ID:dvi_10268 |
Coordinate:scaffold_12963:3037405-3037555 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -33.9 | -33.7 |
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exon [dvir_GLEANR_1265:3]; CDS [Dvir\GJ12700-cds]; intron [Dvir\GJ12700-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CGATCGCACCGTTTGCCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGCCCCTGGGAAGGTAAGTCCCTTGTCCAACCTGCTTCAGCTTCTCGCTCTCCGAATCGCAGTCGCAGCCGGAGGCGAATTTAAACGAGTGCGATAAAAACTCGACATGAGCAATGATAGCGCGGAAAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCAGCGTTAATTTATCATCGCGCTCTGATGCTCCTCGACGAGGAGTGCCCAGTGCCAGTGGAAGCTA **************************************************.................(((((((((((((.((((.(((((....((....))...))))))))).......(((((.........)))))....))))..))).)))).)).((.(((.(((.........))).))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
V047 embryo |
SRR1106720 embryo_8-10h |
M047 female body |
M061 embryo |
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V116 male body |
SRR060655 9x160_testes_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
M028 head |
SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
M027 male body |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................................................AACATGCTTCATCTTCTCGTTCTC.................................................................................................................................................................. | 24 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................AACTCGACATGAGCAATGATAGCGCGGAAAGGC................................................................................... | 33 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................AGTGTCATCGTTAATGTATC................................................... | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................GTATCATCGTTAATTTATCA.................................................. | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................AGATCGTGAGTTCCCCCT............................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.35 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| ..........................................................................................................................................................................................................GGCGCTCTGAAGCTCCACGAC............................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................GTGTCACCGTTAATTTTTC................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................GGAGGGTAAGGCCCTTGTGC.......................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....GCACCATTTACCTGCGAGCC.................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................AGGGTCATCGTTAATTTTTC................................................... | 20 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TCGACGAGGAATGCCTAGTA............. | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................CGGGTCAGCGTTAATTTAGC................................................... | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................GCTCTGAAGCTCCACGACAA.......................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................GAAAGGTGCGTCCCTTGTCC.......................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................GATAGGGGTGAAAGGCTAA................................................................................ | 19 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................TCGTACTCCGGATCGCAGTC...................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................AGGGTCAGCGTTGATTTTTC................................................... | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................GTTCAGCTTCTGGCTGTCCG................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................AGAACTTTAGTGTCATCGT............................................................ | 19 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................AGTGTCATCGTTAATTTTGC................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GCTAGCGTGGCAAACGGACGCGCGGCTCTAGCAGCCAACGGGGACCCTTCCATTCAGGGAACAGGTTGGACGAAGTCGAAGAGCGAGAGGCTTAGCGTCAGCGTCGGCCTCCGCTTAAATTTGCTCACGCTATTTTTGAGCTGTACTCGTTACTATCGCGCCTTTCCGATTGTCTCAAAATCACAGTCGCAATTAAATAGTAGCGCGAGACTACGAGGAGCTGCTCCTCACGGGTCACGGTCACCTTCGAT
**************************************************.................(((((((((((((.((((.(((((....((....))...))))))))).......(((((.........)))))....))))..))).)))).)).((.(((.(((.........))).))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
V053 head |
V116 male body |
M027 male body |
SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
SRR060689 160x9_testes_total |
SRR1106728 larvae |
SRR1106730 embryo_16-30h |
SRR1106714 embryo_2-4h |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...AGGGTGGCAAATGGGCGCG..................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 12 | 2.50 | 30 | 26 | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................CGTCTTTAGCAGCCAACGGGC................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................CCGAGGCGCTGCCCCTCA..................... | 18 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................AACAGGCTGGCCGAATTCG............................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................TATGGCGGCTGTCCGATTG............................................................................... | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TCGGGGCTCTAGCAGC........................................................................................................................................................................................................................ | 16 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................................AGAGGTTTAGCGTTATCGTC.................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................ACAGTCGCCATGAAAAAGTA................................................. | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................CGAGGAGCTGCCCCTTA..................... | 17 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................................................CTTACTCGTTACTATC.............................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12963:3037355-3037605 - | dvi_10268 | CGATCGCACCGTTTGCCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGCCCCTGGGAAGGTAAGTCCCTTG------------TCCAACCTGCTTCAGCTTCTCGCTCTCC-------------------GAATCGCAGTCGCAGCCGGA--GGCGAA-------------------TTTAAACGAGTGCGATAAAAACTCGAC--ATGAGCAATGATAGCGCGGAAAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCAG-CGTTAATTTATCATCGCGCTCTGATG-----------------------------CTCCTCGACGAGGAGTG--CCCAGTGCCAGTGGAAGC----------------TA |
| droMoj3 | scaffold_6500:13350508-13350770 - | CGATCGCACCGTCTGCCTGCGAGCCGAGATTGTTGGCTGTCCCTGGGAAGGTGAGTCGTTTGCTTCTGTGTCTTTCCCATCTTCTTGTACTTCTTCTTCTTCTGCTGCTGCTACTACTGTCCAG----------------A--GGCGAA-------------------TTGAAACGAGTGCGATAAAAAGCCGAC--ATGAGCAATGATAGCGCGGAAAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCAG-CGTTAATTTATCATCGCT--CCAATGCCCGCCTAC-CA-AGG------------------------A--GTG--CCCAGGGCC-------------CC-----GAGCCTA | |
| droGri2 | scaffold_15252:2642281-2642519 - | CGATCGCACCGTCTGCCTGCGCGCCGAGATTGTTGGCTGCCCCTGGGAAGGTAAGTTTTT-----CTCTGTCTCTCTCTTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT----CTCTCT-----CTG------T------------CCACAA-------------------TTTAAACGAGTGCGATAAAAACTCGAC--ATGAGCAATGATAGCGTGGAAAGGCTAACAAAGTTTTAGTGTCAG-CGTTAATTTATCATC-GG------------TA-----G-AGG------------------------A--GTG--GCA-------------AATGCCTCAGCCGGAACCTG | |
| droWil2 | scf2_1100000004521:7521821-7521986 - | CGATCGTACTGTCTGTCTGCGGGCCGAAATCGTCGGTTGTCCATGGCAAGGTAAGTG----------------------------------------------------------------TAT------TTATGCAAAGCGTACAAAA-------------------TTGAAACGAACGTGATAAAAACTAGAC--ATGAGCAATGATAGTGCGGAAATGCTAACAGAGTCTTAGTGTCAG-CGTTAATTTATCATC----------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 4_group5:2373067-2373206 - | CGATCGGACTGTCTGTCTGCGTGCCGAGATCGTCGGCTGTCCCTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------G----------------------------------------------TTCGA----GTGCGATAAAAGTACGAC--ATGAGCAATGATAGTGTGGAGAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCGGCCGCTAATTTATCA------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_5:6749562-6749727 - | CGATCGGACTGTCTGTCTGCGTGCCGAGATCGTCGGCTGTCCCTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------G----------------------------------------------TTCGA----GTGCGATAAAAGTACGAC--ATGAGCAATGATAGTGCGGAGAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCGGCCGCTAATTTATCAAC---------------------CGAAGGAGAGGCTTTGAGGCCC---------------------------------C----------------T- | |
| droAna3 | scaffold_12916:8008194-8008327 - | CGATCGGACTGTCTGCATGCGGGCCGAGATCGTCGGCTGTCCCTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------TTT------TTG---------------------------------------------CGCCACAGCCTGCTGAC--ATGTGGAACAATAGGCCTTAGAGCTTAGCACAGGCTTAGTGTCAG-TGCTAATTT----------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396554:621667-621799 - | CGATCGCACTGTGTGCATGCGAGCGGAGATCGTTGGATGTCCCTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------TCT------T----------------------------------------------AGGCAATGGCCTGCCGAC--ATGTGCAACAATAGAGCTTAAGGCTTAGCACAGGCTTAGTGTCAG-TGCTAATTT----------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302684:1763358-1763557 - | CGACCGCACCGTCTGTCTGCGGGCCGAGATCGTCGGCTGTCCCTGGGAAGGTGAGTA----------------------------------------------------------------GAG------CGGGGAGAATGGG--GCAC-----------------TATCCCA----GTGCGATTAGAGCCCGAC--ATGAGCAATGATAGTGCGGAGAGGCTAACAGGGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATCCCG------------CCGTC-CG-AGG-----------------------AG--GCATTCTGTTTGCCATTAGAGGC------------------ | |
| droFic1 | scf7180000454169:41808-41868 - | CGATCGCACCGTTTGCCTGCGCACCGAGATCGTCGGCTGTGTCTGGGAAGGTAGGTG----------------------------------------------------------------TCC------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droEle1 | scf7180000490688:5490-5670 + | CGACCGCACCGTCTGTCTGCGGGCTGAGATCGTCGGCTGTCCGTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------GAA------TCG----AATC--GGGGAA-------------------CTTTAGCGAAGACGATAAGAGTCCGAC--ATGAGCAAAGATAAAGCGGAGGGGGTAACAGAGTTTTAGTGTCAG-CGCAAATTTATCCGTTTG------------CAGTGCCG-AGG------------------------G--GCA------------------GC----------------T- | |
| droRho1 | scf7180000777947:27876-28034 - | CGACCGCACTGTTTGCTTGAGGGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTT----------------------------------------------------------------GAA------TCG-----------GGGAA-------------------TTTAAGCGGAGGCGATAAGAGGCCGAC--TTGAGCCATGATAATGCAGAGAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCAG-CGCAAATTTACCATTTTG------------C------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302086:4220-4338 + | CGACCGTACTGTCTGTCTGCGGGCCGAGATCGTCGGCTGTCAATGGGATGGTAAGTG----------------------------------------------------------------CGA------TG------------GAAAA-------------------ACTAAGTGAATGTGATAAAAATCTGACATTTGAGCA--GAT--------GAGGCTAAAAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------GC------------------ | |
| droTak1 | scf7180000414477:26044-26202 - | TGACCGAACTGTCTGTCTGCGGGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------GAA------TCG-----------GAAAA-------------------TTCAAGGCGCGGCGATAAGAGTCCGAC--ATGAGCAATAATAGTGCGGAGAGGCTAACAGAGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATTCCG------------C------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409676:336942-337079 - | TGACCGCACCGTCTGCCTGCGGGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------CAG------TCG-----------GGGAA-------------------AACAAGTGGAGGCG----------------------ATGATAACTTAAAGAGGCTCACAGACTGTTAGTGTCAG-CGCCAACTTATCATTCCG-------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chr2L:6196947-6197136 + | CGATAGAACCGTCTGTCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTA----------------------------------------------------------------CAG------TCGCGGGAGTAGG--GGAT-------------GCCGTATCCAAGTGGAGGCGATAAGAGCTTGAC--ATGAGCAATGATAGTGCGGAGGGGCTAACAGCGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATTCCA------------CAAACCCG-AGA------------------------G--GCA------------------GC------------------ | |
| droSim2 | 2l:5993201-5993392 + | CGATAGAACCGTCTGTCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTA----------------------------------------------------------------CAG------TCGCGGGAGGGGG--GGAA-------------TCCCAATCCGAGTGGAGGCGATAAGAGCTCGACACATGAGCAATGATAGTGCGGAGGGGCTAACAGCGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATTCCA------------CAAACGCG-AGG------------------------G--GCA------------------GC------------------ | |
| droSec2 | scaffold_5:4268324-4268515 + | CGATAGAACAGTCTGTCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGTCCATGGGAAGGTGAGTA----------------------------------------------------------------CAG------TCGCGGGAGGGGG--GGAA-------------TCCCAATCCGAGTGGAGGCGATAAGAGCTCGACACATGAGCAATGATAGTGCGGAGGGGCTAACAGCGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATTCCG------------CAAACCCG-AGG------------------------G--GCA------------------GC------------------ | |
| droYak3 | 2L:6712201-6712397 - | CGATCGAACCGTCTGTCTGCGCGCCGAGATCGTCGGTTGCCCGTGGGAAGGTGAGTCC---------------------------------------------------------------CAG------TCC-------A--GGGGAATCTGAATACGAAATCCAAATCCTAGTGGAGGCGATAAGAGCGCGAC--ATGAGCAATGATAGTGTGGAGGGGCTAACAGGGTTTTAGTGTCAG-CGCTAATTTATCATTCCG------------CAAACCCG-AGG------------------------G--GCA------------------GC------------------ | |
| droEre2 | scaffold_4929:15124282-15124460 + | CGATCGAACCGTCTGTCTGCGCGCCGAGATCGTCGGCTGCCCCTGGGAAGGTGAGTC----------------------------------------------------------------CAG------TCG-----------GGGAA-------------TCCGCATCCGAGTGGCGGCGATA-GAGCCCGAC--ATGAGCAATGATAGTGCGGAGGGGCTAACAGGGTCTTAGTGTCAG-CGCCAATTTATCATGCCC------------CAAGC-CG-AGG------------------------G--GCA------------------GC------------------ |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droMoj3 |
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| droWil2 |
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| droAna3 |
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