ID:dvi_1847 |
Coordinate:scaffold_12726:731108-731258 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -20.5 | -20.4 | -20.4 | -20.3 |
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exon [dvir_GLEANR_15630:2]; CDS [Dvir\GJ15313-cds]; intron [Dvir\GJ15313-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ATCAGCATTTTTCGATAACATTTCTCTTCATTCGTCATTTCCGGCAGCTTATGCTCTCCAGAGTCATAAGTCTGTACATAGTTTATAAGGTATTTAAGCTCTTCCTGTTGTCCACACTGTATGTGTGCTTATCTCTTTTTTTGTTGTTTTGCAACACTATTTTGATTATTTTGTACTCTTGATCTTGAACACTTTTTACAGCTACTCACCGACAGATACAGCAGCAGCATTGGCGATAGATATAGTCCGCA **************************************************...((.....((((......((.......((..(((((((((.(((((.......((((((.(((((.....))))).......................))))))....))))).)))))))))..)).......))..)))).....))************************************************** |
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|
TAGTCGTAAAAAGCTATTGTAAAGAGAAGTAAGCAGTAAAGGCCGTCGAATACGAGAGGTCTCAGTATTCAGACATGTATCAAATATTCCATAAATTCGAGAAGGACAACAGGTGTGACATACACACGAATAGAGAAAAAAACAACAAAACGTTGTGATAAAACTAATAAAACATGAGAACTAGAACTTGTGAAAAATGTCGATGAGTGGCTGTCTATGTCGTCGTCGTAACCGCTATCTATATCAGGCGT
**************************************************...((.....((((......((.......((..(((((((((.(((((.......((((((.(((((.....))))).......................))))))....))))).)))))))))..)).......))..)))).....))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V116 male body |
V053 head |
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M047 female body |
V047 embryo |
M061 embryo |
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M028 head |
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SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
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M027 male body |
SRR060678 9x140_testes_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
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SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
SRR060679 140x9_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...........................CGTAAGCAGTGAAGACCGTC............................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 10 | 2.80 | 28 | 7 | 3 | 0 | 6 | 4 | 4 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................GAGAAGTTAGCAGTAAAGA................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................AAGCAGTGAAGACCGTCCAAT........................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TAAGCAGTGAAGACCGTCAAA......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.67 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................GTCACTGTCGTCGTCGGAACCGCT............... | 24 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................AAACAAGAGAACTAGGACATGT............................................................ | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................GTAAGCAGTGAAGCCCGTCCAA......................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................GTAAGCAGTGAAGACCGT............................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 10 | 0.50 | 5 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................GTAAGCAGTGAAGACCGTCC........................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.44 | 4 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................GCAGATAAGGCCGTGGAAT........................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 7 | 0.29 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................AGCAGTGAAGACCGTCCAAT........................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................TCGAAGACGATAGGACTCA........................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 17 | 0.18 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| .............................................TCGAATACGATAGGACTCC........................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 12 | 0.17 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................CGTAAGCAGTGAAGTCCGTC............................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................CTCGAATACGATAGGACTC............................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................TGAAAACTGTAGATTAGTGG......................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................GTAAGCAGTGAAGACTGTC............................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................ATGAGAACTAGGACATGT............................................................ | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................................................................AAAACCACAAAACATTGGGA............................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12726:731058-731308 + | dvi_1847 | ATCAG--CATTTTTCGAT----------------------------------------------AACATTTC-----------------TCTTCATTCGTCATTTCCGGCAGCTTATGCTCTCCAGAGTCATAAGTCTGTACATAGTTTATAAGGTATTTAAGCTCTTCCTGTTGTCCACACTGTATGTGTGCTTATCTCTT---TTTTTGTTGTTTTGCAA--CACTA-T--------------TTT--------------------------GATTATTTTGTA---------------CTCTTGATCTTGA---A-CA-CTTTTTACAGCTACTCACCGACAGATACAGCAGCAGCATTGGCGATAGATATAGTCC-GCA |
| droMoj3 | scaffold_6473:9511513-9511636 - | TTATT--AATTTTTT-AG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTA-T--------------TTT------------------------G-ATCAGTTTTGATTTGTT-TTT----TACTCTTGATCTTCA---TCGATTGTTTTGCAGCTACTCACCGACAGATACAGCAGCAGCATTGGCGATAGATATAGTCC-GCA | |
| droGri2 | scaffold_14853:5165848-5165963 + | TTATT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GT---------TTATTTGCAA--CTATAAA------------C--TT--------------------------GATTAT---------T-----GGTTTATTCATAATATTCA---T-CA-CTTTTTGCAGCTACCCAACGACAGATACAGCAGCAGCATTGGCGATAGATATAGTCT-GCA | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:8030331-8030451 + | TTTTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GC---------TTTTTCAAT--ATAATAA-------------A--TA--------------------------GATT-----TATTAGAT-TTT----TTTTTGTTATTTTCG--AC-AACTTTTTTTCAGCTATCCACGGACAGATACACCAGCAGCATTGGCGATAGATATAGTCC-TCT | |
| dp5 | XL_group1e:10471207-10471336 + | TATTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTA----TTGTTATTTTTAAGT--------------------------------TT---TTCTTA--TTT--TCATAATATTAAATTTCT-TGTTGTT-----------TGAA-TATCGATTTGTTTTCAGCTTTCCACGGACAGATACAGCAGCAGTATCGGCGATAGATATAGTCC-ACA | |
| droPer2 | scaffold_69:47954-48011 - | T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTCAGCTTTCCACGGACAGATACAGCAGCAGTATCGGCGATAGATATAGTCCGGCA | |
| droAna3 | scaffold_13047:1703111-1703252 + | CTTTTT--TCC-------------------GTTCACTCTATTTCCGTTTTTAGTTCTCCTATATTGCATTACGGAC-------------TATTTATTTTTTACCTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATTATTTTATA--------------------------------------ATTTCCAGCTACTCACCGACAGATACAGCAGCAGTATTGGCGACAGATATAGTCC-CCA | |
| droBip1 | scf7180000396740:537225-537370 + | CCCCC--CATTTTCC-GT--------------------------------------------ATTATATTACGAATTTTTCACTTAAGTTATTTATTTGTTAATTTTAGTATTTTATGATTTTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-TAAACACA-TTCTTTTCAGCTTCTCACCGACAGATACAGCAGCAGTATTGGCGATAGATATAGTCC-CCA | |
| droKik1 | scf7180000302685:799324-799418 + | TTTTAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TT---------------------------------------------------------------------------AATTTAAA---------------TTTTTTATTTATAACACCCAT--TTTTGCAGCTACTCACCGACAGATACAGCAGCAGCATCGGGGATAGATATAGTCC-GCA | |
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Generated: 05/16/2015 at 11:24 PM