ID:dvi_17827 | 
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		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
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| -1.3 | -0.8 | -0.6 | 
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exon [dvir_GLEANR_12569:2]; CDS [Dvir\GJ12612-cds]; intron [Dvir\GJ12612-in]
| Name | Class | Family | Strand | 
| (TG)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + | 
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TTTCAAGCGCTCGCTCGCTTGCTCTCTCAGTTACACACACACACGCATACACACACACACACAGGCAGGCAGGCAGGCAGTGAATTGCGCCTTCTAAACTGCTGCATCACAAGCCAAATACTCTCACTTCACGTCGCCCACTCTCCCGCTCTCTAACTTAATCTACAAATAGTGCATTATAAAAGTGTTGCCTACTTTCAGGGTGGCTCAGAAAATGACAGACGCGACAGCATTGCGAGCAGCTCGGTTGC *******************************************************************************************************************************..............................................(((((.....))))).**************************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body  | 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ........................................................................................................CATCACAAGCCAAATACTCTCACTT.......................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ............................................................................................................................................................................................................GGCTCAGAAAATGACAGACTCGACAGC.................... | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................................................................................................................TCAGAAAATGACAGACGCGACAGC.................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .......................................................................................................................................................................................................................................ATTGCGAGCAGCTCGGTT.. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................................................................................................................................CGACAGCGTTGCGAGCAGCTCG..... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................................................................................................................CAGAAAATGACAGACGCGACAGCAT.................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ............................................................................................................................................................................................................GGCTCAGAAAATGACAGACGCGACA...................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................................................................................................ATAGTGCATTATAAAAGTGTT.............................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................................TCACGTCGCCCACTCTCCCGCT..................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................................................................................................................................................................................................GAAAATGACAGACGCGACAG..................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ............................................................................................................................................................................................................GGCTCAGAAAATGACAGACGCGACAGC.................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................................................................................ATTACAAAAGTGTTGCCTACTTTCAG.................................................. | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ...................................................................................................................................................................................................TTTCATGGTGGGTTAGAAAAT................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..TCAAGCGCTCTCTCGCTGGT..................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................................................................................CCTTAACCTACAAATAGT.............................................................................. | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ..........................................................................................................................................................................................................................CAGAGGCGCCAGCATTGCAA............. | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| .......................................................................................................................................................................................................ATGGTGGGTTAGAAAATGACA............................... | 21 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| 
AAAGTTCGCGAGCGAGCGAACGAGAGAGTCAATGTGTGTGTGTGCGTATGTGTGTGTGTGTGTCCGTCCGTCCGTCCGTCACTTAACGCGGAAGATTTGACGACGTAGTGTTCGGTTTATGAGAGTGAAGTGCAGCGGGTGAGAGGGCGAGAGATTGAATTAGATGTTTATCACGTAATATTTTCACAACGGATGAAAGTCCCACCGAGTCTTTTACTGTCTGCGCTGTCGTAACGCTCGTCGAGCCAACG
 **************************************************************..............................................(((((.....))))).*******************************************************************************************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V116 male body  | 
	M027 male body  | 
	M028 head  | 
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	M047 female body  | 
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	SRR060661 160x9_0-2h_embryos_total  | 
	SRR060666 160_males_carcasses_total  | 
	SRR060668 160x9_males_carcasses_total  | 
	SRR060678 9x140_testes_total  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....................................................................................................................................................................................................AGTCCCACCGAGTCTTTTGCT................................. | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................................................................................................................................................GGATGAAAGTCCCACCGAGTC........................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................................................................................................GATGAAAGTCCCACCGAGTCT....................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................CGACGACGTAGTGTTCGGTTT..................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................AGAGTGAAGTGCAGCGGGTGA............................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ............................................................................CGTCACTTAACGCGGAAGATT.......................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................TGTGTGTGTCCGTCCGTCCGT................................................................................................................................................................................ | 21 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...GGTCGCGAGCAAGCGAACG..................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........................................................................................GATGATTTGACGACCTAG............................................................................................................................................... | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................CGGTCTATGTGAGTGAAGTT....................................................................................................................... | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................................................................................ATATTTTCCCAACGGATGAATGT................................................... | 23 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................................................................................................................AAAGGATCAAAGTCGCACCG............................................ | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................................CTTAACGCGGAAACTTTG........................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................GTGTGTGTGTGTGTCCGTCCGT.................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................TAGTCCCAAGGAGTCTTTTA................................... | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...................................GTGTGTGTGCGTATGTGTG..................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| .........................GTGTCAATGTGCGTGTGTGC.............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................................................................................................................................................................GTACCGCCCGACGAGCCAA.. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13049:1485507-1485757 - | dvi_17827 | -TTTCAAGCGCTCGCTCGCTTGCTCTCTCAGTTACACACACACACGCATACACACACACACACAGGCAGGCAGGCAGGCAGTGAATTGC-GCCTTCTAAACT--GCTG------------------------------------------CATCACAAGCCAAATACTCTCACTTCACGTCGCCCACTCTCCCGCTCTCTAACTTA--ATCTACAAATAGTGCATTATAAAAGTGTTGCCTACTTTCAGGGTGGCTCAGAAAATGAC------AGACGCGACA-----GC------------AT-----T-----------GCGAGCAGC---TCGGTTGC | 
| droMoj3 | scaffold_6654:2336914-2337164 + | -GCTGAAT---CGAATAGCTCGCTCGCGGGC----ACACACACATATAAACATGCGCACGTATACAAC----AGTG--------GT-GCTCTCTGCTAAGCT--GCAGTGAGTGCGCTACACATAACATAACAGCACAACACAACAGCAGCGAGCC----------CTCTTACTCAATCTAAA--GCTCTCTCCCTCGTTCAATT-------GTAAATT------TGCACAACTGTTGCCTATTTTTAGGGCTACTCAGAAAATGCGG------GACGCTCTA-----GC------------AT-----T-----------TCCAGCAGC---TCGGGGGC | |
| droGri2 | scaffold_15110:2588928-2589140 - | -TTTCAAGCGCTCT--------CTC------------------TCACAGACACACTGACACACACGCAAGCAAGTT--------GT-GT-CATTGCCAACACAAACAGCGCTTG-------------------------------AGCTGCGACGC----------AAGAGACTCAAACCAAG--ACTCTCTCTCTCTCTTATTCGCTCTCTTCAAACA------CTCAAAAACATTGCATACTTTCAGAGCGGCGTCGAAAATGAG------CGACGCGTGA-------------------------------GCATC--GCGAGCAGC---TCAGTTGC | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:7390941-7391012 - | -CGA---GCATTCGTTCTCTTTCCCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACA-----CTCAGGC------A--------------------------------------- | |
| dp5 | 2:3711825-3711903 - | -CAA---GAGCCGGCCAGCTTGGCCAGCAAC----ACGCACACACGCACACACGCATACGCACAAACAGACAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACA-----GGCAGTT------A------------------------------A------TT | |
| droPer2 | scaffold_18:133997-134065 - | -CAA---------------------------ACACACACACACACACAAACACACACACACACAGGCAGGCAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCA-----ATCAGTC------A-G-----TTAGAACCTT--TA------------------ | |
| droAna3 | scaffold_13337:14095430-14095530 + | -AAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTATTGCATACTTTCAGGCACCCACAGGAAATGGC------AAGGAAAATGGAGTCGAAACCGCAGCCATTGCAACATCAGAACAGAGACGCCTCAGCCAG------GC | |
| droBip1 | scf7180000396641:1190430-1190507 - | -AAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGTATTGCATACTTTCAGGCACCCACAGGAAATGGC------AGCGAAAATGGAGTCGAAGGCACAGCCATTGCAAC-----------------ACCA------------ | |
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| droEle1 | scf7180000491255:2927344-2927430 - | GTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCATACTTGCAGGCACACTCCCAAAATGCGGCACAAAGACGGAATA-----GTCAGAC------CAG-----CGAAATTAGC--GCTGCCAGCA--TTGTTGGC | |
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| droBia1 | scf7180000302428:3620054-3620108 + | -TT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTACTTTCAGGCACCCACCGGAAATGCGTCTCGAAGACGCGGTA-----GTCGCAC---------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415352:890159-890234 + | -TT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCATACTTGCAGGCACACACCGGAAATGCC------AGACGAAATA-----GTCGGAC------TAG-----CGAAAACAGT--GGGAACAGCGCT------TC | |
| droEug1 | scf7180000409711:845072-845146 + | -TT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCATACTTGCAGGCACAATCTGAAAATGCTACGCAAAGACGTGACA-----GTGGGAA------CAG-----TGAGAACAGT--TCAG------------CCG- | |
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| droEre2 | scaffold_4690:8558846-8558921 + | -AA----GCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCACACGCACACACACACCCACACACACACACACACACACACCCAC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACA-----G------------------------------------GCAG------------ | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droMoj3 | 
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| droGri2 | 
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| droWil2 | 
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| dp5 | 
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| droPer2 | 
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| droAna3 | 
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| droBip1 | 
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| droFic1 | 
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| droEle1 | 
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