ID:dsi_21824 |
Coordinate:3l:22491551-22491700 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
intergenic
No Repeatable elements found
|
CTTAATTGTGAATACTTTGCAAACCCAGCTTCTCTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGCTCCGTCTGTATAAACGGAGAGATCACGAATCTAAAAAAGCTAGCAGACTGCTCTATAAACTTAGTAGCTAAGGTTCAACTCATTTAAAATGTCCATTGGCAATCCATTCCAGTCGAATATCTATCTACTGCTGGTCTTAAGTTGCATACAACTTTGCTTCATATTTATTTATCAAAGGGCGATAGAAAGA
**************************************************.....((((((((((........))))))((((.....))))......((((((((...((((((......))).)))....((((.(((.........((((....)))).........))).)))).........)))))))))))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M024 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....TTGTGAATACTTTGCAAACCC................................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................TCTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGC.............................................................................................................................................................................................. | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................CTATCTACCGCTGGTGTTGA.................................................. | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................CTATCTACCGTTGGTTTTAA.................................................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................AAACGTAGTAGGTAAGGCT................................................................................................................... | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................AGCTACGTATGGATAAACG.............................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................................CAAGTTGAACGGTAA.................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
GAATTAACACTTATGAAACGTTTGGGTCGAAGAGACTGAGTTCAACTTACCATTCATTCGAGGCAGACATATTTGCCTCTCTAGTGCTTAGATTTTTTCGATCGTCTGACGAGATATTTGAATCATCGATTCCAAGTTGAGTAAATTTTACAGGTAACCGTTAGGTAAGGTCAGCTTATAGATAGATGACGACCAGAATTCAACGTATGTTGAAACGAAGTATAAATAAATAGTTTCCCGCTATCTTTCT
**************************************************.....((((((((((........))))))((((.....))))......((((((((...((((((......))).)))....((((.(((.........((((....)))).........))).)))).........)))))))))))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M024 male body |
M023 head |
M053 female body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR902009 testis |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR1275487 Male larvae |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGGTA...................................................................................................................................... | 19 | 2 | 1 | 194.00 | 194 | 159 | 29 | 4 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGGTAG..................................................................................................................................... | 20 | 3 | 5 | 14.60 | 73 | 52 | 15 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..................................................................................................CGATGGTCTGACGAGGTA...................................................................................................................................... | 18 | 2 | 8 | 8.63 | 69 | 53 | 14 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................CTCGATGGTCTGACGAGGTA...................................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 7.14 | 50 | 44 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGGCA...................................................................................................................................... | 19 | 3 | 9 | 3.11 | 28 | 21 | 5 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGGT....................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 1.25 | 5 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGTTA...................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 1.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGA.......................................................................................................................................... | 15 | 1 | 9 | 0.89 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 1 | 0 | 2 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................TCAACGTATGTTGAAACGAAGTAT........................... | 24 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TTTGACGAGATCTTTGAACCA............................................................................................................................. | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................CCGATGGTCTGACGAGATA...................................................................................................................................... | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................ATTCAACGTATGTTGAAACGAAGTAT........................... | 26 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................TCGAAGGTGAGTAAATTTT..................................................................................................... | 19 | 2 | 12 | 0.25 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................TCAACGTATGTTGAAACGAAGTATAAA........................ | 27 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................CGATTGTCTGACGAGGTA...................................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACTAGGTA...................................................................................................................................... | 19 | 3 | 10 | 0.20 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................CCATTCACTCGAGGCAG........................................................................................................................................................................................ | 17 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................TTGCTCGATCGTCTGACG........................................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................CGATGGTCTGACGCGATGT..................................................................................................................................... | 19 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GGGTCGAAGAGTCTG.................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................GATGGTCTGACGAGGTA...................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TATGACGAGATCTTTGAACC.............................................................................................................................. | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................GATGGTCTGACGCGAT....................................................................................................................................... | 16 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................TCGATGGTCTGACGAGGTG...................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................TAATTGTTACAGGTAAC............................................................................................ | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................GTGACGAGATCTTTGAACC.............................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................TCGATAGATGAAGACCA....................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3l:22491501-22491750 + | dsi_21824 | CTTAATTGTGAATACTTT----GCAAACCCAG---CTTCTCTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGCTCCGTCTGTATAAACGG---AGAGATCACGAAT-CTAAAAAAGCTAGCAGACTGCTCTATAAACTTAGTAGCTAAGGTTCA------ACTCATTTAAAATGT------------------CCATTGGCAATCCATTCCAGT---------CGAATAT---CTATCT-----------------ACTGCTGGTCT-TAAG----------------TTGCATACAACTTTGCTTCATATTTATTTA-T-CAAAGGGCGATAGAAA-GA |
| droSec2 | scaffold_41:28150-28396 + | CTCA-TTGTGAATACTTT----GCAAACCCAG---CCTCTCTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGCTCCGTCTGTATAAACGG---AGGGCTCACGAAT-CTAAAAAAGCTAGCAGACTGCTCTAAAAACTTAGTAGCTAAGGTTCATTGTAAACTC-----------------------------------------CATTCCAGT---------TGGA--T---CTATCT-----------------ACTGCTGGTCT-TAGGTTAGACGCACCTTAAGTTGCATACAACTTTGCTTCATATTTATTTA-T-CACGGGACGATAGAAAAGA | |
| dm3 | chr3L:23006356-23006576 + | CTTAATTGTGAATACTTT----GCGAACCCAG---CTTCTCTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGCTCCGTCTGTATAAGCGG---AGAGATCATGAATTCCAAGAGAGCTAGCAGATTGT------AACTTAGTACCTAAGGTTCATAGTAAACTCATTTACAATGTAATTTTAAAAGTTCATTGTCATCGGCAATCATTTCAACT---------TGAATATCACCTATCT-----------------AT-----ATCT-TAAG----------------T-------------------------------------------------CG | |
| droEre2 | scaffold_4784:22660607-22660664 + | CTTAACTGTGAATACGTT----GCAAACCCTG---CTTCACTAACTAAAGTTGAATGGTAAGTAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | v2_chrUn_005:8372-8502 + | CTTAACTGTGAATACGTT----GCAAACCCTG---CTTCACTGACTCAAGTTGAATGGTAAGTAAGCTACTTCAGTATAAGCGG---CAAGAGTTCGAAAATTAAAATAGCT-------TGCTGTAAAAGCTTAGTAGATAAATATCA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droEug1 | scf7180000409702:3880-4126 + | TTTAATATAAAGTATTTGGATTGTAAAACACATGTGCTATTTAACTCAATTAGAAAAGTATATAATTTTTGTCGAA---AGTGG---AACAATAAGAATAAGTACAAGACTT-------TTTTTTATAAGATTAGC-------------GCTATACTTTTTAGATGTGAAACGT---------------------------------------------------------CCACAGCTCATTTATATACACTTCTGGTCC-TGGGTTAGACGCACTCAGTTTTTCAAACAAATTTGTTTTATATTTATTTT-T-TTAATGATTATTGAAA-AA | |
| droBia1 | scf7180000302377:81767-81830 - | CTTAATTGTGAATATGTT----GCGAATCCTG---CATCTCTAACCAAAGTTGAATGGTAAGTAAATTTTG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000410498:22860-22921 - | CTTAATTGTGAATATGTG----GCGAATCCTG---CATCTCTAACACAAGTTGAATGGTAAGTAAGCCC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000487448:16788-16844 - | CTTAATTGTGAATATGTT----GCGAATCCTG---CTTCTCTAACGCAAGTTGAATGGTGAGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droRho1 | scf7180000776885:9145-9201 + | CTTAATTGTGGATATGTT----GCAAATCCTG---CTTCTCTAACCCAAGTTGAATGGTAAGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droFic1 | scf7180000453806:18719-18818 + | TCCAATTCA-------TT----TG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATATACACTGCTGGTCT-TGGGTTAGACGCACTCAGTTTTTCAAACAAATTTGATTTATATTTATTAT-T-TTAATGATTATTGAAAAAA | |
| droKik1 | scf7180000302808:584707-584839 + | CATT-TAGAGGATTTATT----CCTAATATAT---TC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATTATTTTCCGATCG--T---TT-----------------ATACACTGCTGGTCT-TGGGTTAGACGCACTCAGATTTCCAAACAAATTTGTTATATATTTTTTAT-T-TTAATGATTATTGAAA-AA | |
| droAna3 | scaffold_13337:22765573-22765628 + | CTTAATTGTGAATATGTG----GCAAACCCAG---CGTCACTAACAAATGTTGTATGGTAAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396707:987995-988128 + | ATAAATTTCATATATA------------------------------------------------AATTCCATATATATATAAAA---TATATTAATAATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTATTAAAGAA--A---AT-----------------TTACACTGCTGG---------------CACTCAGTTTTCCACACAAATTCGTTTTATATTTATTAT-T-GTAATGATTATTGAAA-AA | |
| dp5 | XR_group6:2801198-2801254 - | CTGAACTGTGAATATTTC----GCCAATCCTG---CATCTTTAACCCAAGTTGTATGGTAAGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droPer2 | scaffold_11:405583-405696 - | ATTT----CCAACCCTTT----TCAGAACCGG---AACTGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TT-----------------ACTGCTCGTCAATAGGTTGGACGCACCCATTCTTGCATTAGAATTTGAATTAAAACTTTTTATTTTTAAAG--AATTGAAAAAA | |
| droWil2 | scf2_1100000004762:4599800-4599855 + | CTTAATTGTGAATATATC----TCAAATCCGG---CATCGCTAACCGAAGTTATATGGTAAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_13049:14051603-14051707 - | CTCAATTGTGAATACGTG----GCAAATCCGG---CCTCGCTCACGCAGGTCGTTTGGTAAGTG--CTTAATCCAAAA---CAAAATAAAAATAAAAGAC-AGAAAAATGACAGCA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA | |
| droMoj3 | scaffold_6473:16060939-16061024 + | TCCAGTG---AACTAA---------A-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CT-----------------CCTGCTGGTCT-TAGGTTAGACGCACTGGTACTTTCCTTAATATTTGCTTTATAACTTTTAT-T-----------TAGAAA-GC | |
| droGri2 | scaffold_15110:16149552-16149607 + | CTCAATTGTGAATATGTG----GCAAATCCTG---CATCGCTCACACATGTCGTTTGGTAAGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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