ID:dsi_17171 |
Coordinate:2r:19115798-19116039 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -35.2 | -35.2 | -35.2 |
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exon [2r_19116040_19116161_-]; CDS [2r_19116040_19116161_-]; exon [2r_19115617_19115797_-]; CDS [2r_19115617_19115797_-]; intron [2r_19115798_19116039_-]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTACCCACCAAATAATACTTTCCTAACTTGAATCACCATTACACTGACAGAAGAGGGCTTTAACTTTATGCTTTCATATCAATATGGTACAATTATTAACCTTTAATTTTCAAAACCATAATGAATTCAAAGATATAAGTTATACAAAATATAAGTTGTTTTGAGTAGTTGTTTTTTTCCGTGTATCCTTCGAAACCGAACCGAATCGTAACTCAATCACCCCCTCTTCTTTCCGCTCTCAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT **************************************************.............................................((.(((((((((...((((((....((((....(((.((((((......(((((...))))).......)))))).)))....))))....)))))).((((........)))).((((((....((((..(((.((............)).)))..))))....)))))).....))))))))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
O001 Testis |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M023 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................................................................................................................................................................ACCGAATCGTAACTCAATCACCC...................................................................... | 23 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............GGAGGGCAAGCCGGAACC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..AACTGCAAAGTGGAGGGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAAGGATGGCGAACCCG..................................... | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................................ACCGAACCGAATCGTAACTC.............................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGATCCCGTCAGCGCCCA........................... | 18 | 3 | 20 | 0.40 | 8 | 0 | 0 | 7 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGACCCCGTCAGCACC............................. | 16 | 1 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................CCTCGCTTGAATCACCA.............................................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAACCCGTCAGCTCCCACCA........................ | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................CGAGTGGTCTAAGGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 14 | 0.14 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................TGTTTTGGGTAGTTGT........................................................................................................................ | 16 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACCCCGTCAGCACCCACCA........................ | 20 | 3 | 17 | 0.12 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................TCGAGCGGTTTAAGGCACCA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........AATTGGAGGGCAAGCCC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| .........AAGTGGATGGCAAACCGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGACCCCGTCAGCACCCACCA........................ | 21 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................AGTGGTTTAAGGAAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 15 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................CCGAGTGGTTTAAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................ACCAACGAGTGGTTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ....................................TCGAGCGGTTTAAGGCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................AACCTTTAACGTTCAAA.................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCTCAGGATAGCTAACC....................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
AGTTGACGTTTCACCTCCCGTTCGGCCTTGGGTGGTAGCTCACCAAATTCCATGGGTGGTTTATTATGAAAGGATTGAACTTAGTGGTAATGTGACTGTCTTCTCCCGAAATTGAAATACGAAAGTATAGTTATACCATGTTAATAATTGGAAATTAAAAGTTTTGGTATTACTTAAGTTTCTATATTCAATATGTTTTATATTCAACAAAACTCATCAACAAAAAAAGGCACATAGGAAGCTTTGGCTTGGCTTAGCATTGAGTTAGTGGGGGAGAAGAAAGGCGAGAGTCCTACCGCTTGGGCAGTCGTGGTTGCTTTTCTTTAGCGTGGCGCAGGTCAA
**************************************************.............................................((.(((((((((...((((((....((((....(((.((((((......(((((...))))).......)))))).)))....))))....)))))).((((........)))).((((((....((((..(((.((............)).)))..))))....)))))).....))))))))).)).........************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR902009 testis |
GSM343915 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCGCTTGGGCTGTC................................. | 15 | 1 | 5 | 1.00 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCGCTTGGGCTGTCCT............................... | 17 | 2 | 11 | 0.27 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................AAAAAAGGCACTTAAGATG..................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 4 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................TTGGTATTCATTAGGTTTCT............................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGGCGGTCGTGGTTCTTT....................... | 20 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................AAAAAAAGGCACTTAAGATG..................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................TCAATATGTTTTTTAT........................................................................................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2r:19115748-19116089 - | dsi_17171 | TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTA--CCCACCAA--ATAATACTT-TCCTAACTTGAATCACCATTACACTGACAGAAGAGG------GCTTTA-------------------------------------------------------------------ACTTTATGCTTTCATATCAATATGGTACAATTAT-------TAAC--CTTTAATTTTCAAAACCAT-------------------------------------------------AATGAATTC-------------------AAA-GATATAAGTTATACAAAAT-ATAAGTTGTTTTGAGTAGTTG-TTTTTTTCCGTGTATCCTTCGAAACCGAACCG------------------AATCGTAACTCAATCACCCCC-TCTT-C--------TTTCCGCTCTCAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT |
| droSec2 | scaffold_9:1888910-1889250 - | TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTA--CCCACCAA--ATAATTCTT-TTCTAACTTAAATAACCATTACACTGACAGAAGAGG------GCTTTA-------------------------------------------------------------------ACTTTATGCTTTCATATTAATATTGTAAATTTAT-------T--T--CTTTAATTTTCCAAACAAA-------------------------------------------------ATTGAATTC-------------------AAAAGATATGAGTTATACAAAAT-ATAAGTTGTTTTGAGTAGTTG-TTTTTTTCCGTGTATCCTTTGAAACCGAACCA------------------AATCGTAACTCGATCACCCCC-TCTC-C--------TTTTCGCTCTCAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| dm3 | chr2R:18586832-18587167 - | TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATTGAGTGGTTTAAGGTA--CCCACCAA--ATAATACTT-TTCTAACTTGAATCACCATTACACTGGCAAAAGAAA------ACTTGA-------------------------------------------------------------------TCTTAATGTTTTCATATCAATATTGTATATTTAT-------TTAT--CTTTAAATATCAAAACAAA-------------------------------------------------AATGAATTC-------------------AAA-AA------TTATACAAAAT-ATAAGTGGTTTTGAGTAGTTG-TTTTTTTCCGTGTAGCCTTCGAAACCGAACCA------------------AATCGTAACTCAATCACCCCC-TCTT-C--------TTTCCGCTCTCAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droEre2 | scaffold_4845:19946853-19947183 - | TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTA--CCC-CCAA--ATAGTACTT-TTCTAACTTGAATCACCGCTACACTGAAAGAAGAGC------ACTTTATCTTGATATAACTACAATTT-TTATTTCATTGCTGTATAAT-CTTTAATCGCT-----TATACACTTATTTAACAT---------------------------------------------TTTCAATACACATCACC--------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTGAGTAA-TG-TTTTTGTCGGTGTAGCCTTCGAGTCCTAACCA------------------ATTCGTAACTCAATCACCCCCATCTT-C--------TTTACGCTCTCAGGATGGCGAGCCCGTCAACACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droYak3 | 2R:16052239-16052679 - | TCAACTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAACCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTA--ACCACCCA--ATAATACGT-TTCTGACTTGAATCACCATTACACTTACAAAAAAGG-AGAGAGCT--ATCTTGATAAAACTACAATTTTTTATTTATTTTTTGTATAATACTTTAATTGCAGAAAGCATATATTTATCTCAAGT---------------------------------------------TTTCAACACAAATCACTTTTTATTTTGTAGTAATAAAGTGGTTCATGGCCTCTTAATCTTAAATGAAAT-TAGGGTCATCTTAAGTATTAA---ATATT-------AGGAAT-ATAAGTAGTTTTGAGTAGTGGTTTTCTTTCCGTGTAGCCTTCGAGTCCTAACCA------------------AAACGTAACTCAATCACCCCC-TCTT-CTTTTTTG--CTCCGCTCCCAGGATGGCGAACCCGTCAACACGAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
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| droBia1 | scf7180000302143:2053442-2053589 + | TA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGAGGC-ACAACTT-TTCTCAGTTCCAG-TTTCTTTGAGTGTATTACTTAAAACCTTAGCA------------------GATCGTAACTCACTT-CCCCT-TTTC-C--------CTCCCGCTTCCAGGATGGCGAGCCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droTak1 | scf7180000415538:36081-36219 - | TTACA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAAAAT--------------AGTTGTAG-TTTTTTCAAGTGTAACCTCCAAAACCTTACCA------------------AATCGTAACGTAATTCCCCCG-TATT-C---------TTCCATTTTCAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAGTCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droEle1 | scf7180000491022:190580-190703 - | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-TTTTTTTCAGTGTAGCATACAAAACCTTGCCG------------------AATCGTAACTCAATTTGCCAC-TTTT-C------CCCTCCCATTTTTAGGATGGCGAGCCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCACACCGCGTCCAATT | |
| droRho1 | scf7180000779417:11932-12055 + | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-TTTTTTTCAGTGATGCAGCCAAAACCTTACCG------------------AATCGTATCTCAATTTGCCAC-TTTT-C------CCCTCCCATTTTTAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droFic1 | scf7180000454066:2550492-2550664 - | ATAACA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATTC-------------------AAA-AATTCATATT--TCAAAATAATAAGCTCTT-------TCAG--TTTTCCCAGTGTAACCAC-TAAACCTTACCG------------------AATCGCAACTAAATTTGGCCCGTTC--TTCCCTTCCCTTCCACTTTCAGGATGGCGAGCCCGTCAGCACGAACGAAAAGAAATCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droKik1 | scf7180000302470:404580-404670 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATCTCAACTCAATTTCTCAC-TTTC-T------CACTCTGGTTTTTAGGATGGCGAACCCGTCAGCACCAACGAGAAGAAGTCACATCGTGTCCAGTT | |
| droAna3 | scaffold_13266:14928992-14929261 - | TCAACTGCAAGGTGGAGGGCAAGCCGGAGCCCACCATCGAGTGGTACAAGGTAAG------------GATACATATTCTTTCG-AAACCATTCTCACACTGCTAAAAAAAATTAATAACTA--GTTGGG--------------------------------------------------------------------GATTTAGAACTT--------------ACTTAAAT---------GCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCCAA-TTTTTCCAAGTGTACC----AAGTCCGAACCACACAATCTCTTAATCTACAACCGCAATTAATTTAACCCC-TCC-----------------ACCGCAGGATGGTGAGCCCGTCAGCACCAATGAGAAGAAGTCGCACCGCGTCCAGTT | |
| droBip1 | scf7180000396385:96749-97042 - | TCAACTGCAAGGTGGAGGGCAAGCCAGAGCCCACCATCGAGTGGTTTAAGGTAAG------------GATACATATTCTAGCT-AATCTCTCTTTACACTTTTAGAAAAAAAGGAGAACTA--GTTAGG--------------------------------------------------------------------GGCTTAGAACCA--------------ACTTAAATAAAGCGCTTGCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-CCCA-TTTTTTCAAGTGTACCCAT----TCCAAACCACACAATCTCTTAATCTACAACCGCAATTAATTTAACCCC-TCCAACATTTGGGCTTT-GCTTTGCAGGATGGCGAGCCTGTCAGCACCAATGAGAAGAAGTCACACCGCGTCCAGTT | |
| dp5 | 3:4066911-4066995 - | TC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAACTTTCTC-------CTTTTTTGCTTTCCCTCGTTAGGACGGCGAACCCGTCAGCACCAATGAGAAGAAGTCGCATCGCGTCCAGTT | |
| droPer2 | scaffold_2:4254038-4254122 - | TC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTAACTTTCTC-------CTTTTTTGCTTTCCCTCGTTAGGACGGAGAACCCGTCAGCACCAATGAGAAGAAGTCGCATCGCGTCCAGTT | |
| droWil2 | scf2_1100000004521:2896716-2896827 + | TTAATTGCAAAGCGGAGGGCAGTCCCACGCCCACCATTCAATGGTATAAAGACGGTGTACCGTTGAAGATACT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G------CCTGGATCA------------------CATCGC------------------------------ATC-ACCCTGCCGGCAGGTG---------------------------------------GATT | |
| droVir3 | scaffold_12875:13805019-13805088 - | TCAATTGCAAGGTGGAGGGCAAGCCGGAGCCCACCATTGAGTGGTATAAGGTA--TGTAGCGA-GAGAATACT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droMoj3 | scaffold_6496:9213974-9214026 - | TCAATTGCAAAGTGGAGGGCAAGCCGGAGCCCACCATTGAGTGGTATAAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTA | |
| droGri2 | scaffold_15245:17444877-17444935 + | GC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCAGGATGGCGAACTGGTCAATACAAATGAGAAGAAATCGCATCGTGTGCTGTT |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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Generated: 05/19/2015 at 05:43 AM