ID:dsi_19311 |
Coordinate:3r:27139331-27139414 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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![]() |
five_prime_UTR [3r_27139415_27139731_+]; exon [3r_27139415_27139974_+]; five_prime_UTR [3r_27139277_27139330_+]; exon [3r_27139277_27139330_+]; intron [3r_27139331_27139414_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################------------------------------------------------------------------------------------################################################## AGATGATTCGTAGCTGATGATGTAAAAATACATCTTAAATAAGAATGTGGATAAGTATATAATCTTAGATTGTATCCTGAGTATTAATGAAATCCTTTATATAGACTGTTTAATATTTAGTTTATTTTTTAAGAGCTTTTATTATTTTTGTATGTATACACTAACATCGAATTTAAACCATATT **************************************************............(((((((..(((..(((((((((((......................)))))))))))..)))..)))))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M023 head |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................................................AATGTATCCTGAGTA..................................................................................................... | 15 | 1 | 10 | 0.90 | 9 | 6 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................GAATGTATCCTGAGTA..................................................................................................... | 16 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................GTATCCTGAGTAGTACTCAA............................................................................................. | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....GATGCGTAGCTGATG..................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 11 | 0.18 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........TAGCTGATGTCGTAAAAA............................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................TTGAATGTATCCTGAGTA..................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................GTATCCTGAGTATGACT................................................................................................ | 17 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................GAATGTATCCTGAGTAC.................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................TGAAATCCGTTGTAGAGAC.............................................................................. | 19 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................TCTTAGATTGTATCT........................................................................................................... | 15 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ......TTCTTTGCTGATGATCTAAA.............................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................TTTATTATTTTTGTA................................ | 15 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........TAGCTGATGTCGTAAAA............................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................TTTTATTATTTTTGT................................. | 15 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................GAATGTACCCTGAGTA..................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
TCTACTAAGCATCGACTACTACATTTTTATGTAGAATTTATTCTTACACCTATTCATATATTAGAATCTAACATAGGACTCATAATTACTTTAGGAAATATATCTGACAAATTATAAATCAAATAAAAAATTCTCGAAAATAATAAAAACATACATATGTGATTGTAGCTTAAATTTGGTATAA
**************************************************............(((((((..(((..(((((((((((......................)))))))))))..)))..)))))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
GSM343915 embryo |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................ATAGGACTCATAATTAG............................................................................................... | 17 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................AGCTTAAATTTGGCA... | 15 | 1 | 17 | 0.18 | 3 | 0 | 0 | 3 |
| ......................................................................................................................................................................AGCTTAAATTTGGCATGA | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................AGCTTAAATTTGGCATAC | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:27139281-27139464 + | dsi_19311 | AGATGATTCGTAGCTGA-----------TGA-----------------------------------------------TGTAAAAATACATCTTAAATAAGAATGTGGATAAGTATATAATCTTAGATTGTATCCTGAGTATTAATGAAATCCTTTATATAGACTGTTTA--ATATTTAGTTTATTTTTTA--AGAGCTTTTATTATTTTTGTATGTATACACTAACATCGAATTTAAACCATATT |
| droSec2 | scaffold_31:528792-528998 + | AGATGATTCGTAGCTGA-----------TGATTGATGAAACTAACCATTTTA------------------------AATGTAAAAACACATCTTAAATAAGAATGTGGAAAAGTATATAATCTTAGATTGTATCCTAAGTATTAATGAAATCCTTTATATAGACTGTTTA--ATATTTAGTTTATTTTTTA--AAAGCTCTAATTATTTTTGTATGTATACACTAACATCAAATTTTAACCATATT | |
| dm3 | chr3R:27878046-27878228 + | AGATGATTCATAGCTGA-----------TGATTGAGGAAACTTACCATTTGG------------------------AATGTATAAACACATGTAAAATCAGACCGTTGGTAAATATCTAATCATAGATTGTATCCTAAGTCTTAAATAAATACTTTATATAAACTGTTTA--ATATTTATTTTATTTTTTA--AAGGCTTTTATTATTTTTATATGTATACA------------------------ | |
| droEre2 | scaffold_4820:66264-66436 - | AGATGCTTGGTAGCTAAAAAAAATTCAATAATTTAA-AAACCAACTACAATATTTTATATCTTGAAG----------------------ATCTTTAACAAAAATGCTTAAGACTAAAAAACCCAAATA-------------------------TATATATAGACTGTTACAAGTATTTCTTTTTATTTTTCCTTACATTTTTATAATTTTTGTATGTCTAT------------------------- | |
| droYak3 | 3R:28805901-28806058 + | AGATGTGTCGTAGGTGACCAAAATTCAATATTTGAGGAGACCAACTATATTATCTTATGTGTTAAAAATTGTAAATAAAATAATATCTCATCTTAACTAAAAAAAAGA----------------AA-------------------------------TATAGAATAATTAAATTATTTCTCTTTATTA------------TTATTATTTTTTTA-----------------------------ATT | |
| droMoj3 | scaffold_6500:22186031-22186062 - | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTATTTTTATTGTTTA--ATATTTAATTTATTT----------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droMoj3 |
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Generated: 05/19/2015 at 03:47 PM