ID:dsi_23575 | 
		Coordinate:3l:2067117-2067266 - | 
		Confidence:Candidate | 
		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read | 
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| -14.0 | -13.8 | -13.5 | -13.3 | 
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intergenic
No Repeatable elements found
| 
AAGAACAATTGGACCATACCACCCTCGTATTGCTTTTTCGGTGAACTTTGGTAATTAGCATAGTGCCAGCTACAATTTTTGATTAAATTCTTACAATATTTTAAAGTTTTTCGGAATAATAAGTATTCAACAAAGCTCGTAATACCACAAAAAATGTATCAAATTTTAAAAAGATATTTTCACCCTGAGCAAACGCGAATGTAAACAATACTACGAATTGGAAATACTTTTAATCAGCTGTTTGAAAAAC
 **************************************************((.....((.....(((((........((((((.............((((....((((((...(((((.....)))))...))))))...)))).............)))))).....................))).))....))..))**************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries  | 
	SRR618934 dsim w501 ovaries  | 
	O001 Testis  | 
	GSM343915 embryo  | 
	M053 female body  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........GACCATACCACGCTCGTA............................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ........TTGGACCATGCCACCCTCGTAATGTT........................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................ATTCTTACAATATTTTAAAG................................................................................................................................................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ........................................................................................TCTTACAATATTTTAATGTTTT............................................................................................................................................ | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| .....CGATTCGACCATACCACGCT................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| .....................................TCGGTGGACTTTGGGAATT.................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 
| .....................................................................................................................AATAAGTATAGAACTAAGC.................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| 
TTCTTGTTAACCTGGTATGGTGGGAGCATAACGAAAAAGCCACTTGAAACCATTAATCGTATCACGGTCGATGTTAAAAACTAATTTAAGAATGTTATAAAATTTCAAAAAGCCTTATTATTCATAAGTTGTTTCGAGCATTATGGTGTTTTTTACATAGTTTAAAATTTTTCTATAAAAGTGGGACTCGTTTGCGCTTACATTTGTTATGATGCTTAACCTTTATGAAAATTAGTCGACAAACTTTTTG
 **************************************************((.....((.....(((((........((((((.............((((....((((((...(((((.....)))))...))))))...)))).............)))))).....................))).))....))..))**************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head  | 
	SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries  | 
	SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................................................................TTCATAAGTTGTTTCGAGCAT............................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................................................................................AAAGTGGGACTGGTTT......................................................... | 16 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................TTGGGACTCGTTTGC....................................................... | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 
| .................................AAAAAGCCAGTTGAAA......................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 
| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3l:2067067-2067316 - | dsi_23575 | AAGA-ACAATTGGACCATACC-ACCCT----------CGTA-------TTGCTTTTTCGGTGAACTTTGGTAATTAGCATAGTG--------CCAGCTACAATTT-------------TTGATTAAATTCTTACAAT---ATTTTAA--AGTTTTTCGGAATAATAAGTATTCAAC-AAAG-CTCGTAAT---ACCA---CAAAAAATGTATCAAAT-TTTAAAAAGATAT---------------------------TTTCACCCTGAGCAAACGCGAATGTAAACAATACTACGAA---------------------------------TTGG--------AA-ATACTTTTAATCAGCTGTTTGAAAAAC | 
| droSec2 | scaffold_2:2194998-2195254 - | AAGA-ACAATTGGACCATGCG-ACCCT----------CGTA-------ATGCTTTTTCGGTGAACTTTGGTAATTAGCATAGTG--------CCAGCTACAATTT-------------TTGATTAAATTCTTACAAT---ATTTTGA--AGTTTTTCGGAAGAATAGGTATTCAAC-AAAAATACCAGTTAATAC-AACAAAAAAAATGTATCAAAT---------------------------TAAAAAAAAAAAATGTTCACCCTGAGCAAGCGCGAATGTAAACAAAGCAAAAAA---------------------------------TTGG--------AA-ATACTTTTAATCAGCTTTTTTAAAAAC | |
| dm3 | chr3L:2169252-2169474 - | AAGA-ACAATGGGACCATACC-ACCCT----------CGCT-------ATGCTTTTTCAGTGAACTTTGGCTATTATCATAGTG--------CCAGCTACAATTT-------------T-------------AAAAT---ATTTTTA--CGAATTTCGAAAGAATAGGTATTCAAC-G-AG-CTCGTATTAATAC-A---CAAAAAATATATCAACA-TT------------------------TAAATAGA------------------CAAACGCGAATGTAAACAATGCTAAAAA---------------------------------TTGG--------TA-ATACTTTTAATCAGCTATTTGAAAAAC | |
| droEre2 | scaffold_4784:2164830-2165092 - | AAGA-ACAATTAACACCTGCT-TAC-----------------------ACACTTTCTCGGTGAACTTTGGAAATTAGTATAGTCCGTGTGATCAAGCTACAGTTCTTGGGACCAAGCTTTGATTGACTTTTCACAATGGCATTTTCAGTGGCATTTCGGAAAAA---ATATTGAA---AAG-GTCTTAAA---A------TAAAAAATGCATTTAATTTTTGAAACGATATTCTG-TCACACTTTGAA----------------------TAGGCATGAATTTAAACAAA----AAA-A--------------------------------T--------ATCTACATA-TTTTCATTAGCTGCTCATTAAAC | |
| droYak3 | 3L:2122259-2122457 - | AAGA-ACAATTGGACCATACCCACCC------------------------------------------------------------------------ACAATTCTTAGCAC--AACATTGATTGATTT--CAAAT----TTTTTCAATCGTTATACGGAAAAATATGTTATAAA---AAG-AACTTATAAACAC-ATCATTTTAATTTTAACACTT---------------------------TCAATAGG----------------------AATGATTTAAAGCTAA----TAA-A--------------------------------T-TTAAAGTATCTACTTA-TTGGCATCAGCTGTTCATAAAAC | |
| droEug1 | scf7180000409091:98305-98375 + | GATAAGCAATTGGCATCTACC-ATTAC----------ATTTCATTTGTTTAACTTCACAGTGAAATTCGAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAATTGGCA---------------------------------------------------------------------TA--------------- | |
| droTak1 | scf7180000414400:111975-112025 - | AAGT-ACAATA--------CT----------------CATA----CATTTGCATTCACAGCGAAATTCGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAATTGGCA-------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491249:3312078-3312204 + | AAGC-AGAACTTGCCCCTACT-AAAGTTGTGTAACTGCGCA-------ATGATTTTGAAATCACCA---ATATATGTCAGTGTT--------CCAGGTCCACTTT-------------AAAATTCAAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATTTTAATGAA-----AT-ATTTAAAATTGTTTGTAA--------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000779211:106898-106907 - | AAGC-TGAATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000453052:889330-889518 + | CTTT-TTTGTA--------TT----------------TT-----------------TAAAAGAAGTAT--ATATTAATTTAAAA--------GAATCTATAAATT-------------TATATCAA---------------------------------ATGAATAGACCTCTTAAAG-------------------------------------ACCATTAAAACAATAGTCTGAACATATATGAAA----------------------AA---AAATATTTTAATAAA----AAA-ATTTGATAAAGTTCGTAAATTATTTGCTAAGTTTTGG------------TTCTCTTAATAATTTACTT------- | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 | 
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| droSec2 | 
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| dm3 | 
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| droEre2 | 
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| droYak3 | 
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| droEug1 | 
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| droTak1 | 
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| droEle1 | 
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| droRho1 | 
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| droFic1 | 
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Generated: 05/19/2015 at 01:48 PM