ID:dsi_25688 |
Coordinate:2l:7161548-7161697 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
CDS [2l_7161698_7161951_+]; exon [2l_7161698_7162027_+]; intron [2l_7159735_7161697_+]
No Repeatable elements found
| --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## GAGTTCCAGCAGTGCATAGCTGTTTGTATACATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATAAAACATGCTTCGATCACAGATTGCATTTATGCAAATACAAGAATATTTTAAGAATGGTTTGATCTTCAACTAAAGATTTGTATACACTTTAAAATAGCTGAGATAGTATATAAATCCATTCTAATTGTGCTTTGCCTTTGCAGGTGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC **************************************************...........................(((.......((((((((((..........(((((((..................((((((((((.(((..........)))...)))))))))))))))))..))))).))))).....)))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
M024 male body |
M053 female body |
O002 Head |
GSM343915 embryo |
M023 head |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................................................................................ATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCC......... | 27 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................AGCAGTTCGACGCCGACTGGGC. | 22 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................GTTCGACTCCTACTGGGC. | 18 | 2 | 4 | 1.50 | 6 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................GTGCCAAGATGATCCTTGAGAA...................... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................AGCAGTTCGACGCCGACT..... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................AGATGATCCTGGAGAAGCAGT................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................AGATGATCCTGGAGAAGCAG.................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................AGAAGCAGCTCGACGCCGACAGGGC. | 25 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................GAAGCAGTTCGACGCCGACTG.... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................AATTTTGCTTTGCCGTTGCA................................................... | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CTTTTTGTATACCTTCCACA................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................AAATTGTGCTATGCCTTTGGA................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................ACCTGCTTCGATCAC................................................................................................................................................................................ | 15 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................GAAGCCGTTCGACGCCGCG...... | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................CTGGAGCAGCGGTTCGAC............ | 18 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .....................................................................................................ATTTTAAAAATGGTTTGAC.................................................................................................................................. | 19 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
CTCAAGGTCGTCACGTATCGACAAACATATGTAAGGTGTACCGAAGGTGTTCTTTATTTTGTACGAAGCTAGTGTCTAACGTAAATACGTTTATGTTCTTATAAAATTCTTACCAAACTAGAAGTTGATTTCTAAACATATGTGAAATTTTATCGACTCTATCATATATTTAGGTAAGATTAACACGAAACGGAAACGTCCACTCCCACGGTTCTACTAGGACCTCTTCGTCAAGCTGCGGCTGACCCGG
**************************************************...........................(((.......((((((((((..........(((((((..................((((((((((.(((..........)))...)))))))))))))))))..))))).))))).....)))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR902009 testis |
SRR902008 ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
GSM343915 embryo |
O001 Testis |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M053 female body |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................TTTGTACGAAGCTAGTGTCTAACGT........................................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................ATCGACAAACATATGTAAGGTGTAC................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................GTACCGAAGGTGTTCTTTATTTTGT............................................................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................CCTCTTCGTCAAGCTGCGGC........ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................TTGTACGAAGCTAGTGTCTAACGT........................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................CAAACATATGTAAGGTGTACCGAAGGTGT........................................................................................................................................................................................................ | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................ATATGTAAGGTGTACCGAAGGTGTTCT..................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................TGTGCGGTTTTATCGACTCTAT........................................................................................ | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................TATTTGAACTTTTATCGACT............................................................................................ | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....GGTCGTCGCGTATCGA..................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................TGTGAAGTTTTAACGACCCTAT........................................................................................ | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................ATTTTCTCGATTCTATCAT..................................................................................... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................TCGATTCTATCATATA.................................................................................. | 16 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................GAGGAGTTTTATCGACTCTAT........................................................................................ | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................GCCCGAAGCTAGTGTCTG............................................................................................................................................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................CGTCTAGCTGCGGCT....... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2l:7161498-7161747 + | dsi_25688 | GAGTTCCAGCAGTGCATAGC-T-------------------------GTTT----GTATACATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATAA----AACATGCTT-CGATCACAGATTGCATTTATGCAAA-TACAAG-AAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAGAAT---GGTT--------TGATCTTCAACTAAA--GATTTGTATACACTTTAA-----AATAGCTGAGATAGTATATAA-ATCCATTCTAATT--G-----TGCTTTGCCTTTGCAGGTGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC |
| droSec2 | scaffold_3:2923278-2923527 + | GAGTTCCAGCAGTGCATAGC-T-------------------------GTTT----GTATACATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATAA----AACATGCTT-CGATCACAGATTGCATTTATGCAAA-TACAAG-AAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAGAGT---GGTT--------TGATCTTCAACTAAA--GATTTGTATACACTTTAA-----AATAGCTGAGATAGTAAATAA-ATCTATTCTAATT--G-----TACTTTGCCTTTGCAGGTGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC | |
| dm3 | chr2L:7407945-7408195 + | GAGTTCCAGCAGTGCATAGCAT-------------------------GTTT----GTATACATTCCACATGGCTTCCACTAGAAATAA----GACATGCTT-CGACCACAGATTGCATTTATGCAAA-TACAAG-AAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAGAAT---GGTT--------TGCTGTGCAA--------ATTTGTATACCCTTTAATCTTAAATAGGTGAAATAGTAAATAA-GCCCATTCTAATTACG------TTTTTGCCATTGCAGGTGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC | |
| droEre2 | scaffold_4929:16325525-16325716 + | GATTTCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------GTTT----GTATACATTTCACATGGCTTCCACAAGAAATAA----ACCATTATT-TGGCCACAGGTTGCATTTATGCAAA-AATAAC-A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTT--------TAGTCTTCTATAAAA--AATT--------------------------GAAAT-----------------CT-A-------------CGTACTTTCGCAGGTGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC | |
| droYak3 | 2L:5492616-5492849 - | GAGTTCCAGCAGTGCATAGC-C-------------------------GTTT----GTATACACTCCACATGGCTTCCACAGGAAACGA----AACATTCAAGTGGTCACAGCTTGCATTTATGCAAA-AATAAG-ATT------------------------------------------AG--------------------------------------------------CTT-------------AAGATT---GGTT--------TAGACTTCCATAAGA--GATT--------------------------GAGATGGTAAATGA-ATGGCTTCTAAC---GAACTTTGTTTAACCTTTACAGGAGAGGGTGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGACGCCGACTGGGCC | |
| droEug1 | scf7180000409463:588447-588603 + | GAGTTCCAGCAGTGCATAGC-T-----------------AGGCATGTTCTC----CTATACAATCCACATGGCTTCCACAAG----------ACCATTTGT-TAACCCCAACTTGCATTTATTAGGA-AATAAAC-AT------------------------------------------AA--------------------------------------------------TTT-------------AAATTT---GATTCTATAGGTAAATTACTAACTAAAATGATTTGTA-----------------------------------------------------------------------------------------------------AGCATT----------------- | |
| droBia1 | scf7180000302422:9104674-9104810 + | GGGTTCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------ATTT----GTACAGATTCCACATGGCTTCCACAAGAAGTAG----AGCATTCTT-CAACAGCAGGTTGCATTTAAACTGA-ATTAGACAAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAGATA---AATT--------CCAATTTAAAAAAAC--GATTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415604:163000-163139 - | GAGTTCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------ATTT----GTATATATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATGG----AGCATTCTT-CATCCCCAGGTTGCATTTAAACAGA-TATAAACAAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAAATC---AATT--------TTAAATTGAAGAAAT--GATTTTTA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491028:1644920-1645049 - | GATTTCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------ATTT----GTATACATCCAACATGGCTTCCATAAGAAATCA----AGAATTCCT-TAGCCGCAGGTTGCATTCATC-AGA-AATAAGCAAT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AAAACA---AATT--------TTCTTTTGAACCAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000770494:5346-5454 - | GATTTCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------GTTT----CTATAAATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATCG----AGAATTCTT-TAACCACAGGTTGCAATTATCTAGA-AATAAACATT------------------------------------------AT--------------------------------------------------TTT-------------AA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droFic1 | scf7180000454115:111764-111856 + | GAAATCCAGCAGTGCATAGT-T-------------------------GTTT----TTATATATTCCACATGGCTTCCACAAGAAATCG----AGCGTTTTTGGAACCACAGGTTGCATTAAGACAAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302384:74976-75107 - | GAGTTCCAGCAGTGCAAAAC-G---------------------TTTTTTTT----TTATAAAATCCACATGGCTTCCACATTAATTGG----GGCATTGTT-TAGCCGGAGGTTGCATTGTTTTAGA-AATAAAGAAT------------------------------------------GT--------------------------------------------------TTG--------------------------------------TTTGAATAAAT--TATTCTT---------------AAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_12916:15316920-15317066 + | GGGTTCCAGCAGTGCATATT-T-------------------------CATT----GTATATCTTCGGCATGGTTTCCACATTAAATGG----AAAATTCTT-TCACCCCAGGTTGCAATTTCCAGAC-AGCCAGAAATCTATGTTTGCACAGAAT-------------------------AT--------------------------------------------------TTC-------------AA----------------------TTTTGCATTAAA--TTTATGTAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396572:1706118-1706202 - | GAGTTCCAGCAGTGCATATT-T-------------------------CATT----GTATATCTATGGTATGGTTTCCATATTAAATGG----AAAATTCTT-TCGCCACAGGTTGCAATT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 4_group1:4158285-4158353 + | TTATTC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATCAATTCTAGGAGAGGGCGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGATGCCGATTGGGCC | |
| droPer2 | scaffold_5:1103981-1104092 - | AAA------------------------------------------------------------------TGGCTTCGGTATAAAATAA----AACCTTCTC-TAACCGCAAACGTTAT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTTTTCCATTCTAGGAGAGGGCGCCAAGATGATCCTGGAGAAGCAGTTCGATGCCGATTGGGCC | |
| droWil2 | scf2_1100000004585:5275237-5275460 - | ACATTCTAGT-----------------------------------------------------------TGGTTTTCCCAAAAATTGGATTACATCTGTTT-TAGATACATATTA---TTATGTGCT-CATATG-ATA------------------------------------------ATTTTGAAACTACTGTGACGAACTTTATTAAATATTAAAAATCTTATAACAATTT-------------------------------------------------------------------AA-----ACCAATTCCACTAATACATTAAATATCTT---------------TTTTGTTTATTTCAGGTGAGGGTGCCAAAATGATTTTGGAGAAACAATTCGATGCCGATTGGGCA | |
| droVir3 | scaffold_12963:15437735-15438046 - | dvi_12044 | T--CTCCAGAAACGGAAAATTTTAATAAAAATATTTAAAAAGAATATTACCTCATG-------TTAAAATCGCTTTAACAGTAACCGA----AACTT-----TAGCTGCA-------ACTCTAACATTACTTACACAGAGATGTTTAAAGAAAAGATTATGCTTAACATTAAATGTTAATGTTATGCAAATGCTGTAACACTCACTAACAGCTGCAAAGAGTATTTCAAAATGTTAACCACAAATGTTAAG-CCAATGACC-----------ATATAATAAAAC--C-------------------------------------------------------------------ACTATTATTTGCAGGAGAGGGCGCCAAGATGATTCTGGAGAAGCACTTCGATGCCGACTGGGCC |
| droMoj3 | scaffold_6500:18417680-18417748 - | TTTTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTTTTTTGCAGGAGAGGGCGCTAAGATGATTCTGGAGAAGCAATTCGATGCTGATTGGGCC | |
| droGri2 | scaffold_15126:4991518-4991574 + | T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGCAGGAGAGGGCGCCAAGATGATTCTGGAGAAGCACTTCGATGCCGACTGGGCC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSec2 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droBia1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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Generated: 05/19/2015 at 02:39 AM