ID:dvi_10975 |
Coordinate:scaffold_12963:8581707-8581857 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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CDS [Dvir\GJ17229-cds]; exon [dvir_GLEANR_1834:2]; intron [Dvir\GJ17229-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ATCAATATTTCAATAACGGTCCAAAATGCAGATTCCTATATGAAAATGTTTTGATATCTTGGTGAAATCGGGTATTTACCAAGCATCTTACCAATATCAGACTACAATATTGCCAAGTTCATGTAGAAAGTTTCTGTTTTGTTAATGCCACATGGTTATTTCTTCTTCTAAAGCACTCACTAATAAAGATTCTCCCTGTAGCCATATACAACGAGGTGGAGCGAGTGCGTGAGTTCATCAAGAAGGGTCAG **************************************************((((((((((((((((........)))))))))..........))))))).(((((..(((....)))...)))))..(((...(((((((.....(((....)))............)))))))...)))....................************************************************** |
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V053 head |
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V047 embryo |
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| .......................................................................................................................................................................................................................GTGGAGCGAGTGCGTGAGTTCATC............ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................ATACAACGAGGTGGAGCGAGT......................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................TTTACAACGAGGTGGAGCGAGTGC....................... | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................AGCCATATACAACGAGGTGGAGC............................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................ATTTCTTCTTCTAAAGCACTCACTAATAGAGATTCTCCCTGTAG.................................................. | 44 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................ATATACAACGAGGTGGAGCGAGTGC....................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TGAGATCTTGGTGAAATCGCAT.................................................................................................................................................................................. | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................ATACAACGAGGTGGAGCGA........................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................AGCGAGTGCGTGAGTTCATCAAG......... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................AACGAGGTGGAGCGAGTGCGTGAGT................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................ACGAGGTGGAGCGAGTGCGTGAGTTCA.............. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CTATATGAGCATGTTTTGATATAT................................................................................................................................................................................................ | 24 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................TGAGATCTTGTTGAAATCGGC................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................TGTTTTGATGTCTTGGTC........................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................GCAAGATCGTGAGTTCATC............ | 19 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................CGAGAGCGTGAGTTCTTC............ | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................TGAGATCATGGTGAAAGCGG.................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................CTATTTCTTCTTCTAAACCAT........................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................GAGCCTTGTACAACGAGGT.................................. | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................TGGCACATCGTTATTTGTTC...................................................................................... | 20 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TAGTTATAAAGTTATTGCCAGGTTTTACGTCTAAGGATATACTTTTACAAAACTATAGAACCACTTTAGCCCATAAATGGTTCGTAGAATGGTTATAGTCTGATGTTATAACGGTTCAAGTACATCTTTCAAAGACAAAACAATTACGGTGTACCAATAAAGAAGAAGATTTCGTGAGTGATTATTTCTAAGAGGGACATCGGTATATGTTGCTCCACCTCGCTCACGCACTCAAGTAGTTCTTCCCAGTC
**************************************************((((((((((((((((........)))))))))..........))))))).(((((..(((....)))...)))))..(((...(((((((.....(((....)))............)))))))...)))....................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060666 160_males_carcasses_total |
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V053 head |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
V047 embryo |
SRR060677 Argx9_ovaries_total |
SRR060685 9xArg_0-2h_embryos_total |
SRR060664 9_males_carcasses_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................AGTTATAGTTTGATGTCAT.............................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.90 | 18 | 8 | 0 | 5 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .............................................................................TCGTAAGTAGAATGGTTATAG......................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................TGGGGCTCCACCTCACTCAC........................ | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................CAAGTACACATTTCAAAGA.................................................................................................................... | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................AGGATTTGGTTAGTGATTAT.................................................................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................GTTATAGTTTGATGTCAT.............................................................................................................................................. | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................ACGGTGTACCAATTCAGAAA...................................................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12963:8581657-8581907 + | dvi_10975 | ATCAATATTTCAATAACGGTCCAAAATGCAGATTCCTATATGAAAA-TGTTTTGATATCTTGGTGAAATCGGGTATTTAC-----CAAGCATCTTACCAATATCAGACTACAATATTGCCAAGTTCATGTAGAAAGTTTCTGTTTTGTTAATGCCACATGGTTATTTCTTCTTCTAAAG-------------------CACTCACTAATAAAGATT-------C------------------------------TCCCTGTAGCCATATACAACGAGGTGGAGCGAGTGCGTGAGTTCATCAAGAAGGGTCAG |
| droMoj3 | scaffold_6500:1194377-1194437 + | TT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCATTTAGCCATCTACAACGAAGTGGATCGTGTGCGAGAGTTCATCCGGAAGGGTAAG | |
| droGri2 | scaffold_15252:11777310-11777576 + | TTTAGTATTTTGGCAAG----CA-AAGTCACGTT--TATATTAGATTTTTTTTGTTGGATTGTTAAAATTATTTTCTTAATTCAGAAATTATTTCTAAAATACAAGA---AAAACTTGC-TAGTTTTCAGAGTGACTTTTTGTCCGAGTG-TAGAACATGGTTTGGCATCTATTTGAACACCACATCTATATCATATATA----------CTTACTGATCTGTGCCTTTT------------------------ATCCCACAGCTATCTACAACGATGTGGACCGTGTGCGCGAGTTTATAAAGAAGGGGCAG | |
| droWil2 | scf2_1100000004585:8383852-8383910 + | TC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTAGCCATCTACAATGAGGTGGACCGAGTGCGTGACTTTATCAAAAAAGGTCAG | |
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| droPer2 | scaffold_10:571818-571879 + | TT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C------------------------------TCCCTAAAGCCATCTATAATGAAGTGGATCGTGTAAGGGACTTCATCAAGAAGGGTCAA | |
| droAna3 | scaffold_12916:13680234-13680288 + | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCAGCCATCTACAATGAAGTGGATCGCGTGAAAGAGTTCATTAAGAAGGGACAG | |
| droBip1 | scf7180000396535:649872-649927 + | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCAGCCATCTACAACGAAGTGGATCGCGTGAAAGAGTTCATTAAGAAGGGACAG | |
| droKik1 | scf7180000302271:173772-173839 + | TA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAAATA-------A------------------------------TACTTACAGCCATCTACAACGAAGTGGAGCGTGTGAGGGATTTCATCAAGAAGGGCCAG | |
| droFic1 | scf7180000453842:1199961-1200013 - | T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTATTTATAACGAAGTGGAACGTGTGAGGGAATTCATTAAGAAGGGCCAG | |
| droEle1 | scf7180000491273:180833-180913 - | CA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTAACAATTTCTTTTCCCTT------------------------ACTGTTTAGCTATCTATAACGAAGTGGAACGTGTGAGGGAGTTCATCAAGAAGGGCCAG | |
| droRho1 | scf7180000777055:120848-120902 + | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTAGCTATCTATAACGAACTGGAACGTGTAAGGGAGTTCATCAAGAAGGGCCAG | |
| droBia1 | scf7180000302261:477812-477863 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTATCTACAACGAAGTGGAGCGCGTCAGGGAGTTCATTAAGAAGGGCCAG | |
| droTak1 | scf7180000415204:96365-96425 - | TT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCTTCCAGCTATCTACAACGAGGTGGAGCGTGTGAGGGAGTTCATCAAGAAGGGCCAG | |
| droEug1 | scf7180000409005:932377-932431 + | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATAGCAATTTATAACGAGGTGGAGCGTGTTAGGGAGTTTATCAAGAAGGGCCAG | |
| dm3 | chr2L:5047231-5047322 + | AT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTTATTATCGTCCTTGACCAACTCTTTAATTTTGTATAGCTATCTATAACGAAGTGGAGCGTGTAAGAGAGTTTATCAAGAAGGGCCAG | |
| droSim2 | 2l:4860636-4860688 + | T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTATCTATAACGAAGTGGAGCGTGTAAGGGAGTTTATCAAGAAGGGCCAG | |
| droSec2 | scaffold_5:3133898-3133950 + | T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTATCTATAACGAAGTGGAGCGTGTAAGGGAGTTTATCAAGAAGGGCCAG | |
| droYak3 | 2L:10478321-10478376 - | C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CATAGCTATCTATAACGAAGTGGAGCGTGTTAGGGAGTTTATCAAGAAGGGTCAG | |
| droEre2 | scaffold_4929:5126309-5126361 + | T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGCTATCTATAACGAAGTGGAGCGTGTAAGGGAGTTTATCAAGAAGGGTCAG |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droWil2 |
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| droFic1 |
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Generated: 05/17/2015 at 04:25 AM