ID:dvi_13726 |
Coordinate:scaffold_12970:9127508-9127588 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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| -11.7 | -11.4 | -11.0 |
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CDS [Dvir\GJ18714-cds]; exon [dvir_GLEANR_3540:4]; exon [dvir_GLEANR_3540:3]; CDS [Dvir\GJ18714-cds]; intron [Dvir\GJ18714-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################---------------------------------------------------------------------------------################################################## TGATTGATCAGAAGCGTCATTTGCGCTTTGAGGACTGGAATGCGCACGATGTAAGCACCATTTGTCCATTTGTATTTTGACTATTTTTGCAGTCGCCTTAATTGTTGCTTGCATCTTTCTCTTGAATTTAGATTGAAACGTTGAACAAATATTTGTTTTTGACGTCCAAGCCAGCCATTTA **************************************************(((((((.((.(((.....(((((.............)))))......))).)).)))))))...................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
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SRR060664 9_males_carcasses_total |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
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SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
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V047 embryo |
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| ..........................TTTGAGGACTGGAATGCGCACGATATT................................................................................................................................ | 27 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................TTTTGACGTCCAAGCCAGCC..... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TTTGCGCTTTGAGGACTGG............................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................TATTTGTTTTTGACGTCCAAGCC......... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................................GTTGAAACGTTGAACAAATATTTGTT........................ | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................ACAAATATTTGTTTTTGACGTCC.............. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................TGTTGCTTGCATCTTTCTCTTG......................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................AATATTTGTTTTTGACGTCC.............. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................ATATTTGTTTTTGACGTCCAAG........... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .GATTGATCAGAAGCGTCATTTGC............................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............GCGTCATTTGCGCTTTGAGGAC.................................................................................................................................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................TTGAGGACTGGAATGCGC........................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................................................................................GGTTTTGACGTCCAAGCCAGC...... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............GTCATTTGCGCTTTGAGGAC.................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................TTGACCTCCAAGCCAGCCAT... | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....GATCAGAAGCGTCATTTGC............................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................TTTGACCTCCAAGCCAGCCATT.. | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GATATTGAAACGTTGAACAAATAT............................. | 24 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................CTTTGAGGACTGGAATGC.......................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................AATATTTGTTTTTGACGTC............... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................ACAAATATTTGTTTTTGACGTCCAA............ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................TTGAATATAGAATGAAACGTT....................................... | 21 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................AGTCGCCTTAATCGTCCCTT....................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................GACTTCCAAGCCAGCCGGTT. | 20 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................TTGTCGTCCAAGTCAGCCA.... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................GTTTTCGAAGTCCAAGCCA........ | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................TTGTGGCTAGCATCTTTCT............................................................. | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................GCACCAGTTGTCCAGTGGTA........................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................TTGGAATGAGTACGATGTAA............................................................................................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................ATTGGAATGAGTACGATGTAA............................................................................................................................... | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................GATTGAAACGGTGAAGAA................................. | 18 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................ACGTAGAACAAATATT............................ | 16 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................TTTTTAACGTCTCAGCCAGC...... | 20 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................CTTTGAAGACTGAAGTGCG......................................................................................................................................... | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......TTCAGAATCTTCATTTGCGC........................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .........................................................ACATTTGTCCAGTTGTATATT....................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................ATTGGAATGAGCACAATGTA................................................................................................................................ | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................TTGGAATGAGTACGATGTA................................................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
ACTAACTAGTCTTCGCAGTAAACGCGAAACTCCTGACCTTACGCGTGCTACATTCGTGGTAAACAGGTAAACATAAAACTGATAAAAACGTCAGCGGAATTAACAACGAACGTAGAAAGAGAACTTAAATCTAACTTTGCAACTTGTTTATAAACAAAAACTGCAGGTTCGGTCGGTAAAT
**************************************************(((((((.((.(((.....(((((.............)))))......))).)).)))))))...................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M028 head |
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M027 male body |
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M061 embryo |
SRR060664 9_males_carcasses_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....CTCGTCTTCGCAGTAAACGC............................................................................................................................................................ | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .............................................................................................................................................................GAACAGCAGGTTCAGTCGGTA... | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................................................................................ACAGCAGGTTCAGTCGGTAAC. | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................AAACTACAGGTTCGATCG...... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................CAGGTTCAGTCGGTAACT | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................CCAGCAGGTTCAGTCGGTAA.. | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................CAGCAGGTTCAGTCGGTAAC. | 20 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............CGCAGAAAACGCGAAAGTCG.................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12970:9127458-9127638 - | dvi_13726 | TGAT-TGATCAGAAGCGTCATTTGCGCTTTGAGGACTGGAATGCGCACGATGTAAGCAC-CATT--T--------------------------GTCCATTTG-----TATTTTG---AC--TA-TTTTTGCAGTC-----------------------GCCTTAATTGTTGCT----TGCATCTTT-----------------------------------------------------CTCT--TGAATTTAGATTGAAACGTTGAACAAATATTTGTTTTTGACGTCCAAGCCAGCCATTTA |
| droMoj3 | scaffold_6473:16249368-16249527 + | dmo_805 | TAGT-CGACCAGAAGCGTCAGCTGCGTTTTGAGGACTGGAATGCCCACGACGTGGGTAA-CAAGTGT--------------------------TTCTATCTTATATC----------AT--GC-CCTTC----------------------------------------------------------------------------------------ATCTTT-C------------CTCTCT--TTCCCGTAGATCGAAACGCTAAACAAGTACTTGTTCTTGACGTCCAAGCCAGTAATCTA |
| droGri2 | scaffold_15203:11811945-11812126 - | TGGT-CGAGCAAAAGCGTCACTTGCGCTTCGAGGATTGGAATGCACACGATGTAAACAA--------------------------------------------------TTT------T--GA----TAGCATTCTTGCTTATTTAATTGCAACAATTGCATCTCTTTTTGTT----TCTGTTTCT-----------------------------------------------------GTCT--CTGTTTTAGATTGAAACGTTGAACAAGTATTTGTTTTTGACCTCGAAGCCGGCCATCTA | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:3256772-3256944 - | TGAT-TGATCAGAAGCGTCATTTGCGCTTTGAAGATTGGAATGTCCATGATGTAAGTTT---------------------------------------------------------------------AACTGCT-----------------------GT-----------------CGCATCATCATATTAAACTTAATTAATCACTGATGTATTT-------C------------CTTTTC--TCTTTCTAGATTGAGACATTAAATAAGTATTTATTTTTGACCTCAAAACCAGTGATTTA | |
| dp5 | XL_group3a:907735-907919 + | TGAT-CGACCAGAAGCGTCATCTGCGCTTCGAGGACTGGAATGCCCACGATGTGAGCGA-GAAT--C--------------------------CCCCCTC-------------------TCAATCTTTGCATCCC-----------------------GCTCATACTAATGCTCTTC----------------------------------------GCTTTTG-CCCTCTC-----G-CTCGCTCTTGTGCAGATTGAGGCGCTCAACAAGTATCTGTTCCTGACATCGAAGCCGGTCATCTA | |
| droPer2 | scaffold_15:1989041-1989225 - | TGAT-CGACCAGAAGCGTCATCTGCGCTTCGAGGACTGGAATGCCCACGATGTGAGCGA-GAAT--C--------------------------CCCCCTC-------------------TCAATCTTTGCATCCC-----------------------GCTCATACTAATGATCTCC----------------------------------------GCTTTTG-CCGTCTC-----G-CTCGCTATTGTGCAGATTGAGGCGCTCAACAAGTATCTGTTCCTGACATCGAAGCCGGTCATCTA | |
| droAna3 | scaffold_13337:3499853-3499952 + | TGGT-CGACCAGAAACGCCAGCTGCGCTTCGAGGACTGGAATGCCCACGAC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCGAGACATTAAACAAGTATCTGTTCCTGACCTCTAAGCCGGTCATTTA | |
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Generated: 05/16/2015 at 09:10 PM