ID:dsi_5041 |
Coordinate:x:11689485-11689727 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -31.6 | -31.5 | -31.5 |
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intergenic
No Repeatable elements found
| mature | star |
|
ACTCGCCCGAGGAGCATAACCAATCGCCGGGGGGCGATCAAACATCAGAAGTGAGTTTGAACAAAAATTATGCAGCTTAAATGAAAGTAAAATAGAAATTTACAGAACTTAAACAACAGTTTTTAAAAGCAATTGATTAAAATTTTAGGTAAATTGCAATTCACATTACCCTTTGAATTAAATCAAAAATGTATAAATAAATAAAAACACATTTCCAGAGGTATTACTTTCATTTTAGAGCATTGTATTTTACTATTGTTATTAATCTTTACTTTCTTTTACGTTTTCTACAGAACCCACGACATCAATGGTCATCGTTTTGTGGCCAAATTCTTTCGCCAGC
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
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|
TGAGCGGGCTCCTCGTATTGGTTAGCGGCCCCCCGCTAGTTTGTAGTCTTCACTCAAACTTGTTTTTAATACGTCGAATTTACTTTCATTTTATCTTTAAATGTCTTGAATTTGTTGTCAAAAATTTTCGTTAACTAATTTTAAAATCCATTTAACGTTAAGTGTAATGGGAAACTTAATTTAGTTTTTACATATTTATTTATTTTTGTGTAAAGGTCTCCATAATGAAAGTAAAATCTCGTAACATAAAATGATAACAATAATTAGAAATGAAAGAAAATGCAAAAGATGTCTTGGGTGCTGTAGTTACCAGTAGCAAAACACCGGTTTAAGAAAGCGGTCG
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M053 female body |
SRR902009 testis |
M024 male body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
O001 Testis |
O002 Head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M023 head |
GSM343915 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | x:11689435-11689777 + | dsi_5041 | ACTCGCCCGAGGAGCATAACCAATCGCCGGGGGGCGATCAAACATCAGAAGTGAGTTTGAACAAAAAT-------TATGC----------------AGCTTAAATGAAAGTAAAATAGAAATTTACAGAAC--------TTAAACAACAGTTTTTAAAAGCAATTGATTAAAATTTTAGG----TAAATTGC------------------------------AATTCACATTAC-----------------------------------------------------CCTTTGAATTAAATCAAAAATGT-------------AT-----AAA-----TAAATAAAAACA---CATT-TCCAGAGGTATTAC------TTTCATTTTAG-AGCAT-----------TGTATTT-TACTATTGTTATTAATCTTTACT-TTC--TTT---------------------------------------------------------TA---------------------------------CG---TTTTCTA-----------------------------------------------------------CAGAACCCACGACATC-AATGGTCATCGTTTTGTGGCCAAATTCTTTCGC-CAGC |
| droSec2 | scaffold_21:89222-89567 + | ACTCGCCCGAGGAGCATAACCAATCGCCGGGGGGCGATCAAGCATCAGAAGTGAGTTTGAACAAAAAT-------ATTG-----------------AGCTAAAATGAAAGTAAAATATAAATTTACAGAACATTTACATTTGAAAAGCA-TTTTTAAAAGCAA--------------------ACAAATGGC------------------------------AGTTTTCATTAC-----------------------------------------------------CCTTTGAATTGAATTATAAATAT-------------ATTT---AAA-----TAAGTAAAAACA---CATTTTTCAGAAGTAATACAATACTTTTAATTTTGG-AGCAT-----------TGTATTT-GACTATTGTTATTAATCTATACT-TTC--TTA---------------------------------------------------------TA---------------------------------TT--TTTTTCTA----------------------------------------------------------CAGGAACCCACGTCATCCATTGGTCATCGTTTGGTGGCCAAATTCTTTCGCCCAGC | |
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| droRho1 | scf7180000777027:7247-7343 + | ACCCGCCCAAGGAGCATTACCAATCGTCGCGGGGCCATCAAGCATCAGAAGTGAGTTTGCTAAACATT-------TTAGA----------------AACCATAAAAATAATAAAATACAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droKik1 | scf7180000302469:1241374-1241473 - | TTATTTTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAA---------------------------------------------------------TACTATTTGTATTACTAATAATAATA--------ATA---ACCCTTT-----------------------------------------------------------CAGAACCCATGACATC-AATGGCCATCGCTTTGTGGCCAAGTTCTTTCGT-CAGC | |
| droAna3 | scaffold_13335:1020867-1020931 - | TCGCATC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTTT-----------------------------------------------------------CAGAACCCACGACATC-AATGGACATCGTTTTGTGGCCAAATTCTTTCGC-CAGC | |
| droBip1 | scf7180000395498:113418-113515 + | ATTTAATTATATAAT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAATAATTATA-TTA--TAT---------------------------------------------------------A---------------------------------TCA---TCCTTTT-----------------------------------------------------------CAGAACCCACGACATC-AATGGACATCGTTTTGTGGCCAAGTTCTTTCGA-CAAC | |
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| droPer2 | scaffold_12:211211-211279 - | TTATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---------------------------------TA--TATCTTTA-----------------------------------------------------------CAGAACCCATGATATC-AATGGCCATCGATTCGTGGCAAAATTCTTTCGT-CAGC | |
| droWil2 | scf2_1100000004590:4089429-4089509 + | AAATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCACTC-AC--TTT---------------------------------------------------------TG---------------------------------TA--TTCCCAAC-----------------------------------------------------------TAGAACGCACGATATA-AATGGTCATCGATTTGTGGCCAAATTCTTTCGC-CAGC | |
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| droGri2 | scaffold_15081:3783424-3783594 - | A-------------------------------------------TCAAAAGTGAGTAAAAAAAAAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AACAATGCACA-TTTGGGCGTGTTAT---ATATTTTATACTTG-AGCATCTAAAACTGCTTGTAATTAAAATT------TTGTTA----ATT-AT--TTA---------------------------------------------------------TT---------------------------------TA--TTTTTCTG-----------------------------------------------------------TAGAACACACGACATC-AATGGCCATCGCTTTGTGGCCAAGTTCTTTCGC-ACGC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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Generated: 05/18/2015 at 11:03 AM