ID:dsi_4679 |
Coordinate:3r:17829731-17829880 + |
Confidence:Known Ortholog |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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| -5.2 | -5.1 | -5.0 | -4.8 |
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CDS [3r_17829881_17830211_+]; exon [3r_17829881_17830211_+]; intron [3r_17828844_17829880_+]
No Repeatable elements found
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M024 male body |
M023 head |
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O002 Head |
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SRR618934 dsim w501 ovaries |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .TAATTAAATTAAATCAAATCGGGAC................................................................................................................................................................................................................................ | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................ACAAGACGCATACAAGAACC................................................................................................................... | 20 | 3 | 11 | 0.36 | 4 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................................................................................................CAAGACGCATACAAGAACC................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.25 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................TCCCGTCCGATCAACTG................................................................................... | 17 | 2 | 9 | 0.22 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................................................................................GCCCGATCAACTGTAGTTAA............................................................................ | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................................................................CGTCTCCCGTCCGATCAAC..................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................................................................................................................................................TACGCTGGAGGACCTGATC........ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................AATCCAGATAACAAA.................................................................................................................................. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................................................................................................................................................CCCGTCCGATCAACTG................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
AATTAATTTAATTTAATTTAGACTTGCTTCGAAGAGGTAACCGAAGTACACGTGTGTGGGTGGGTGTGTATATATGAATTAGCTTGTCGTGGATTGTTTGAATGATTAGGTCAATTGTTTTGGGTATGTTATTGGTAGCGAACCGGGCCGAGGGCGGTCTAGTTGACTTCATTTTAATCTGAAACTTGAGATGAGCTGTCTGCGGCCGCTCACCAATAGGCCCACGCGACCTGCTAGACTAGAAGAGCCC
********************************************************((...((.((..............(((((........))))))).))...))********************************************************************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M024 male body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M023 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ........................................................................................................................................................GGCAGGCTAGTTGACATCA............................................................................... | 19 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................TTCTCGTGGATTGTTT....................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................CTGGTTGCCTTCATTTGAA......................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 |
| ..........................................................................................................TAGGTCAAATGTTTTG................................................................................................................................ | 16 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................................................CTGGTTGCCTTCATTTTA.......................................................................... | 18 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................GAATTAGCTGGTTGTGGT............................................................................................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................TTCGAAGAGGAAACC................................................................................................................................................................................................................ | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:17829681-17829930 + | dsi_4679 | TTAATTAAAT----------------------------------------------------TAAATTAA---------------------------------------------------------------------------------ATCTG--AACGAAGCT-------------------TCTCCATTGGCTTCATG--TGCA---CACACCCACCCACAC-ATAT---ATACTTAATCGA------------------------------------ACAGCACCTAACA------------AACTTACTAATCCAGTTAACA-A---A-ACCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTCCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCGAGTGGTTATCCGGGTGCGCTGGACGATCTGATCTTCTCGGG |
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| droEug1 | scf7180000409768:429914-430182 + | TTAGTTGGTTTTCATTACAAATG---------------------------------------------------------------------------ATATCAAAGTACCTTCT-----ATATAAGT---TA--TAA------------------------------------------------CCTCCACTGCTTTCATA--TACT---TACACCCACA--CAT-ATAT---ATACGTAATCAA------------------------------------GCAGCACCTAACC------------AATTTACTAATCCAGTTAACA-A---A-TCCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCGAGTGGTTATCCGGGTGCGCTGGACGATTTGATCTTCTCGGG | |
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| droTak1 | scf7180000415711:717477-717723 - | TCAATTAGTT----------------------------------------------------AGATTTATTCCTGAGGG------AT----------------------------------------T---TG--TGA------------------------------------------------ACTCCACTGGTACCAT----GCT---CACACCAACC----C-GTAT---ATACATTAACAC------------------------------------ACAGCACTTAACC------------AACTTACTAATCCAGTTAACA-A---A-CCCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCGAGTGGTTATCCGGGTGCGCTGGACGATCTGATCTTCTCGGG | |
| droEle1 | scf7180000491280:4470630-4470850 - | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCCTCTGGCTTTCTC--TACTCTACACACCAACGCATAC-ATAT---ATACTTAATCAA------------------------------------ACAGCACCTAACC------------AACTTACTAATCCAGTTAACA-A---A-ACCCATACAA--TAATTATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCGAGTGGTTATCCGGGTGCGCTGGACGATCTGATCTTCTCGGG | |
| droRho1 | scf7180000779677:159259-159406 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTAATCCAGTTAACA-A---A-ACCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCAAGTGGTTATCCGGGTGCGCTGGACGATCTGATCTTCTCGGG | |
| droFic1 | scf7180000454106:1451568-1451850 + | ATACCTAAAG----------------------------------------------------TATATTAT-----------------TATTTTCTTTAAGAAGAAAATACCTTCTCAAGTATATTAATTGGTA--CGA------------------------------------------------TCTCCTTTGGCTTCATG--TGCT---GACACCCACA--CTC-ATTT---ATACTTAATCAA------------------------------------ACAGCACCTAACC------------AACTTACTAATCCAGTTAACA-A---G-CCCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCAAGTGGTTATCCTGGTGCGCTGGACGACCTGATCTTCTCGGG | |
| droKik1 | scf7180000302706:1530868-1531211 + | TTAAT-------------AAAGAAGTATATAGAATTAAAGAATAAGAATTTAATGAGTCTTCAGAC---TTCCTGAGACTGTGATAT----------------------------------------T---TGTCTGAAAACATTATAGTGAACTCTTTAAGATCTCTCTGCACAATATTCATTTATCCCCCGTGGCTTCACACATACT---CACATCCATA----C-ATAT---ATACCTAATCAA------------------------------------GCAGCACCTAAGC------------AACTTACTAATGCAACTAACA-A---AACCCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCCCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTATTCGACAGACGCCGGCGAGTGGTTTCCCCGGTGCCTTAGACGATCTGATATTCTCTGG | |
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| droBip1 | scf7180000396583:493309-493510 - | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCCAGTGCCTTCATT--TAAT---CATA--CACG----C-ATAT---AAACTTAATCGC------------------------------------AGAGCACCT---------------------ACTAATCCAGTTAACA-A---G-CCCCATACAA--TAACCATCGCTTGGCTCGGCTGCCGCCAGATCAACTGAAGTAAAATTAGACTATCAACTCTACTCGACAGACTCCGGCGAGTGGCTATCCGGGTGCCCTAGATGATCTGATCTTCTCGGG | |
| dp5 | 2:13773263-13773505 - | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTCGGTGGCTTCATA--C--A---CAC----ACA--CATGATAT---ATAACTAACCAAACCTCACGTCACATACAATAATACACGTATTTCAGTACAGCACCTAACC------------AAATAACTATTCGAATTA-CAAA---GTCCTCATACAA--TAAC---CGCTTGGCAGCCTGGCCACCAGATC-ACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCCAGCGGCTATCCCGGCACCATTGACGATCTGATCTTCTCCGG | |
| droPer2 | scaffold_0:6673523-6673763 + | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTCGGTGGCTTCATA--C-------A----CACA--CATAATAT---ATACCTAACCAAACCTCACGTCACATAAAATAATACACGTATTTCAGTACAGCACCTAACC------------AAATAACTAATCGAATTA-CAAA---GTCCTCATACAA--TAAC---CGCTTGGCAGCCTGGCCACCAGATC-ACTGAAGTAAAATTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCGGCCAGCGGCTATCCCGGCACCATTGACGATCTGATCTTCTCCGG | |
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| droVir3 | scaffold_12822:645648-645797 - | A-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTACTCAAGTAACA-ATCAC-TAACAAACAATATA---ACTGCTTGGCCAGGTCGGCGCCAGATCAACTGAAGTAAATTTAGACTTTGAACTCTACTCGACAGACGCCTGCGAGCGGCTATCCGGGCGCCATAGACGATCTGATCTTCTCCGG | |
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Generated: 05/18/2015 at 03:24 PM