ID:dsi_8512 |
Coordinate:3r:1856228-1856377 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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![]() |
intergenic
No Repeatable elements found
|
CTCTGGGGCACAGACACACACGTAGCCTGACTTTCGGGCGCTGCAGCTGCATTTGGAGCCGGAATCGGAGTTGGAGCTTGGGAGTTTGGAGCTGGGAGCTGGGAGCTCGGAGTTCCAAGGAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCCTGATGATGACGAGGACCGAAGGGTGAAGGGCGGAAAGGGACGACGG
**************************************************....((.(((((...(((.((((...(((((((.(((.(((((..........))))).))))))))))....)))))))(((....)))))))))).((((((....))))))(((((.((.(((.........)))..)).)))))..************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M024 male body |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M023 head |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902009 testis |
M053 female body |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .................................................................CGTAGTTGGATCTTGGGA....................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 8.75 | 35 | 28 | 5 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................CGTAGTTGGATCTTGGGAGC..................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 7.00 | 42 | 28 | 12 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TCGTAGTTGGATCTTGGGA....................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 6.00 | 12 | 4 | 3 | 1 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TCGTAGTTGGATCTTGGGAGC..................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 4 | 3.25 | 13 | 6 | 5 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TCGTAGTTGGATCTTGGGAG...................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 1 | 3.00 | 3 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................CGTAGTTGGATCTTGGG........................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 11 | 2.27 | 25 | 18 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CTCGTAGTTGGATCTTGGGA....................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 2.25 | 9 | 2 | 5 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TCGTAGTTGGATCTTGGG........................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 5 | 1.20 | 6 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................CTCGTAGTTGGATCTTGGGAG...................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................GAGGACTGAAGGGAGAAGGGT............... | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................GTAGTTGGATCTTGGGA....................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.75 | 15 | 12 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................GTAGTTGGATCTTGGGAG...................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.70 | 7 | 3 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CTCGTAGTTGGATCTTGGG........................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 15 | 0.53 | 8 | 4 | 1 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................GCTCGGAGTTCGAAGG.................................................................................................................................. | 16 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................GTTGGATCTTGGGAG...................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 14 | 0.29 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................AGTTGGATCTTGGGAGC..................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 18 | 0.17 | 3 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TCGTAGTTGGATCTTGG......................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.17 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................GATCTTCGGAGTTTGAAGCT............................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................GAAGACTGAAGGGGGGAAAGG........ | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................AGCATGCGCGACATATGGC................................................................ | 19 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
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| ...................................................................TAGTTGGATCTTGGGAGT..................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................AGTTGGATCTTGGGAG...................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................CAAGGAGATGATCGGCAT..................................................................................................................... | 18 | 2 | 19 | 0.11 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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|
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
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M024 male body |
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droSim2 | 3r:1856178-1856427 - | dsi_8512 | CTCTG-GGGCACAG-----------------------ACAC---ACAC--------------------------------------GTAG---------------CCTGACTTTCGGGC------GCTG----------------CAGCTGCATT-TG------GAGCCGG------------AATCGG-AGTTGGAG-C-------TTGGGAGTTTGGAGCTGGGAG---------------------CTGGGAGCT-CGG-------------------AGTTCCAAGGAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCC---------------------T--------------GATGATGACG------------------AGGACCGAAGGGTG-------AAGGGCG-----------------------------------------------GAAAGGGACGACGG |
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| dm3 | chr3R:1941737-1941969 - | CTCTG-GGGCACAG-----------------------AAAC---ACAC--------------------------------------GTAG---------------CCTGACTTTTGGGC------GCTG----------------CAGCTGCATT-TG------GAGCCGG------------AATCGG-AGTTGGAG-C-------TTGTGAGTTTGGAGCTGGGAG----------------------------CT-CGG-------------------AGTTCGAAGGAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCC---------------------T--------------GATGATGACG------------------AGGACCGAAGGGTG-------------------------------------------------------------GAAAGGG---ACGG | |
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| droTak1 | scf7180000414937:5955-6192 + | CTCTGGGGGCACAG-----------------------ACAC---ACAC--------------------------------------GTGG---------------CCTGACTTTCGGGC------GCTG----------------CAGCTGCATT-CGGAGTAGGAGTCGG------------AATCTG-AATCGGAG-A-------T--GGAGTTC----CAGG----------------------------------------------GA--GCC--GGGTTCCAAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCC---------------------T--------------GATGATGACG------------------AGGACCGAAGGGCAGGAAGACGAGG--------------------------------------------------------G-C-GAGG | |
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| droRho1 | scf7180000780057:21271-21507 + | CTCTGAGGGCCCAG-----------------------ACAC---ACAC--------------------------------------GTAGC------------AGCCTGACTTTCGGGC------GCTG----------------CAGCTGCAGT-------------CGG------------AATCGG-AGTTAGGA-A-------TAGGGAATGGGGAGCTGGGAG---------------------CTGGGAGAT-GG----------GA--ACC--CGGTCCCAAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCC---------------------T--------------GATGATGGCT------------------AGGAGGAGGGGG---------------------------------------------------------------GGA-------AGGG | |
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| droKik1 | scf7180000302276:76491-76718 + | CTCGGAGGGCACAG-----------------------ACAC---ACAC--------------------------------------GTAGC------------CGCCTGACTTTCAAACACCGGCGCTG----------------GA-------------------GCCGAGGCTGGAGATGGAGATGG-AGAT-----------------------GGAGCCGGGAA---------------------C-------CTGG----------GAAGCCT--GGGCTCCAAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCAGCTCC---------------------T--------------GATGATGACG------------------AGGTCCGAAGGGCT------------------------------------------------------------------------AGG | |
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| droWil2 | scf2_1100000004943:11358098-11358355 + | CTCTGGA-GGACAA-----------------CTGG--ACAA---TTGG-------------------GTAACTGGCAACGGAC---ATTG--GAACCGG---GCGCATGACTTTCAAAC------GT-GCAG-------------AGTTTGTAGC-CGGAGCTGGAGTCGG------------AACCGT-AGCCAGAG-T-------T---------------------------------------------------------------------G--GAGATGCAAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCTCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCTGCTGC---------------------T------GCGCCGTTGATGATGATGCCGGCGAGGATGAGGCC-AGGACG-------------------------------------------------------------------------------ACGG | |
| droVir3 | scaffold_12822:1952872-1953166 + | TTTTGGGGCGACGCCC--------------AGTG------A---ACAC--------------------------------------CTAGTGGAAGGGGGCGGCACATGACTTTCAAAT------GCTG----------------CAAG-----T-TG------AAGCAGG------------AAC-------TGAAA-A-------CTGGTAACTGGGCACTGGGCA---------------------CTGGGAACT-GGG---------AA--CTG--TAGCCGGGAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCCGCTGC---------------------TGCTGCGTCGCTGTTGATGATGATGATG------------CCAACGACCAG---G---------------------------------CAGAGGAGCAACAATGCCACTGGGCAATGGGCA-------ATGG | |
| droMoj3 | scaffold_6540:11216408-11216677 - | AAAAAAA-AAA----AAAAAAAAAAAAAAAACTGC--ACAA-ACTAACGTT-------------TGGG---CAGGGAGGGGAAAAAGGAA-----CTGGGCAGCACATGACTTTCAAAT------GCTG-CT--------------AG------T-TG------TAGCTGG------------AACT------------------------------------------------------------------------------------------G--TAGCTGGGAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATCCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCTGCTGC---------------------------GTCGCTGTTGATGATGATG------ATGATGATGCCAACGACCAG-------------------------------------CAGAGGAGCAACAATGCCC---------------------CTGG | |
| droGri2 | scaffold_14624:2927724-2928029 + | AAACGAA-AGAC--------------------TGT--ACAAAACTAACGTTAGATTTCGGTGCTTG-------------------------------GGGCAGCACATGACTTTCAAAT------GCAG----------------CACG-----T-TG------AGG---G------------GAAC------------------------------GAAACTGGGAA---------------------CTGGGAAACTGGGC--------AA--CTGTATAGCTGGGAGTAGATGACCCGCATGAAAATGCTGGCCCTGGCATATTTTTATGCCGCAAGCATGCAGGACAAATGGCTGAAATTTTTGCTGCTGCTACTACTACTGCTACTGCTGCTGCTGCATCGCTGTTGATGATGATGATG------------GCAGCGACCAGCAGCAGC-------------AGCA---GCAGCACCAGCAGAGGAG-----------------------CA-------ACAA |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droFic1 |
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| droBip1 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droWil2 |
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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Generated: 05/18/2015 at 04:33 PM