ID:dvi_10188 |
Coordinate:scaffold_12963:2476067-2476217 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
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exon [dvir_GLEANR_1300:7]; CDS [Dvir\GJ13081-cds]; intron [Dvir\GJ13081-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GGCGGCGCAATTATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCACACATGCAAAACGGTAATACATTGTTAATATTGGCTAATATAAAGGTTATACTTAGGGTCGTTTAAATTTAGGCTCTGCTTTTTAAAGTGCGTAAAATAAGGTACCATGAATATGTTAGCATCACGTTCTTTTTTTTACTTATATATATTATTTGTGAATCTTTCCATGTATAACTTAATTTAGTGGTTCACGCCAACTGAAAGCAGATTAAGG **************************************************..((..(((...((((((..(((((((((..(((....((((....(((........((((...))))........))).....))))..))).....))))))))).........................))))))...))).....))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V053 head |
M047 female body |
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M028 head |
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SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
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V116 male body |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
SRR060689 160x9_testes_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ........................AACGAATTCCTCACACATGCAAAACG......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....GCGCAATTACCCAATCCT..................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.75 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CACACATGCAAAACGGTCT..................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAATACATCGTTAATATTGT.................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAATACATTCTTAATATTGCC................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AAAGTGCATAAAATAGGGTA.............................................................................................................. | 20 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAATACATCGTTAATGTTG..................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................CTTAGGGTCGTTGAAACT................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........AATTATCCAAGCCTGAAACGA.............................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAGTACATTGTTGATATTGCC................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................CGTTCAGATTTAGGCTCT......................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................TATTACTGGTGAATCTTT.................................................. | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................TGAGACATTGTTAATGTTGG.................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAATACAGCGTTAATATTGTC................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................GTTCAGATTTAGGCTCTG........................................................................................................................................ | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AAAGTGCATAAAATAGGGT............................................................................................................... | 19 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TAATACATCGTTAATAATGTC................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................TGAAAGTGCATAAAATAGGGTA.............................................................................................................. | 22 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .GGCGCGCAATTACCCAATC....................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................................GCAAATCGGTAGTGCATTG.............................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................GAAAGTGCATAAAATAGGGTA.............................................................................................................. | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................ACATTGGTACTATTGGCC.................................................................................................................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................TGAAAGTGCATAAAATAGGGT............................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CCGCCGCGTTAATAGGTTAGAAGTTTGCTTAAGGAGTGTGTACGTTTTGCCATTATGTAACAATTATAACCGATTATATTTCCAATATGAATCCCAGCAAATTTAAATCCGAGACGAAAAATTTCACGCATTTTATTCCATGGTACTTATACAATCGTAGTGCAAGAAAAAAAATGAATATATATAATAAACACTTAGAAAGGTACATATTGAATTAAATCACCAAGTGCGGTTGACTTTCGTCTAATTCC
**************************************************..((..(((...((((((..(((((((((..(((....((((....(((........((((...))))........))).....))))..))).....))))))))).........................))))))...))).....))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060669 160x9_females_carcasses_total |
SRR060666 160_males_carcasses_total |
V116 male body |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................TTAATCCCAGCAAATTTCAACC.............................................................................................................................................. | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................AGCTTAAGGAGTGTGTATGT.............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................TGCCTAAGGAGTGCGGACG............................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................................................CAATCGTTGTGCAAGAAC.................................................................................. | 18 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12963:2476017-2476267 - | dvi_10188 | GGCGGC-GCAA-TTATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCACACATGCAAAACGGTAA------------------------------------------------------------------TACATTGTTAATA-TTGGCTAATATAAAGGTTATACTTAGGGTCGTTTAAATTTAGGCTCTGCTTTTTAAAGTGCGTAAAATAAGGTACCATGAATATGTTAGCATCACGTTCTTTTTTTTACTTATATATATTATTTGTGAATCTTTCCATGTATAACTTAATTTAGTGGTTCACGCCAACTGAAAGCAGATTAAGG |
| droMoj3 | scaffold_6500:12640622-12640701 - | GGCAGC-GCAA-TTATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCACACATGCAAAACGGTAA------------------------------------------------------------------TATATTT---GG------ATTTAAAATGAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAAT------------------------------------ | |
| droGri2 | scaffold_14906:11121533-11121612 + | TCACGT-TTAT--TATT--------------------------------TTTGTTA----------------TATATTTTTTTTGTGCAATTTTTTGATTTAACAGC-----------------------------------------------G----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGCTCACTTGGAGTTAATCAAAG | |
| droWil2 | scf2_1100000004963:4138853-4138932 - | ATGCAT-GCAAAATTTGCAATTTTTTGACATTTTT--AAAGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATGCTAAGTTTCGCTTAAATTGAGGTACAACTTTTTAAA-----------------------------------------------------------------------------------------AT------------------------------------ | |
| dp5 | 4_group4:6428655-6428707 + | GCCGGC-ACAA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCTCACACTTGCAAAACGGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_16:433259-433311 - | GCCGGC-ACAA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCTCACACTTGCAAAACGGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13258:703966-704019 + | GGCGGC-ACAG-CTATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCTCACATACAAAACGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droBip1 | scf7180000395471:90119-90195 + | AATAAT-TTAC-GAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATATATGTTAGAAATATAATTTTTTTTTAATTTGTACACATTTTTTATGCTTTTTGGCA------TTCAT------------------------------------ | |
| droKik1 | scf7180000302351:884012-884126 - | AATAATTAC----AATTAGAACCGGAAAAAAACTCCTTAGCTATGAGAAAT--CAATCTTTGTACCATAATA----------ATACAAGTATAAATGTT-T---------------------TG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGTCTTGTTACTTTGGTT----TACGCATTTT--------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000454176:9527-9593 - | GGCAGC-ACAA-ATATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCACATATACAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------GATTCTTTTAATA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000490168:59592-59658 - | GGCGAC-ACAC-TTATCCAATCTTCAAACTAATTCCTCGCTTGTACTAAATGGTAA------------------------------------------------------------------GATCGTGTTTATA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000776940:17347-17400 - | GGGGGC-ACAA-TTATCCAATCTTCAAACGAATTCCTCACACTTGCAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droBia1 | scf7180000301550:32443-32509 - | TGGGCC-ACAA-TTATCTAATCTTCAAACGAAATCACCTCACATGCAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------GATCACGTTAGCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415722:543283-543381 - | G----C-TTAA-TTATCCTATCCTCAATTGAGTCTCTTACTCTCGCAAAATCACCT--------------------------TAATGGGATTAAATGGT-TGACACTGTACTCCATTGATTACATTTTT---GG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T | |
| droEug1 | scf7180000409880:25182-25244 - | TGTGGC-ACAG-CTATCAAATCTTCAAACAAATCCCTCACGCTTACAAAATGGTTA------------------------------------------------------------------GATATTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chr2R:1548102-1548155 - | TGTGCC-ACCA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCCCTCACATACAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droSim2 | 2r:2499363-2499416 - | TGTGCC-ACCA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCCCTCACATACAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droSec2 | scaffold_26:186662-186715 - | TGTGCC-ACCA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCCCTCACATACAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droYak3 | X:13829380-13829449 + | TACCAT-TTA---TATCTTAGTATCATATATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCATATTATTAATATATATTACATATTTTCATA------TATATCATA------------------------------------ | |
| droEre2 | scaffold_4929:20849415-20849503 + | TGTGCA-ACCA-TTATCCAATCTTCAAACAAATTCCCCTCACATACAAAATGGTAA------------------------------------------------------------------GGCTACAGTTATAACTGGCGGTTATAAGTG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTA------------------------------------ |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droWil2 |
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| droFic1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEug1 |
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| dm3 |
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