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Type:Unknown |
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No Repeatable elements found
| ##################################################-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## CCTTCGACAAGCTGAAGCTGACCAACAATCAGCTGGATGAGAATGGGCATGTGAGTAGCAGCCTTTAGTTGGGCCATAAATTTATGCTTATGGCTTTTGTTTATGCGGGGGAATAAAACATTTGGCTGCCGCCCGCGCCAAACAACATTTATTTGTTGTTGTGTTTTGAAAGCGCTAAACAAAAACCGGCAGCCGTCATCCGAAAGCACTCTGCACGCATATAACATACACATATGTCTTCCTCTCTGCCCCATACAATTGCCATTCACAGATCATATTGAACTCCATGCATCGCTACCAGCCGCGCTTCCACTTGGTCTA **************************************************((((((.((((((.......))(((((((........)))))))...(((...(((((((............(((((((((...(((((((((((((......))))))).))........))))...........))))))))).............))))))).)))....(((((....))))).....................)))).))))))..************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
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| .......................................................................................................TGCGGGGGGATAAATCAT........................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............................................GTGGAAGTGAGTAGCAGCCT................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................TGCGTGGGAATAAATCATT....................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................TATGCCCAACAATCAGCTGGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................TTTATTTGTTGTGGTGATTT.......................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................TTTTGCGGGGGGATAAATC.......................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................ACGGCTTCCTCTCTGGCCC..................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...............ATATGCCCAACAATCAGCTG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GGAAGCTGTTCGACTTCGACTGGTTGTTAGTCGACCTACTCTTACCCGTACACTCATCGTCGGAAATCAACCCGGTATTTAAATACGAATACCGAAAACAAATACGCCCCCTTATTTTGTAAACCGACGGCGGGCGCGGTTTGTTGTAAATAAACAACAACACAAAACTTTCGCGATTTGTTTTTGGCCGTCGGCAGTAGGCTTTCGTGAGACGTGCGTATATTGTATGTGTATACAGAAGGAGAGACGGGGTATGTTAACGGTAAGTGTCTAGTATAACTTGAGGTACGTAGCGATGGTCGGCGCGAAGGTGAACCAGAT
**************************************************((((((.((((((.......))(((((((........)))))))...(((...(((((((............(((((((((...(((((((((((((......))))))).))........))))...........))))))))).............))))))).)))....(((((....))))).....................)))).))))))..************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060659 Argentina_testes_total |
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M047 female body |
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V116 male body |
SRR060683 160_testes_total |
V053 head |
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SRR060656 9x160_ovaries_total |
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M027 male body |
SRR060673 9_ovaries_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
M061 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ........................................................................................................................................................................................TGGCCGTCGGAAGGAGGC....................................................................................................................... | 18 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................GTTTTCGGGAGACGTGCGTTT.................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................TTTCGAGAGACGTGCGTTT.................................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................................AAGGGTAAGTGTGTAGTAT............................................ | 19 | 2 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................................AATGGTAAGTGTGTAGTAT............................................ | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................ACGGCGGGCTCGGTTTGAGGT.............................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................TTTCGGGAGACGTGCGTT..................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAAGTGTGTAGTAT............................................ | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................CACGGCGGGCCCGGTTTG.................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................GTTGATAGGCGACCTACT......................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAGGGAAAGTGTGTAGTAT............................................ | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCGATGGCCGGCGCGATG........... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTATGCATCGATGGTCG................... | 19 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................................ATGGTAAGTGTGTAGTAT............................................ | 18 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGATGGTCGGGGGGAAGGT......... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................TCGTCGGAAATTAAGCAGG...................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12970:11066259-11066579 - | dvi_13978 | CCTTCGACAAGCTGAAGCTGACCAACAATCAGCTGGATGAGAATGGGCATGTGAGTAGCA---------------GC-------------------------------------------------------------------------------CTTTAGTTGGGCCATAAATTTATGCTTATGGCTT-------TTGTTTATGCGGGGGAATAAAACATTTGGCTGCCGCC--C--GCGCCAAAC-----AACATTT-ATTTGT------------------------------------------------------------T---------GTTGTGTTTTGAAAGCGCTAAACAAAAACC-----------GGCAGCCGTCATCCGAAAGCACTCT-------GC---------------ACGCATATAAC--ATACACA--T--------------------AT--------------------------------------G-----------------------------TC------TTC---------------CTCTCTGCCCCATACAA---TTG------CCATTCACAGATCATATTGAACTCCATGCATCGCTACCAGCCGCGCTTCCACTTGGT-----CTA |
| droMoj3 | scaffold_6473:10294529-10294905 + | CCTTCGACAAGCTGAAGCTGACCAACAATCAGCTGGATGAGAATGGGCATGTGAGTATTG---------------GC-------------------------------------------------------------------------------ATTTAATTGGGTCATAAATTTATGCTT--GGCTT--------TGTTTATGCGGGG-CATAAAACATTTGGTTGCTGCCACC--GCGCCAAAC-----GA-CAAC-A--------ACAAC-AA---CAACA-------------TCAAATGATTATTATTCGTGATTGTTGCTGT------GGTTGTGTTTGGAAAGCTCTAAACAAAAACC-----------GGCAGCTGCCATCCGATAGCACTCG-------GC---------------ATTCATAGAA--------CAC----------------------ATGTCATGATG----CTCTCTC--TCTCA-----------G-----------------------------CC------CTC------------GC-TCACGCTGTCC--ACAA---TTACCATTCCATTCCACAGATCATATTGAACTCGATGCATCGCTACCAGCCGCGCTTCCACTTGGT-----CTA | |
| droGri2 | scaffold_15203:3047118-3047512 - | CCTTCGACAAGCTGAAGCTGACCAACAATCAGCTGGATGAGAATGGCCATGTGAGTAA----AACAAATGAGCAGGC----------------------------------------------------A--------------------------TTTTAAATGGGCCATAACTTTATGCTT--GGCTTTTTATTTTTGTTTATGCGGGG-CATAAAACATTTGGTCGCCGCTCGC--GCCCCAAAC-----AACTGTT-ATTTGT------------------------------------------------------------TGT------TGTTTTGTTTTGAAAGCGCTAAACAAAAGCC-----------GGCAGCCGTCATCCAAAAGCACTCC-------AG--------------CAC--------T--CTGCTCAC----------------------AT-TCATGAAT----CTC--TCTCTCTCTCTC----------------CGTGTATCTATCTATATGTCTGTCTCTGTCCCTTTTCCCGCTAATGTGTTGC--------CAAACCAATTG------CCATTCACAGATCATACTGAACTCCATGCATCGCTACCAGCCGCGCTTCCACTTGGT-----CTA | |
| droWil2 | scf2_1100000004515:1068873-1069299 - | dwi_1046 | CCTTTGATAAATTGAAATTGACCAACAATCAGCTGGATGAGAATGGTCATGTGAGTTATGATTT--------T-TTTACATT------------------------------------------------TTGTTTATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGGGG--------------------------------------TTTGGG-GAGGGAACATTTGGTGCCTGTGTATACAAT--AAATTGTACCAACAAA-A--------ACAA---AAATTTACAATTTACTACGAAATGAAA---------TGAA-------------------------------------TGAGACGAAAACCACTTTCCATGTGGAAAGCATCGTCTAGTAATACTTTTTGGGTTATGCCCATATTACTCTTAC--------TCTATAC--ACATACCAATGAAATTTTCAACAAAT-----ATCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTC--------TC--------TCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTTTCTCTTT---------------------ATT--------------------TCATTCACAGATCATATTAAACTCCATGCATCGATATCAACCACGTTTCCATTTGGT-----ATA |
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| droPer2 | scaffold_17:342711-342788 - | CTTCTCT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C--CC-------------------------------------------------------------------------------CC---CC---------GTTCCGCTCTACAGATCATACTGAACTCGATGCATCGCTATCAGCCGCGCTTCCATCTGGT-----CTA | |
| droAna3 | scaffold_13248:2570004-2570251 + | CCTTCGACAAGCTGAAGCTCACCAACAATCAAATGGATGAGAATGGGCATGTAAGTGGCGTTAC----------------------------------------------------------------------------------------------TTACCTTAATTA-------------------------------------------------------------------------------------CTATA-ATTTATATT-------AATTACTCACCTTATCAGTTGTTTATT---------CACTTGA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAAT----CAC--TTTCCCTTACTTGATTCTGATCTCTAAACTTGAATTTAAT--------TATTTTTTATTAT---------------------T--------------------TTCCTTCCGCAGATTATTTTAAACTCTATGCACCGCTACCAGCCCCGATTCCACTTGGT-----TTA | |
| droBip1 | scf7180000396429:406929-407214 - | CCTTTGACAAGCTGAAGCTCACAAACAATCAGATGGATGAAAATGGGCATGTAAGTGGCACTAT--------T-ATC-------------------------------------------------------------------------------ATATA-TTAAAT----AATTTCAATTT--AGTTT--------T------------------------------------------------------------------------------AATTACTTACCTTATCATCTGATTAAT---------TACATGACTAGTCTTATGACTTCCATTATGTTTTTAATATACTT-----------------------------------------------------------------------------------------ACAG-------------------------ATAAAC----CTT--GATCTTCC---------TTATCAC------TTAATTAATCTTTATTTAATTTTTTAAATAT--------------------------------------------TTTCCAACAGATTATTTTAAACTCCATGCACCGCTACCAGCCGCGATTCCATTTGGT-----TTA | |
| droKik1 | scf7180000302393:120509-120620 - | CCTTCGACAAACTGAAGCTCACCAACAATCAGCTGGACGAAAATGGACATGTGAGTTCTTAATTCAACTAAAAC-G-----------------------------------------------------A--------------------------TTTCAATTGGGCTAAAAATTGA-------------------------------AA-TTTAAAACTTCT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000454045:1364643-1364722 - | GTTTCCCTC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--ATTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TC---------------------GTACACATTTGCAGATAATTCTGAACTCAATGCATCGCTATCAGCCCCGATTCCATTTGGT-----GTA | |
| droEle1 | scf7180000491338:315799-315871 + | TCCTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTCT---------------------ATCCCTTTCCAGATCGTTTTGAACTCGATGCACAGATACCAGCCAAGGATTCACTTGGT-----GCG | |
| droRho1 | scf7180000779334:282052-282178 - | AACTAAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CACGGCCGTCTGACAATACTCC-------AC--------------TAA--------T--CCCCCCA--T--------------------TT--------------------------------------G-----------------------------CA------TCT------------AT-TTCTGTTCT--------------------CCGCCCGCAGACGATCCTGAACTCGATGCACAAGTACCAGCCGCGTTTCCACCTGGTGCGAGCCA | |
| droBia1 | scf7180000302421:665609-665664 + | CCTTCGACAAGCTGAAGCTCACCAACAACCAGCTGGACGAAAATGGTCATGTAAGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415356:192836-192926 - | TCTTTAGCAAGGTGAAACTGACGAACAACACCCTGGATAATAATGGACATGTAAGTTTTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCACTATTGGGATTTATGGGGTTTTTT-----TTA | |
| droEug1 | scf7180000409765:9763-9825 + | TTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTCTTACAGATCATTCTGAACTCAATGCACCGCTATCAGCCGCGTTTCCATTTGGT-----GTA | |
| dm3 | chr2L:5413865-5414014 + | ACGTACATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--ATTA-------------------------TTGAGCCG------------------------------------------------------------TGTGTGC--GCTCCAAAC-----AAACAAC-------------------------A-------------ACA---------------------------------------------------------------------------------------------AACAATCC-------GC---------------ATTCAGGGAA-----------------------T---------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCTTCTCCAAAAAC---CCA------CTTTTTGCAGGTCGTGCTGAACTCAATGCACCGCTACCAGCCCAGGATCCACTTGGT-----CCG | |
| droSim2 | 2l:5219255-5219417 + | ACGTACATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--ATTA-------------------------TTGGGCCG------------------------------------------------------------TGTGTGC--GCTCCAAGC-----AAACAAA-A--------ACAACAAA---CAACA-------------ACA---------------------------------------------------------------------------------------------AACAATCC-------GC---------------ATTCAGGGAA-----------------------T---------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCTTCTCCAAAAAC---CAA------CTTTTTGCAGGTCGTGCTGAACTCAATGCACCGCTACCAGCCCAGGATCCACTTGGT-----GCG | |
| droSec2 | scaffold_5:3488549-3488711 + | ACGTACATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--ATTA-------------------------TTGGGCCG------------------------------------------------------------TGTGTGC--GCTCCAAGC-----AAACAAC-A--------ACAACGAA---CAACA-------------ACA---------------------------------------------------------------------------------------------AACAATCC-------GC---------------ATTCAGGGAA-----------------------T---------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCTTTTCCAAAAAC---CCA------CTTTTTGCAGGTCGTGCTGAACTCAATGCACCGCTACCAGCCCAGGATCCACTTGGT-----GCG | |
| droYak3 | X:12968812-12969024 + | CCTTTGACAAGCTGAAGCTCACCAACAACCAGCTGGACGAGAATGGTCATGTGAGTGCCTTCAG--------C-TCC-----TCGCTCTCTATTTATTTGAATATATTATTTATTATCTTATTTCATTGT--------------------------TTTAATTTGTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTTTAATTGGCATTGTATTTC--------CT-------------ATGCACTTGCAGATCATTCTGAACTCAATGCACCGCTACCAGCCGCGTTTCCATCTGGT-----GTA | |
| droEre2 | scaffold_4929:5495841-5495999 + | CGTACA-TT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--TTTA-------------------------TTGGGCCG------------------------------------------------------------TGTGTGC--GCTCCAAGC-----AAACAACAA--------ACAACAAA---C---A-------------GCA---------------------------------------------------------------------------------------------AACACTCC-------GC---------------ATTCATGGAA-----------------------T---------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCTTCTCCAAAAAC---C-------CACTTTTGCAGGTCGTGCTGAACTCAATGCACCGCTACCAGCCCAGGATCCACTTGGT-----GCG |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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Generated: 05/17/2015 at 04:01 AM