ID:dsi_6741 |
Coordinate:2r:2443601-2443652 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
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intergenic
No Repeatable elements found
|
CTGCGACATAATGGTGCTTATCATCTACAGGCTCCATCTCGAAATATGACGTGAGTTTATAACGATTATTTTGGTGTCACCATATTAATTATTTTTCCTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTTGCGGTTTATTTAATTTTAC
**************************************************.((((.....((.(((((...((((...))))...))))).))....)))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M024 male body |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .................................CCATCTCGAACTCGGACGTGA.................................................................................................. | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CATCTCGAACTCGGACGTGA.................................................................................................. | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................TCGAAATATGGCGTG................................................................................................... | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................AAATAGGACGTGCGTTT.............................................................................................. | 17 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................TACAACGATTATGTTGGTC............................................................................ | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................CTCGAACTCTGACGTG................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................TTACCTTAGATGGGGG........................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TTATTGTTCCTTAGA................................................. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
GACGCTGTATTACCACGAATAGTAGATGTCCGAGGTAGAGCTTTATACTGCACTCAAATATTGCTAATAAAACCACAGTGGTATAATTAATAAAAAGGAATCTACCACCGTTATGATGAATGAGCTGCATCAACGCCAAATAAATTAAAATG
**************************************************.((((.....((.(((((...((((...))))...))))).))....)))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902008 ovaries |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M025 embryo |
SRR902009 testis |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...........................................................................CAGTGGTATAATTAATAAAAAGGAAT................................................... | 26 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................AGGTAGAGCTTTATACTGCACTCAAAT............................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................ATAGTAGATGTCCGAGGTAGAGCTTT............................................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............CCACGAATAGTAGATGT........................................................................................................................... | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................GATGTCCGAGGTAGAGCTTTATAC........................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................GATGAATGAGCTGCATCAACGCCAAAT........... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........ACCACGAATAGTAGATGTCCGAGGT.................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| .........................................................................................................CACCGTTATGATGAATGAGCTGCATCA.................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............ACGAATAGTAGATGTCCGAGGTAGAGCT.............................................................................................................. | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
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| ...........................................................ATTGCTAATAAAACCACAGTGGTAT.................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................ATTGCTAATAAAACCACAGTGGTATAAT................................................................. | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................ATAGTAGATGTCCGAGGTAGAGCTTTAT.......................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................ATTGCTAATAAAACCACAGGGGTATAATT................................................................ | 29 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................AGAGCTTTATACTGCACTCAAATAT........................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................ATGTCCGAGGTAGAGCTTTATACT....................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................GAATAGTAGATGTCCGAGGTAGAGCT.............................................................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...GCTGTATTACCACGAATAGTA................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................AGTAGATGTCCGAGGTAGAGCTTT............................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........TTACCACGAATAGTAGATGTCCGAGGT.................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................GGAATCTACCACCAGT........................................ | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ....................AGTAGATGTCTCAGGTA................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................TTGTCCGAGTTAGAGC............................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2r:2443551-2443702 + | dsi_6741 | CTGCGACATAATGGTGCTTATCATCTACAGGCTCCATCTCGAAATATGACGTGAGTTTATAACG----------------------AT------------------TATTTTGGTGTCACC------------------ATATTAATTATT--------------------------TTTCCTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTTGCGGTTTATTTAATTTTAC |
| droSec2 | scaffold_26:74628-74779 + | CTGCGACATAATGGTGCTTATCATCTTCAGGCTCCATCTCGAAATATGACGTGAGTTTATAACG----------------------AT------------------TATTTTGGTGTTCCC------------------ATATTAATTATT--------------------------TTTCCTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTTGCGGTTTATTTAATTTTAC | |
| dm3 | chr2R:1436231-1436382 + | CTGCGACATAATGGCGCTTATCATCTACAGACTCCATCCCGAAATATGACGTGAGTTTACAACG----------------------AT------------------TATTGTGGTGTTACC------------------ATATTAATTATT--------------------------TTTCCTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTTGCGGTTTATTTAATTTTAC | |
| droEre2 | scaffold_4929:20962742-20962894 - | CTGCGACACAATGGCGCTTATCATCTACAGACTCCCTCCCGAAATATGACGTGAGTTCAGAT-A----------------------AT------------------TATTTTTTTGTTACC------------------ATATTAATCCTT------------------------TTTCCTTTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTGGCCGTTTATTTAATTTTAC | |
| droYak3 | v2_chr2L_random_001:322756-322907 + | CTCCGACACAATGGCGCTTATCATCTACAGTCTCCCTCCCGAAATATGACGTGAGTTTAAAACG----------------------AT------------------TATTTTCGTTTTACC------------------ATATTAATCCTT--------------------------TTTATTTAGATGGTGGCAATACTACTTACTCGACGTAGTTGCGGTTTATTTTATTTTAT | |
| droEug1 | scf7180000409885:33329-33485 - | ATGCGTCACAAAGGGGCTTATCATCTACAGACTCCCTCCCGGAATATGACGTGAGCTTATATAG----------------------GT------------------CTCCTAAATTTAATA------------------ATATTAATATA---------------------TTTCTCTGAACGCAGGTGGTGGCAATACTATTTAATCGATGTATTTGCGGTTTATTTACTTTTAT | |
| droBia1 | scf7180000302295:36749-36906 - | CTGCGTCACAATGGCGCTTATCATCTACAGACTCCTTCACGCAATATGACGTAAGTGTGTACAG----------------------TT------------------ATCATCAGTATAACC------------------ACAATCATAATT--------------------TTTATCTTTGCGCAGTTGGTGGCAATATTATTTACTCGATGTTCTTGCGGTTTATTTATTCTTAC | |
| droTak1 | scf7180000414150:3198-3355 + | CTGCGTCACAATGGCGCTTATCATCTACAGACACCCTCACGTAATATGACGTGAGTTTATTCAG----------------------AA------------------TTCTTAAGTATACCA------------------ATATTTATAATT--------------------TTTCTCTTTACGCAGTTGGTGGCAATATTATTTACTCGATGTAGTTGCGGTTTATTTAATTTTAC | |
| droEle1 | scf7180000490315:7263-7420 - | CTACGGCACAAGGGAGCTTATCACCTACAGGCTTCCTCACGGAATATGACGTGAGTTTATGGAG----------------------AT------------------TTCTTCAATGTTACT------------------ATGTTTATATAT--------------------TTTCTCTATACTTAGCTGGTGGCAATACTATCTACTCGATGTGGTTGCAGTTTATTTAGCTTTAC | |
| droRho1 | scf7180000780283:34586-34742 + | CTGCGTCACAAAGGCGCCTATCACCTACAGGCTCCTTCACGGAATATGACGTGAGCTTATGCAG----------------------AT------------------TTCTTTAATGTAACG------------------ATGCTAATATA---------------------TTTCTCTCTATTTAGTTGGTGGCAGTACTATCTACTCGATGTGGCTGTTATTTATTTAATTTTAC | |
| droFic1 | scf7180000449468:16319-16486 + | CTGCGTCATAAGGGCGCTTATCACCTACAGTCTCCCTCACGGAATATGACGTAAGTTTATGCAG----------------------AT------------------CTCTTGGGTCATTTC------------------TTAGGTT-----CAC---CACTAA--TACTCACTTTTTTCCACGTAGTTGGTGGCAATACTATATTCTCGACGTAATTGCCGTTTATTTAATATTAG | |
| droKik1 | scf7180000302419:8981-9134 - | CTGCGTCACAAAGGCGCTTATCATTTGCAAGCACCTTCGCGAAATATGACGTAATTTATAACAT----------------------AT----------------------TTAATATAAAG------------------CATTTAATATCT--------------------TTTTTTGGTCCACAGATGGTGGCAGTACTATCTTCTAGACGTGTTTTCCCTTTATATGATTGCTC | |
| droAna3 | scaffold_13266:19294629-19294785 - | CTGCGTCACAAAGGAGCATTTCATTTACAGGCTCCTTCTCGAAATATGTCGTAAGTAAACAT------------------------TT------------------TTTCTCTTCTCTATA------------------ATGTAAATACA--------C-----------TCTTTTTATGTTTTAGTTGGTGGCAATACTATTTAATAGATGTAGTCGCGATGTATCTGCTGGCAC | |
| droBip1 | scf7180000396710:80782-80939 + | TTGCGTCACAAAGGAGCTTATCATCTACAGGCTCCTTCTCGAAATATGTCGTAGGTTACTTAAC----------------------AT------------------TCTTTTTGTGTCC--------------------ATATTGT-----AAACATAT-----------TTATAATTTTTTTTAGTTGGTGGCAATACTATTTACTGGATGTAGTCGCGATGTATTTTCTGG--C | |
| dp5 | 3:160539-160715 + | CTCCGCCACAAGGGCGCCTATCATCTTCAAGCTCCAGCACGCAATATGCAGTGAGTTAATACAC----------------------AT-AC---ATATGTATGTCT---------------CTCCCACCTCTATCCAAAATATTAAACCTC-------T-----------CCATTACTTTCCTCAGCTGGTCTCAATACTATCTACTAGATGTTCTTCTTGTTTATCTTCTTTCCT | |
| droPer2 | scaffold_2:348617-348793 + | CTCCGCCACAAGGGCGCCTATCATCTTCAAGCTCCAGCACGCAATATGCAGTGAGTTAATACAC----------------------AT-AC---ATATGTATGTCT---------------CTCCCACCTCTATCCAAAATATTAAACCTC-------T-----------CCATTACTTTCCTCAGCTGGTCTCAATACTATCTACTAGATGTTCTTCTTGTTTATCTTCTTTCCT | |
| droWil2 | scf2_1100000004382:1147358-1147520 + | TTGAGACACAAAGGTGCTTACCACTTGCAGGCTCAAGCACGTAATTTGAGGTAAGCATTTCC-----------------------------------------------------------TTCCATTATTTGTCATAAACAT--------------TTCTAAAGTTCTTTCTTCTATTTACTTAGTTGGTGGCAATACTATCTTCTGGATGTTGTGGCACTTTATTTGTTGTCCC | |
| droVir3 | scaffold_13049:19035094-19035250 + | CTGCGACACAATGGGGCCTACCATCTGCAGAGCCCAGCGCGAAACATGGGGTAAATT-ATAAAA----------------------TA------------------CGCCTGGGTATAAA-------------------AGACTCATCTC--------C-----------CTTTTTCTTTTTTAAGCTGGTGGCAATACTATCTGCTGGATGTGGTGGCCGTCTATCTATTGACCA | |
| droMoj3 | scaffold_6680:12199276-12199445 - | CTGCGGCACAATGGAGCTTATCATCTACAGACTCCAGCGCGAAACATGAGGTAGACATATTTCAAAAATTACCATATTTATATAATATC-TAACTTATGCATAT--TTCT---------------------------------------------------------------GCCTTTGTTTCAGCTGGTGGCAGTACTATCTGCTGGACGTTGTTGGCCTTTATTTGTTAGCGC | |
| droGri2 | scaffold_15110:16724293-16724451 + | CTTCGACACAATGGCGCCTATCATCTGCAGTCTCCAGCGCGAGATTTGAGGTTTACATTTAACAAG--------------------CA------------------CAATTCAATAAA---------------------ATATTAATTATT-------C-----------TTTTCTATTTTTGAAGCTGGTGGCAGTACTATCTGCTGGATGTGGTCGCCCTCTATTTGGTGGCCC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSec2 |
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| droAna3 |
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| dp5 |
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