ID:dsi_29848 | 
		Coordinate:3r:7555568-7555755 + | 
		Confidence:Candidate | 
		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read | 
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| -32.9 | -32.8 | -32.8 | 
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intergenic
No Repeatable elements found
| 
CGGCCACAGCCACGCCCACGGGATCCCCAAAGAAGAGGCAGCTACCACAGGTAACCAACAATTCGGGATGAGTTGTCAAAAATGAGGGCTATAATATAGGAGGGTTATATATGCCACATCCTTTAACAAATAGAATTTTTAATTATTCTAATACATACCAAAAAACACCTAGAGCTTTCGGATTATAACTTCTTTAAACAATCTGCAGACAACTCAATTTCCGCTCCTTCTACTCCAGGTGCCGCAGACCTCCCGCAGTGCGATGCTGCGAGATCGACTGGGTCAGGA
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	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries  | 
	M053 female body  | 
	SRR618934 dsim w501 ovaries  | 
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	M025 embryo  | 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .........................................................................................................................................................................TAGAGCTTTCGGCTTTTAAC................................................................................................... | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................................................................................................................................................................CGGATTATAACTTCTTTAAACAATC..................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................................................................................................................TTTCCGCTCCTTCTACTCCAGGTGC.............................................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................................................................................................GAGCTTTCGGCTTTTAAC................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.80 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...................................AGGCAGCTTCCACAGCTA........................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................................................................................................ACCTAGCGATTTGGGATTAT...................................................................................................... | 20 | 3 | 13 | 0.23 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 
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| ..........................................................................................ATAATATCGGAGGGTTAAAC.................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ...................................AGGCAGCTTCCACAGGGA........................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................TCGGGAAGAGTTGTCT.................................................................................................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................AACCATCTGCAGACGACTT......................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................GAGGCAGCTTCCACA............................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 15 | 0.13 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...............................................................................................ATAGGAGGTTTATATAT................................................................................................................................................................................ | 17 | 1 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| ..........................................................................................................................................................................AGAGCTTTCGGCTTTTAACC.................................................................................................. | 20 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...................................AGGCAGCTTCCACAGCT............................................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................................................................................................................................................................................................................GTTCGACTCCTGGTGCCG............................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| 
GCCGGTGTCGGTGCGGGTGCCCTAGGGGTTTCTTCTCCGTCGATGGTGTCCATTGGTTGTTAAGCCCTACTCAACAGTTTTTACTCCCGATATTATATCCTCCCAATATATACGGTGTAGGAAATTGTTTATCTTAAAAATTAATAAGATTATGTATGGTTTTTTGTGGATCTCGAAAGCCTAATATTGAAGAAATTTGTTAGACGTCTGTTGAGTTAAAGGCGAGGAAGATGAGGTCCACGGCGTCTGGAGGGCGTCACGCTACGACGCTCTAGCTGACCCAGTCCT
 **************************************************.............((((((((((((((.....((((((((.......((((.(((.......)))...))))........((((((........))))))......................))))))))((........))...............)))))))))..)))))...............**************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs  | 
	SRR553488 RT_0-2 hours eggs  | 
	SRR618934 dsim w501 ovaries  | 
	GSM343915 embryo  | 
	SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries  | 
	M024 male body  | 
	SRR902009 testis  | 
	M025 embryo  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................GGGCTTTCTTCTCGGTCG...................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 1.20 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ...............................................................................................................AGGGTGTAGGAAATTGT................................................................................................................................................................ | 17 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........TGCGGGTTCTCTAGGGGTTTTT............................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........................................ATGGTGTCAATTGGTTCTT................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ..................................CTCCGTCGAAGGTGT............................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 15 | 0.20 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| ....................................CCGTCGAAGGTGTCGATT.......................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................GGGCTTTCTTCTCGGTCGG..................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................TCTCCGTCGAAGGTGT............................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................................................................................................................................................................................................CGACGCAGTTGCTGACCCAG.... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
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| ....................................................TTGGTTGTGAAGCCTTCCT......................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .............................................................AAGCCCCACTCAACAATGT................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........................................ATGGTGTCAATTGGTT...................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................................................TTGTTAAGCCCTACCCGAT..................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ..........................................................................................................TATTAACGGTGTAGGGAATT.................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ...........................................................................................................................................................................................................................AGGCGAGGAAGCTGA...................................................... | 15 | 1 | 19 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .............................................................................................................................................................................................................GTCTGTTAAGTTAAAG................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................GGCTTTCTTCTCGGTCG...................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
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| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
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| droSim2 | 3r:7555518-7555805 + | dsi_29848 | CGGCCACAGCCACGCCCACGGGATCCCCAAAGAAGAGGCAGCTACCACAGGTAACCAACA----------------------------------------------------ATTC-------------------------------------------GGGATGAGTTGT------------------------------------------CAAAAATGA-GGGCTATAATATAGGAGGGTTATATATGCCACATCCTTTAACAAATAGAATTTTTAA--TTATTCT----A---------AT----------A--C--A-------------TAC-CAAAAAAC-ACCTAGAGC-------------TTTCGGA-----------------------------TT--ATAACT---TCTTT---A------AACAATCTGCAGACAA--------------------------------------------------------------------------------------------CTCAAT----TT--CCGC--TC------CTTCTACTCCAGGTGCCGCAGACCTCCCGCAGTGCGATGCTGCGAGATCGACTGGGTCAGGA | 
| droSec2 | scaffold_12:442704-443006 + | CGGCCACAGCCACGCCCACGGGATCCCCAAAGAAGAGGCAGCTACCACAGGTAACCAACA----------------------------------------------------ATAC-------------------------------------------GGGATGAGTTGT------------------------------------------CAAAAATAAAAGGCTATAATGTATGAGGGTTATATATGCCACATCCTTTTACAAATAGTATGTTTGG--TTATTCTTTACA---------AT--AACACAATA--CAAT-------------TACCCAAAAAACCACCTA--GCA------------TTTCGGA-----------------------------TT--ATAACC---TGTTT---A------AA-AAACTGCAGACAA--------------------------------------------------------------------------------------------CTCAAC----TT--CCGC--TC------TTTCTACTCCAGGTGCCGCAGACCTCCCGCAGTGCGATGCTGCGAGATCGACTGGGTCAGGA | |
| dm3 | chr3R:13711620-13711920 - | CGGCCACAGCCACGCCCACGGGATCTCCAAAGAAGAGGCAGCTACCACAGGTAACCAACA----------------------------------------------------ATAT-------------------------------------------GGGATGATTTGT------------------------------------------CAAAAATGAAAGGATATAATATATGATGGTTATATATGCCACACCGTTTTACAAATAGTATGTTTAA--TTTTTCT----A---------ATGCAACACAATA--CAAA-------------TACCCAAAAAAC-TCCTA--GCA------------TTTCGGA-----------------------------TT--ATAACT---GGTTT---A------CAAAATCTGCAGACAA--------------------------------------------------------------------------------------------CTCAAC----AT--CCGC--TC------TTTCTACTCCAGGTGCCGCAGACCTCACGCAGTGCGATGCTGCGAGATCGACTGGGTCAGGA | |
| droEre2 | scaffold_4770:7913314-7913566 + | CGGCCACAGCCACGCCCACAGGGTCCCCGAAGAAGAGGCAGCTACCACAGGTAACCAACA----------------------------------------------------ATGC-------------------------------------------GGAATGTGCTGT------------------------------------------CACAAGTTGCAGGAAC----------ACTTTG--------C--------------TAGT---CATAA--ATATTCT----C---------ATGCAACACAATA--CAAT-------------CACCCGA-----------------------------CTAGGA-----------------------------TC--ATAACT---TGTAT---A------AA-AATCTGCAGACTA--------------------------------------------------------------------------------------------CTCAAC----AT--CCCCATTT------TTTCCACTGCAGGTGCCGCAGACCTCCCGCAGTGCGATGCTGCGAGATCGACTGGGTCAGGA | |
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| droTak1 | scf7180000415417:661495-661605 - | CTTTTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAAAGAATT--------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------TACAG-------------TTAATGAAACTTACCCGGAATC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCT--GC------TTCCCATCACAGGTGCCGCAGACCTCTCGCAGTGCCATGCTGCGCGATCGACTCGGGCAGGA | |
| droEle1 | scf7180000491008:2557006-2557375 + | CGGCCACAGCCACGCCCACAGGATCACCGAAAAAGAGGCAACTGCCACAGGTAACTCAAA-AAGTATT-------------AGTTAAGGCATGAAAGGTTAA---------------------------------------------------------TAG--AAATTATAATTCCTAAGTATGTAAGTCAACAAAACCAATATTACCCCTACAAAAAATAAAA-------TCTAGGAAGGTAA--------A-------------------TTAAAAACGATTTTTT----TTTCTTATTT---------TATTATTACCTTTTTATTTTGAAAATCCGTTTAACCACAGA--GCGAGAATTAAAAGCTT----------------------------------------------------------------------AAAGCAAAGATTTATTTTATTTATTTATTTGTTTTCTTAAAACTAACC------------------------------------------------------C--T----TT--TCTA--TA------TTTCCACCACAGGTGCCGCAGACCTCTCGCAGTGCCATGCTGCGGGACCGCCTTGGGCAGGA | |
| droRho1 | scf7180000777769:13345-13523 - | CAAACC-----A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTCTTAAATCGATTAACTATTTCAG--AAGTTAT------------------------------------------CAAAAAATGAAG-------TTTACCAAGGTCA--------A--------------CATTATTAAAAA--ACTCCTT----TTTATTACAT---------AACGCTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------CCTTAT----TC--CTTC--AA------TTTAAATCACAGGTGCCGCAGACCTCTCGCAGTGCCATGCTGCGGGACCGCCTCGGGCAGGA | |
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| droKik1 | scf7180000302809:591268-591342 + | TT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGC--TTCTTACAATCAACCAACAGGTGCCGCAAACCTCGCGGAGCGCCATGCTGCGGGACCGCCTCGGACAGGA | |
| droAna3 | scaffold_13340:12000590-12000805 + | CGGCTACAGCCACGCCCACAGGCTCACCCAAAAAAAGGCAACTGCCGCAGGTAACCTT-------------------------------------------------------------GGCGGGATTTGTACGTA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACAAGACTTATTCAGAATCCATAGCTTTATGTTC--ATAAGA---AAGTTATTGAAGGAGCA-GTTCTGAGGAATA--------------------------------------------------------------------------------------------AGACAT----TTTT-G--------------TTTTTGCCAGGTGCCCCAGACATCTCGCAGCGCCATGTTGAGAGACCGACTCGGTCAGGA | |
| droBip1 | scf7180000396691:888846-889061 + | CGGCTACAGCCACGCCTACAGGCTCTCCCAAGAAAAGGCAACTGCCACAGGTAACCTT-------------------------------------------------------------GGCGGGACTTGTAGCTA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACAAGGATTATTCTGAATCCTTAACTTGATGTTACAATAAGC---AA--TATTGAAGAAAAA-GTTCTGATGAATA--------------------------------------------------------------------------------------------TTAAAT----TTTT-C--------------GTTTCGTTAGGTGCCCCAGACATCTCGCAGCGCCATGTTGAGGGACCGACTCGGTCAGGA | |
| dp5 | 2:28710611-28710664 - | CGGCCACAGCCACGCCCACAGGATCGCCAAAGAAGAGGCAACTGCCACAGGTAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_6:4042572-4042625 - | CGGCCACAGCCACGCCCACAGGATCGCCAAAGAAGAGGCAACTGCCACAGGTAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004902:4962478-4962531 + | CCGCTACAGCCACGCCCACAGGCTCCCCAAAGAAGCGGCAACTGCCGCAGGTGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_13047:7000649-7000720 + | CCGCGACTGCCACGCCCACTGGTTCGCCCAAGAAGCGGCAACTGCCACAGGTACGCCAAA----------------------------------------------------GT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCA--------------------------------G-------------------CTGA | |
| droMoj3 | scaffold_6540:2887223-2887337 + | TAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGTG-------------TTCAAG-----------------------------TT--ATAACA---AATTTATTA------CC---------------------------------------------------------------------------------------------------AAACTTACAAATT--------CTATCTTA------CTTTCCTCGAAGGTGCCACAAACCTCTCGCAGCGCCATGTTGCGCGATCGATTGGGTCAGGA | |
| droGri2 | scaffold_14830:2875466-2875517 + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGCCACAGACCTCTCGCAGCGCAATGTTGCGGGATCGACTTGGTCAGGA | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 | 
  | 
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| droSec2 | 
  | 
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