ID:dvi_12393 |
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Type:Unknown |
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| -6.4 | -6.1 | -6.1 | -5.7 |
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exon [dvir_GLEANR_551:1]; CDS [Dvir\GJ20052-cds]; intron [Dvir\GJ20052-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| (TG)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + |
| (GAA)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + |
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SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
M028 head |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ............................................................................................................................................................................TTTCGTTGCGATTGTCAG............................................................. | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................TTTCGTTGCGATTATCAG............................................................. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................ATACCGCAATGCACAGGCTGG......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......ATTGAGGAAACGCTCCTGGT................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TCCTGGTCAAATACCGCAAT.................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................CCGCAATGCACAGGCTGG......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......ATTGAGGAAACGCTCCTGGTCA............................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...ATTATTGAGGAAACGCTCCT.................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........GAGGAAACGCTCCTGGTC................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......TTCAGGATACGCTCCTGGTCA............................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................CCCCGATTTGTATTTTATTTTT................................................................................................................ | 22 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................CGCAATGCACAGGCTGGAC....................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................TTCTTCTTCTTCGTCTTTGACTTCT......................................................................................................................................................................... | 25 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................CCCCGATTTGTATTTTATT................................................................................................................... | 19 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................ATAGGTCTTCTTCTTCTTCTTCC.................................................................................................................................................................................. | 23 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................AGGAGCCGTAGAAATCGGG. | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GCGTAATAACTCCTTTGCGAGGACCAGTTTATGGCGTTACGTGTCCGACCCATTCAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAAGAAGACGCGACAGAGTAAGAGAGATTGACAATTTAACGGGGGTAAAAATAAAATAAAAATAGATAAGAGAACGCAACCGGGAACAATAGTTAAAAGCAACGCTAATAGTCATATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTGTGTGCGCCAATCGCCTCGGAATTTTTAGCCCA
**************************************************..................................((.....................(((((.((((..........................((....(((((.(((...(((....)))...))).)))))..)))))).)))))..))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
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SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
GSM1528803 follicle cells |
M027 male body |
V116 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...........................................................................................................ACAACCTAACGGAGGTAAAAAT.......................................................................................................................... | 22 | 3 | 11 | 0.18 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................ACAACCTAACGGAGGTAAAAA........................................................................................................................... | 21 | 3 | 19 | 0.16 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................ATAGTAACGCTAGTAGTCATA.......................................................... | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................TTCAGAAGTGGAAGCAGAAGAA................................................................................................................................................................................. | 22 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................AGAAGAAAAAACTGAAGAAG....................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................TTCAGAAGTGGAAGCAGAAGA.................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................AGTGGAAAGTGAAGAAGA...................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................................................AAAATAGACAAGGGAACG.................................................................................................. | 18 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................TCAAAAGAAGAAGAAGAAGA.................................................................................................................................................................................. | 20 | 1 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................CAGAAGAAGAAGAAGAAGAA................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................................................................................GTGTGTGTGTGTTGTGTGT............................. | 19 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................CAGAAGAAGAAGAAGAAG................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................ATTCAGATGAAGTAGCAGA..................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_12963:17622503-17622753 - | dvi_12393 | CGCATTATTGAGGAAACGCTCCTGGTCAAATACCGCAATGCACAGGCTGGGTAAGTCTTCTTCTTCTT-----------------------CTTCTTTC-AC---TT--CTTCTGCGCTGTCTCATTCTCTC---------------------------------TAACTGTTA------------------------AATTGC------------------------CCCCATTTTTATTTT-ATTTTTATCTA--------TTCTC----------TTGCGTTGGCCCTT-----GTTATCAATT--TTC---GTT---GCGATTATCAGTATAAC-A--------------CACACACAC--ACAC--ACACA-----------------ACACACACGCGGTTA-GCGG-----------AGCCTTA-AAAATCGGGT |
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| droGri2 | scaffold_15252:15047723-15047977 - | CGTATTATCGAGGAAACGCTTCTGGTCAAATACCGCAATGCACAAGCAGGGTGAGTCTTCTTCCTCTA-----------------------CTTGTATC-----------------GCTGTCTCATTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCGTAACTGTAA-------------------------AGTGC------------------------CCCCATTT-TATTTG-TCGTTTATCTA--------ATTTCTT-------------------------GGCTTATCAGT---TTT---CATTATGTGTTTATCAGTGTATT-T--------------CACACACATTTATAT--ATTTA-------------------------T-----A-GGGTAGCCTTA-------C-AA-AACATCGGGT | |
| droWil2 | scf2_1100000004577:2076564-2076661 + | CGCATCATCGAGGAGACCCTTTTGCTTAAATATCGCAATGCCCAGGCCGGGTAAGTTAAAATT------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------A--ATGTGACC---------TTATT---TT-TTT--AGTTT--------CACTTTATCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 4_group4:2664875-2665096 + | CGGATTATAGAGGAGACACTCCTTGTCAAATACCGCAACGCCCAGGCCGGGTGAGTGTTCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------ACATAACTGTAA---------------GGCAGTAA--TGTGACC---------TTATT------GCCACCATTT--------TGGTTTATCTATGTATGTACTTCCTCTCCTC---CTGCACTCCCTACCGC-GTGTTATCAGC---TTC---GAT---TTCTTTATCAGTCC-GTAC--GT-------------------------------ATACTCTAGCTCT-------------------------------AGCTCGGAGTAA-AAGTTCGGGT | |
| droPer2 | scaffold_10:1673731-1673954 + | CGGATTATAGAGGAGACACTCCTTGTCAAATACCGCAACGCCCAGGCCGGGTAAGTGTTCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------ACATAACTGTAA---------------GGCAGTAA--TGTGACC---------TTATT---GC-TCCACCATTT--------TGGTTTATCTATGTATGTACTTCCTCTCCTC---CTGCACTCCCTACCGC-GTGTTATCAGC---TTC---GAT---TTCTTTATCAGTCC-GTAC--GT-------------------------------ATACTCTAGCTCT-------------------------------AGCTCGGAGTAA-AAGTTCGGGT | |
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| droEle1 | scf7180000491186:385609-385807 + | CGTATTATAGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGTAATGCCCAAGCAGGGTAAGTGCCAATTTTCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCC-------CC---------------------AATTTCC--------CT-TCCACCATTT--------TGGTTTATCTA-----------------------CTGCATTCCCCACC-----GTTATCACCA---TC---GGC---GTTGTTATCAGCTTCGT-T--GTCCCC---TGTCATTCGCAC--CCGC--TCTC-------------------------CT-----T-GCG------------GGAA-CC-AATTTCGGGT | |
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| droBia1 | scf7180000302422:7668148-7668353 - | CGGATTATCGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGTAATGCCCAGGCGGGGTAAGTCTCCAGTTTC-----------------------------------------------TTTG------------------------------------------------------CA-GTCCCGTT--CCC---------------------GATT--------------TCCACCATTT--------TGGTTTATCTT-----------------------CTGCCTTCCCCACC-----GTTATCACCA--GTC---GGC---TTTGTTATCAGTTTCGT-C--GCCC-C---ACTCGCTCGCAC--CCGCCCTCTC-------------------------CT-----T-G-G------------GGAATAATAAATTTGGGT | |
| droTak1 | scf7180000415115:141727-141944 - | CGGATTATCGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGTAATGCCCAGGCGGGGTAAGTTTCTACTTTCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCC-------CCAGTCCCGTAC-CA--------AATTTCCCTTTT---AT-TCCACCATTT--------TGGTTTATCTA-----------------------CTGCATTCCCCACC-----GTTATCACCC--GTC---GGC---TTTGTTATCAGTTTCGT-C--GCCCCC---TCTCGCTCGCAC--CGGC--TCTC-------------------------CT-----T-G-G------------GGAATAATAAATTTGGGT | |
| droEug1 | scf7180000409767:873770-873828 - | CGGATTATCGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGAAATGCCCAGGCGGGGTAAGTTTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droSim2 | 2l:19881502-19881667 + | CGGATTATCGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGTAATGCCCAGGCTGGGTAAGTCAATGCCTTCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCCCGTTTCCCC---------------------AATTTCC--------AT-TCCACCATTT--------TGATTTCTATG-----------------------CTGCATTCCCCACCGTTCTGTTATCACCA--GTC---AGC---TTTGTTATCAGTTTCGT-T--GC-------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_18:305415-305580 + | CGGATTATCGAGGAGACGCTGCTGGTCAAATACCGTAATGCCCAGGCTGGGTAAGTCAATGCCTTCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCCCGTTTCCCC---------------------AATTTCC--------AT-TCCACCATTT--------TGATTTTTATG-----------------------CTGCATTCCCCACCGTTCTGTTATCACCA--GTC---GGC---TTTGTTATCAGTTTCGT-T--GC-------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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