ID:dsi_21141 |
Coordinate:3l:18912719-18912868 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -18.5 | -17.8 | -17.6 |
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five_prime_UTR [3l_18912712_18912718_-]; CDS [3l_18912603_18912711_-]; exon [3l_18912603_18912718_-]; intron [3l_18912719_18913035_-]
No Repeatable elements found
| --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TCTTCCTCTTGTCTTAATCAGCCTCCCCCCCTGCCCCGCGACGCTCTCCTTTGATGATCAAAAAACAATCAGTTTGCGTAATATGCGCCAATGACAACAGCAACAATTACGGCGTGATAAGGATTGGAGCGCAATAACCCAGCGAATCGAATCACGCGAGTAGAGTTCACTGATAGCACTGCAACTCTTTTCCCTTCCAGATTTAGCATGACGGAATTCGAGGAGGACTTGCCCCACAACGGCCTGATGG ********************************************************************************************.....(((.(((..((((.(((((((.....((((..(((.........)))..)))))))))))..)))).)))..))).......*********************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
M024 male body |
M023 head |
SRR902008 ovaries |
M053 female body |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
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SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................................................................CGTGATAAGGATTGGCTC........................................................................................................................ | 18 | 2 | 2 | 7.00 | 14 | 3 | 7 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................................................................................................................CACGCGAGTAGAGTTCACTGATAGCAC....................................................................... | 27 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................TTTAGCATGACGGAATTCGAGGAGGAC...................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................ATGACGGAATTCGAGGAGGACTT.................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................GACAACAGCAACAATTACGG.......................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................TCGACGCTCTCCTTGGATG.................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................TTTAGCATGACGGAATTCGAGGAGGACT..................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................GAATTCGAGGAGGACTTGCC................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................ACTGCAACTCTTTTCCCT....................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................GAATTCGAGGAGGACTTG................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................CATGACGGAATTCGAGGAGGA....................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................TTAGCATGACGGAATTCGAGGA.......................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................AGCATGACGGAATTCGAGGAGGAC...................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................ACAATTACGGCGTGATA................................................................................................................................... | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................TAGCATGACGGAATTCGAGGAGGACT..................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................TGGCAAATTTAGCATGACGGAATTCGAGG........................... | 29 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................TTAGCATGACGGAATTCGAGGAGGACT..................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................GAGTAGAGTTCACTGATAGCACT...................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................GCGGAATTCGAGGAGGAC...................... | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................GCGTGATAAGGATTGGAG......................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................CTTCGTGATAAGGATTGG........................................................................................................................... | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................CTTTGATGATGAAAAGAC........................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................CGGGATAAGGATTGGCGC........................................................................................................................ | 18 | 2 | 9 | 0.22 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CCGCCCCGCAAGGCTCTCCT........................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................CGTCGGGATAAGGATTGG........................................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................CCTTCCAGATTTAGG........................................... | 15 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................CCCCCCGGCCCCGCG.................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...............................GGCCCCGCGCCGCACTCCT........................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
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***********************************************************************.....(((.(((..((((.(((((((.....((((..(((.........)))..)))))))))))..)))).)))..))).......******************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M024 male body |
M023 head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
O001 Testis |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M053 female body |
GSM343915 embryo |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................................GTTAAGGCCCCACTATTC................................................................................................................................. | 18 | 2 | 4 | 4.00 | 16 | 8 | 5 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................GTTAAGGCCCCACTATTCG................................................................................................................................ | 19 | 3 | 18 | 1.00 | 18 | 3 | 0 | 0 | 4 | 4 | 1 | 4 | 0 | 2 | 0 |
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| .........................................................................................................TCATGCCGGACTATTCTTAA............................................................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TTAAGGCCCCACTATTC................................................................................................................................. | 17 | 2 | 13 | 0.15 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................GTTAAGGCCCCACTAT................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................TGGTTAAGGCCCCACTATT.................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 |
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| ................................CGGTGTGCTGCGAGAG.......................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .........................................................................................................TAAGGCCCCACTATTC................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................GAGCTGCGAGAGGGAA...................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3l:18912669-18912918 - | dsi_21141 | TCTTCCTCTT-GTCTTAATCAGCCTCCCCCCCTG-----CCCCG-CG----ACGCTCT--CCTTTGATGATCAAAAAACAATCAGTTTGCGTAATA-TGCGCCAATGACA---ACAG---CAACAA-TTACGGCGTGATAAGGAT-TGGAGCGCAATAACCCAGCGAAT-CGAATCA-CGCGAGTAGAG--------------------TTC-------------ACTGATA-GCAC----------TGCAACTCTTTTCCCTTCCAGATT-------TAGCATGACGG-------------AATTCGAGGAGGACTTGCCCCA--C-AACGGCCTGATGG |
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| droFic1 | scf7180000453824:641669-641905 - | CTTCTT-C---GCTTCAATCT----TCTCC-CTCCACT-CCCCT-CACC-----------ATTTCGACGATCAAAAAACAATCAGTTTGCGTAATA-CAAGACAATAACA---ATAA---CAACAA-TTATGGGATGATAAGGAC-TCAAGCACAATGAACCACCA--G-CGAGACA-CGCGAGTGAAG--------------------TGA-------------ACTGATAAGC-------------GCAAACCTTCTTTTTTCCAGATT-------TAGCATGACGG-------------AATTCGCGGAGGTCGTGCCCTA--C-TATGGATTAATGG | |
| droKik1 | scf7180000302686:883380-883628 - | TCTTCT---T-TTATTAATCCCCCACC-CCATT------CCCCT-TCCCCTTCCGTTTCGTTTGTGTTGATCAAAAAACAATCAGTTTGCGTAATAATGCGCCAATAACA---ATAA---CAACAA-TTAGCAAGTGATAAGCCC-TGCAGAACGTTGAACCA-----T-CGAAACA-CGCGAGTCAAG--------------------TG--------------ACTGATAAGCCT----------TGTAACTCTTT-CATTTCCAGATT-------TAGCATGACGG-AGG---------AATACTCGGAAATCTTGCCCCA--G-AGGGGTCTAATGG | |
| droAna3 | scaffold_13337:18204276-18204497 + | GAT-----------------AGCATCC-CC-CTG-----CTCCC-CT----TCCCTCTT-CTATCAATGATCAGAA-ACA---AATTTGCGTAATA-AGCGAAATTAACATAAATAATAACAACAAATT--GCACTGATAAGAGCCACGAGAACATTGAACCA-----C------CA-CGCGAGCCGAA--------------------CC--------------ACTGATAAGATG----------CCCAACTCTTTA---TTCCAGATT-------TAGCATGCCGG-------------AATACATGGAGGTCTTGCCCCA--C-CGCTCCCTGATGG | |
| droBip1 | scf7180000396741:1386775-1386995 + | TCTGCT-------------------CC-CC-CTC-----TCCCGCCCCC-------CTC-CTATCAATGATCAGAA-ACA---AATTTGCGTAATA-AGCGACATTAACATAAATAATAACAACAA-TTGC--ACTGATAAGGGCCCCGAGAACATTGAACCG-----T-CGG-ACA-CGCGAGCCGAA--------------------TC--------------ACTGATAAGATG----------TGGAACTCTTTA---TTCCAGATT-------TAGCATGCCGG-------------AATACATGGAGGTCTTGCCCCA--C-CGCGGCCTGATGG | |
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| droPer2 | scaffold_48:135094-135339 - | TCTCTGCATT-GCATCGCTCT----CGCCC-TCC--------CACTCTC-------CCG-CTCTCAGCGATCAGGAAACAATCAGTTTGCGTAATA-TACA------------ACAA---TAACAA-TTA-AATGTGATAAGCCT-GGGGGCACATTGAACCA-----T-TAA-ACACCGCGAGTGAAT--------------------CCCAGCCATAACTATAACTGATAAGAGCCCTTACGTTTGTTAACTCTTTG----CCCAGATT-------TAGCATGACTG-------------AAAGTTTGGAGGACTCACCCGA--T-GCGGGGCTGATGG | |
| droWil2 | scf2_1100000004540:544923-545053 - | A------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCGGCT---CAACA-CGCGGGTCAAAA-------------------CT--------------GATAACAAATAA----------CACAATTTCTTTAATTTTTACATTTTTTTAATAGCATGGCAT-CCGTGGATACGGAATTCAGAAGCAACTTGCCCCCATCCTCTGGTCTATTGG | |
| droVir3 | scaffold_13049:12836243-12836252 - | G-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACCCGTCAG | |
| droGri2 | scaffold_15110:23483343-23483458 - | GCGCGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAAATCAGCGCA----------------CATTGATTCACAGCAAATAGCACATGT--------------ACTGATA-ACGC----------TTCCC-----------TCCCCACC-------TCCCCCCGCAGAATATTTGCACGAAATTGAACATGGAACTGCCCCA----------------G |
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Generated: 05/18/2015 at 04:58 PM