ID:dvi_14956 |
Coordinate:scaffold_13047:773520-773670 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -22.1 | -22.0 | -22.0 | -21.8 |
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CDS [Dvir\GJ23645-cds]; exon [dvir_GLEANR_8982:4]; intron [Dvir\GJ23645-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ATTAAGGACGACACATACATATTGTCCTTGCGATGACGTCAACGCTGAGCGTAGCGTCGCTTGCCAGCAGTGAAGAAGATTGTAAGTGGGGGACAGCCGCAGTAACTATTTAGACATTCACATTCCGCAGATTAAATAAGCTTTGGCAGTCCATGCCGCAAGTCACGTACAGCTACTTATAGCATTTTGCATACATTGCAGCCACGCTCGCCAAGAATAACAGGCAGAAACGAAAGTTTCCTGGCACTGAT *******************************************************....(((.......................((((.((((.((((.(((...((((((....................)))))).))).)))).))))...)))))))***************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528803 follicle cells |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................ACAGCAGTGAGGAATATTG......................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 2.30 | 46 | 0 | 0 | 15 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 3 | 9 | 0 | 0 | 3 | 0 | 5 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................AACGAAAGTTTCCTGG....... | 16 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTTTGGCAGTCCATGCCGCAAG......................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................CTGGTAGTCCATGCCGTAA.......................................................................................... | 19 | 3 | 8 | 2.00 | 16 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 4 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................GTCGCTTGCCAGCAGTGAAGA............................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................TGCGATGACGTCAACGCTGAGCGTA...................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................TTGTCCTTGCGATGACGTCA.................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................GTCCTTGCGATGACGTCAACGCT............................................................................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................GACGTCAACGCTGAGCGTAGCGT.................................................................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................................ACGAAAGTTTCCTGGCACTGA. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TATTGTCCTTGCGATGACGTC................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........GACACATACATATTGTCCTTGC............................................................................................................................................................................................................................ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................CAGCAGTGAGGAATATTGGA....................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 5 | 0.60 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TGGTAGTCCATGCCGTAAA......................................................................................... | 19 | 3 | 17 | 0.53 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................AGCAGTGAAGAAGATTCCACG..................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................GATTGTTAGTGGGGTACAG........................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................GCAGTCCATACCGCACGTC....................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CCCTGGTAGTCCATGCCGCAA.......................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TGGTAGTCCATGCCGTAAAT........................................................................................ | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................CAGTCCATGCCACTATTCAC..................................................................................... | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CCAGCAGTTAAGCAGATTGAA....................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TGGCAGTCCATGCCGTAAAC........................................................................................ | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................TAACATGCAGGAACGAAA................ | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................CAGCAGTGGAGAATATTG......................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................ATGACGTCAACGCTGATGAT....................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................CAGACATTCACATCCCGCAC......................................................................................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................CTCGCAGTCCATGCCG............................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTATCGCAGTCCATGCCG............................................................................................. | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................................................ACCTGCCAGCAGTGACGAA.............................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TCGCAGTCCATGCCG............................................................................................. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
TAATTCCTGCTGTGTATGTATAACAGGAACGCTACTGCAGTTGCGACTCGCATCGCAGCGAACGGTCGTCACTTCTTCTAACATTCACCCCCTGTCGGCGTCATTGATAAATCTGTAAGTGTAAGGCGTCTAATTTATTCGAAACCGTCAGGTACGGCGTTCAGTGCATGTCGATGAATATCGTAAAACGTATGTAACGTCGGTGCGAGCGGTTCTTATTGTCCGTCTTTGCTTTCAAAGGACCGTGACTA
*****************************************************************************************....(((.......................((((.((((.((((.(((...((((((....................)))))).))).)))).))))...)))))))******************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060660 Argentina_ovaries_total |
V053 head |
M047 female body |
SRR060683 160_testes_total |
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SRR060659 Argentina_testes_total |
V116 male body |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
M027 male body |
M028 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..................................................................................................................GTAAGTGTAAGGCGTCTAATT.................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .............................CGCTACTGCAGTTGCGACTCGC........................................................................................................................................................................................................ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................GCTACTCGAATCGCAGCGAAC............................................................................................................................................................................................ | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...TTCCTGCTGTGTATGTATAAC................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................CTGTCGGCGTCTTTGGTTAAT........................................................................................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| .....CCTGGTGGGTATGTAGAACA.................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................AATCTGTCAGTCTAAGGC............................................................................................................................ | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................CCGTCACTTCTTCCAACAAT...................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................TCGGAACCGTCAGGTAATG.............................................................................................. | 19 | 3 | 14 | 0.14 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| ...........................................................................................CTGTCGGCGTCCTTGGTTAA............................................................................................................................................ | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_13047:773470-773720 + | dvi_14956 | ATTAAGGAC----G--ACACATA--------------------------------------CATAT--TGTCCTT---------GCGATGACGTCAACGCTGAGCGTAGCGTCGCTTGCCAGC---AGTGAAGAAGATTGTAAGTGGG------------------GGACAGCCGCAGTAACTATTTAGACA------------------------------------------------TTCACATTCCGCAGATTAAATAA---GC--TTTGGCAGTCCATGCC----------------GCAAGTCACGTACAGCTACTTATA----GCA-TTTTGC----------------------------------ATACAT-TGCAGCCACGCTCGCCAAGAATAACAGGCAGAAACGAAAGTTTCCTGGCACTGAT |
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| droGri2 | scaffold_14906:5537708-5537998 - | ATTACG-CTCTTTCTTCCACATACACAAACACACATTTATATATATAAATATATATATGTTTTTAT--TGTCCTT---------GCGATGACGTCAACTCAGAGTTCAGCGTCGTTTGCCAGC---AGCGAAGAAGACTGTAAGTGGA------------------GT-------------------------AACCTGCTCAACACA--TTGACAACCA-CCCACTCAAC---------------CACCACC---CACCCAA---CC--ACTC----------TC------------------TAGTCACGTACATCAACTTATA----GAC-TTTTACACGGA-----TTTT----------------------TTTT-TGCAGCCACGCTCGCCAAGAGCAACAGACAGAAGCGCAAATTTCCGGGCACCGAT | |
| droWil2 | scf2_1100000004902:9623685-9623946 - | ATTAAG-ACTTTTC--AAGTAC------------------------------------GT-TTTGTCGTATCC-TGTCCCGGCAGCAATGACGTCAACA---------------TTTCCCAGT---AGCGAAGAGGAATGTAAGCTTTGGGTGAGGAGTTTAAGGGGGAGGGCC-----AATAAAATAGGGAAA--------------------------GA-A--------------------------------AAAACGA---AC--TTTG----------CC------------------CAGTCACGTACAT--------AGTTAAAA-TTTT-CTCTTATT-T----TTTACCCACATTCTGTATGCC--TCTT-TTCAGCTGTTCTTGCCAAAAACAATCGACAGAAACGCAAATTTCCCGGAACCGAT | |
| dp5 | 2:1758809-1759009 - | -C-----------------------------------------------------------------------CT---------GCAATGACGTCAACG---------------TTGGCCAGCCTCAACGAGGAGGAATGTAAGCCTG------------------TAATAACTGCA----------------A--------------------------TC-C--------------------------------GAAACGA---AC--TTTG----------CCCCAGATCCCTTTTATGGCCGGTCACGTACGCCCGCT-GCAGTTAACACCTCT-C--CCACT-CC-----------------------C--TCTC-CGCAGCAAATCTTGCCAAGAACAACAGGCAGAAGCGCAAATTTCCTGGAACCGAT | |
| droPer2 | scaffold_7:1912206-1912406 - | -C-----------------------------------------------------------------------CT---------GCAATGACGTCAACG---------------TTGGCCAGCCTCAACGAGGAGGAATGTAAGCCTG------------------TAATAACTGCA----------------A--------------------------TC-C--------------------------------GAAACGA---AC--TTTG----------CCCCAGATCCCTTTTATGGCCGGTCACGTACGCCCGCT-GCAGTTAACACCTCT-C--CCACT-CC-----------------------C--TCTC-CGCAGCAAATCTTGCCAAGAACAACAGGCAGAAGCGCAAATTTCCTGGAACCGAT | |
| droAna3 | scaffold_13340:4696923-4697112 - | ATTAGT----CTCC--GGGCAC---------------------------------------CCCGC--TGTCC-T---------GCCATGGCGTCATCGC------------------------TCCCGGAGGAGGAGTGTAAGATAG------------------TGATG-GGGA-----------------AG----------------------CCACC-C--------------------------------GTATTGA---AC--TTTA----------CC------------------CAGTCACGT------------AGCTAATAATTTC-C--TCTTT-CC------------------------A-TTTTTTCAATCAGCCCTCTCCAAGAACAACAGACAGAAGCGCAAGTTCCCAGGCACTGAT | |
| droBip1 | scf7180000396359:492609-492802 + | ATTGGT-AGTCTCC--GGGCAT---------------------------------------CCCGC--TGTCC-T---------GCCATGGCGTCATCGC------------------------TCCCGGAGGAGGAGTGTAAGCTGG------------------AGAAG-GGGA-----------------AA----------------------CCA-C-C--------------------------------GTACTGA---AC--TTTA----------CC------------------CAGTCACGT------------AGCTAATAATTTC-C--TTTTTTCT------------------------ATTCTTTTCAATCAGCTCTCTCGAAGAACAATAGACAGAAGCGCAAGTTCCCGGGCGCAGAT | |
| droKik1 | scf7180000302388:1726356-1726407 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTGCCCTTGCCAAGAACAATAGGCAAAAGCGTAAGTTCCCCGGCACGGAC | |
| droFic1 | scf7180000454106:1834804-1834859 - | -T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCAGCTGCGCTGTCCAAGAATAATAGACAGAAAAGGAAATTCCCCGGCACGGAT | |
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Generated: 05/17/2015 at 04:30 AM