ID:dvi_1518 |
Coordinate:scaffold_12723:3599575-3599725 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -18.7 | -18.4 | -18.2 | -18.1 |
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exon [dvir_GLEANR_2522:1]; CDS [Dvir\GJ17952-cds]; intron [Dvir\GJ17952-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- AGCACGATACCCACGCAGAACATGTCGCACAAGGAACGCGCCGAGTTGCGGTAATTTAATGCACACATTTGCGTTTTAAAGCTTTTTTATTTTTTAATTGTCCCACATTGGTTTTGTAGTGAAGAAGCGCGCGAAATGTTCTATCATGCATACCATGCCTACATGGAGAACCCTATCCAGCCGATGAGCTGATGCCCCTCTCATGCAAGGGACGATACCGCGGCGTGACCCCCTCTCGCGGCGACATGGAC ************************************************************************************************((.((....((((((((..((((..................(((((..........(((((....)))))))))).))))..)))))))).))..))********************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
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SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060685 9xArg_0-2h_embryos_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060660 Argentina_ovaries_total |
SRR060683 160_testes_total |
SRR060658 140_ovaries_total |
SRR060666 160_males_carcasses_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...........CACGCAGAATATGTCGCACAAGGAAC...................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................AGAACATGTCGCACAAGGA........................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................AAGGGACGATACCGCGGC........................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................GAGAACCCTATCCACCGAATGA................................................................ | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............................ACAAGGAACGCGCCGAGTTGC.......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......TACCCACGCAGAACATGTC................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................ATTGTCCCACATTGGTTTTGTA..................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................TACCGCGGCGTGACCCCCTCT............... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................ACAGCCGATGAGCGGATGCCCC..................................................... | 22 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................CGCCTATCCAGCCGATGAGC.............................................................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................ATGTCGCACAAGGAACGCG................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................GCCTATCCAGCCGATGAGCTGAT.......................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................CAAGGAACGCGCCGAGTTGC.......................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................ATACCATGCCTACATGGAGAACGCCT............................................................................ | 26 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................TATCCAGCCGATGAGCTGATGC........................................................ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................CGATGAGCTGATGCCCCTCTCATGCA............................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................GCCTATCCAGCCGATGAGCT............................................................. | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................GAGAACCCTATCCACCGAAT.................................................................. | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................CTGAAGTAGCGCGCGAAA................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................CGGCGAGTTGCGTTAATTT.................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AAGCATTTTTATTTTTTAA.......................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................GCCGAGTTACGTTAATTT.................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................GCTGTTGCCCGTCTCATG.............................................. | 18 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................CGCAATGTTCTATCATGAG..................................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..................................................................................................................TTGCGTGAAGAAGCGCGCG...................................................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...TCGATTCCCAGGCAGAACA..................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TCGTGCTATGGGTGCGTCTTGTACAGCGTGTTCCTTGCGCGGCTCAACGCCATTAAATTACGTGTGTAAACGCAAAATTTCGAAAAAATAAAAAATTAACAGGGTGTAACCAAAACATCACTTCTTCGCGCGCTTTACAAGATAGTACGTATGGTACGGATGTACCTCTTGGGATAGGTCGGCTACTCGACTACGGGGAGAGTACGTTCCCTGCTATGGCGCCGCACTGGGGGAGAGCGCCGCTGTACCTG
**********************************************************((.((....((((((((..((((..................(((((..........(((((....)))))))))).))))..)))))))).))..))************************************************************************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060677 Argx9_ovaries_total |
M047 female body |
V053 head |
SRR060659 Argentina_testes_total |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| TCGGTCTATGGGTGCGTCTTC...................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................CCACACTGGGGGATAGCAC........... | 19 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .AGTGGTATGGGTGCGGCTT....................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| .........................GCGTGTGCCTTGCGCGGT................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................CTTTAACACGGTGTAACCAA.......................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12723:3599525-3599775 - | dvi_1518 | AGCACGATACCCACGCAGAACATGTCGCACAAGGAACGCGCCGAGTTGCGGTAATTT------AAT----------------------------------------------------------GCACACATTTGCGT-------------------------------------------TTTAAAGCTTTTT---------TATT----------------------------------------------------------------------TTT-TAATT-------------GTCCCA--CATTGGT---------TTTGTAGTGAAGAAGCGCGCGAAATGTTCTATCATGCATACCATGCCTACATGGAGAAC-CCTATCCAGCCGATGAGCTGATGCCCCTCTCATGCAAGGGACGATACCGCGGCGTGACCCCCTCTCGCGGCGACATGGAC |
| droMoj3 | scaffold_6500:15213975-15214219 + | AGTACGATGCCCACACAAAACATGTCGCACAAGGAGCGCGCCGAACTGCGGTAATTG------AAC----------------------------------------------------------ACAGCTACATATAAG------------------------------------------CATTG-----------------------CCTAATATGTCAATTT-----------------------------------------------------------------------------CTT--TTTTTTT----------TTTTAGCGAGGAGTCACGCGAAATGTTCTATCATGCATATCATGCCTATATGGAGAACGCATATCCTGCCGACGAGCTTATGCCACTTTCCTGCAAGGGACGGTACCGCGGTGTGACACCTTCCCGAGGTGATATGGAC | |
| droGri2 | scaffold_15252:4032089-4032351 + | AGCACGATTCCCACACAGAATATGTCGCACAAGGAACGTGCCGAACTGCGGTAAATACAAATGAAT----------------------------------------------------------GCA----------------------------------------------------------------------------------------------ATTATTC----------------TTTCAATACCTTCAACCATAG--G-AAAT----T------------------------T-CATTCTTTTTTTGGGGGGATGTGTAGTGAAGAGTCGCGCGAAATGTTCTATCATGCATATCACGCCTACATGGAGAACGCCTATCCCGCCGACGAACTGATGCCACTCTCCTGCAAGGGACGCTACCGCGGCGTGACGCCTTCGCGCGGCGACATGGAC | |
| droWil2 | scf2_1100000004521:12180497-12180809 - | AGCTCAATGCCTACCCAGAATATGTCGCACAAAGAGAGAACCGAATTAAAGTACATATCAAGAAACACTTGAAAGGGGTTACGTTG------------------------------AGTAGAACATAAAGACAAA----------------------------------------------AGTCG-----------------------TTCAAAATGTCAACGTAACCTTTTACGAGGAACTTTTAAATTAAATCTAACCA----------C----T------------------------T-TA--CTCCTA----------TTATAGGGAAGAGGCACGTGAGATGTTCTATCACGCCTATCGCGCTTATATGGAGAATGCCTATCCAGCAGATGAGTTGATGCCTCTCTCATGTAAGGGACGATATAGAGGAGTGACACCCTCACGTGGTGACATGGAT | |
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| droPer2 | scaffold_10:3192197-3192445 - | CG--CCATGCCCACACAAAATATGTCCCACAAGGAGAGAACGGAACTAAGGTAAGTG------GAT----------------------------------------------------------A-AGATAGTCCTAAG------------------------------------------TAGAGAGTAGT-T---------TAGT----------------------------------------------------------------------TTTACTCTT-------------ACTCCA--TTTTTGA----------CTGCAGGGAAGAGGCCCGCGACATGTTCTATCATGCATATCGTGCTTATATGGAAAATGCCTATCCAGCCGACGAGCTGATGCCTCTCTCCTGCAAAGGGCGCTATCGCGGCGTGACACCTTCACGGGGCGACATGGAT | |
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| droBip1 | scf7180000396572:506392-506720 + | CT--CCATGCCCACGCAGAACATGTCCAACAAGGAGAGGGCTGAATTGAGGTAAATC--AGGCACAACTAGCCATGG-TTGCTTAGATAGTTAGGTGTTTTAGTACTTGGCCAGTAATTAGAAACTAA-----TCTAATCACTGACTATGAAATGTAACCACGTAGATTGCATATTTCGATT--A--ATAAC-T---------TG-------------------------------------------------------------------------------------------------C-TC--ATCCAA----------TCGTAGGGAGGAAGCCCGAGATATGTTCTACCATGCATATCGTGCCTATATGGAGAACGCATATCCAGCCGATGAGCTAATGCCGCTGTCCTGTAAAGGACGTTATCGAGGAGTAACGCCTTCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droKik1 | scf7180000302468:1374557-1374729 + | TT--T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACAAT-T---------TGGC----------------------------------------------------------------------TGATTTCTG-------------ATTC-TG--ATTTGA----------TTTCAGGGAAGAAGCGCGGGACATGTTCTACCACGCATATCATGCCTATATGGAGAACGCTTACCCCGCCGACGAGCTAATGCCACTGTCCTGCAAGGGACGCTATCGCGGAGTGACGCCCTCTCGTGGCGACATGGAC | |
| droFic1 | scf7180000453925:817640-817778 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCCAGGGAAGAGGCACGCGAAATGTTCTATCATGCATATCACGCCTACATGGAGAACGCCTATCCCGCGGATGAGCTCATGCCGCTCTCCTGTAAGGGACGTTATCGTGGAGTGACGCCATCGAGGGGAGACATGGAC | |
| droEle1 | scf7180000491338:783540-783679 + | T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGCAGGGAAGAGGCCCGCGATATGTTCTATCATGCATATCACGCCTACATGGAGAACGCCTATCCGGCGGATGAGCTGATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGCTATCGCGGAGTGACGCCCTCACGAGGCGACATGGAC | |
| droRho1 | scf7180000777955:2707-2845 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTAGGGAAGAGGCCCGTGATATGTTCTACCATGCATATCACGCCTACATGGAGAATGCCTATCCGGCTGATGAGCTGATGCCGCTCTCCTGTAAGGGACGCTATCGCGGAGTGACGCCATCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droBia1 | scf7180000302408:3176241-3176435 - | TT--TTA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACATGTTTC---------TACC------------------------------------------------------ATTTAAGAAAATTGGCTCAACCAAT-------------AAATTC--TATTTGC----------TTTCAGGGATGAGGCTCGCGATATGTTCTATCACGCATATAACGCCTACATGGCGAACGCCTATCCAGCCGACGAGCTTATGCCCCTCTCGTGCAAAGGACGTTACCGCGGAGTGACGCCCTCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droTak1 | scf7180000415287:144789-144968 + | TT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAGT----------------------------------------------------------------------TTTAAATTTTTCCATAATTAAAACCCTG--TGTTTGC----------TTTCAGGGAAGAGGCACGCGATATGTTCTATCATGCATATCACGCCTACATGGAGAACGCCTACCCAGCCGACGAGCTGATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGCTATCGCGGAGTGACGCCCTCGCGTGGCGACATGGAT | |
| droEug1 | scf7180000409554:204010-204154 - | CG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGG----------TTTCAGGGAGGAGGCACGCGAAATGTTTTATCATGCATATCATGCCTACATGGAGAACGCTTATCCAGCTGACGAGCTAATGCCGCTCTCCTGTAAGGGACGTTATCGCGGAGTCACGCCTTCTCGTGGCGATATGGAC | |
| dm3 | chr2L:13193458-13193603 + | C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTTGC----------TTTCAGGGAAGAGGCTCGCGATATGTTCTATCATGCATACAACGCCTACATGCAGAACGCCTATCCAGCTGATGAGCTTATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGGTACCGAGGAGTGACGCCATCACGTGGCGACATGGAC | |
| droSim2 | 2l:12813976-12814121 + | C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTTGC----------TTTCAGGGAAGAGGCTCGCGATATGTTCTATCATGCATACAACGCCTACATGCAAAACGCCTATCCAGCTGATGAGCTAATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGGTACCGGGGAGTGACGCCATCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droSec2 | scaffold_16:1348018-1348156 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTAGGGAAGAGGCTCGCGATATGTTCTATCATGCATACAACGCCTACATGCAAAACGCCTATCCAGCTGATGAGCTAATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGGTACCGAGGAGTGACGCCATCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droYak3 | 2L:9617071-9617209 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTCAGGGAAGAAGCTCGCGCTATGTTTTATCATGCATATAACGCCTACATGCAGAACGCCTATCCTGCCGATGAGCTAATGCCGCTCTCCTGCAAAGGACGTTACCGAGGAGTGACGCCATCGCGTGGCGACATGGAC | |
| droEre2 | scaffold_4929:12246775-12246913 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTCAGGGAAGAAGCTCGCGATATGTTCTATCACGCATATAACGCCTACATGCAGAACGCCTATCCAGCTGATGAGCTAATGCCGCTCTCCTGCAAGGGACGCTACCGAGGAGTGACGCCATCGCGTGGCGACATGGAC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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Generated: 05/17/2015 at 03:59 AM