ID:dsi_18243 |
Coordinate:2r:21121932-21121991 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -3.2 | -3.0 | -2.8 |
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exon [2r_21121992_21122435_-]; CDS [2r_21121992_21122435_-]; exon [2r_21121743_21121931_-]; CDS [2r_21121743_21121931_-]; intron [2r_21121932_21121991_-]
No Repeatable elements found
| ##################################################------------------------------------------------------------################################################## TCGGCGGGGATGCCTTTGCGGCCAACAAGAGCAACGCCATTACTCCTGAGGTAGTATTTAAAATAGAACACTCTAATTTGTACCCTAATCACTATTCGAATCTTCTACAGCCCGGCAAAGACGACTTCGGCAGTGATCCGTTTGCTGCCCTGCATGCTCC **************************************************...((((..(((.((((....)))).)))))))...........................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR902009 testis |
M024 male body |
M025 embryo |
M023 head |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902008 ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
GSM343915 embryo |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................................................................................................GGCAAAGACGACTTCGGC............................. | 18 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................AATCTTCTACAGTCCGACGAA......................................... | 21 | 3 | 2 | 1.50 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................ACTTCGGCAGTGATCC..................... | 16 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................GATCCGTTTGCTGCCCTGCAT..... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...............................................................................................................CCGGCAAAGACGACTTCGGCAGTGATCC..................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................ATCTTCTACAGTCCGACGA.......................................... | 19 | 3 | 8 | 1.00 | 8 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................GACTTCGGCAGTGATCCG.................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................AAACTTCTACAGTCCGACAAAG........................................ | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................TGAGCCCGGCAAAGACGACTTCGGC............................. | 25 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................AAGAGCAACGCCATTACTCCTGAGCCC........................................................................................................... | 27 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................ATCTTCTACAGTCCGACGAA......................................... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................GATCTTCTACAGTCCGACAA.......................................... | 20 | 3 | 5 | 0.40 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................GATCTTCTACAGTCCGACA........................................... | 19 | 3 | 14 | 0.36 | 5 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................AATCTTCTACAGTCCGACGA.......................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................GATCTTCTACAGTCCGACAAA......................................... | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................TTCTACAGTCCGACAAA......................................... | 17 | 2 | 14 | 0.21 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................AATCTTCTACAGTCCGACG........................................... | 19 | 3 | 10 | 0.20 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................AGTGATCCGTTTGCA.............. | 15 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................ACTAATCGAACCTTCTA..................................................... | 17 | 2 | 14 | 0.14 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| .................................................................GAACACTCTAACTTGCGCC............................................................................ | 19 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................TCATCTACAGTCCGACAAA......................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................AATGTTCTACAGTCCGACA........................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
AGCCGCCCCTACGGAAACGCCGGTTGTTCTCGTTGCGGTAATGAGGACTCCATCATAAATTTTATCTTGTGAGATTAAACATGGGATTAGTGATAAGCTTAGAAGATGTCGGGCCGTTTCTGCTGAAGCCGTCACTAGGCAAACGACGGGACGTACGAGG
**************************************************...((((..(((.((((....)))).)))))))...........................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR902009 testis |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M024 male body |
O001 Testis |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M053 female body |
M023 head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................................TGTCGGGCCGTTTCTGCTGGA................................. | 21 | 1 | 1 | 3.00 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................AACTTGTGAGATTAAA................................................................................. | 16 | 1 | 10 | 2.20 | 22 | 19 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................AAGCCCTCACTAGGCACACCAC............. | 22 | 3 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................CCGGGCCGTTTCTGCTGAAGCCG............................. | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................CGTCACTAGGCAAACGACGGGAC........ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................ATGTTGTGAGATTAAACAAG............................................................................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................CTTGTGAGATTAAAAAAG............................................................................. | 18 | 2 | 20 | 0.50 | 10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 3 | 2 | 0 |
| ............................................................TTGATCTTGAGAGATAAAACA............................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................TCGTGAGATTAAACATG............................................................................. | 17 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................GTTGTTCTCGTTGCTTTAAT...................................................................................................................... | 20 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................TCTGCTGAAGTCGTC........................... | 15 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................CGCCGTTTCGCCTGAAGCCG............................. | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................TTGTGAGATTAAACAA.............................................................................. | 16 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................CCGTTTCGCCTGAAGCC.............................. | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................TTTCGCCTGAAGCCGTC........................... | 17 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................GCCGTTTCGCCTGAAGC............................... | 17 | 2 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............AACGGCGGTTGTGCTGGTTG............................................................................................................................. | 20 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................AGTGAAACGACGGGACCTAC.... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................CGCCGTTTCTCCTGAAG................................ | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2r:21121882-21122041 - | dsi_18243 | TCGGCGGGGATGCCTTTGCGGCCAACAAGAGCAACGCCATTACTCCTGAGGTAGTATT---TAAAAT---------AG-------------------------------------------------AACAC--TCTAATTTGTACCCTA-------ATCACTATTCGAATC-----------TTCTACAGCCCGGCAAAGACGACTTCGGCAGTGATCCGTTTGCTGCCCTGCATGCTCC |
| droSec2 | scaffold_23:516154-516313 - | TCGGCGGGGATGCCTTTACGGCCAACAAGAGCAACGCCATTACTCCTGAGGTAGTATT---TAGAAT---------AG-------------------------------------------------AACAC--TCTAATTTGTACCCTA-------ATCACTATTCGAATC-----------TTCTACAGCCCGGCAAGGACGACTTCGGCAGTGATCCGTTTGCTGCCCTGCATGCTCC | |
| dm3 | chr2R:20659511-20659670 - | TCGGCTCGGATGCCTTTGCAGCCAACAAGAGCAACGCCATTACTCCTGAGGTAGGATT---TAGAAT---------AG-------------------------------------------------AACAC--TCTTATTTGTACCCGA-------ATCACTTTTCCAATC-----------TTATACAGCCCGGCAAGGACGACTTCGGCAGTGATCCGTTTGCTGCCTTGCATGCTCC | |
| droEre2 | scaffold_4845:22021547-22021706 - | TCGGATCGGATGCCTTTGCGGCTAACAAGAACAGCGCTATTACTCCGGAGGTAGTTTT---TGGAAT---------AG-------------------------------------------------AACAC--CCGAATTAGTTCCTTA-------ATGAATATTTGAATC-----------CTATACAGCCCGGTAAGGACGATTTCGGCAGTGATCCGTTTGCCGCCCTGCACGCTCC | |
| droYak3 | 2R:20619016-20619175 - | TTGGCTCGGATGCCTTTGCGGCCAACAAGAGCAGCGCCATTACTCCTGAGGTAGTATT---TGCTAT---------AT-------------------------------------------------AACAA--TCGAATTTGTACCTTA-------ATCAATATTCAAAAC-----------ACATACAGCCCGGTAAAGACGACTTCGGCAGTGATCCGTTTGCCGCCCTGCACGCTCC | |
| droEug1 | scf7180000409464:1016991-1017167 - | TCGGATCGGATGCCTTCGCGGCCAATAAAAGCAGCGCAGTCACTCCTGAGGTGGGTCT---TAA---------TAA------------------CACAACAATTCGAA-----------------ACTCATT--TTATAATAATATAAAA-------TT--------TATAAATTGTATAATATCGTACAGCCCGGAAAAGACGACTTTGGCAGCGATCCGTTTGCTGCCTTGCATGCGCC | |
| droBia1 | scf7180000301754:3235045-3235204 + | TCGGCTCGGATGCCTTTGCGGCCAGCAAGAGCAGCGCCGTCACTCCAGATGTGAGATT---TG-AAT---------GC-------------------------------------------------AACACCTAGGAGTTCTGAGCTTA-------TGTAATTATGTAAT------------CCCCGCAGCCCGGCAAGGATGACTTCGGCAGCGATCCGTTTGCCGCCCTGCACGCGCC | |
| droTak1 | scf7180000415805:587925-588087 + | TCGGCTCGGATGCCTTTGCGGCCAACAAGAGCAGTGCTGTTACCCCAGATGTAAGATTATCGAA--T---------A-----------------------------------------------AGGAATAC--ACGAAATCGGAGCTAA-------ATCAATTTACTTGTC-----------TTACACAGCCCGGAAAAGACGACTTTGGCAGCGATCCCTTTGCCGCCCTGCACGCGCC | |
| droEle1 | scf7180000491107:376135-376297 + | TCGGTTCGGACGCCTTTGCGGCCAACAAGAGCAACGCCATCACTCCAGAGGTAAGATT---GGGTAG---------TA-------------------------------------------------GTCAA--TCGAATTCTAAACTTACTCATTGGT------GCATATC--AA-------CATAACAGCCGGGAAAAGACGACTTTGGCAGTGATCCGTTTGCCGCTCTGCATGCTCC | |
| droRho1 | scf7180000777251:242907-243065 + | TCGGCTCGGATGCCTTTGCGGCCAACAAAAGCAGCGCCATCACTCCAGAGGTAAGATT---GTGTAG---------TA-------------------------------------------------GTCTT--TCAAATTCGAAACTCA--------TTGGTACCCTAAAC-----------CTTTACAGCCCGGAAAAGACGATTTTGGCAGCGATCCATTTGCCGCCCTGCACGCACC | |
| droFic1 | scf7180000453858:845848-846004 + | TTGGTTCGGACGCCTTTGCAGCCAACAAGAGCAGTGTCATCACTCCAGAGGTAAGATT---AAT-------------T-------------------------------------------------GCCTA--CAGAAGCTGGGATTTTGCG----ATTA-----ATGATC--AAC------ATAAACAGCCCGGAAAAGACGACTTCGGCAGCGATCCGTTTGCCGCCCTGCACGCGCC | |
| droKik1 | scf7180000302476:2890837-2890996 - | TCGGTTCGGATGCCTTTGCCGCTAACAAGAGCAACGCCATCACCCCAGAGGTGGGTCA---AG-AAC---------G-------------AGGTCTT---------------------------------AATTAGAGATTATAAGTTAA--------------TCCGATTC--CAT------ATACACAGCCCGGTAAGGATGACTTCGGCAGCGATCCGTTTGCGGCACTGCATGCGCC | |
| droAna3 | scaffold_12916:8306886-8307049 - | TCGGCTCGGACGCGTTTGCCGCCAAGA------ACGCTGTAACACCAGAAGTCTGTTT---ATT----------------------------------------TATTTTCTCAATCGTGGAGGAGGTCTAT--TTTTAATTCGATGTAA-------AC--------TATTT-----------ATTGTTAGGTTGGAAAAGACGATTTCGGTAGCGATCCGTTTGCCGCTCTACATGCACC | |
| droBip1 | scf7180000396728:5197-5359 + | TTGGTTCGGACGCATTTTCCACTAAA------AACGCTATAACACCAGAGGTCTGATA---ATT----------------------------------------TTTTTT----ATCGTGTTAATGCATTAT--TTTTAATTTCATATAA-------AC--------CATTT--TCT------TTTCTTAGGCGGGAAAAGACGATTTTGGCAGCGATCCGTTTGCCGCTCTACATGCACC | |
| dp5 | 3:10865479-10865641 + | TCGGTGCCGACGCTTTCGGGGGCAGCAAAAGCAGCGCCATAACACCGGAGGTAAGGCC---GGG---------CAAT-GGGTTTAGAGGGAAG-CCCGACGACTCACC-------------------------------------CCCCG-------ATCA---------TG-----------CATTGCAGCCTGGGAAGGACGACTTTGGAAGCGATCCGTTTGCCTCTCTGCATGCACC | |
| droPer2 | scaffold_4:6188674-6188837 + | TCGGTGCCGACGCTTTCGGGGGCAGCAAAAGCAGCGCCATAACACCGGAGGTAAGGCC---GGG---------CAAT-GGGTTTAGAGGGAAGCCCCGACGACTCACC-------------------------------------CCCCG-------AT------------C--A------TGCATTACAGCCTGGGAAGGACGACTTTGGAAGCGATCCGTTTGCCTCTCTGCATGCACC | |
| droWil2 | scf2_1100000004513:86205-86360 - | TCGGAGGCGATGCCTTTGGTGGTCACAAAACCAATGCCATAACACCAGAGGTAAAATA---CGAGAA--------AT-GAAATCAAATTGAATTTGTGTTG--------------------------------------------------------------ATTGTGATT-----------ATTTATAGCCCGGCAAAGATGACTTTGGGAGCGATCCATTTGCGGCTTTGCATGCTCC | |
| droVir3 | scaffold_12875:1383668-1383832 - | TTGGTAGTGATGCATTCGGTGCCACTAAATCCACTGCCATAACGCCAGAGGTGAGTGCAACGAT---------GATT-GGCTTTGGACAA-------------------------------------AATAG--TTTTTTATATACA-------------------CGAATG--CAT------ATACATAGCCTGGCAAGGATGACTTTGGCAGCGATCCGTTCGCGGCGCTGCATGCGCC | |
| droMoj3 | scaffold_6496:4476740-4476896 - | TTGGTGGCGATGCGTTCGGTGCAAACAAATCAAATGCCATAACGCCAGAGGTGAGCTC---TT-CATGCTAATTTGT-AA----------------------------------------------------------GATTAGATTAAA-------AA--------TATTTATTGT------ATACGCAGCCTGGCAAAGATGATTTTGGCAGTGATCCGTTTGCGGCGCTGCACGCGCC | |
| droGri2 | scaffold_15245:9609928-9610086 + | TTGGTGCTGATGCATTTGGTGCTAACAAGTCCAATGCTATAACGCCGGAGGTAGGCTC---ACT-TT---------AA-------------------------------------------------ATGAT--TTGTAAATATAAATGG-------CTCTATATGCATAAA-----------TATTGCAGCCTGGCAAAGATGACTTTGGCAGCGATCCCTTTGCGGCGCTGCACGCGCC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droEug1 |
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| droTak1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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