--AGTACAAGT--GTGTAGTTA-AAA---AACCGCCGTAACATAA---TTGTTGT-TGTTGTTGTTGCTA---CAT---ATGCGTCATGCCAGTTAATACATA--C---------C---CCA--------------------------------------C-ATACAA-------TATAT-------------------------GCATAGT-AAAACC-----CACACA--- | |
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| droTak1 | scf7180000415356:264249-264491 + | GCCGGTGGT---------------------------------------------------------TTCTTCAATCGCAAAAGGTGAGTGCCA------AA-TTG---------------------------------------------------------------------------------------TCTTACTTCAAA---------ATTTAGACACACTT----------TCCTGGG-GGG--------------------ATAATGTGTGTGA----------GT-TGT-------GTGTACACTAAC--AGTCCAAGT--GTGTAGTTGGAAAAAAAACCGCCGTAACATAA---TTGTTGT-TGTTGTTGTTGCTA---CAT---ATGCGTCATGCCAGTTAATACATA--C---------C---CCA--------------------------------------C-ATACGA-------CATATGCCTAGTTAAAC-------------TTA-------AACCCACACAACACA--- | |
| droEug1 | scf7180000409467:152327-152580 - | GCCGGTGGT---------------------------------------------------------TTCTTCAATCGAAAAAGGTGAGTGACA------AAAAT-------------TTGATT-------------------------------------------------------------------------ACTCCTTA---------ATTTGAACACACTT----------TCCTGGG-GGAG----------------AGAAGGATGTGTGTTTTTGTGTGTG--TGTGT-------ATGTACACTAACATAGTCCAACG--G-----TTGAATAAGAAACTGCCGTAACATAA---TTGTTGT-TGTTGTTGTTGCTA---CAT---ATGCGTCATGCCAGCTAAAACATATAC---------C---CCA--------------------------------------C-ATACGATATATAT------------------------ATATATGAATAGT-TAAACC-----CACACA--- | |
| dm3 | chrX:17509783-17509876 - | CTCTGTGGG---------------------------------------------------------TGCTGCTATTGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A----GTTGTTGTTGCTCT--TTT---GTGGGTTATGAA---------------------------------------A-----------------TAAACACACTCT--------------------------------C--TCGCATACATGCAAACA-CATGCA-----CACATA--- | |
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| droYak3 | 3L:2972901-2973060 + | TC------------------------------------------------------------------TTTCAATCGAAAAAGGTGAGTGCCA------AAAT--------------TTG------------------------------------------------------------------------TTT-------------------------AACACTT----------TTCTGGG-GGGTATG-----------------AGATGTGTGT------------GT-TGT-------ATATACACTGAA--AGTCCAAAT--GTGTAGTTA-ACAATGAAGCGTCGTGACATAA---ATGTTGT-TGTTGTTGTTGCTA---CAT---ATGCGTCAAGC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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