ID:dsi_30786 |
Coordinate:3r:212266-212339 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -15.7 | -15.5 | -15.0 | -14.8 |
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intergenic
No Repeatable elements found
|
GAACATGCCCCACTCGCCCCACCAAGGCGAAGGTGGCTTACTCCGCACAGGTACGTGTGTGTGCCTGTTCTGAGCCTGTGTTGGTGCAGTGAGCTGTTGCTGTTGCTCCCTTGATTCCTGGCAGTATGTACGCACACGTACACGGACACGGAGCTGGCGATGGCGAAAAGTCAC
**************************************************..............((.......(((......((.((((..(((....))).)))).))..........)))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
GSM343915 embryo |
M053 female body |
SRR902008 ovaries |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M024 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................TGGCTTACTCCGCACAGGTACGTGTGT.................................................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................TCTGAGCCTGTGTTGGTGCAGTGAGC................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................CGTACACGGACACGGAGCTGGCGATG............ | 26 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGTGCCTGTTCTGAACCTGTGTTGGTG........................................................................................ | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................CGCACACGTACACGGACACGGAGCT................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TGTTCTGAGCCTGTGTTGGTGG....................................................................................... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................GCCTGTGTTGGTGCAGTGAGCTG.............................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................GTTCTGAGCCTGTGTTGGTGC....................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................TCCGCACAGGTACGTGTGTGTGCCT............................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................TGAGCCTGTGTTGGTGCAGTGAGCTG.............................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................GCAGTGAGCTGTTGCTGTTG..................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................TCTGAGCCTGTGTTGGTGCAGTG................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................TACGCACACGTACGCGGACACGGAGC.................... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGTGCCTGTTCTGAGCCTGTGTTGGT......................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TGTTCTGAGCCTGTGTTGGAGCAGA.................................................................................... | 25 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................CACGTACACGGACACGGAGCTGG................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................TGCAGTGAGCTGTTGCTGTT...................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................GCAGTATGTACGCACACGTACACGGA............................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................TGCCTGTTCTGAGCCTGTGTTGGTG........................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TGTTCTGAGCCTGTGTT............................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................TGTACGCACACGTACACGGACACGGAGC.................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................GATTCCTGGCAGTATG.............................................. | 16 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CACGGACACGGAGCTGGCGATGG........... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................GTTGGTGCAGTGAGCTGTTGCTG........................................................................ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGTGCCTGTTCTGAGCCTGTGTTGGTG........................................................................................ | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................TGTGTTGGTGCAGTGAGCTGTTG........................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................CGCACACGTACACGGACACGGAG..................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................TGGTGCAGTGAGCTGTTGCTGTT...................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................GGCGAAGGCGGCTTACT.................................................................................................................................... | 17 | 1 | 3 | 0.67 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................GCAGTGAGCTGTTGCTGT....................................................................... | 18 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........CCTACTCGCCCCACCA...................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................CCCACCAAGGCGAACATGTCT........................................................................................................................................ | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......CCCTACTCGGCCCACCA...................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 11 | 0.18 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................GTGAGCCTGGTCTGAGCC.................................................................................................. | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................CCAAGGCGAAGATGTCT........................................................................................................................................ | 17 | 2 | 18 | 0.17 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................CGAAGGCGGCTTACT.................................................................................................................................... | 15 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........CTACTCGCCCCACCA...................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TTTGACTGTTCTGTGCCTGTGT............................................................................................. | 22 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...............................................................................GTTGGTGCAGTGATTTGT............................................................................. | 18 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......TCCTACTCGCCCCACCA...................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................CTGTACTGTGCCTGTGTTGT.......................................................................................... | 20 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
CTTGTACGGGGTGAGCGGGGTGGTTCCGCTTCCACCGAATGAGGCGTGTCCATGCACACACACGGACAAGACTCGGACACAACCACGTCACTCGACAACGACAACGAGGGAACTAAGGACCGTCATACATGCGTGTGCATGTGCCTGTGCCTCGACCGCTACCGCTTTTCAGTG
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
M024 male body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .............................................................ACGGACAAGACTCGGACACA............................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................AGAGTCGGACACAAC........................................................................................... | 15 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....CCGGGGGGATCGGGGTGGTT..................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................TTAGGCGTGTCCAGGC....................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................ACAACGACAACGAAGGA............................................................... | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:212216-212389 + | dsi_30786 | GAA-----CATGCCCC-ACTCGCCCCACCAA------------------------------------G------GCG-----AAGGTGG--CTTACTCCGCA-----------------------------CAGGTACG---------------------------------------TGTGTGTGCCTGT-------TC-------TGAGCCTGTGTTGGTGCAGTGAG----------------CT---GTTGCTGTTGCTCCCTTGA---TT-----CCTGGCAGTATGT-------ACGCACACGTA-----------------------CACGGACAC--------------GGAGCTGGCGATGGCGAAAAGTCAC |
| droSec2 | scaffold_6:349542-349715 + | GAA-----CATGCCTC-ACTCGCCCCACCAA------------------------------------A------GCG-----AAGGTGG--CTTACTCCGCA-----------------------------CAGGTATG---------------------------------------TGTGTGTGCCTGT-------TC-------TGAGCCTGTGTTGGTGCAGTGAG----------------CT---GTTGCTGTTGCTCCTTTGA---TT-----CCTGGCAGTATGT-------ACGCACACGTA-----------------------CACGGACAC--------------GGAGCTGGCGATGGCGAAAAGTCAC | |
| dm3 | chr3R:245041-245188 + | AAA-----CATGCCCC-ACTCGCCCCACCAA------------------------------------G------GCG-----AAGGCGA--CTTACTCCGCA-----------------------------CAGGTAT-------------------------------------------GTGTGCCTGT-------TA-------TGAGCCTGTGTTGGTGTAGTGAG----------------AT---GTTGCTGTTGCTCCTTTGA---TT-----CCTGGCAGAATGT-------ACGCACACGTA-----------------------CATGGACAA--------------GGA---------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4770:589871-590061 + | AAA----ACATGCCCTTACTACCCCCACCAG------------------------------------A------GCG-----GAGGTGG--CTTACTCCACA-----------------------------AAGTTA------------------------------------------------GCCAGT------GTA-------TTAGCTAATGTTGGTGCAGTGAGCC---------GTTTGCC---GTTGCTGTTGCTCCTTTAA---TT-----CCCGGCAGAATATAT---GTACGC-------ATATG--TACGTACATACGTA--CTTGAACAC--------------GGAGCTGGCGTTGGCGAAAAGTCAC | |
| droYak3 | 3R:617092-617219 + | AAG----A-ATGCCCCTGCTCCCTTCTCCAG------------------------------------A------GCG-----AAGGTGG--CATACTCCACA-----------------------------AAGGTATG-------------------------------------------TGTGCC----------TA-------TGAGCCTGTGT--------------------------------------------------------T-----CCTGGCGGAGTGT-------ACGT------A-----------------------TATGAACGC--------------AGAGCTGGCGATGGCGAAAAGTCAC | |
| droEug1 | scf7180000409759:177166-177334 + | AAA----ACA---------------------TGGCACA---TC-----------------------------------------------------TCCGCATACATGGCACTACATGGCCCGGCTCTTGCCAGGCAGG---------------------------------------TGTGTATGCGTG------TTTT-------TGTACCTGTACTGATGAAATGAACA--------AGGCAATT---GTTCCTATTGCTCTTTTGA---TT-----CCTGTAT----ATTTTA-------------------------------------------TGT--------------GTAACTTGCAAAGGCGAAAAGACAC | |
| droBia1 | scf7180000302098:197311-197446 - | GGA----A-AT----------------------------------------GGTTCTCTC-------------------------------------TCACA-----------------------------TAGGCACATGTACATAT-----ACGTGGTATACACCTTC-------------------------------------------CCCACAGGTGTA--------------------ATT---GGTGCAACTGCTCCTTTGG---TC-----CCCGGATGGATGTCT---GTG---------------------------------------CAC--------------AAAACTCGCGATGGTGAAAAGCCGC | |
| droTak1 | scf7180000411343:17034-17227 - | ATA----ACA---------------------TGCCAAGACATTTCCTCCACAACTTCCAC------AT------ACACATGC----------------------------------------------------ATACACATGCACA-TACAGGT-----GT--------AC-----------GTTAA----GG--TTTT-------TGTACCTGTGTTGGCGGAGGC--CC--------CGCAAATT---GTTGCTAATGCTCCTTTGA---TC-----CCTGGATGGATGTAT---ATATGT-------ATGTA--TA--------------TGTAAACGT--------------GTAGATGGGGATGGGGAAAAGTCAC | |
| droEle1 | scf7180000491104:1997541-1997730 + | TT-------CTGCCAT-----------------------------------AACTCCCCCA--ACCACCCACAAGCACATTC----------------------------------------------------ATATACATACAC---------GTCGCAT--------ACATTATA------------CACGATGGCCTCCATGCAGTACCTGAGTTGATGGAGCGGGAA-A------AGCAAATTGTTGCCGTTGTTGCTCCTTTGA---TC-----CCTGGATGGATGTATTATG-------------------------------------TAGGTAC--------------GAAGC-CGCGATGGCGAAAAGTCAC | |
| droRho1 | scf7180000763184:4169-4376 + | ATA----TCA---------------------TACCAAGACATTTCTGCCACAACTCCCCCTCCCCCA-CCACATACACACTT--ATCCC--TA---TACACA-----------------------------TAGACA-A---------TACACAT-----AT--------ACATTATACATGTGGGCC-AT-------GC-------AGTACCTGAGTTGATAGAGTGGCAA--------AGCAAATT---GTTGCTGCTGCTCCTTTGA---TC-----CCCGGATGGATGTATTATG-----------------------------------------TAG--------------GCAGTTGGCGATGGCGAAAAGTCAC | |
| droFic1 | scf7180000454096:1375680-1375878 + | ATA----ACA---------------------CGCCAAGACGTTTCTGACACAACCTCCTCC-TCCCG-CCCCATACG-----TTTTCGG--TG--------------------------------------------------------------------TACACTTTG--------C--GCGTGTATTTAGGTTGCCC-------TGTACCTGTGTCGCTGGAGTGGGAT--------GCCAAATT---GTTGCTATTGCCTCTTTGA---TC-----CCTCGATGGATGTAC-------ACATACATA-----------------------TGTATGTAT--------------GCGACTGGCGATGGCGAGAACCCA- | |
| droKik1 | scf7180000302475:452541-452726 - | GTTCACAAC-------------------AAACGTCAAGACATTTTTGCCGCC-----------------------------------------------GCA-----------------------------CACACACA----------------------------------TCC--TATGAATACCTG-----------------------TGTGTTGGTGGGG---------------------------TGTTATTGCTGCTTTGAACCTT-----CCTTGATGGATATAT---GTAGGT-------AGGTAGGTAGGTACGTACAGATGTAAATTCACGTAGCTATTTTTGTGTCACTGGCGCCGGCAAAAAGTCAC | |
| droAna3 | scaffold_13340:11236511-11236627 + | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTGCCTGTTCGATGGCG-------TGTACCTGTTTCGGTAGAACGAACACAAACATATCCTTTAT---GTTTTTTCTGCGTCTGCGA---AC-----CCTTGATGGATGT------------------------------------------------------------------AACTGGCGCCGGCA-AAAGTCAC | |
| droBip1 | scf7180000396691:146419-146536 + | T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTGCCTGTGCGATGGCG-------TGTACCTGTTTTGGTAGAACGAACACAAACATATCCATTTG---GTTGTTTTTGCGTCTGCGA---AC-----CCTTGATGGATGT------------------------------------------------------------------AACTGGCGCCGGCAAAAAGTCAC | |
| dp5 | 2:24685729-24685917 - | ACA----ACA---------------------CGCCAAGACATCTAGGACACGACCCTCAC------AC------CCA-----AAGGGGGAACT-----------------------------------------GTATATGTGTACAC-----AT-----GT--------AC--CGTA--------CT----CG--CTTG-------GGTACCTGCATTGGCGAAAGCA-CA--------TGGAAATT---GTCCTTCTTGTTAGCTGGA---ACTCCGCTCCTGATGGATGTAGTATGTGCGTTAAA------------------------------------------------------GTACGCCGGCGAAAAGTCAC | |
| droPer2 | scaffold_3:7327878-7328066 - | ACA----ACA---------------------CGCCAAGACATCTAGGACACGACCCTCAC------AC------CCA-----AAGGGGGAACT-----------------------------------------GTATATGTATACCG-----AT-----GT--------AC--CGTA--------CT----CG--CTTG-------GGTACCTGCATTGGCGAAAGCA-CA--------TGGAAATT---GTCCTTCTTGTTAGCTGGA---ACTCCGCTCCTGATGGATGTAGTATGTGTGCTAAA------------------------------------------------------GTACGCCGGCGAAAAGTCAC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droEug1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droFic1 |
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| droKik1 |
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| droAna3 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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Generated: 05/19/2015 at 03:05 AM