ID:dsi_96 |
Coordinate:3L:18377788-18377846 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -20.8 | -20.4 |
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intron [Dsim\GD12305-in]
No Repeatable elements found
|
TTTCAGCGTTTTGAAGGTCGTTTCCACTGTTATTCACGTTTGTTTTGTGGTTTTGTTTTTTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTAAACACAAAAGCACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAATAAATATAAAAAAAAAACTAT
***********************************((((((((...(((.((((((.(((...(((((((((.(((.....))))))))))))...))).)))))).)))..))))))))...************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 Ovary |
SRR553485 Ovary |
M025 embryo |
O002 Head |
M053 Female-body |
M023 head |
GSM343915 embryo |
SRR553486 Ovary |
SRR553487 Ovary |
M024 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..................................................TTTTGTTTTTTCTTTGTTTTG........................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 14.00 | 14 | 5 | 5 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................................................TTTTGTTTTTTCTTTGTTTTGT....................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 10.00 | 10 | 2 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTAAACACAAAAGC................................................... | 23 | 0 | 1 | 6.00 | 6 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................TTTGTTTTTTCTTTGTTTTGT....................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 3.00 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTAAACACAAAAG.................................................... | 22 | 0 | 1 | 3.00 | 3 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................GAAACAATCTAAACACAAAAGC................................................... | 22 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................GAAACAATCTAAACACAAA...................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTAAACACAAAAGA................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTTAACACAAAAGA................................................... | 23 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTAAACACAA....................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TGAAACAATCTAAACACAAAAGT................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................TAAACAATCTAAACACAAAAGC................................................... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................TTTTGTTTTTTCTTTGTCTTG........................................................................................ | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TAAAACAATCTAAACACAAAAGA................................................... | 23 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................TTTTGTTTTTTCTTTGTTT.......................................................................................... | 19 | 0 | 3 | 0.67 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................AAGATTGTTTTGGGGTTTTGTTTTT................................................................................................... | 25 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................TTCTCGTTTGTTGTATGGTTTT......................................................................................................... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........TGAAGGTCGTTGCTACT................................................................................................................................... | 17 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
ATAGTTTTTTTTTTATATTTATTTGTCACGTTCTGTGTCACACTTGTGAGTGCTTTTGTGTTTAGATTGTTTCATTGATGAGTTCACACAAAACAAAGAAAAAACAAAACCACAAAACAAACGTGAATAACAGTGGAAACGACCTTCAAAACGCTGAAA
************************************...((((((((..(((.((((((.(((...((((((((((((.....))).)))))))))...))).)))))).)))...))))))))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total |
|---|---|---|---|---|---|
| ...............................................................................................................AGAAAACAAACGTGA................................. | 15 | 1 | 20 | 4.65 | 93 |
| ..............................................TAAGTGCTTCTGTGTTCAGAT............................................................................................ | 21 | 3 | 2 | 1.00 | 2 |
| ..............................................TAAGAGCTTCTGTGTTTAGAT............................................................................................ | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 |
| ..............................................TAAGTGCTTCTGTGTTCAGA............................................................................................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 |
| ...................................................................................................................................AGTGGGAACGACCTTCG........... | 17 | 2 | 9 | 0.11 | 1 |
| .......TTTTTTTATATCTATTTG...................................................................................................................................... | 18 | 1 | 10 | 0.10 | 1 |
| ................................................AGTGCTTCTGTGTTCAGA............................................................................................. | 18 | 2 | 11 | 0.09 | 1 |
| ................................................AGTGCTTCTGTGTTCAGATC........................................................................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 |
| ..............................................................................................................................TTAACAGTGCAAACGAC................ | 17 | 2 | 15 | 0.07 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim3 | 3L:18377738-18377896 - | dsi_96 | TTTCAG-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT--TTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAATAAA----TA-TA--AAA--------------AAAAAACTAT |
| droSec2 | scaffold_19:1028763-1028922 - | dse_158 | TTTCAG-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT--TTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAAAA--TA-T---ATA--------------AAAAAACTAT |
| dm3 | chr3L:19064539-19064700 - | TTTCAG-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT--TTGTGGTTT-TGTTTT----------TT------TTCTTTGTTTTGTATGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-TAA-AAA--------------AAAAAACTAT | |
| droEre2 | scaffold_4784:18883314-18883468 - | der_109 | TTTCAG-CGA-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT--TTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTG-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-TA--------------------AAAAACTAT |
| droYak3 | 3L:21530478-21530632 + | TTTCAA-CGA-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCTCGTTTGTT--TTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-TA--------------------AAAAACTAT | |
| droEug1 | scf7180000409471:411256-411423 + | TTTCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCGCGTTTGTT-TTTGTGATTT-TGCCTT---TTCT---TT------GTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-TAAAAAA--------------GAAAAACTAT | |
| droBia1 | scf7180000302529:420860-421015 + | TTCCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT-TTCGTGGCTT-TGTTTT------------------CTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAA-A----TA-CA-------------------AAAAAATTAT | |
| droTak1 | scf7180000414021:74767-74925 - | TTCCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGTTTGTT-TTTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-TA---AA--------------AAAGAACTAT | |
| droEle1 | scf7180000491249:6350652-6350810 - | TTTCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGATTGTT-TTTGTGGTTT-TGTTTT------------------CTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA----TA-A---AAA--------------AAAAAACTAT | |
| droRho1 | scf7180000758657:8-167 + | TTTCAA-CGTTTTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGATTGTT-TTTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAA-----A-CA--AAA--------------AAAAAACTAT | |
| droFic1 | scf7180000453824:438432-438582 - | TTTCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGCTGTTCACGATTGTT-TTTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCCA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAA------------------------------AAAACAGTAT | |
| droKik1 | scf7180000302251:117779-117960 - | TTTCAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGTTATTCACGATTGCT-TTTGTGGTTTTTGTTTT----TGTTTTTC------GTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAGTGTGACACAGAACGTGACAAAAAAG----TA-TAA-AAAAAAATAA--ACGAAAAAAAACTAT | |
| droAna3 | scaffold_13337:18377662-18377823 + | TTTTCA-AAG-CCTGAAGATC---GTT-TCCACCGA-----------GCT-GTTGTGGTTT-TGTTTT------------------TTCTTTGTTTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAATATGACACAGAACGTGACAAATAAA----TA-AA---AAGAAAAAAATGACAAAAAAAACTAT | |
| droBip1 | scf7180000396741:1561617-1561766 + | TTTCAA-CGC-TTTGAAGGTC---GTC-TCCACAGT-----------GTT-ATTGTGGTTT-TGTTTT---------------------------GTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATCTA-A--ACACAAAAG-CACTCACAAATATGACAGAGAACGTGACAAATAAA----TA-AA---AAAAAACA---GCAAAAAAAAACTAT | |
| dp5 | XR_group8:7140823-7140973 - | TTCAAA-CGT-TTTGAAGGTC---GTTTTGCACTGT---------GTGTT-TCTGTGGTTT-TGTTTCGCTCTTT---TTGCCCATTTGTGTGTGTGATGTGAACTCATCAATGAAACAATCCCAAACACACAAAAGCCACTCACAAGTGTCACACAA---------------------------AA--------------AAAAAACAAC | |
| droWil2 | scf2_1100000004762:3231747-3231877 + | TTGAAAACTT-TTTGAAGGTCATTGTT-TCCACTTA--------------------------------------------------ATGTGTGCTGTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATACA-C--ACACACGCA-CACACACAACAG-CACAGAGAACGTGACAAAACAA-----A-A---AAA--------------AAAAAATCAT | |
| droVir3 | scaffold_13049:13362168-13362290 - | TTTTCA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TCCACTGT---ACGCGATTCTTGTCAGTGTTAT-TGTTGT------------------TGCGAT-TATTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATACAGAGAACCCAACACACACACACAAATGTG----------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15110:18794185-18794314 - | TTTTCA-CGT-TTTGAAGGTC---GTT-TGCACTGT---GCACGTT-GTT-ATTGTTGT----------------------------------TGTTGTGTGAACTCATCAATGAAACAATACAATGGAGAGAACAACAGCCGACAAGCG---------------------AACTGCTTTTGG-ACA--------------GAGATACTAC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| droSim3 |
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| droSec2 |
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| droEre2 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droRho1 |
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| droFic1 |
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| droKik1 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| dp5 |
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| droWil2 |
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| droVir3 |
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| droGri2 |
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Generated: 12/06/2013 at 02:30 PM