ID:dvi_14173 |
Coordinate:scaffold_13042:557783-557978 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -17.7 | -17.4 | -17.2 | -16.9 |
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CDS [Dvir\GJ15776-cds]; CDS [Dvir\GJ15776-cds]; exon [dvir_GLEANR_16213:2]; exon [dvir_GLEANR_16213:1]; intron [Dvir\GJ15776-in]
No Repeatable elements found
| mature | star |
| ##################################################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TTGCGGCGGCGCCATCATAGCGCCCGGCTACATAGATTTGCAAATCAACGGTAAACAAAAACAGTTACAGCCGCCAGCTAATTTCACTTTTCGATTTAATCTTATCGCCATTTGCTCCACTGTGCATGAACAAGATTGCCAATGAAATAAACACAATGCGTTAGAGCGGTGCAGCAATAGACAAAGACAGCAATAGGCAATTTGCATGCACGACTCACGCTCATTCGCTCTCTCGCTCGCTCTCAGGTGGCTACGGCGTGGACTTCTCGTACGACAAGGAGACAATTGAGGCCGGC **************************************************..............................................................(((..((((((((((.......(((........))).......)))))......)))))..)))************************************************************************************************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M028 head |
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V053 head |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
V116 male body |
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V047 embryo |
SRR1106730 embryo_16-30h |
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| .TGCGGCGGCGCCATCATAGCGCCCGGCTACA........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 31 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................CATTTGTTGCACTGTGCATGACC..................................................................................................................................................................... | 23 | 3 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................................................GGCTACGGCGTGGACTTCT............................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAAGGAGACAATTGAGGCC... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................ACAAGAACAGTTACAGCCG............................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................AAAATAAACACAATGCGTTAGAG.................................................................................................................................. | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................GCGTTAGAGCGGTGCAGCA........................................................................................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................CAGCAATAGACAAAGACAGCC........................................................................................................ | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................AACGGTAAACAAGAACAGTTA..................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CATAGATTTGCAAATCAACGGT.................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................................................................TACGACAAGGAGACAATT......... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAAGGAGACAATTGAGGC.... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................TTTGTTGCACTGTGCATGACC..................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.67 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................GTAAACAAAAACAGTTACA................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................ATCGCCATTGACTCCACTG.............................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 4 | 0.50 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TACAGCCGGCGGCTAATTCCA.................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................TTGTTGCACTGTGCATGACC..................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.33 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................ATTTGTTGCACTGTGCATGA....................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............CATGATAGCGCCCGGATA.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................ATTGCCAAGGAATTAAACACC............................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................ATCGCCATTGACTCCACT............................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TCGCCATTGACTCCACTG.............................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................AATCATCCGTAAACAAAAA........................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 13 | 0.15 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................................................GCCTACCGCTTGGACTTCTC............................ | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................CTGGTGGCTATGGCGCGGAC................................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................AGGTGGCTATGGCGGGGAG................................. | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........CGCCATGATCGCGCTCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................AGGGCGGTGAAGCAATAT.................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................AGGAGGCTATGGCGTGCA.................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
AACGCCGCCGCGGTAGTATCGCGGGCCGATGTATCTAAACGTTTAGTTGCCATTTGTTTTTGTCAATGTCGGCGGTCGATTAAAGTGAAAAGCTAAATTAGAATAGCGGTAAACGAGGTGACACGTACTTGTTCTAACGGTTACTTTATTTGTGTTACGCAATCTCGCCACGTCGTTATCTGTTTCTGTCGTTATCCGTTAAACGTACGTGCTGAGTGCGAGTAAGCGAGAGAGCGAGCGAGAGTCCACCGATGCCGCACCTGAAGAGCATGCTGTTCCTCTGTTAACTCCGGCCG
************************************************************************************************************************..............................................................(((..((((((((((.......(((........))).......)))))......)))))..)))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
SRR060664 9_males_carcasses_total |
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SRR060678 9x140_testes_total |
V116 male body |
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GSM1528803 follicle cells |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060670 9_testes_total |
SRR060655 9x160_testes_total |
SRR060656 9x160_ovaries_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
V053 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................GCATGCTGTTCCTCTGTTGAC........ | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................GGGCCGATGTATCTAAACGTT............................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................TATCGCGGGCCGACGTAT...................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................TAGCGGTAAACGAGGTGACAC............................................................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................GGTCGATTAAAGTGAAAAGCTAA........................................................................................................................................................................................................ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............TGTATCGCGGGCCGATGTATC..................................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........CGGTACTATCGCGGGCCT............................................................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................GTACCTGGTGAGTGCGAG.......................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................TGTCGTTTCCCGTTAAACGT.......................................................................................... | 20 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................AGCAATGCCGCACCTGATG.............................. | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................................AACGAGCTAGAGCCCACCGA............................................ | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CTAAAGGTTTAGTTGCCGTCT................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................CGTGCTGAGCGCGAGAAAT...................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................TCGTTATAACTGTTACTTTAT................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................................................................................................................................TTATTTGTGTTTCGCACT..................................................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................TATCTCGCCATGTCCTTAT..................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ........TGCCGTACTATCGCGGGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_13042:557733-558028 - | dvi_14173 | TTGCGGCGGCGCCATCATAGCGCCCGGCTACATAGATTTGCAAATCAACGGTAAACAAAAACAGTTACAGCCGCCAGCTAATTTCACTTTTCGATTTAATCTTATCGCCATTTGCTCCACTGTGCATGAACAAGATTGCCAATGAAATAAACACAATGCGTTAGAGCGGTGCAGCAATAGACAAAGACAGCAATAGGCAATTTGC---ATGCA------CGACTCACGCTCATTCGCTCTCTC-----GCTCGCTCTCAGGTGGCTACGGCGTGGACTTCTCGTACGACAAGGAGACAATTGAGGCCGGC |
| droMoj3 | scaffold_6308:593625-593753 + | GTGTTAGAGCAGCACAGATAGCTGCA-ATACATTAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CC---ATTCACATACATGA-TCAGCCTCTC---------TCCCTCTTTGTCCCGCAGGTGGCTATGGGGTTGACTTCTCCTACGACAAGGACACCATTGAGGCGGGC | |
| droGri2 | scaffold_15203:5882874-5882930 - | CTGCGGCGGCGCCATCATTGCGCCCGGCTACATCGATCTTCAAATTAACGG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAAACA | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:9310232-9310288 + | CT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTAGGTGGTTATGGTGTGGATTTCTCCTATGACAAAGACACCACCGAGGAGGGT | |
| dp5 | XL_group1e:7134914-7134976 + | CA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCCCGATCAGGTGGCTATGGTGTGGATTTCTCACACGACAAGGACACCATTGAGGAGGGC | |
| droPer2 | scaffold_13:1418770-1418820 - | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTGGCTATGGTGCGGATTCCCCGCCCGCCAAGGACACCATTGAGGAGGGC | |
| droAna3 | scaffold_13417:1654357-1654419 + | CG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTTCCCCAGGCGGCTATGGAGTGGACTTCTCCTACGACACCGACACCATCGAGGAGGGC | |
| droBip1 | scf7180000396621:225822-225915 - | TTGTGGTGGTGCCATCATCGCCCCCGGCTACCTGGATCTCCAGATCAATGGTGAGACGGTCCTCCAGAATCCACTAGCTATTCCTACCCTTTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droKik1 | scf7180000301542:38056-38207 + | AAATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAGAAATCGAAAAAATATTAGAGGAATTTCCAGAAAAGGGGATATTCAATGACC---ATCCA------CACCATAAATCCTTACCTTTCAAT-----CCCCCTTTGCAGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACAGAGACCATCGAGGAGGGC | |
| droFic1 | scf7180000451789:397358-397426 - | CTGCGGAGGAGCCATCATCGCCCCCGGCTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CATTGACCTTCAAATTAACGGTGAGTCCATAGA-AACAAT | |
| droEle1 | scf7180000491272:1183317-1183381 - | TTGCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTTCTACAGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACCGACACCATCGAGGAGGGT | |
| droRho1 | scf7180000779616:27161-27213 + | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGAGTGGACTTCTCTTACGACACCGACACAATCGAGGAGGGC | |
| droBia1 | scf7180000302126:2880560-2880611 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACGGATACCATCGAGGAGGGC | |
| droTak1 | scf7180000415248:190075-190126 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACGGAGACCATCGAGGAGGGC | |
| droEug1 | scf7180000409230:269015-269067 + | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTTTCCTTCGACACGGACACGATCGAGCAGGGC | |
| dm3 | chrX:20127009-20127092 - | ATGGCTGA------------------------TTAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCGAGTTCACA----------------------------------TTC-TCCACAGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCGTACGACACGGAGACCATCGAGGAGGGC | |
| droSim2 | x:18930070-18930122 - | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACGGAGACCATCGAGGAGGGC | |
| droSec2 | scaffold_8:2321227-2321279 - | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCTACGACACGGAGACCATCGAGGAGGGC | |
| droYak3 | X:19366063-19366115 - | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTAGACTTCTCCTACGACACGGAGACCATTGAGGAGGGC | |
| droEre2 | scaffold_4690:10220738-10220790 - | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGGCTATGGCGTGGACTTCTCCCACGACACGGAGACCATCGAGGAGGGC |
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Generated: 05/16/2015 at 09:19 PM