ID:dsi_26183 |
Coordinate:2r:6905055-6905204 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -29.7 | -29.7 | -29.7 |
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three_prime_UTR [2r_6904776_6905019_+]; exon [2r_6904557_6905019_+]; five_prime_UTR [2r_6904872_6905054_+]; exon [2r_6904872_6905054_+]; intron [2r_6905055_6908615_+]; Antisense to exon [2r_6905050_6905441_-]; Antisense to three_prime_UTR [2r_6905050_6905364_-]
No Repeatable elements found
| ##################################################-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GCGAAACGTTTCCATAAAACTTCGGTGGACTTCATGGGTCCGGTTAAAGTGTAGGTGGCATGATGTATTTTCAATTGGATGATATACACGTATATATAATTGTATATATGCAATACACATTAATGGGACCTCTGGTCTCGGCTACGACACGTAAAAATGTTAAGTTTAACATTAAGATTTAATAATTACATTCTGGTTAAATATATGCTAGACGCAATTTTAGTAAGTTATCCTTTTGATTTGCTTCATC **************************************************....(((((....(((((..(((......))).))))).(((((((((....)))))))))............(((((((...)))))))))))).....((((...((((((((((.......)))))))))).))))...........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
SRR902009 testis |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ........................................CGGTTAAAGTGTAGGTGGCAT............................................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................GAGGACTTCATTGGTACGGT.............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................TAATGTGTAGGTGGCA.............................................................................................................................................................................................. | 16 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| .....................................................................................................................................................................................................................................ATCCTTTTGATTTGGT..... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ............................................................................................................................................................................................CATTCTGGGTAAATA............................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ---------------------------------------------############################################################################################################################################################################################################# CGCTTTGCAAAGGTATTTTGAAGCCACCTGAAGTACCCAGGCCAATTTCACATCCACCGTACTACATAAAAGTTAACCTACTATATGTGCATATATATTAACATATATACGTTATGTGTAATTACCCTGGAGACCAGAGCCGATGCTGTGCATTTTTACAATTCAAATTGTAATTCTAAATTATTAATGTAAGACCAATTTATATACGATCTGCGTTAAAATCATTCAATAGGAAAACTAAACGAAGTAG **************************************************....(((((....(((((..(((......))).))))).(((((((((....)))))))))............(((((((...)))))))))))).....((((...((((((((((.......)))))))))).))))...........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M025 embryo |
M053 female body |
M024 male body |
O001 Testis |
M023 head |
GSM343915 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ............................................................................................................ACGTTAAGTGTAATTA.............................................................................................................................. | 16 | 1 | 11 | 48.91 | 538 | 0 | 422 | 0 | 116 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................................................................TGCTGTGCATTTTTACAATTCAAAT.................................................................................. | 25 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................................................................................TGTGCATATATATTAACATA................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
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| ..............................................................................................................................................................................TCTAAATTATTAATGTAAGACCAAT................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................AGCCGATGCTGTGCA.................................................................................................. | 15 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................AAAATTTCACATCCACCGTACTACATAA..................................................................................................................................................................................... | 28 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droSim2 | 2r:6905005-6905254 + | dsi_26183 | GCGAAACGTTTC---CATAA------AA---CTTCGGTGGACTTCATGGGT-CCGGTTAAAGTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTTTCAATTGGATGATATACACGTATA------TATAATTGTATAT-ATGC--------AATACACATT--AATG-GGACCTCTGGTCTCGGCTAC--GACACGTAAAAA-T--GTTAAG-TTTAACATTAAGATTTAATAATTACATTCTGGTTAAAT-----ATATG--------------CTAGACGCAAT-TTTAGT-AAGTTATC--C-TTTTGA-TTTGC-----TTCATC |
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| droEre2 | scaffold_4929:8241535-8241781 - | GCGAATCGTTTC---GATAA------AA---CTCCGGTGGACTTCATGGGA-TCGGTTAAAGTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTTTAAATTGGATGACATACACGTATA------TATAATTGTATAT-ATGC--------AATACACATT--AAGG-GGACCTCTGGTCGCGGCTAC--AACACATAAAAA-T--GTTAAG-TTTACCATTAAGATTTAATAATTACAATCTGGTTAAAT-----ATATG--------------CTAGACGCAAT-TTTAGT-AAGTTATC--C-TTTTGA-TTTTC--------ATC | |
| droYak3 | 2L:18762787-18763033 + | GCGAAACGTTTC---GATAA------AA---CTCCAATGGACTTCATGGGA-TCGGCTTAAGTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTTTTAATTGGATGACATACACGTATA------TATAATTGTATAT-ATGC--------AATACACATT--AAGG-GATTCTCTGGTCTCGGCTAC--AACACGTAAAAA-T--GTTATG-TTTAACATTAAGATTTAATAATTACATTCTGGTTAAAT-----ATATG--------------CTAGACGCAAT-TTTAGT-AAGCTTTC--C-TTTTGA-TTTTC-----T---TC | |
| droEug1 | scf7180000409209:43196-43438 - | GTGAAAAGTTTT---CATAA------AA---CTACGGCGGACTTCTATGGA-CTGGTTAAAGTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTT--------ATGAC------GTATA------TATAATTTTACAT-ATGC--------ATTACACATTTAAATG-GGACCTCCGGTCTCGGCTACACAATACGTAAAAG-T--GTTACG-TTTAACATTAAGTTTTAATAATTACATTCTGGTTAAATA---TATATG--------------ATAGACGAAAT-TTTAGT-AAGTTATC--CTTTTTGA-TTTAC-----TTCATC | |
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| droEle1 | scf7180000490703:9329-9581 + | GTGAACCGTTTT---GACAA------AA---CTACGTCGGACTTCCTTGGA-CTGGTTAAATTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTTTCACTTGGATGACATACATGTAGA------TATAATTGTACAT-ATGC--------AATACACATT--CATGTGGACCTCTGGTCTCTGCTAC--AATACGTAAAAA-T--GTTTCG-T-TAACATTAAGTTTTAATAATTACATTCTGGTTAAAT-----ATATG--------------CTAGACGCATT-TTTAGT-AAGTTATC--C-TTTTGA-TTTCTC--AATCCCTC | |
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| droFic1 | scf7180000454066:1580505-1580758 - | GTGAAACGTTTC---GACAA------TA---CTCCGATGGATTTCCTGGGA-CTGGTTAAAGTGTAGGTGGCATGATGTA--------TTTTCAATTGGATGACATACAAGTATA------TATAATTGTACAT-TTGC--------AATACACATT--CATGTTGACCTCTGGTCGCGGCTAC--AATACGTAAAAA-T--GTTACGATTTAACATTAAGTTTTAATAATTACATTCTGGTTAAATA---TATATG--------------CTAGACGCAAT-TTTAGT-AAGTTATC--C-CTTTGA-TTTTCC----TTCAT- | |
| droKik1 | scf7180000302817:469634-469894 + | A--AACTGTTTCGGGCAAAA------AA---CTCTGGTGGATTTCCTTGGATTCGGTTAAAGTGTAGGTGGCATCATGTA--------TTTTCAATTGGATGACAGACAAGTATCTATA--TAAAA-CGTACAT--------------------ATC--AA---GGACCTTTGGCCACGGCTAC--AATACGTAAATG-TGTGTTTGG-TTTAACATTAAGTTTTAATAATTACATTCTGGTTAAAT-----ATATATATATATATATGTTTTAGGCGCGAT-TTTAGT-AAGTTATCTTC-TTTTGAATTTTC-----CTCCCC | |
| droAna3 | scaffold_13266:4601266-4601525 + | GTGAACTGTTCC---CAAGA------AG---CTTCAACAGATTCCCCAGGA-CTGGTTAAAGGGTGGGC---AC-ATACACTTTTTTTGTTACAATTTTAAGAAATACAAGTATATATATATATAATTGTACAT-TTGC--------A-TAAACATACA--CACGGACCTCTGGTCTCGGCTAC--AATACGTGAAAT-T--GTTTGG-TTTAACATTAAGTTTTAATAATTACATTCTGGTTAAAT-----ATATG--------------TTAGACGCGATTTTTAGTTAAATTTTC--A-TTATGA-TTCTC-----TCCA-- | |
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Generated: 05/19/2015 at 12:20 PM