ID:dvi_1764 | 
		Coordinate:scaffold_12723:5459535-5459812 + | 
		Confidence:Candidate | 
		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read | 
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CDS [Dvir\GJ18376-cds]; exon [dvir_GLEANR_2926:2]; CDS [Dvir\GJ18376-cds]; exon [dvir_GLEANR_2926:3]; intron [Dvir\GJ18376-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## GTCTGGATATTGCTCATTTTATTTCTTATCATTATCGTACCGTTCGTCGCGTAAGTAATACTTAGGTTTAAATTACACAAGTGATTGATTTAATATTCTTCCCTGAGCGTATCTCAAATAACAAATCATCTAAAGCAACCAAATTTGGTCGTCTTTTTTATACATAACAGATTTTAGTTTTTATGTCGAATAACAAATTGATGGTTATTGTATAGGTGTGACAATTCGAATTTAGCAGCTGTGTATAGGGTATTTTCTAGCCGACCTCCTCATAAATTTTTTTTTGTACCCACATAAACTAATTAAATGCTCCCTCAACGATAAACAGAGTCTGCTATTTCTGCTTTTGCTGCTGCCATTGCCCCAACGTCTGTCCAC **************************************************..(((.((((.(((((((..((((((....))))))))))))))))))))....((((((........................((....((((((((..(((...((((((((((((.....(((((((((((.....)))).)))))))..)))).))))))))...)))...))))))))....))(((((...((((((................................)))))))))))..........))))))................**************************************************  | 
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| ...TGGATATTGCTCATTTTGGTG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 6 | 2.50 | 15 | 5 | 6 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................TATCGTACCGTTCGTCGCGTA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTTCTGCTTTTGCTGCTGCCATTGCCC.............. | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..TTGGATATTGCTCATTTT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...TGGATATTGCTCATTTTGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...TGGATATTGCTCATTTTGGTC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................................................................................................................................................TGGGACAATTCTAATTTAGCC............................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................................CGTACCTCAAAGAACAAA............................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTTTGCTGCTGCCGTTGTCC.............. | 23 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAACTAATGAAAAGCTCCC................................................................ | 19 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ......................................AACGATCGTCGCTTAAGTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ........................................................................................................................................................................................................................TGGGACAACTTGAATTTAGC.............................................................................................................................................. | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................................................................................................................................................................................GATATTTTCTCCCCGACCT............................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| 
CAGACCTATAACGAGTAAAATAAAGAATAGTAATAGCATGGCAAGCAGCGCATTCATTATGAATCCAAATTTAATGTGTTCACTAACTAAATTATAAGAAGGGACTCGCATAGAGTTTATTGTTTAGTAGATTTCGTTGGTTTAAACCAGCAGAAAAAATATGTATTGTCTAAAATCAAAAATACAGCTTATTGTTTAACTACCAATAACATATCCACACTGTTAAGCTTAAATCGTCGACACATATCCCATAAAAGATCGGCTGGAGGAGTATTTAAAAAAAAACATGGGTGTATTTGATTAATTTACGAGGGAGTTGCTATTTGTCTCAGACGATAAAGACGAAAACGACGACGGTAACGGGGTTGCAGACAGGTG
 **************************************************..(((.((((.(((((((..((((((....))))))))))))))))))))....((((((........................((....((((((((..(((...((((((((((((.....(((((((((((.....)))).)))))))..)))).))))))))...)))...))))))))....))(((((...((((((................................)))))))))))..........))))))................**************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head  | 
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	SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total  | 
	SRR060665 9_females_carcasses_total  | 
	V116 male body  | 
	SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total  | 
	M047 female body  | 
	SRR060660 Argentina_ovaries_total  | 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ................................................................................................AGATCGGACTCGCATAGGGT...................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................AATGAGGGACTCGCATGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTGGGAGTTGCTATTGGGC.................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTCGGTAACGGGGTGGTAGA...... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................ACCATGCCAAGAAGCGCAT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................AAGAAAGAAGAGTAATAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGGGTGGGTTTGATTAATTT....................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................................................................................AAAAATACGACTTATTGTTT..................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................TTGCAAGCAGCGTAGTCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........TCGAGTAAAATACAGAATAATA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAAAAAACACAGGTGTATT................................................................................. | 21 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................CTGGTGGAGTAGTTAAAA.................................................................................................. | 18 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGGGTGGGTTTGATTAATT........................................................................ | 20 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGGAGTAATGAT.................................................................................................... | 18 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAAAACGTGGGTGTGTTT................................................................................ | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ................................ACAGCATGGCTAGCAGCC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................AATGAGGGACTCGCATGG......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12723:5459485-5459862 + | dvi_1764 | GTCTGGATATTGCTCATTTTATTTCTTATCATTATCGTACCGTTCGTCGCGTAAGTAATACTTAGGTTTA----AATTACACAAGTGATTGATTTAATATTCTTCCCTGAGCGTATCTCAAATAACAAATCATCTAAAGCAACCAAATTTGG---------------------------------------------------------TCGTCTTTTTTATACATAACAGATTTTAGTTTTTATGTCGAATAACAAATTGATGGTTATTGTATAGGTGTGACAATTCGAATTTA---GCAGCTGTGTA-------TAGGGTATTTTCTAGC----CGACCTCCTCATAAATTTTTTTTTGTACCCACA------TAAACT---AATTAAATGCTCCCTCAACGATAAACAGAGTCTGCTATTTCTGCTTTTGCTGCT---GCCATTGCCCCAACGTCTGTCCAC | 
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| droGri2 | scaffold_2066:2019-2109 + | ATCGTGCTCCTCCCACTACTCGCACTTATAATTATCAATCCGTTCATTGCGTAAGTAAAAAAACTGTTGTAATTGCTT----AA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTATTGACTTA | |
| droWil2 | scf2_1100000004830:207163-207528 - | GCATGGGTGTTCTTTCTATTGATACTTATCATTCTGATACCGTTTATAGCGTAAGTTTTTTTTT--------------------------------------TTACCAAAAATATACACAAATATCAAATCTGTTTGGCAAGTCAAATTGGGCTTAAACTATAACATTTTGTATATAGACTTGAGTAGAATCAGGAGTGTCCTTTTCACTCGTCTTTTTCCGAAATTGAAA----------------------------TGATTAATAT-------------------------CGCGAGAGCTGTGATTTTATTATAAGTAATGGTTTAGTCTAGAGTTTGCTTAATTCGGTTTGTTTTGCATTTTAA------TTACCATTGA--GTTTTATTTTCTCTACTTGTTACAGTGTCTGTTATTGCTGCTTTTGCTGCTGTCGCCGATGTCGGCAAGGATGTCCGC | |
| dp5 | XR_group8:3981364-3981467 - | CATAGATGTTTCCAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCTCCATATATCTCTCCACT---ACTCGACTA-------------CTACAGCGTCTGCTATTGCTGCCTTTGCTGCTGCCGCCGGTGCCGTCAGGGCTGTCCCC | |
| droPer2 | scaffold_29:213101-213157 - | ACAGCGTCTGCTATT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTGCCTTTGCTGCTGCCGCCGGTGCCGTCAGGGCTGTCCCC | |
| droAna3 | scaffold_13337:8995353-8995408 + | CAGTGTTT-GTTATT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTGCTTCTGCTGCTGTCGCCGGTGCCGTCAAGGCTGTCCGC | |
| droKik1 | scf7180000302577:1298196-1298255 - | ATTTGGATTCTCCTACTGCTGATACTGATCATTATCGTACCGTTTATTGCGTAAGTAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droEle1 | scf7180000491249:2178667-2178722 + | ATCTGGGTCTTCGTTCTCGTGCTACTCATCATTATCATACCGTTTATTGCGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droTak1 | scf7180000415378:297706-297797 + | ATCTGGGTTTTTATTCTCGTGGTGCTCATTATTATCATACCGTTTATTGCGTGAGTTTTATACTTATTTATGTAACTAATTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAGTAAT | |
| droEug1 | scf7180000409466:843287-843393 - | ATCTGTGTGTTTGTTCTTGTGGTGCTCATTATTGTTATACCGTTTATTGCGTGAGTGTTAAACACACCTAAATGTTTAATGA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTAGTATTTATATATATATTCCT | |
| dm3 | chr3L:3120348-3120404 - | ACAGCGTTTGCTATT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTGTTTCTGTTGCTGCCGACGATGTCGACAGGGATGTCCTC | |
| droSim2 | 3l:2978363-2978455 - | ATCTGGGTTTTTATTCTCGTGGTGCTCATTATAGTCATACCGTTCATTGCGTGAGTCTAAAGACCGTTGATTCAATTAACGTAGA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAACTAAT | |
| droSec2 | scaffold_2:3114182-3114237 - | ATCTGGGTTTTTATTCTCGTGGTGCTCATTATAGTCATACCGTTCATTGCGTGAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | 3L:8822905-8822964 + | ATCTGGGTTTTTATTCTCGTGTTGCTCATTATTATCATACCGTTCATTGCGTGAGTGTTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4784:3129116-3129210 - | ATCTGGGTTTTTATTCTCGTGGTGCTCATTATAATCATACCGTTCATTGCGTGAGTGCTAAGACTATTGAATCAGCTAACACAGA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAACCAATTT | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 | 
  | 
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| droMoj3 | 
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| droGri2 | 
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| droWil2 | 
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| droPer2 | 
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| droAna3 | 
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| droFic1 | 
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| droEle1 | 
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| droBia1 | 
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