ID:dvi_13981 |
Coordinate:scaffold_12970:11080860-11081010 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -23.3 | -23.2 | -23.1 |
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exon [dvir_GLEANR_3454:2]; CDS [Dvir\GJ18623-cds]; intron [Dvir\GJ18623-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ATTTCAATTTGAAGTTCATAATTTTTGAAACTCCGGCAAGCTCTTGTTTAGCTTTTCGCGGGCGTTGCCATAGCTAAAAAAAAAAGTGGTTTAAATTTCGCGCAAAATATAAAACGATATTCAATTTCTTGTGAATTTTAACTTATTGTGCTTTCACTGAAACTGTTATTTACGCCCGACTATTTCTATATGCCTCCACAGATGGCTGCGTACAGTGCCATTCGAAGACTGATGAGCGCTGCGCCACCGAT **************************************************........(((((((....(((((..........(((((..........(((((....((((......(((((........)))))......)))))))))..)))))......)))))..))))))).......................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060657 140_testes_total |
M047 female body |
M061 embryo |
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SRR060656 9x160_ovaries_total |
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SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCGC............ | 20 | 0 | 1 | 3.00 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCGCTGC......... | 23 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................GTACAGTGCCATTCGAAGACT..................... | 21 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGC.............. | 18 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................CTGATGAGCGCTGCGCCACC... | 20 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................................TGATGAGCGCTGCGCCACC... | 19 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................ATGAGCGCTGCGCCACCGAT | 20 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCGCTGCGCCACC... | 29 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................CTGATGAGCGCTGCGCCACCGAT | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................GTGCCATTCGAAGACTGAT.................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................GAAGACTGATGAGCGCTGCGC....... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................GACTATTTCTATATGCCTCCACAGAT................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................TGCGTACAGTGCCATTCGAAGA....................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................GAAGACTGATGAGCGCTGCGCCACC... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................TCGAAGACTGATGAGCGCTG.......... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCT............. | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................GCCATTAGACGACTTATGAGCGCT........... | 24 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................ATGAGCGCTGCGCCACCG.. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................GACTGATGAGCGCTGCGCCACC... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCGCTGCGC....... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................CCATTCGAAGACTGATGAGCGCTGCGC....... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................GTGCCATTCGAAGACTGATGAGC.............. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................TACAGTGCCATTCGAAGACTGATTAGC.............. | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................TGCGTACAGTGCCATTCGAA......................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................ATTCGAAGACTGATGAGCG............. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................AGACTGATGAGCGCTGCGC....... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................GTACAGTGCCATTCGAAGA....................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................ACAGTGCCATTCGAAGACT..................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................ACTAATGAGCGCTGCGCCA..... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................GACTGATGAGCGCTGCGCCCCC... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................TTCTTGTGAATTTTAACTTATTG....................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................GATGAGCGCTGCGCCACC... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................CGAAGACTGATGAGCGCTGCGCCACC... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................AGTGCCATTCGAAGACTGAT.................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................GTACAGTGCCATTCGAAGACTGATGAGC.............. | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................TTTTGAAACTCCGTCGTGCT................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 5 | 0.60 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................ACTCATGAGCGCTCCGCCACC... | 21 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................TTGTGAAACTCCGTCATGCT................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 5 | 0.40 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................GTAATCTTTGAAACTCCGTC...................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................CTGTGATGGCTGCGTACAGTG.................................. | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................CTTGTGAAACTCCGTCAAGCT................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................CGTTGCCATTGCTCAAAGAAAA....................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .......................TTTGAAACTCCGTCGTGCT................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 19 | 0.16 | 3 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................TGTGAAACTCCGTCGAGCT................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ......................TTGTGAAACTCCGGCGTGC.................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................TTTGAAACTCCGTCGTGC.................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................GAAATAAAGAGTGGTTTAAA............................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
TAAAGTTAAACTTCAAGTATTAAAAACTTTGAGGCCGTTCGAGAACAAATCGAAAAGCGCCCGCAACGGTATCGATTTTTTTTTTCACCAAATTTAAAGCGCGTTTTATATTTTGCTATAAGTTAAAGAACACTTAAAATTGAATAACACGAAAGTGACTTTGACAATAAATGCGGGCTGATAAAGATATACGGAGGTGTCTACCGACGCATGTCACGGTAAGCTTCTGACTACTCGCGACGCGGTGGCTA
**************************************************........(((((((....(((((..........(((((..........(((((....((((......(((((........)))))......)))))))))..)))))......)))))..))))))).......................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
M027 male body |
V116 male body |
SRR1106730 embryo_16-30h |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................................................................................................................................................................................................................TCTGTCTACTGGCGACACGGT..... | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................CGGCCGTTCGAGAATAAATA........................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 11 | 0.36 | 4 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................TACTTACGCAGGTCACGGTAA............................. | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................CGGCCGTTCGAGAATAAA.......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................CGCAGGTCACGGTAA............................. | 15 | 1 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................ACGTACGCAGGTCACGGTAA............................. | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................CGGGCTGATAGAGAT............................................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...................................CATTCGAGAACAAAGCCAAA.................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12970:11080810-11081060 - | dvi_13981 | ATTTCAATTTGAAGTTCATAATTTTTGAAACTCCGGCAAGCTCTTGTTTAGCTTTTCGCGGGCGTTGCCATAGCTAAAAAAAAAAGTGGTTTAAATTTCGCGCAAAATATAAAACGATATTCAATTTCTTGTGAATTTTAACTTATTGTGCTTTCACTGAAACTGTTATTTACGCCCGACTATTTCTATA----TGCC---------TCCACAGA--TGGCTGCGTACAGTGCCATTCGAAGACTGATGAGCGCTGCGCCACCGAT |
| droMoj3 | scaffold_6473:10280010-10280214 + | ACTTGCAATTGAATTACAGTTATATTGTCGTCCAGC----------------------------------CCGCCATATGGGCGAGTGGCAAGCATTTCGATAAAATACTATTCGCGTATGAAGTGTTTTATGAAATTCGAATTAATTT----------------ATATGTATGTCGATGTGTTTAAACTTGTCTTTC---------TGTACAGA--TGCCTGCGTGCAATGCCATTCGAAGACTGAAGAGCGATGCGCCACACAG | |
| droGri2 | scaffold_15203:3059630-3059709 - | TATT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTATC----TGTTTGCATTACATTTGCAGA--GTCGTGCGTGCAGTGCCACTCCAAATCTGATGCGCGCTGCGCCACAGAC | |
| droWil2 | scf2_1100000004515:1053426-1053479 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A---TAGA--TAGCTGTGTTCAGTGCAATTCAAAGACTGAAGTACGTTGCGCCACCGAT | |
| dp5 | XL_group1e:3414200-3414256 - | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGCAGA--TGGCTGTCTCCAGTGCAATTCGAAAACGGAGCCCCGTTGCGCCACCGAT | |
| droPer2 | scaffold_17:350932-350988 - | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGCAGA--TGGCTGTCTCCAGTGCAATTCGAAAACGGAGCCCCGTTGCGCCACCGAT | |
| droAna3 | scaffold_13248:2560191-2560247 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTCAGA--TGGATGCATCCAGTGCAACTCGAAGACCAACGAACGCTGCGCCACCGAT | |
| droBip1 | scf7180000396429:416699-416755 - | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGCAGA--TGGATGCATCCAGTGCCACTCGAAGACCAATGTACGCTGTGCCACCGAT | |
| droKik1 | scf7180000301864:9555-9611 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGCAGA--TGGCTGCATTCAGTGCAACTCGAAGACCAACGAACGCTGCGCCACCGAT | |
| droEle1 | scf7180000490398:4466-4522 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCGCAGA--TGGCTGCATCCAGTGCAACTCCAAGACCAACGAACGCTGCGCCACCGAT | |
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Generated: 05/17/2015 at 04:03 AM