ID:dvi_15945 |
Coordinate:scaffold_13047:7906718-7906912 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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| -25.9 | -25.8 | -25.8 |
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exon [dvir_GLEANR_8556:3]; exon [dvir_GLEANR_8556:2]; CDS [Dvir\GJ23199-cds]; CDS [Dvir\GJ23199-cds]; intron [Dvir\GJ23199-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AGGACATCAGAAGGAAGGCTACGGTCTGTCGTGGAATCCCAATTTGAATGGTAAGCACGAGGATAGATCCACAATGAATTGTTTAAATACCAGTGCTAGATTGGATTTTATAATATTTTGACGAAATTTGTTACCCAATGAAGGAGGCATCTCGGATCCCACAAAGGTCGCACTGTCCACAACATTTTCTTTTTATAACCCGTTTTGTATGTAGTTCTGTTTTCACTCAACATCTACCCCCTTAGGTTACTTGCTCTCGGCCTCGGACGATCACACCATCTGCTTGTGGGATATC **************************************************........(((((((((...(((....(((((..((((.(((((.....))))))))).)))))......(((((((..((((......((((((((......((((((......)).......))))......))))))))...))))..))))))).)))...))))))))).....................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528803 follicle cells |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..........AAGGAAGGCTACGGTCTGTCGT....................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................................................CGGCCTCGGACGATCACACCAT................ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................GGTTACTTGCTCTCGGCCTCGGAC........................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................CCTCGGACGATCACACCAT................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........AGAAGGAAGGCTACGGTCTGTC......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................CGGACGATCACACCATCTGCT........... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................GGATGTAGTTCTGTTTTCACTCAACATCTACCCCCTTAG.................................................. | 39 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................TTTCTTTTTATAACCCGTTTTGTA...................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................TGTGTTACCCAATGAAGGAGGCATC................................................................................................................................................ | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........GAAGGAAGGCTACGGTCTGTCGT....................................................................................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................................................................CTCGGACGATCACACCATCTGCTTGT........ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............AAGGCTACGGTCTGTCG........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................................................CGGCCTCGGACGATCACAC................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............GAAGGCTACGGTCTGTCGTGGAAT.................................................................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................TGCTCTCGGCCTCGGACGATCACACCA................. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCCTCGGACGATCACACCATC............... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................ATAACTCGTTTGGTATGTTGT................................................................................ | 21 | 3 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................CCATTTTCCTTTTATAAACCGT............................................................................................ | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................CATCTGCTTGTGGGCTCTT | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ..........AAGCAAGCCTACGCTCTGT.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..GACATCAGATGAAAGACTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
TCCTGTAGTCTTCCTTCCGATGCCAGACAGCACCTTAGGGTTAAACTTACCATTCGTGCTCCTATCTAGGTGTTACTTAACAAATTTATGGTCACGATCTAACCTAAAATATTATAAAACTGCTTTAAACAATGGGTTACTTCCTCCGTAGAGCCTAGGGTGTTTCCAGCGTGACAGGTGTTGTAAAAGAAAAATATTGGGCAAAACATACATCAAGACAAAAGTGAGTTGTAGATGGGGGAATCCAATGAACGAGAGCCGGAGCCTGCTAGTGTGGTAGACGAACACCCTATAG
**************************************************........(((((((((...(((....(((((..((((.(((((.....))))))))).)))))......(((((((..((((......((((((((......((((((......)).......))))......))))))))...))))..))))))).)))...))))))))).....................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528803 follicle cells |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060658 140_ovaries_total |
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SRR060666 160_males_carcasses_total |
V116 male body |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
M027 male body |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
V047 embryo |
V053 head |
M047 female body |
SRR060657 140_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ....CTAGTCTTCCTTCCAAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 3.60 | 72 | 72 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................GCTAGTGTGGTAGATCAA.......... | 18 | 2 | 1 | 3.00 | 3 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................................GGCTAGTGTGGTAGATCAA.......... | 19 | 3 | 4 | 1.25 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGCCTGCTAGTGTTTTAG............... | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....CTAGTCTTCCTTCCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 2 | 1.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................AAGTATTATCAAACTGCTTCA........................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......GTCTTCCTTCCGGTGCAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................GCTAGTGTGGTAGATCAATA........ | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....CTAGTCTTCCTTCCGAAGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 11 | 0.27 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..CTGTATTGTTCCTCCCGATG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................GAACGCGAACCGGAGCCTG........................... | 19 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....TAGTCTTCCTTCCAAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...GGTAGTCTTCCTTCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................................GGGCGAATCCAATGTTCGA........................................ | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...ACTAGTCTTCCTTCCGAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....TAGTCTTCCTTCCGAAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....CTAGTCTTCCTTCCGAAG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................ACCATGACAAAGGTGAGTTG................................................................ | 20 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................................GGAATCCACTGAAGAAGAG..................................... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........CTTGCTTCCGATGCTAGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......AGTCTTCCTTCCGAAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................AGTACTAGATGGGGGACTC.................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................GGTGTTGTAGAAGAGAAAGA................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................CGAGACAGTAGTGAGTTG................................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_13047:7906668-7906962 - | dvi_15945 | AGGACATCAGAAGGAAGGCTACGGTCTGTCGTGGAATCCCAATTTGAATGGTAAGCACGAGG---ATAGATCCACAA---TGAATTGTTTAAAT-ACCAGTGCTAGAT-------TGGATTTTATAATATTTTGACGAAATTTGTTACCCAATGAAGGAGGCATCTCGG-ATCCCACAAAGGTCGCACTG-----TCCACAACAT---------------TT-----TCTTTTTAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AACCC--GTTTTG--TATGTAGTTCTGTTTTCACTCAAC--------------------------------A--T-CTAC-C---CCCTTAGGTTACTTGCTCTCGGCCTCGGACGATCACACCATCTGCTTGTGGGATATC |
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| droWil2 | scf2_1100000004943:15882717-15882804 + | TTCTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTATTTTTTTTT-TT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAC--C---------------------------------------------------------------------TGT-CCCATTTTTAGGCTACTTGCTCTCGGCTTCTGATGATCACACTATCTGCTTATGGGACATC | |
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| droPer2 | scaffold_3:2759720-2759895 - | TGGCCACACGAAGGGGGGATTTGGCCTCTCCTGGCATCCGAAGCAGATGGGTAAGCCAAAGC-AGCGGTTA-CGCACCCA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAATCTACTCC----TCTTGGTAAAAT--CTCTTA--AATGTGAA------------------------------------------------------TCC-G---TTTTAAGGTTACTTGCTGTCGGCTTCTGATGATGAAAAAATATGCTTGTGGGACATT | |
| droAna3 | scaffold_13250:201889-201940 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGCTACTTGCTCTCGGCCTCCGATGATCACACCATATGCTTGTGGGACATC | |
| droBip1 | scf7180000396413:754608-754780 - | TGGTCACCAGAAGGAGGGCTACGGTCTTTCGTGGAACCCCAACCTCAACGGTAAGAAAAAC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTCATCA-----------ATAG---------------------------------------------------CAAG----------AAATTAATTCC----TTAATAAAAAAT--CTCTTC----TGTTT------------------------------------------------------TTCG-T---TTGACAGGCTACTTGCTGTCGGCCTCTGATGATCACACCATATGCTTGTGGGACATT | |
| droKik1 | scf7180000302706:408248-408356 + | AATAT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TT-----TATTTTTGA-AATTTGGGTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTC--AA------------------------ATCGAC--------------------------AATATTC--A-CAAC-C---TTTTCAGGCTACTTGCTTTCGGCTTCCGATGATCACACCATCTGCTTGTGGGACATC | |
| droFic1 | scf7180000454104:308086-308321 - | CGGTCACCAGAAAGAGGGCTACGGCCTTTCGTGGAATCCCAACCTCAATGGTGAGTGCGTAG---CTGTACTTATTT---TATCTGGTTTTAATTAACATTAGTGGAG---CCAATGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTATATTTGCTTTAACAA-----------------------------------------------------------------------------------A----------------------------------------------------------------TCAACTTAAAATATTTTACCTAAATACAATTTTATTCCTTG--TAT-CTTTTTCGCAGGCTACTTGCTGTCGGCCTCCGATGATCACACCATCTGCTTGTGGGACATC | |
| droEle1 | scf7180000486474:921585-921692 - | ACTATACAAAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAATTATTAATCATGATT-------------------------CTTGTCTGCCG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTT--G-------------------------------------------------ATCGTCT---TTCGCAGGCTACTTGCTGTCTGCCTCCGATGATCACACCATCTGCTTGTGGGACATC | |
| droRho1 | scf7180000777858:35065-35134 + | CGGGCACCAAAAGGAGGGCTACGGCCTCTCGTGGAATCCAAACCTCAATGGTGAGTGCAAAG---CTGTACCC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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Generated: 05/17/2015 at 03:41 AM