ID:dsi_7156 |
Coordinate:2l:20870677-20870735 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [2l_20870736_20870819_-]; CDS [2l_20870736_20870819_-]; CDS [2l_20870555_20870676_-]; exon [2l_20870465_20870676_-]; intron [2l_20870677_20870735_-]
No Repeatable elements found
| ##################################################-----------------------------------------------------------################################################## TGGTGAGCATATTAATAGCGTAGCTCCTACCCACAGCCCCTACACGTCCAATAAAGTTGTGGCACACCGCTGCGTATTTTGTATCCTATTATACTTTATATCATTACAGTTCTGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCCGCCGAACGTCCCAAAACTGGA **************************************************(((((((((((((.....)))))).)))))))...........................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M024 male body |
M023 head |
SRR902008 ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..............................................................................................................TCTGCAGTTCGATCCT................................. | 16 | 1 | 3 | 0.67 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................TATATCATTACAGTTCTGCAGTT........................................ | 23 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................AATAAAGTTGTGGCGCAGGGC......................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................TTACAGTTCTGCAGTTTGATCCTT................................ | 24 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................AGGTCTGTAGTTCGATCCT................................. | 19 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................TCGGCAGTTTGATCCT................................. | 16 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................TCCCGTCGATCGTCCCA........ | 17 | 2 | 10 | 0.30 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................CTCCCGTCGATCGTCCCA........ | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TACAGTTCTACAGTCGGATC................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................TCGGCAGTTTGATCC.................................. | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................TTTGTATGCTATTATAC................................................................. | 17 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .............................................GTTCAATAAAGCTGTGGGA............................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
ACCACTCGTATAATTATCGCATCGAGGATGGGTGTCGGGGATGTGCAGGTTATTTCAACACCGTGTGGCGACGCATAAAACATAGGATAATATGAAATATAGTAATGTCAAGACGTCAAACTAGGAAACCCTGGAGGGCGGCTTGCAGGGTTTTGACCT
**************************************************(((((((((((((.....)))))).)))))))...........................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
M024 male body |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M053 female body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
GSM343915 embryo |
SRR902009 testis |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR1275483 Male prepupae |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................GTGGCGACGCATAAAACA............................................................................. | 18 | 0 | 2 | 1.50 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................ACGGGGGCTTGCAGGGAT....... | 18 | 3 | 20 | 0.90 | 18 | 0 | 9 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................GTCAAGACGTCAAACTAG................................... | 18 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CCGGGGATGTGCAGGTTATTT........................................................................................................ | 21 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................TGTCAAGACGTCAAACTAGGA................................. | 21 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................TAATGTCAAGACGTCAAACTAGGA................................. | 24 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................ATAGTAATGTCAAGACGTCAAACTAGGAA................................ | 29 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................TGGGGGATATGCAGGTTA........................................................................................................... | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................GGTGTCAAGGATTTGCAGGTT............................................................................................................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CGGGGATGTGAAGGT............................................................................................................. | 15 | 1 | 9 | 0.22 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTTGTGACC. | 15 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................AATAATATGAAATATAGAAAT..................................................... | 21 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................ATAGGAGAATATGAAA.............................................................. | 16 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................TGGGGGATATGCAGGTT............................................................................................................ | 17 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................GAAGGGTGTCGGGGA...................................................................................................................... | 15 | 1 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................GGGATATGCAGGTTAA.......................................................................................................... | 16 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................GGGGGCTTGCAGGGAT....... | 16 | 2 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................................TCGGGGATATGCAGTATA........................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................ACGGGGGCTGGCAGGGTT....... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................ATGTCTACACGTCAAAC...................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2l:20870627-20870785 - | dsi_7156 | T-----GGTGAGCATATTAATAGCGTAGCTCCTACCCA----CAGCCCCTA-------------CA---------CGT---CCAATAAAGTTGTGGCA-----------------------CACCG-CTGC-------GTA--T------TTTGT--------------ATCC---------TA---TTATACTT------------TATATCATT-ACAGTT---CTGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCCGCCGAACGTCCCAAAACTGGA-------- |
| droSec2 | scaffold_28:31801-31959 - | T-----GGTGAGCATATTAATAGCGTAGCTCCTACCCA----CAGCCCCTA-------------CA---------CGT---CCAGTAAAGTTGTGGCA-----------------------CACCG-CTGC-------GAA--T------TTTGT--------------ATCT---------TA---TTATACTT------------TATATCATT-ACAGTT---CTGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCCGCAGAACGTCCCAAAACTGGA-------- | |
| dm3 | chr2L:21578480-21578639 - | T-----GGTGAAAATTTTAATAGCGTAGTCCATACTCA----GAGCCCCTA-------------CA---------CGT---CCAGTAAAGTTTTGTCA-----------------------CACTG-CTAG------CGAA--T------TTTGT--------------ATCC---------TA---TTATACTT------------TATATCATT-ACAGTT---CTGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCCGCAGAACGTCCCAAAACTGGC-------- | |
| droEre2 | scaffold_4845:2986061-2986224 + | T-----AATGAGTCTTTTAATAGCTTAGCCTATGCTCA----GAGCCCATC-------------CA---------CGTTATCCAGTAAAGTTGTGCCA-----------------------CCTCG-GTAG-------GAGAGT------TTTCT--------------ATGC---------TA---TTATACTT------------TATATGTTT-ACAGTA---CTGCAGTTTGATCCTTTGGGACCCCCAACAGAACGTCCCAAAACTGGC-------- | |
| droYak3 | 2R:1287826-1287991 + | C-----AGTGAGACTTTTAACAGCTTCACGTATACACA----GAGTACCTC-------------CG---------CATTCTCCGGTAAAGTTGTGTCA-----------------------CCCTG-GTAA------GGGGTTT------TTTTTA-------------ATGC---------TG---TTATGCTT------------TATATATTT-ACAGTA---CTGCAGTTTGATCCGTTGGGACCTCCCGCAGAACGTCCCAAAACTGGC-------- | |
| droEug1 | scf7180000409752:38715-38879 - | T-----AGTGACATCTCCAAAAGCATGACCTATACGCA----GGATCGCCC-------------CA---------CGTATTCCAGTAAAGTTATTTTA-----------------------TGACT-TTTA------TGAA--T------TT-AT--------------T------------TT---TTATATTT------------GGTGCATTT-ACAGTC---CAGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCCGCAGAACGTCCTCGAACTGGCGTATAT-- | |
| droBia1 | scf7180000302422:3553993-3554157 + | G--AACAGCGACATCTCCAAAAGCATGACCTATTCGCA----GAGTCCCGC-------------GA---------CGTATTCAGGTAAAGCTGCATCT-----------------------TGGAT-CAAA------TGGATCT------TTTGT--------------AAGC---------------CATAGTT------------TCTTCGTTT-ACAGTT---CAGCAGTTCGACCCTTTGGGACCTCCTGCGGAACGGCCCCGAACTGGC-------- | |
| droTak1 | scf7180000413920:164875-165035 - | C-----AGCGACCTCTCCAAGAGCATGACCTATTCGCA----GAGTCCCGC-------------CA---------CGTATTCCGGTAAAGTTTTGTCA-----------------------ACGTC-TTAG-------GAATCT------TCTGT--------------GATC---------------TAAAATG------------TATAAATTT-ACAGTC---CAGCAGTTTGATCCTTTGGGTCCACCCGCTGAACGTCCCCGGACTGGC-------- | |
| droEle1 | scf7180000490970:1102779-1102951 + | G--AACAGCGATATCTCCAAAAGTATGACCTATACTCA----GAGTACCGC-------------CA---------CTTATTCCGGTAAGATTTTGACA-----------------------GCTTC-TAAG-------AAAACT------TTTGT--------------ATTG---------TG---TTATATTT------------TTTGTTATT-GCAGTC---CAGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCAACAGAACGTCCTCGCACTGGCATATAT-- | |
| droRho1 | scf7180000779398:8764-8936 - | G--AACAGCGACATCTCCAAAAGTATGACCTATACTCA----GAGTACTGC-------------TA---------CTTATTCCGGTAAGGTTGTGACA-----------------------GCTCC-TGAA-------GGATCT------TAGGT--------------ATAC---------TA---TACTTTTT------------CCTATTTTT-ACAGTC---CAGCAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCGGCAGAACGTCCTCGCACTGGCAAATAT-- | |
| droFic1 | scf7180000452378:34928-35089 - | G--AACAGCGATATCTCAAAGGGTATGACCTATACCCA----AAGTCCCGC-------------CA---------CGTATTCCGGTAAAGTTATATTA-----------------------CAACA-TTGG-------GAA--T------CT-----------------------------T-CT-----TATTT------------TGTCAATTT-ACAGTC---CAGCAGTTCGATCCTTTGGGTCCTCCGGCGGAACGTCCCCGCACTGGCATGTAT-- | |
| droKik1 | scf7180000302390:620132-620192 - | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCGTG---CAGCAGTTTGATCCCTTGGGTCCACCCGCCGAGCGTCCGCGCACTGGGATGTAT-- | |
| droAna3 | scaffold_12916:9198785-9198864 - | T-----CCTAATATTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGTATTCC-ACAGTT---CAACAGTTTGATCCTTTGGGACCTCCGGCGGAACGTCCTCGAACAGGCATGTAC-- | |
| droBip1 | scf7180000396535:1757884-1757942 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGTT---CAACAGTTTGATCCTTTGGGTCCGCCGGCGGAACGTCCTCGAACTGGTATGTAT-- | |
| dp5 | 4_group4:3545636-3545805 - | C-----AGCGATCTATCCGGTACTATGGCTTATAGACA----GAGTTCGGC-------------CA---------CGTTTTCAGGTGAT--------A-----------------------CATCCATTAG-------AAAAAA------TATAT--------------ATA-CTC----TT-TTTGAT------ATGT----ATTT---TTGTTG-GCAGTT---CAACAATTTGATCCTTTGGGTCCTCCAGCAGAGCGTCCACGCACCGGCATGTTTCG | |
| droPer2 | scaffold_10:2573472-2573641 - | C-----AGCGATCTATCCGGTACTATGGCTTATAGACA----GAGTTCGGC-------------CA---------CGTTTTCAGGTGAT--------A-----------------------CATCCATTAG-------AAAAAA------TATAT--------------ATA-CTC----TT-TTTGAT------ATGT----ATTT---TTGTTG-GCAGTT---CAACAATTTGATCCTTTGGGTCCGCCAGCAGAGCGTCCACGCACCGGCATGTTTCG | |
| droWil2 | scf2_1100000004884:883656-883873 - | T-----AATGAGATTTCTCACACCATAGCAA-CA---------AGCAACTA-------------CAATGGCCAAGAGCATTTTGGTAAGACTTCGTCCAGTTCTTATTCGGGTAAGTGAAATAACTAATGACCCAAATAAC--TTGTCACTCACA--------------ATC-CTCCTTATC-TGCAAT------CTGT----ATTC---ATGTAAATCAGTG---CAACAATACGATCCTTTGGGCCCGCCAGCAGAACGTCCTCGCACTGGAATTTAT-- | |
| droVir3 | scaffold_12723:4652972-4653171 + | G--AACAGCGATATCTCGGCAA----------CACTCG----TTTCCAACTCACGGGTGGGCTACAATGGCGATCAGT--TCCTGCAAAGCGGC----AACGCCTACTCGAGTAAGT--TGCGGCC----------------------------TAAGCCTGAAGTTGATTCT---------TA---TTTCA---------------TTCGTTTTC-CTAGTCAAACAGTATGTGGATCCTCTTGGCCCACCGGCCGAACGTCCTCGCACCGGCATGCAT-- | |
| droMoj3 | scaffold_6500:10618079-10618210 + | GAGAACAGCGACATCTCAGC---------TA-CGCTC---------GCCTC-------------CAATGCTGAGCAGT--TCCTTCAAAGCGGC----AGCTCGTAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCAGTGAAACAGTATGTGGATCCCTTGGGCCCGCCAGCCGAGCGTCCTCGCACTGGCATGTAC-- | |
| droGri2 | scaffold_15126:3601904-3602113 + | GAGAACATCGACATCTCGGC---------CA-CTCTCATGTCGAGTCCAAC-------GAGCTACAATGGCGAACAGT--TCCTGCAAAGCGGC----AACTCTTACCTGGGTAAGA--CACTTCCCC--------------------------TAATCCAAATGCAA-ATG-CT-----TA-ATAGTA------ATGTCAAA----TCCAATCAT-ATAGTTAAACAGCATGTGGATCCCCTAGGCCCGCCAGCAGAACGTCCTCGCACAGGAATGTTT-- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSec2 |
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| droYak3 |
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| droRho1 |
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