ID:dsi_7525 |
Coordinate:x:15298734-15298982 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -36.6 | -36.6 | -36.5 |
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exon [x_15298983_15299581_+]; CDS [x_15298983_15299064_+]; exon [x_15298284_15298733_+]; CDS [x_15298284_15298733_+]; intron [x_15298734_15298982_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TGGTCCCTGTTGCAAGCCGAGCATTCCACTATCGATTTCGACTACGTAGGGTGCGTGTTGCATAGTATATGCACTGTAACTTCGAATTGGGAATGCACGATGCAATTAAATGATATATCCTTTAGAAATATAGATGTATATATCAGTTTTGCTTGATGAGAGCAATCAACATCTATTAGACAGCCATTGTAATGGATTTATTATATTATTGTGCACCCTGCAATTCCTTTTTTCCCCCAATTACGACCCTTACAACCAATCGATACTAATGACCAATTTTTTATTCGCCCCACTTTTAGCTATGCATTTCTTCGTTATAATGAGTACTTGGCTCGAAAGGTGGAGTTTT **********************************************************************....(((((..((((((((((..((((...((((..(((((((((.((((.(((.((..((((((((...........((((((.....))))))...))))))))..........)).))).)))).)))))).)))...))))...)))).............))))))).)))...)))))...................**************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
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M023 head |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..............................................................................................................................................TGAGTCTTGCTTGATCAGAGCA......................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................TCCACTATCGATTTCGACTACGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGCTATGCATTTCTTCGTTATAA............................. | 25 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................TTCCACTATCGATTTCGACT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TATCGATTTCGACTACGTAGGCTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 24 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................GCACTGTAACTTCGAATTGGGAATG.............................................................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTCTTCGTTATAATGAGTACTTGGCTCGA............. | 30 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCGTTATAATGAGTACTTGGCTCGA............. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCATTTCTTCGTTATAATG........................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTTCTTCGTTATAATGA.......................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTTCGTTATAATGAGTACTTGGCT................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAATGAGTACTTGGCTCGAAAGGT........ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAATGAGTACTTGGCTCGAAAGG......... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................ACAACCAATCGATACTAATGAC............................................................................ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCGTTATAATGAGTACTTGGCTCGAA............ | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................ATTCCACTATCGATTTCGAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGTACTTGGCTCGAAAGGGGGA..... | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAGGCTATGCATTTCTTCGTTATA.............................. | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTTCGTTATAATGAGTACTTGGC................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTTCGTTATAATGAGTACTTGGC................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................ATTCCACTATCGATTTCGACT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| TGGTCCCTGTTGCAAGCCGAGCATTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................CCACTATCGATTTCGACTACGTAGGCT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................CTATCGATTTCGACTACGTAGGC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................AATACGTAGGGTGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................GATTTCGACTACGTAGGCTATG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATCGAAAGGTGGACTTT. | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................AAACTTCGAATTGGGA................................................................................................................................................................................................................................................................. | 16 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................CTTCGAATTGGGAGGG.............................................................................................................................................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ............................................................................................................................................................................................................................................................................ATGAGCGAATTTTTATTCGC............................................................. | 20 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................TTGCATCGGATATGCTCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ........................................AATACGTAGGGTGCGAGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TAGATGCACTGTTACGTC.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................TAATACGTAGGGTGCGAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................................................CTAACCGATACTAATGAAC........................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ........................................AATACGTAGGGTGCGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| TGGTCGCTGTTGCAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
ACCAGGGACAACGTTCGGCTCGTAAGGTGATAGCTAAAGCTGATGCATCCCACGCACAACGTATCATATACGTGACATTGAAGCTTAACCCTTACGTGCTACGTTAATTTACTATATAGGAAATCTTTATATCTACATATATAGTCAAAACGAACTACTCTCGTTAGTTGTAGATAATCTGTCGGTAACATTACCTAAATAATATAATAACACGTGGGACGTTAAGGAAAAAAGGGGGTTAATGCTGGGAATGTTGGTTAGCTATGATTACTGGTTAAAAAATAAGCGGGGTGAAAATCGATACGTAAAGAAGCAATATTACTCATGAACCGAGCTTTCCACCTCAAAA
****************************************************************************....(((((..((((((((((..((((...((((..(((((((((.((((.(((.((..((((((((...........((((((.....))))))...))))))))..........)).))).)))).)))))).)))...))))...)))).............))))))).)))...)))))...................********************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | O001 Testis |
M053 female body |
M024 male body |
SRR902009 testis |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
O002 Head |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M025 embryo |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR1275487 Male larvae |
SRR1275483 Male prepupae |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ......................................................................................................................................................................GTTGTAGATAATCTGTCGGTA.................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................................GGTTAGTGCTGGGAATGTTG............................................................................................. | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................CGTAAGGTGATAGGTA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................CTGGGAATCTCGGTTAG........................................................................................ | 17 | 2 | 5 | 0.60 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ACCAGGCACAACGTTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 16 | 1 | 6 | 0.50 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGGGAATCTCGGTTAG........................................................................................ | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAATCTCGGTTAGG....................................................................................... | 19 | 3 | 9 | 0.44 | 4 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAATCTCGGTTA......................................................................................... | 17 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................................................TGGGAATCTCGGTTAG........................................................................................ | 16 | 2 | 20 | 0.30 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................CTGGGAATCTCGGTTA......................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.25 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......GACAACCTGCGGCTCGTAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................TCAAAGAAAAAAGGGGATTAA........................................................................................................... | 21 | 3 | 13 | 0.15 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAATCTCGGTT.......................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGAGCTTGCCACCT..... | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................TTAGTTGTTGATAGTCTG........................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................CTGGGAATCTCGGTTAGG....................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAATCGGTACGTACAGAA..................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................CGTAAGGTGATAGGT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................TCTACAATTATAGTCAAA........................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......GACAACCTGCGGCTCGTAAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................AACTTCTCTCGTTAG...................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CCGTAAGGTGATAGGTA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................GGCTGGGAATCTCGGTTA......................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................TCTCGTGGGATGTTAAGG.......................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................AAAAAAGGGGGTTAC........................................................................................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | x:15298684-15299032 + | dsi_7525 | TGGTCCCTGTTGCAAGCCGAGCATTCCACTATCGATTTCGACTACGTAGGGTGCGTGT---TGCATAGTATATGCACTGTAACTTCGAATTGGGAATGCACGATGC---AATTAAATGATATATCCTTTAGAAATATAGATGT---------------ATATATCAGTTTTGCTTGATGAGAGCAATCAACATCTATTAGACAGCCATTGTAATGGATTTATTATATTATTGTGCACCCTGCAATTCCTT-TTTTCCCCCAATTACGACCCTTACA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACCAATCGATACTAATGACCA---ATTTT------TTATTCGCCCCACTTTTAGCTATGCATTTCTTCGTTATAATGAGTACTTGGCTCGAAAGGTGGAGTTTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
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Generated: 05/18/2015 at 11:14 PM