ID:dsi_19760 |
Coordinate:3r:6110174-6110335 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
intergenic
No Repeatable elements found
|
ATTCAAAATAAAATTTTATACAAGCCGGTTAACATTCGTTGAAAATAAGTGCAAGTATTCCAAATCATTACTATTACATAAACAAAAATGCTTAAAACAAAATTTATTACGTCGTTTTCAAACTAAAAAACACCGCATGCCAAAGTTTTTAAACTCATTTTGATTTCGTAATATTGTTTGATTATAAAATTATTTATCGTTTATATCAATAGAGCTACTAGTTCATTTGGTTATTGTGGACCAAACATTTGCAACCCAGTGA
**************************************************....................(((((..((((((..(((((.(((.((((((...(((((((..(((.........((((((.............))))))...........)))..)))))))...)))).)).)))...)))))...))))))...)))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR902009 testis |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR1275487 Male larvae |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M024 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..................................................................................CAAAAAGACTTAATACAAAATTT............................................................................................................................................................. | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................TGTCGTATGATTGTTTGATTATA............................................................................ | 23 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................AAATCAGTTATCGTTTATAT........................................................ | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................AACATTCGTTGAAAA......................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................TTATTAAATCAGTTATCGTTTA........................................................... | 22 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................TCATTAAATCATTTATCGTTTA........................................................... | 22 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TAGTTCAGTTGGTTA............................. | 15 | 1 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| ................................................................................AAAAAAAATGCTTAAAAC.................................................................................................................................................................... | 18 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................CCTAAAAAACTCCGAATGCC......................................................................................................................... | 20 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..........................................AAATATGTGCAAGTGTTC.......................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TAAGTTTTATTTTAAAATATGTTCGGCCAATTGTAAGCAACTTTTATTCACGTTCATAAGGTTTAGTAATGATAATGTATTTGTTTTTACGAATTTTGTTTTAAATAATGCAGCAAAAGTTTGATTTTTTGTGGCGTACGGTTTCAAAAATTTGAGTAAAACTAAAGCATTATAACAAACTAATATTTTAATAAATAGCAAATATAGTTATCTCGATGATCAAGTAAACCAATAACACCTGGTTTGTAAACGTTGGGTCACT
**************************************************....................(((((..((((((..(((((.(((.((((((...(((((((..(((.........((((((.............))))))...........)))..)))))))...)))).)).)))...)))))...))))))...)))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | O001 Testis |
M023 head |
M024 male body |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................TTTGAGTAAAACTAAAGCATT........................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TGCAGCAAAAGTTTGATT........................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................CGTTCAGAAGGTTTAGTTATA............................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................CGGGCATAAGGTTTAGTATT................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............AAATATTTTCGGCCACT....................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...........CTAAAGTATGTTCGGC........................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:6110124-6110385 + | dsi_19760 | ATTC-------AAAATAAAATTTTATAC--AAGCCGGTTAACATTCGTTGAAAATAAGTGCAAGTATTCCAAATCATTACTATTACATAAACAA------------------AAATGCTTAAAACAAAATTTATTACGTCGTTTTCAAACTAAAAAACACCGCATGCCAAAGTTTTTAAACTCATTTTGATTTCGTAATATTGTTTGATTATAAAATTATTTATCGTTTATATCAATAGAGCTACTAGTTC------ATTTGGTTATTGTGGACCAAACATTTGCAACCCAGTGA |
| droSec2 | scaffold_25:614899-615155 + | ATTC-------AAAATAAAATTTTATAC--AAACCGGTTAACATTCGTTGAAAATAAATGCAAGTATTCAAAATTATTACTATTACACAAACAAAAAAATTAGACATTTACAAAATGCTTAGAACAAAATTTATTACACCGTTTTCATACTCAAAAACACCTCATGCCAA-GTTTTTAAACTCATTTTGATTTCGTAATATTGTTTGCTTATAACATTATTTATCTTGTATATCTATAGAGCTACTGGTTC------ATTTGGTTATT----------------------ATTGA | |
| dm3 | chr3R:15153051-15153263 - | ATTTGGATTCAAAAAAAAAATTTTATTTTTATTTTTTTTAATATTCGTTGAAAATAAATGCAAGTATTAAAAATTATTACTATTACACA-----------------------AAATGCTTAGAACAAAATTTAT-----------------------------------------------------TGATTTTGAAATATTGTTTGGTTATATAGTTATTTATCGTTTATTTCAATAGAGATTCTAGTTC------ATTTGGTTATTGTGGAGCAAACATATGCAACGCAGTGA | |
| droEre2 | scaffold_4770:6480944-6481012 + | TA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATTTAAATATCGTGTATATCATCAGT----CTACATCTATCAAAACAGATTATTGTGCATTAA-----------GCAGTGA | |
| droYak3 | 3R:3872212-3872374 - | AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAGGATTTACTTAAAAGGTTTCATACCGCTTTAAAATTTAAAAACATAGCATACAAA-TT--------ATACTTTGATTATATAGAAATGTTTTTTTA--TATGAAAATATCGTGTATATCATCACAGCGTATATATCTATAAAATCTGGGTTTTCTACAGCAA-----------CCAGTGA | |
| droRho1 | scf7180000779522:93257-93271 - | ATTT-------AACAAAAAGTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droRho1 |
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Generated: 05/18/2015 at 08:32 PM