ID:dsi_5394 |
Coordinate:3l:18291202-18291351 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [3l_18291126_18291201_+]; CDS [3l_18291126_18291201_+]; intron [3l_18291202_18291583_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GTGTGGTGCTGATCTGAATGTTCGCAACAAGGACGACGAGACTCCTTCAGGTGAGAATATGCGAAAAGGTTGCGGCACTGAATCAACGGTTATCCGGCTAGAGCAAAATAACCATGAATATGAAATTGAGCTATAAATTGTTGTTAATGCGACACGGAAAATGTGTAAATCTAGACTATTTGTAGTAGGAGTAGGAAAGCGCTCTCAGGTGTGAAGAAAGATTGCATTAATTTTTTAGCTTGGCAGGATC **************************************************.........(((((.....)))))........(((..((((((...((....))...)))))).)))........((..(((((((((.(((.........(((((.....))))).......))).)))))))))..))..........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M024 male body |
M053 female body |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M023 head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....................TCGCAACAAGGACGACGAGACT............................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........ATCTGAATGTTCGCAACAAG........................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................GTATTGGGAGTAGGAAAGC.................................................. | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................ATTGCATTAATTGTTGAGCT.......... | 20 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................ATTAGTTTTTTAGCTAGGC...... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................CGACAATGACGACCAGACT............................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 |
| .................................CAACGAGACTCCGTCAG........................................................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............CTGTACGTTCGCAATAAGGA......................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................TAAGAAACTGAGCTATAAA................................................................................................................. | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................................................................ACGGTGATCGGGGTAGAGC.................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................TTAGTTTTTTAGCTAGGC...... | 18 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................AATGCATTAGTTTTTTAGC........... | 19 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................TTAGTTTTTTAGCTAGGCT..... | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................GTAGTAGGAGCCGGAAA.................................................... | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................ATCGCATTAATTGTTGAGCT.......... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................GATTAATTTTTTAGCT.......... | 16 | 1 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................AAGCGCGCTCAGGTCT...................................... | 16 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................ACGAGACTCCGTCAGT....................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................GAAATTGAGCTTTAAA................................................................................................................. | 16 | 1 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................GTAGTAGGAGTCGGA...................................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................CAAAATGTTGCGGCACTG.......................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................ATTAATTTTTTAGCTA......... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
CACACCACGACTAGACTTACAAGCGTTGTTCCTGCTGCTCTGAGGAAGTCCACTCTTATACGCTTTTCCAACGCCGTGACTTAGTTGCCAATAGGCCGATCTCGTTTTATTGGTACTTATACTTTAACTCGATATTTAACAACAATTACGCTGTGCCTTTTACACATTTAGATCTGATAAACATCATCCTCATCCTTTCGCGAGAGTCCACACTTCTTTCTAACGTAATTAAAAAATCGAACCGTCCTAG
**************************************************.........(((((.....)))))........(((..((((((...((....))...)))))).)))........((..(((((((((.(((.........(((((.....))))).......))).)))))))))..))..........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................AGACTTAGTTGCCAA............................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 4 | 0.75 | 3 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TCCTGCTGCCCTGAG.............................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................GCTCCTGCTGCCCTGAG.............................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 14 | 0.21 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TCCTCCTGCTCTGAG.............................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................TAGACTTAGTTGCCAA............................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CTGCTCCGAGGAAGT......................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................................................TCGATTACGCTGTGCC............................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3l:18291152-18291401 + | dsi_5394 | GTGTGGTGCTGATCTGAATGTTCGCAACA-AGGACGACGAGACTCCTTCAGGTGAGA------ATATGCG-AAAAGGTTGCGGCACTGAATCAA-CGGTTA---------TCCGG--CTAGAGCAAAATAACCATGAATATGAAATTGAGCTATAA-ATTGTTGTTAATGCG-ACACGGAAAATGTGTAAATC--------------------------------------TAGACTATTTGTAGTAGGAGTAG---GAAAGCGCTCTCAGGTGTGAAGAAAGA-TTG----------CATTAATTT-TTTA---GCTTGGCAGGAT-------------C |
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| dm3 | chr3L:18656805-18657057 + | GTGTGGTGCTGATCTGAATGTTCGCAACA-AGGACGACGAGACTCCTTCAGGTGAGA------ATATGCG-AAAAGGTTGCGGCACTGAATCAA-CGGTTA---------TCCGG--CTAGAGCAAAATAACCATGAATATGAAATTGAGCTATAA-ATTGTTGTTAATGCG-ACACGGAAAATGTGTAAATC--------------------------------------TAGACTATTTGTAGTAGGAGTAGGAGGAAAGCGCTCTCAGGTGTGAAGAAAGA-TTG----------CATTAATTT-TTTA---GCTTGGCAGGAT-------------C | |
| droEre2 | scaffold_4784:15260373-15260610 - | ATGCGGTGCTGATCTAAATGTTCGCAACA-AGGACGACGAGACTCCTTCAGGTGAGA------ATATGCG-AAAAGTTTGCGGCGCT--------CTCTTA---------TCCTG--GCAGCGCAGAATAGCCATGAATATGAAATTGAGCTATAA-ATTGTTGTTAATGCC-ACACGGAAAATGTGTAAATC--------------------------------------TAGACTATTTGTAGCAGGA--------AAAGCGCTCTCAGCTGTGAAGAAC-------TCTGCT-TACAC---TTA-TCGA---GCTTGATAGGAA-------------A | |
| droYak3 | 3L:15402555-15402808 - | ATGTGGTGCTGATCTGAATGTTCGCAACA-AGGACGATGAGACTCCTTCAGGTGAGA------ATATGCG-AAAAGGTTGCGACTCTGAATCAA-CGGTG--CTCTACTATCCTGCTCTCCAGCAAAATAACCATGAATATGAAATTGAGCAATAA-ATTGTTGTTAATGCC-ACACGGAAAATGTGTAAATC--------------------------------------TAGACTATTTGTAGTAGGA--------AGAGCGCTCTCAGGTGTGAAGAAC-------TTTGCT-TACAC---TGC-TCGA---GCTTGGAAGGAA-------------T | |
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| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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